TCDD-koe rasvahapot

Tämä sivu on tutkimus. Sivutunniste: Op_fi5542
Moderaattori:Pauli (katso kaikki) Sivun edistymistä ei ole arvioitu. Arvostuksen määrää ei ole arvioitu (ks. peer review).
Lisää dataa {{#opasnet_base_link:Op_fi5542}}

Rasvahappo-kokeiden paperit ovat TCDD-koe dioksiinien annosvasteen laatikossa.

Kokeet

S158-kokeessa oli ideana tutkia TCDD:n vaikutusta eri rasvahappojen pitoisuuksiin herkällä Long-Evans-rottakannalla eri aikapisteissä. (Oliko mukana lainkaan kestävää Han/Wistar-kantaa?) Lopetuksessa otettiin näytteeksi maksaa, plasmaa ja varastorasvaa (epäselvää, mistä kohdasta, ehkä ihon alta). Näytteet analysoitiin siten, että ensin näyte eroteltiin eri fraktioihin (eli luokkiin kuten triglyserideihin ja vapaisiin rasvahappoihin; joskus fraktion näytettä kutsutaan myös nimellä täplä). Sen jälkeen täplään lisättiin vakiomäärä standardina käytettyä 19:0-rasvahappoa. Näyte ajettiin menetelmällä, joka erotteli eri rasvahapot toisistaan, ja näistä mitattiin signaalipiikin pinta-ala. Tämä data tallennettiin Opasnet-kantaan jatkoanalyysejä varten.

Piikin pinta-ala suhteutetaan standardiin, jolloin saadaan kunkin rasvahapon määrä täplässä, ja kun tämä jaetaan näytteen määrällä, saadaan pitoisuus kudoksessa ja tietyssä fraktiossa. Näistä summaamalla voidaan laskea tietyn rasvahapon kokonaispitoisuus kudoksessa tai tietyn rasvahappofraktion pitoisuus kudoksessa.

Kokeiden S158 ja S168 koesuunnitelmat puuttuvat.

Ohjeita data-analyysiin

Tässä selitetään, kuinka kokeet S158, S168 ja S237 valmistellaan arkistointiin. S158:ssa on paljon dataa ja se on melko hankalassa muodossa.

S158

..\TCDD\JouninPre1999\S158 Rasvahapot sisältää seuraavat arkistoitavat tiedostot:

• S158 Maksa.xls: muokattu ja lähes arkistomuodossa oleva uusin versio. Tämä on tuotettu aiemmista versioista:
  • S158Maksa Jounin.xls: välivaiheen tiedosto
  • Maksa Jounin.xls: edellinen välivaiheen tiedosto
  • S158Maksa.xls: alkuperäinen Merja Suutarilta saatu tiedosto. Sisältää rottien maksanäytteistä tehdyt rasvahappomääritykset.
• S158Plasma.xls: alkuperäinen Merja Suutarilta saatu tiedosto. Sisältää rottien plasmasta tehdyt rasvahappomääritykset. Pitää muokata arkistokuntoon alla olevan ohjeen mukaan.
• S158Varastorasva.xls: alkuperäinen Merja Suutarilta saatu tiedosto. Sisältää rottien varastorasvasta (subkutaanisesta rasvasta?) tehdyt rasvahappomääritykset. Pitää muokata arkistokuntoon alla olevan ohjeen mukaan.

S158 Maksa.xls sisältää seuraavat välilehdet:

• Fraktiot: Määritykset fraktioittain eli luokittain. Tallennetaan datat Opasnet-kantaan tauluun Maksafraktiot.
• Totaalit: Määritykset niin, ettei fraktioita ole eroteltu vaan kaikki ovat samassa näytteessä. Tallennetaan datat Opasnet-tauluun Maksatotaalit. Huomaa, että tässä datassa on myös sarakkeet Stdmg ja Näyteg, jotka puuttuvat fraktiodatasta.
• Kertoimet: Rasvahappojen retentioajat ja kertoimet analyysissä (näiden täsmällinen merkitys on epäselvä, mutta niitä ei tarvita laskennassa). Nämä kirjataan tälle Opasnetin sivulle taulukoksi (prettytable). Ulkoasua voisi miettiä tähän järkevämmäksi.
• Numerot: Näytteiden tunnistetiedot yhdessä taulukossa. Tallentuvat datan mukana joten ei tarvitse tallentaa erikseen. Nämä tiedot täytyy kopioida jokaiseen datatauluun.

