Ero sivun ”Järvisedimenttien metallipitoisuudet” versioiden välillä
Siirry navigaatioon
Siirry hakuun
(datanpäivityskoodi kirjoitettu ja dataa siistitty) |
|||
Rivi 11: | Rivi 11: | ||
=== 1) Lasketaan järven sedimentin metallipitoisuus perustuen ympäröivän, ympyrän säteen määräämän alueen järvien keskipitoisuuteen. === | === 1) Lasketaan järven sedimentin metallipitoisuus perustuen ympäröivän, ympyrän säteen määräämän alueen järvien keskipitoisuuteen. === | ||
<rcode graphics="1 | <rcode graphics="1" | ||
variables=" | variables=" | ||
name:metalli|description:Valitse metallit|type:checkbox|options:'Co';Co;'Cr';Cr;'Cu';Cu;'Fe';Fe;'Mn';Mn;'Ni';Ni;'Pb';Pb;'S';S;'V';V;'Zn';Zn| | name:metalli|description:Valitse metallit|type:checkbox|options:'Co';Co;'Cr';Cr;'Cu';Cu;'Fe';Fe;'Mn';Mn;'Ni';Ni;'Pb';Pb;'S';S;'V';V;'Zn';Zn|default:'Co'| | ||
name:northing|description:Northing-koordinaatti (KKJ)|default:6995650| | name:northing|description:Northing-koordinaatti (KKJ)|default:6995650| | ||
name:easting|description:Easting-koordinaatti (KKJ)|default:3653220| | name:easting|description:Easting-koordinaatti (KKJ)|default:3653220| | ||
Rivi 19: | Rivi 19: | ||
"> | "> | ||
library( | library(OpasnetUtils) | ||
library(xtable) | library(xtable) | ||
library(ggplot2) | library(ggplot2) | ||
library(reshape) | library(reshape) | ||
data <- ( | data <- opbase.data("Op_en5462") | ||
data <- tidy(data) | head(data) | ||
data <- tidy(data, direction = "long") | |||
data$Result <- as.numeric(data$Result) # This replaces all as.numeric rows below. | head(data) | ||
#data$Result <- as.numeric(data$Result) # This replaces all as.numeric rows below. | |||
data <- reshape(data, timevar = "Observation", idvar = "ID", direction = "wide") | data <- reshape(data, timevar = "Observation", idvar = "ID", direction = "wide") | ||
colnames(data) <- gsub("Result.", "", colnames(data)) | colnames(data) <- gsub("Result.", "", colnames(data)) | ||
head(data) | |||
data <- melt(data, measure.vars = c("Co", "Cr", "Cu", "Fe", "Mn", "Ni", "Pb", "S", "V", "Zn")) | data <- melt(data, measure.vars = c("Co", "Cr", "Cu", "Fe", "Mn", "Ni", "Pb", "S", "V", "Zn")) | ||
head(data) | |||
colnames(data)[colnames(data) == "variable"] <- "Metal" | |||
colnames(data)[colnames(data) == "value"] <- "Result" | |||
colnames(data)[colnames(data) == "Järvi"] <- "Lake.name" | |||
colnames(data)[colnames(data) == "Kunta"] <- "Municipality" | |||
head(data) | |||
out <- data | out <- data | ||
#data$distance <- sqrt((as.numeric(data$Easting) - easting)^2 + (as.numeric(data$Northing) - northing)^2) | |||
out$distance <- data$distance <= säde*1000 | out$distance <- data$distance <= säde*1000 | ||
out <- as.data.frame(as.table(tapply(out$value, out[c("variable", "distance")], mean))) | out <- as.data.frame(as.table(tapply(out$value, out[c("variable", "distance")], mean))) | ||
Rivi 47: | Rivi 53: | ||
plot(concentration) # simple plot about concentrations. | plot(concentration) # simple plot about concentrations. | ||
qplot(Easting, Northing, data = data[data$variable == metalli, ], size = value) # Concentrations on a "map". | qplot(Easting, Northing, data = data[data$variable == metalli, ], size = value) # Concentrations on a "map". | ||
</rcode> | |||
===Update data structure=== | |||
<rcode graphics="1" | |||
variables=" | |||
name:metalli|description:Valitse metallit|type:checkbox|options:'Co';Co;'Cr';Cr;'Cu';Cu;'Fe';Fe;'Mn';Mn;'Ni';Ni;'Pb';Pb;'S';S;'V';V;'Zn';Zn|default:'Co'| | |||
name:northing|description:Northing-koordinaatti (KKJ)|default:6995650| | |||
name:easting|description:Easting-koordinaatti (KKJ)|default:3653220| | |||
name:säde|description:Määritä säde (km; järvet säteen määräämän ympyränmuotoisen alueen sisäpuolella huomioidaan)|default:100 | |||
"> | |||
library(OpasnetUtils) | |||
library(xtable) | |||
library(ggplot2) | |||
library(reshape) | |||
data <- opbase.data("Op_en5462") | |||
head(data) | |||
data <- tidy(data, direction = "long") | |||
head(data) | |||
#data$Result <- as.numeric(data$Result) # This replaces all as.numeric rows below. | |||
data <- reshape(data, timevar = "Observation", idvar = "ID", direction = "wide") | |||
colnames(data) <- gsub("Result.", "", colnames(data)) | |||
head(data) | |||
data <- melt(data, measure.vars = c("Co", "Cr", "Cu", "Fe", "Mn", "Ni", "Pb", "S", "V", "Zn")) | |||
head(data) | |||
colnames(data)[colnames(data) == "variable"] <- "Metal" | |||
colnames(data)[colnames(data) == "value"] <- "Result" | |||
colnames(data)[colnames(data) == "Järvi"] <- "Lake.name" | |||
colnames(data)[colnames(data) == "Kunta"] <- "Municipality" | |||
head(data) | |||
opbase.upload(data, ident = "Op_en5462", name = "Metal concentrations in lake sediments", obj_type = "variable", | |||
act_type = "replace", language = "eng", unit = "mg/kg d.w.", who = wiki_username, rescol = "Result") | |||
#, who = NULL, | |||
#rescol = NULL, chunk_size = NULL, verbose = FALSE, username = NULL, | |||
#password = NULL) | |||
</rcode> | </rcode> | ||
Versio 19. joulukuuta 2012 kello 08.31
Edistymisluokitus |
---|
Opasnetissa lukuisat sivut ovat työn alla eri vaiheissa. Niiden tietosisältöön pitää siis suhtautua harkiten. Tämän sivun sisällön edistyminen on arvioitu:
|
Moderaattori:Marjo (katso kaikki)
Sivun edistymistä ei ole arvioitu. Arvostuksen määrää ei ole arvioitu (ks. peer review). |
Lisää dataa
|
Kysymys
Miten lasketaan suomalaisen järven sedimentin metallipitoisuus?
Vastaus
1) Lasketaan järven sedimentin metallipitoisuus perustuen ympäröivän, ympyrän säteen määräämän alueen järvien keskipitoisuuteen.
Update data structure
2) Lasketaan järven sedimentin metallipitoisuus läheisen/sopivan suuren järven pitoisuuden perusteella.
--#: Koodia voisi siistiä seuraavasti:
- joka järvi omalle rivilleen, niin on helpompi lukea (sieltä puuttuu muutamia lainausmerkkejä, mikä kaataa koodin jos valitsee sellaisen järven.
- Koodista voisi tehdä ovariablen nimeltä sediment.concentration (ei conc), joka ottaa syötteeksi tiedot Järvi, metalli, coeff.pH ja coeff.landuse (pitäisi olla johdonmukaisia kielen kanssa).
- Data kaivetaan kannasta formulan sisällä.
- Jos syötteet coeff.pH ja coeff.landuse voidaan johtaa jostain, sen johtamisen voisi tehdä käyttämällä syötteenä pH ja landuse ja laskemalla kertoimet.
--Jouni Tuomisto 18. joulukuuta 2012 kello 17.09 (EET)
Perustelut
Katso myös
Perustuu GTK:n dataan. GTK.
Viitteet
Lähdeluettelo tulostuu tänne automaattisesti kun viittauksissa käytetään <ref></ref> -tagia. Lähteet voi myös lisätä halutessaan manuaalisesti.