+ Näytä koodi- Piilota koodi
library(OpasnetUtils)
library(xtable)
objects.get("UeCkN4ShRIGFXV3z")
###########Tuloslaskenta
data <- tidy(opbase.data("Op_fi2814"), direction = "wide")
### Määritellään ulkoiset parametrit Altistumislaskennan taulukon muokkaamista varten.
col.common <- "Ikä"
col.result <- "Result"
col.condition <- "Lyhenne"
####Arvioinnissa käytettyjen lähtötietojen printtaus
cat("Arvioinnin kohteena oleva haitta-aine \n")
Chemical.substance
cat("Arvioinnin kohteena oleva alue \n")
Assessment.area
cat("Altistumisen arvioinnin perusteena käytetyt ympäristön haitta-ainepitoisuudet \n")
Environmental.concentration <- data.frame(
Väliaine=c("Ulkoilma","Sisäilma","Juomavesi","Maaperä","Paikalliset vihannekset","Paikalliset juurekset","Paikalliset marjat","Paikallinen kala", "Paikallinen liha", "Paikalliset maitotuotteet", "Pesuvesi", "Pintavesi"),
Yksikkö=c("µg/m3", "µg/m3", "mg/l", "mg/kg", "mg/kg tuorepainoa", "mg/kg tuorepainoa", "mg/kg tuorepainoa", "mg/kg tuorepainoa", "mg/kg tuorepainoa", "mg/kg tuorepainoa", "mg/l", "mg/l"),
Pitoisuus=c(C.air.outdoor, C.air.indoor, C.dw, C.soil, C.lfc, C.tfc, C.berries, C.fish, C.meat, C.dairy, C.bw,C.sw)
)
print(xtable(Environmental.concentration, digits=3), type = 'html')
cat("Muiden altistumisen arvioinnissa käytettyjen muuttujien arvot.\n")
parameters.adult <- data[data$Ikä == "Aikuinen",]
parameters.child <- data[data$Ikä == "Lapsi",]
parameters.table.a <- data.frame(
Muuttuja=parameters.adult$Parametri,
Yksikkö=parameters.adult$Yksikkö,
Aikuinen=parameters.adult$Result,
Lapsi=parameters.child$Result
)
parameters.table.b <- data.frame(
Muuttuja=c("Iholta imeytyvän haitta-aineen osuus (maa-aineskontaktin yhteydessä)","Ihon läpäisevyyskerroin haitta-aineelle (vesikontaktin yhteydessä)","Haitta-aineen taustasaanti muista kuin paikallisista lähteistä"),
Yksikkö=c("-","cm/h","µg/kg/vrk"),
Aikuinen=c(Abs.skin.soil, Kp, Background.intake.adult),
Lapsi=c(Abs.skin.soil, Kp, Background.intake.adult)
)
parameters.table <- merge(parameters.table.a, parameters.table.b, all=TRUE)
print(xtable(parameters.table, digits=3), type = 'html')
cat("Ympäristön laadun arvioinnissa käytetyt haitta-ainepitoisuuksien terveysperusteiset viitearvot \n")
HEQC.table <- data.frame(
Väliaine=c("Ulkoilma","Sisäilma","Juomavesi","Maaperä","Paikalliset vihannekset","Paikalliset juurekset","Paikalliset marjat","Paikallinen kala", "Paikallinen liha", "Paikalliset maitotuotteet","Pintavesi"),
Yksikkö=c("µg/m3", "µg/m3", "mg/l", "mg/kg", "mg/kg tuorepainoa", "mg/kg tuorepainoa", "mg/kg tuorepainoa", "mg/kg tuorepainoa", "mg/kg tuorepainoa", "mg/kg tuorepainoa", "mg/l"),
Pitoisuus=c(HEQC.air.outdoor, HEQC.air.indoor, HEQC.dw, HEQC.soil, HEQC.lfc, HEQC.tfc, HEQC.berries, HEQC.fish, HEQC.meat, HEQC.dairy, HEQC.sw)
)
print(xtable(HEQC.table, digits=3), type = 'html')
cat("Kroonisesta haitta-ainealtistumisesta aiheutuvan terveysriskin arvioinnissa käytetyt toksisuuden viitearvot \n")
toxicity.values.table <- data.frame(
Viitearvo=c("Haitta-aineen turvallisen päivittäisen saannin viitearvo", "Haitta-aineen turvallisen päivittäisen saannin viitearvo", "Haitta-aineen päivittäisen saannin NOAEL/LOAEL-arvo", "Haitta-aineen päivittäisen hengitystiealtistumisen NOAEC/LOAEC-arvo", "Haitta-aineen elinikäisen päivittäisen saannin yksikkösyöpäriski", "Haitta-aineen elinikäisen päivittäisen hengitystiealtistumisen yksikkösyöpäriski", "Altistuvan väestön määrä"),
Yksikko=c("µg/kg/vrk", "µg/m3", "µg/kg/vrk", "µg/kg/vrk", "per µg/kg/vrk", "per µg/m3", "Henkilöä"),
Arvo=c(TDI, TCA, NOAEL.ing, NOAEC.inh, Cancer.unit.risk.intake, Cancer.unit.risk.inhalation, Population)
)
print(xtable(toxicity.values.table, digits=5), type = 'html')
###Altistumisen arviointi
cat("Altistumisen arvioinnin tulokset. \n")
expo <- Chronic.environmental.exposure.to.toxic.substances(C.air.outdoor, C.air.indoor, data)
intake.adult <- expo[expo$Ikä == "Aikuinen",]
intake.child <- expo[expo$Ikä == "Lapsi",]
intake.tot <- data.frame(
Altistumisreitti="Kokonaissaanti",
Aikuinen=sum(intake.adult$Result, na.rm=TRUE),
Lapsi=sum(intake.child$Result, na.rm=TRUE)
)
intake.table <- data.frame(
Altistumisreitti=intake.adult$Altistumisreitti,
Aikuinen=(intake.adult$Result),
Lapsi=(intake.child$Result)
)
intake.table <- merge(intake.table,intake.tot,all=TRUE)
intake.table$Elinikäinen <- (intake.table$Lapsi * 6 + intake.table$Aikuinen * 64) / 70
intake.fractions.adult <- (intake.table$Aikuinen / intake.tot$Aikuinen)*100
intake.fractions.child <- (intake.table$Lapsi / intake.tot$Lapsi)*100
intake.fractions.lifetime <- (intake.table$Elinikäinen / ((intake.tot$Lapsi * 6 + intake.tot$Aikuinen * 64)/70)*100)
intake.fractions.table <- data.frame(
Altistumisreitti=intake.table$Altistumisreitti,
Aikuinen=intake.fractions.adult,
Lapsi=intake.fractions.child,
Elinikäinen=intake.fractions.lifetime
)
cat("Keskimääräinen päivittäinen haitta-aineen saanti (µg/kg/vrk). \n")
print(xtable(intake.table, digits=3), type = 'html')
cat("Eri altistumisreittien osuus päivittäisestä saannista (%). \n")
print(xtable(intake.fractions.table, digits=4), type = 'html')
###Ympäristöpitoisuuksien terveysperusteisen viitearvovertailun tulostaulu
cat("Haitta-aineen pitoisuus ympäristössä suhteutettuna terveysperusteiseen viitearvoon.\n")
HEQ.table <- Health.based.environmental.quality(Concentration, EQC)
print(xtable(HEQ.table, digits=3), type = 'html')
###Terveysriskin karakterisointi
#####Määritellään terveysriskin karakterisointi -funktion tarvitsemat lähtömuuttujat
Tot.intake.adult <- expo[expo$Ikä == "Aikuinen",]
Tot.intake.adult <- sum(Tot.intake.adult$Result,na.rm=TRUE)
Tot.intake.child <- expo[expo$Ikä == "Lapsi",]
Tot.intake.child <- sum(Tot.intake.child$Result,na.rm=TRUE)
Tot.intake.lifetime <- (Tot.intake.child * 6 + Tot.intake.adult * 64) / 70
Ef.air.indoor <- data[data$Lyhenne == "Ef.air.indoor",]
Ef.air.indoor.adult <- (Ef.air.indoor[Ef.air.indoor$Ikä == "Aikuinen",])$Result
Ef.air.indoor.child <- (Ef.air.indoor[Ef.air.indoor$Ikä == "Lapsi",])$Result
C.inhaled.air.adult <- (C.air.outdoor * ((24 - Ef.air.indoor.adult) / 24)) + (C.air.indoor * (Ef.air.indoor.adult / 24))
C.inhaled.air.child <- (C.air.outdoor * ((24 - Ef.air.indoor.child) / 24)) + (C.air.indoor * (Ef.air.indoor.child / 24))
C.inhaled.air.lifetime <- (C.inhaled.air.child * 6 + C.inhaled.air.adult * 64) / 70
risk <- Health.risk.characterisation.of.chronic.exposure.to.toxic.substances(Exposure, Toxicity)
#####Riskin karakterisoinnin tulostaulu
cat("Kroonisesta ympäristöperäisestä haitta-ainealtistumisesta aiheutuvan terveysriskin karakterisointi. \n")
risk.adult <- risk[risk$Altistumistaso == "Aikuinen",]
risk.child <- risk[risk$Altistumistaso == "Lapsi",]
risk.lifetime <- risk[risk$Altistumistaso == "Elinikäinen",]
risk.table.a <- data.frame(Altistumisreitti=risk.adult$Altistumisreitti, Terveysvaikutus=risk.adult$Terveysvaikutus, Riski.indikaattori=risk.adult$Riski.indikaattori, Aikuinen=risk.adult$Result, Lapsi=risk.child$Result)
risk.table.b <- data.frame(Altistumisreitti=risk.lifetime$Altistumisreitti, Terveysvaikutus=risk.lifetime$Terveysvaikutus, Riski.indikaattori=risk.lifetime$Riski.indikaattori, Elinikäinen=risk.lifetime$Result)
risk.table <- merge(risk.table.a, risk.table.b, all=TRUE)
print(xtable(risk.table, digits=3), type = 'html')
| |