Sarakkeiden selitykset:

• Näyte: Mitä kudosta näyte on?
• Rotta: Rotan numero
• Aika: Näytteenottoaika TCDD-altistuksesta (pv)
• Annos: TCDD-annos (ug/kg). Tiedostoissa on käytetty myös merkintöjä c = kontrolli = annos 0 ug/kg ja RF tai PF = rajoitettu ruokinta
• Luokka: Mistä fraktiosta rasvahapot on eristetty: SE steroliesterit (?), TG trigyseridit, FFA vapaat rasvahapot, DG diglyseridit, PL fosfolipidit,
• Luku?: Jokin tekninen luku, joka on joka rotalla omansa. Luultavasti Merjan oma numerointi rotille.
• Sarja: Näytteet määritettiin kuudessa eri erässä eli sarjassa. Jokaisessa sarjassa oli eläimiä jokaisesta ryhmästä, jotta mahdollinen sarjojen välinen vaihtelu ei aiheuta systemaattista virhettä.
• Täplä: juokseva numero täplälle, jossa jokaisesta fraktiosta (luokasta) tullut jokainen rasvahappo on eristety omaksi täpläkseen määrän mittaamista varten.
• Rasvahappo: rasvahapon kemiallinen rakenne eli hiilien määrä ja kaksoissidosten määrä: 14:0, 16:0, 16:1/1, 16:1/2, 18:0, 18:1/1, 18:1/2, 18:2, 18:3/1, 18:3/2, 20:2, 20:3, 20:4, 20:5, 22:5, 22:6. Jos eri isomeerit erottuvat eri täplikseen, nämä on numeroitu /1 ja /2.
• StdAla tai Standardi: standardirasvahapon (19:0) ala mittauksessa.
• Fraktion suht. määrä tai Suht.os.: kaikkien rasvahappojen suhteellinen määrä yhteensä. Johdettu tieto, ei arkistoida.
• Stdmg: Standardin määrä näytteessä (mg)
• Näyteg: Kudosnäytteen määrä (g kuiva-ainetta)
• Lipidit näytteessä mg/g ka tai Rasvaa (mg/g ka): Lipidin määrä näytteessä kuiva-ainetta kohti (mg/g ka). Laskukaava: rasvahapponäytteen ala / standardin ala * standardin määrä / näytteen määrä.
• Osuus näytteen rasvahapoista (kaikki rasvahapot yhteensä = 1): Johdettu tieto, ei arkistoida.
• Rasvahapon määrä mg/g ka.: Johdettu tieto, ei arkistoida.

S158Plasma.xls muokataan arkistomuotoon seuraavasti:

• Arkistodata on csv-muotoinen tiedosto, jossa on seuraavat sarakkeet: Näyte, Rotta, Aika, Annos, Luokka, Sarja, sen jälkeen joka rasvahapolle omansa (14:0..20:4 ja viimeisenä standardi 19:0 nimellä StdAla), Stdmg, Näytemg.
• Data löytyy välilehtistä SARJA1..SARJA6. Muut välilehdet eivät sisällä tarpeellista tietoa. Eläinten numeroita ei kerrota vaan ne pitää etsiä S158 Maksa.xls -tiedoston välilehdeltä Numerot. Sarja + näytteenottopäivä (pv) + annos yksilöi rotan yksiselitteisesti.
• Varsinainen data on sarakkeissa C..N (N-sarakkeessa on standardiyhdiste 19:0).
• Sen lisäksi standardin määrä on piilotettu ja se pitää hakea kaavasta sarakkeesta AD (se on se luku kaavassa). Huom: määrä voi vaihdella eri riveillä. Tälle luvulle tehdään oma sarake arkistodataan nimelle Stdmg.
• Näytteen määrä löytyy kaavasta sarakkeesta AQ totaali-rivien kohdalta, esim. näytteen Sarja1, pv1, annos c osalta solusta AQ10. Tälle tiedolle tehdään oma sarake arkistodataan nimelle Näyteg.
• Datassa sininen rivi totaali tallennetaan, ja Luokan kohdalle kirjoitetaan Totaali. Sen sijaan sitä seuraava rivi (esim. rivi 11) sisältää vain laskentaa ja se poistetaan. Samoin seuraava tyhjä rivi (esim rivi 12) poistetaan.

S158Varastorasva.xls muokataan arkistomuotoon seuraavasti:

• Välilehti näytteen massa: Ilmeisesti näyte on punnittu Kimax-putkessa siten, että ensin on punnittu pelkkä putki (solut A2..G15), sitten tuoreen näytteen kanssa (A18..G31) ja lopuksi kuivattu näyte ja punnittu kolmannen kerran (A33..G44). A-sarake+sarja yksilöi rotan, vaikkei tunnistenumeroita ole käytetty.
• Lisäksi näköjään viiden rotan näytteet on punnittu uudestaan (J3..N44). Molemmat tiedot tallennetaan, mutta laskennassa on käytettävä uusintapunnituksen tuloksia (excelistä löytyy maininta: "HUOM: käytä uusintapunnituksen tuloksia"). HUOM! Sarakkeessa BG on tieto "Kuivapaino", mutta siinä on kyllä putken paino mukana eli laskennassa on varmaankin virhe. Lisäksi uusintapunnituksen tuloksia ei käytetä, eli siinä on kaksi virhettä.
• Välilehti Rasvakudos - totaalirasvahappo: Varastorasvan osalta fraktioita ei ole erikseen määritetty ilmeisesti siksi, että lähes kaikki rasva kuuluu TG-luokkaan eli fraktioon eli on varastoitu triglyserideinä. Data löytyy soluista A1..T77.
• Stdmg-tieto löytyy kaavasta lukuna sarakkeesta AO. Sille tehdään oma sarake arkistodataan.
• Näytemassadata lisätään näytteen massa -välilehdeltä samaan taulukkoon kuin muutkin tulokset seuraaviin sarakkeisiin: Kimax_putki, Kimax_märkänäyte, Kimax_kuivanäyte, Kimax_putki_uusinta, Kimax_märkänäyte_uusinta ja Kimax_kuivanäyte_uusinta. Kolmeen viimeiseen sarakkeeseen tulee tietysti useimpiin kohtiin tyhjä tieto.

Katso myös

TCDD-kokeet

Hankkeen nimi	Kuvaus	Kokeet
Kokeiden luettelo	Luettelo TCDD-projektin tekemistä kokeista (ns. S-sarjat) löytyy englanninkielisestä Opasnetistä.	Kaikki
Motiliteetti	Vaikuttaako TCDD eläinten motiliteettiin eli liikkumiskäyttäytymiseen? Miten? Asiaa tutkittiin häkin pohjalla olevalla kosketusherkällä levyllä useiden vuorokausien seurannassa.	S36 · S40 · S117
Aivoleesiot ja syöminen	Miten aivojen syömiskeskusten manipulointi vaikuttaa TCDD:n aiheuttamaan syömisen vähenemiseen ja näivetysoireyhtymään? Asiaa tutkittiin tekemällä pieniä vaurioita hypotalamuksen tumakkeisiin.	S78 · S84 · S106 · S125 · S128 · S141 · S144 · S151 · S174 · S196 · Valjakka et al.
Tuumoripromootio	Onko TCDD initiaattori vai promoottori syövän aiheuttajana? Asiaa tutkittiin antamalla rotille maksimi-initiaatio syöpää aiheuttavia tekijöitä maksaan ja sitten seurattiin TCDD:n vaikutusta maksasyövän ilmaantumiseen 6 kk:n aikana.	S186
Dioksiinien annosvaste	Millaisia annosvasteita dioksiineilla on erilaisille vasteille Han/Wistar- ja Long-Evans-rottakannoilla? