Ero sivun ”TCDD-koe S186” versioiden välillä

Opasnet Suomista
Siirry navigaatioon Siirry hakuun
(→‎Arkisto: aineistonprinttauskoodi lisätty)
(→‎Arkisto: lisätty sähköiset arkistoyksiköt)
Rivi 242: Rivi 242:
== Arkisto ==
== Arkisto ==


{{comment|# |Huom! Sähköiset parcelit ovat vain esimerkkejä ja pitää korvata oikealla datalla.|--[[Käyttäjä:Jouni|Jouni Tuomisto]] ([[Keskustelu käyttäjästä:Jouni|keskustelu]]) 15. heinäkuuta 2016 kello 11.49 (UTC)}}
<t2b name="Arkistoluettelo" index="Sijainti,Numero,Tyyppi,Vuosi,Erittely" obs="Huomautuksia" unit="-">
<t2b name="Arkistoluettelo" index="Sijainti,Numero,Tyyppi,Vuosi,Erittely" obs="Huomautuksia" unit="-">
Neulasen arkisto|1|ko|1995|6.05.01.20; Leikkaus- ja NDEA-injektio-kaav 1/2|
Neulasen arkisto|1|kotelo|1995|6.05.01.20; Leikkaus- ja NDEA-injektio-kaav 1/2|
||||6.05.01.20; Leikkaus- ja NDEA-injektio-kaav 1/2|
||||6.05.01.20; Leikkaus- ja NDEA-injektio-kaav 1/2|
|||1995-1996|6.05.01.22;Rottien punnitus 1/4|
|||1995-1996|6.05.01.22;Rottien punnitus 1/4|
Rivi 259: Rivi 260:
|||1996|6.05.01.22;Plasmat|
|||1996|6.05.01.22;Plasmat|
|||1997|6.05.01.20;TCDD-koe S186 koesuunnitelma|
|||1997|6.05.01.20;TCDD-koe S186 koesuunnitelma|
http://fi.opasnet.org/fi/Tiedosto:TCDD-koe_S186.zip|2|zip-tiedosto|1995-1997|6.05.01; Tuumoripromootiokokeen S186 tiedostot|Koko kokeen hakemisto zipattu. Alunperin N:\YTO\Projects\TCDD\KOKEET\S186 tuumoripromootio
\\helfs01.thl.fi\groups\arkisto_kuopio\YTO\1990-1999\Tuumoripromootio S186|3|hakemisto|1995-1997|6.05.01; Tuumoripromootiokokeen S186 tiedostot|Sama sisältö kuin Opasnettiin zipatussa versiossa.
http://fi.opasnet.org/fi/TCDD-koe_S186|4|Opasnet-sivu|1995-1997|6.05.01; Tuumoripromootiokokeen S186 kuvailutiedot ja arkistoluettelo|Tältä sivulta löytyvät tiedot sarjan arkistoinnista ja materiaalien sijainnista.
</t2b>
</t2b>



Versio 15. heinäkuuta 2016 kello 11.49



Kokeet

Koe S186(-)
ObsKuvausTulos
1KirjaimistoASCII ISO-8859-1
2TiedostomuotoTXT sarkainerotettu (Tab-delimited)
3Sarja numeroS186
4Kuvaileva nimiTuumoripromootio II
5VastuuhenkilöMatti Viluksela
6Koesuunnitelman päiväys27.8.1997(kirjoitettu jälkikäteen)
7Koe-eläinluvan numero???
8AineTCDD (µg/kg)
9Antotapamaissiöljyssä 4 ml/kg sondilla suun kautta (i.g.)
10Altistuspäivä(pvä0)21.11.1995
11Annos0
12Annos0.17
13Annos1.7
14Annos17
15Annos170
16Koe alkaa16.10.1995
17Koe päättyy12.4.1996
18LajiRotta
19KantaHW-MX (Han/Wistar (Kuopio) alakanta, jota käytettiin MX-kokeessa)
20SukupuoliNaaras
21Lukumäärä162
22Ikä kokeen alussa (vko)???
23Luovutusnumero???
24Ryhmät ja lkmryhmät1-22, 4-14eläintä/ryhmä
25Häkkityyppi???
26Eläimiä per häkki???
27Totutusaika (vko)???
28Altistuspäivän ikä???
29Altistajan nimi???
30Lopetus TCDDn annosta (pvä)???
31Annosteluaika (klo)???
32Eläinhuone???
33ValorytmiValot päällä 7.00 - 19.00
34RehuR36-jauherehu
35VesiVapaasti hanavesi
36Lämpötila21 ± 1 °C
37Kosteus50 ± 10 %
38Kokeen idea lyhyestiTutkitaan TCDD: vaikutusta maksafokusten syntyyn indusoiduilla rotilla. Yhteistyö Karolinska Institutetin kanssa.
39Toimenpiteet kokeen aikana-
40Tarvittavat reagenssit ja niiden määrät-
41Original file URLN:\YTO\TCDD\S186 tuumoripromootio\S186_arkisto.xls
42N:\YTO\TCDD\S186 tuumoripromootio\Käsikirjoitus\Table1.doc
43N:\YTO\TCDD\S186 tuumoripromootio\Klimm9909\KTL_S186_controls.xls
44N:\YTO\TCDD\S186 tuumoripromootio\Tumor promotion\GSF\KTL_S186_TCDD.xls
45N:\YTO\TCDD\S186 tuumoripromootio\Klimm9909\KTL_S186_controls_DL.xls
46N:\YTO\TCDD\S186 tuumoripromootio\Tumor promotion\Carcass.xls
47N:\YTO\TCDD\S186 tuumoripromootio\Tumor promotion\Mirconucl

Muuttujat


Arkisto

----#: . Huom! Sähköiset parcelit ovat vain esimerkkejä ja pitää korvata oikealla datalla. --Jouni Tuomisto (keskustelu) 15. heinäkuuta 2016 kello 11.49 (UTC) (type: truth; paradigms: science: comment)

Arkistoluettelo(-)
ObsSijaintiNumeroTyyppiVuosiErittelyHuomautuksia
1Neulasen arkisto1kotelo19956.05.01.20; Leikkaus- ja NDEA-injektio-kaav 1/2
26.05.01.20; Leikkaus- ja NDEA-injektio-kaav 1/2
31995-19966.05.01.22;Rottien punnitus 1/4
41995-19966.05.01.22;Rottien punnitus 2/4
51995-19966.05.01.22;Rottien punnitus 3/4
61995-19966.05.01.22;Rottien punnitus 4/4
71995-19966.05.01.22;Kesken kuolleet rotat
81995-19966.05.01.22;"Seurantarotat, painonseuranta ei piikityksiä
919966.05.01.22;Lopetuskaavakkeet 1/6
1019966.05.01.22;Lopetuskaavakkeet 2/6
1119966.05.01.22;Lopetuskaavakkeet 3/6
1219966.05.01.22;Lopetuskaavakkeet 4/6
1319966.05.01.22;Lopetuskaavakkeet 5/6
1419966.05.01.22;Lopetuskaavakkeet 6/6
1519966.05.01.22;Plasmat
1619976.05.01.20;TCDD-koe S186 koesuunnitelma
17http://fi.opasnet.org/fi/Tiedosto:TCDD-koe_S186.zip2zip-tiedosto1995-19976.05.01; Tuumoripromootiokokeen S186 tiedostotKoko kokeen hakemisto zipattu. Alunperin N:\YTO\Projects\TCDD\KOKEET\S186 tuumoripromootio
18\\helfs01.thl.fi\groups\arkisto_kuopio\YTO\1990-1999\Tuumoripromootio S1863hakemisto1995-19976.05.01; Tuumoripromootiokokeen S186 tiedostotSama sisältö kuin Opasnettiin zipatussa versiossa.
19http://fi.opasnet.org/fi/TCDD-koe_S1864Opasnet-sivu1995-19976.05.01; Tuumoripromootiokokeen S186 kuvailutiedot ja arkistoluetteloTältä sivulta löytyvät tiedot sarjan arkistoinnista ja materiaalien sijainnista.

+ Näytä koodi

Data

{{#opasnet_base_link:Op_fi5537}}


Taulukosta ilmenee kokeiden tulokset.

Voit halutessasi ladata kaiken datan itsellesi käyttäen ilmaista R-ohjelmointikieltä. Asenna tietokoneellesi R-ohjelmisto ja OpasnetUtils-paketti CRAN:ista, käynnistä R ja aja seuraava koodi:

library(OpasnetUtils)
dat <- opbase.data("Op_fi5537") # Page TCDD-koe S186

Histologia

s186/sanelut, patologi Veli-Matti Kosma

Rotta 69, maksa:useita mustia täpliä halkaisijaltaan 0-3 mm,jokaisessa lohkossa pääasiassa pinnallisesti mutta myöskin lohkojen sisällä.

Rotta 70: maksassa korostunut lobulaatio.Oikean lateraalilohkon yläpinnassa noin 1 cm mittainen vaalea ilmeisesti arpijuoste.

Rotta 167:maksassa korostunut lobulaatio. Caudatelohkossa 4 mm halkaisijaltaan oleva vaalea koholla oleva focus. Tämän lisäksi toisessa pikkulohkossa 3 samanlaista, kooltaan 1-2 mm olevaa focusta ja lisäksi oikeassa lateraalilohkossa yksi 1 mm halkaisijaltaan oleva focus. Pienet focukset eivät ole koholla.

Rotta 169:Maksassa oikeassa lateraalilohkossa vaaleita noin 1 mm halkaisijaltaan olevia focuksia ainakin 8 kappaletta. Näistä osa on koholla. Muutamia samanlaisia focuksia myöskin caudatessa ja pikku lohkoissa. Lobulaatio vain lievästi korostunutta.

Rotta 170:Maksassa ei korostunutta lobulaatiota. Kymmenkunta pientä vaalea noin 1 mm halkaisijaltaan olevaa focusta useassa eri lohkossa. Lisäksi caudatelohkossa kaksi noin 2 mm halkaisijaltaan olevaa focusta,jotka ovat koholla. Lisäksi oikean lateraalilohkon sisältä löytyy ainakin yksi 3-4 mm halkaisijaltaan oleva vaalea focus, tämä tuli näytteeksi useaan A ja B leikkeeseen.

Rotta 86: Maksa keltainen. Korostunut lobulaatio. Oikeassa lateraalilohkossa yksi alle 1 mm halkaisijaltaan oleva valkoinen focus, tämä näytteeksi A leikkeen formaliiniin. Muuten ei focuksia näy.

Rotta 87: Maksa suuri, keltainen, korostunut lobulaatio. Lievää hemorrhagiaa siellä täällä. Useita noin 1mm kokoisia vaaleita focuksia useassa lohkossa.

Rotta 88: Maksa keltainen, korostunut lobulaatio. Hemorrhagiaa erityisesti caudatelohkossa. Päälle päin ei näy focuksia.

Rotta 89: Maksa keltainen, ei korostunutta lobulaatiota. Lievää hemorrhagiaa kaikissa lohkoissa. Päälle päin ei näy focuksia.

Rotta 90: Maksa keltainen. Ei korostunutta lobulaatiota. Ei hemorrhagiaa. Muutama minimaalisen pieni, vaaleahko focus oikeassa lateraalilohkossa.

Rotta 11: Maksa normaali. Oikeassa lateraalilohkossa minimaalisen pieni vaalea focus. Tämä lienee tullut näytteeksi formaliiniin.

Rotta 91: Erityisen suuri maksa, keltainen. Rosoinen pinta, lukuisia kirkkaita kystia halkaisijaltaan 0-4 mm kaikissa lohkoissa. Maksa kalpea, rakenne epätasainen.

Rotta 92: Maksa suuri ja kalpea, vain lievästi keltainen. Hemorrhagiaa kaikissa lohkoissa. Pieniä valkoisia focuksia kauttaaltaan kaikissa lohkoissa lukuisia. Kirkkaita kystoja ei ole näkyvissä.

Rotta 93: Maksa suuri, lievästi keltainen ja vaalea. Lievää hemorrhagiaa. Maksan sisällä ainakin yksi noin 4 mm halkaisijaltaan oleva vaalea focus. Rotan vatsaontelosta löytyy vaalea läpinäkyvä matomainen elin, pituudeltaan 7-8 cm, kierteinen. Uterus? Elin löytyy vasemmalta puolelta. Kyseessä näyttäisi oleva uteruksen vasen sarvi, ilmeisesti palassa on myöskin ovario mukana. Tämä otetaan näytteeksi formaliiniin kokonaisuudessaan.

Rotta 94: Maksa suuri, vaalea, keltainen. Pinta rosoinen kauttaaltaan pienehköjä vaaleita tai kellertäviä focuksia erittäin runsaasti. Lievää hemorrhagiaa. Maksan rakenne kiinteä.

Rotta 95: Maksa normaalin näköinen. Ainoat poikkeavat muutokset 3-4 pientä 0,5-2 mm kokoista vaaleaa focusta oikeassa lateraalilohkossa pinnallisesti.

Rotta 173: Muuten normaalin näköinen maksa, mutta erityisesti oikeassa lateraalilohkossa nähtävissä muutama vaalea halkaisijaltaan 0,5-2 mm kokoinen focus. Leikkauspinnalta löytyy myös muista lohkoista vaaleita noduksia add 3 mm halkaisijaltaan.

Rotta 174: Maksa muuten normaali, mutta ainakin kaksi pientä noin 1 mm kokoista nodulusta pinnallisesti nähtävissä.

Rotta 71: Maksa normaali, paitsi oikeasta lateraalilohkosta alapinnalta löytyy pyöreähkö vaalea noin 1,5 mm halkaisijaltaan oleva kohta, joka on todennäköisesti noduuli tai vanhan traa??? arpikudosta.

Rotta 72: Vatsaontelon rasvakudoksen joukosta löytyi litteä, kapeahko kiinteä möykky, josta osa rakenteesta näytti lähinnä imusolmukkeelta. Möykky on vaalea ja melko läpikuultava.

Rotta 81: Maksa suurentunut. Melko voimakasta hemorrhagiaa kaikissa lohkoissa .

Rotta 82: Suuri maksa. Erittäin voimakas hemorrhagia kaikissa lohkoissa, selvästi voimakkaampi kuin edellinen rotta 81.

Rotta 83: Suuri maksa, voimakas hemorrhagia.

Rotta 84: Suuri maksa, keltainen, jonkin verran hemorrhagiaa, mutta ei joka lohkossa. Isosta yhtenäisestä lohkosta leikkausviillosta sattumalöydöksenä noin 1 mm halkaisijaltaan oleva vaalea noduuli. Tämä formaliiniin näytteeksi.

Rotta 95: Suurentunut maksa. Lievä hemorrhagia. Lievästi keltainen.

Rotta 142: maksa normaali, mutta ison kaksijakoisen lohkon yläpinnalla noin 5x8x3 mm kokoinen normaalilta maksakudokselta näyttävä ylimääräinen nysty. Sen yläpinta ollut kiinni palleassa. Tämä otetaan kokonaisuudessaan näytteeksi formaliiniin.

Katso myös

TCDD-kokeet
Hankkeen nimi Kuvaus Kokeet
Kokeiden luettelo Luettelo TCDD-projektin tekemistä kokeista (ns. S-sarjat) löytyy englanninkielisestä Opasnetistä. Kaikki
Motiliteetti Vaikuttaako TCDD eläinten motiliteettiin eli liikkumiskäyttäytymiseen? Miten? Asiaa tutkittiin häkin pohjalla olevalla kosketusherkällä levyllä useiden vuorokausien seurannassa.

S36 · S40 · S117

Aivoleesiot ja syöminen Miten aivojen syömiskeskusten manipulointi vaikuttaa TCDD:n aiheuttamaan syömisen vähenemiseen ja näivetysoireyhtymään? Asiaa tutkittiin tekemällä pieniä vaurioita hypotalamuksen tumakkeisiin.

S78 · S84 · S106 · S125 · S128 · S141 · S144 · S151 · S174 · S196 · Valjakka et al.

Tuumoripromootio Onko TCDD initiaattori vai promoottori syövän aiheuttajana? Asiaa tutkittiin antamalla rotille maksimi-initiaatio syöpää aiheuttavia tekijöitä maksaan ja sitten seurattiin TCDD:n vaikutusta maksasyövän ilmaantumiseen 6 kk:n aikana. S186
Dioksiinien annosvaste Millaisia annosvasteita dioksiineilla on erilaisille vasteille Han/Wistar- ja Long-Evans-rottakannoilla? Ovatko eri johdokset keskenään samanlaisia toksisuusekvivalentteina mitattuna? Asiaa tutkittiin tekemällä annosvastekokeita useilla eri johdoksilla.

S62 · S64 · S83 · S87 · S137 · S149 · S192 · S217, S217b, S226, S227, S228

Suklaakokeet Miten erilaiset ruoka-aineet muokkaavat TCDD:n aiheuttamia muutoksia syömiskäyttäytymisessä? Liittyykö TCDD-vaikutus erityisesti johonkin ravintoaineeseen kuten proteiiniin, rasvaan tai hiilihydraatteihin? Asiaa tutkittiin useissa kokeissa, joissa TCDD-altistetuille rotille annettiin syötäväksi muutakin kuin perusrehua. Usein se oli suklaata, koska se kelpasi rotille ja oli helppo mitata tarkasti.

S113 · S239 · S240 · S243 · S250 · S251‎ · S252‎ · S253‎ · S254 · S261, S262, S264 · S263‎ · S269‎ · S270‎ · S273 · S276 · S278‎ · S280‎

Letkuruokinta Estääkö letkuruokinta näivetysoireyhtymää? Näin voisi olla, jos näivetysoireyhtymä on ensisijaisesti syömiskäyttäytymisen muutos ja haitat johtuvat energianpuutteesta. Asiaa tutkittiin antamalla rotille ravintoa mahaletkun kautta korvaamaan vähentynyttä syöntiä.

S37 · S41 · S49 · S88 · S109 · S118 · S124 · S131 · S188 · S191

Altistusreitin vaikutus Jos TCDD vaikuttaa keskushermostoon ruokahalua säädellen, onko vaikutus voimakkaampi suoraan aivokammioon annettuna?

S132

Leptiini Miten TCDD vaikuttaa ruokahalun säätelyyn ob-hiirillä tai Zucker-rotilla, jotka ovat geneettisesti lihavia? Ob-hiiriltä puuttuu ruokahalua hillitsevä leptiinihormoni. Miten leptiini muokkaa TCDD-annosvastetta? Entä muuttaako TCDD-altistus leptiinisäätelyä L-E- tai H/W-rotilla?

S164 · S183 · S213 · ZUCKER

Risteytyskoe Han/Wistar-rotat kestävät erityisen paljon TCDD:tä johtuen kahdesta mutaatiosta, kun taas Long-Evans rotilla ei ole kumpaakaan ja ne ovat siksi herkkiä. Toinen on AH-reseptorissa ja toinen tuntemattomassa B-geenissä. Nämä muuttuneet alleelit risteytettiin kahteen uuteen A- ja B-rottakantaan. Lisäksi jalostettiin C-kanta, jossa ei ole muuttuneita alleeleja.

S187 · S201 · S206 · S209 · S212 · S215 · S216 · S223 · S229 · S230 · S236 · S238 · S242 · S248 · S260 · S275 · S284 · S392 · Risteytyskoe 1988

Biliverdiini Tutkimuksen alkusysäyksenä oli havainto, että B-kannan rotilla voi esiintyä vakavaa tumman pigmentin kertymistä maksaan. Tämä osoittautui biliverdiiniksi ja sen johdoksiksi. Miten TCDD vaikuttaa bilirubiini- ja biliverdiinimetaboliaan? Missä metaboliaketjun vaiheessa häiriö ilmenee, ja miten rottien genetiikka vaikuttaa ilmiön syntymiseen?

S256 · S266 · S271 · S279 · S311 · S324 · S325 · S326 · S349

Kestävyys ja sen kehitys Miten TCDD-kestävyys kehittyy rotanpennuilla? Entä miten se vaikuttaa sukupuolielimistöön?

S222 · S224 · S241 · S246 · S259 · S267 · S277 · S282 · S289 · S292

Insuliini ja glukoosi TCDD aiheuttaa rotilla lisääntynyttä herkkyyttä insuliinille ja hypoglykemiaa. Lisäksi glukoneogeneesi eli sokerin valmistaminen proteiineista on vähentynyt. Selittääkö tämän näivetysoireyhtymää? Insuliinin ja glukoosin roolia tutkittiin näillä kokeilla.

S72 · S172 · S178

Rasvahapot TCDD aiheuttaa rotilla näivetysoireyhtymän eli ruumiinpainon säätötaso laskee pysyvästi. Samalla rottien rasvakudos vähenee. Onko tällä ilmiöllä vaikutusta eri rasvahappojen suhteisiin eri elimissä ja onko sillä kokonaisuuden kannalta merkitystä? Näissä kokeissa mitattiin rasvahappopitoisuuksia maksasta, plasmasta ja rasvakudoksesta TCDD-herkillä ja -kestävillä rotilla.

S158 · S168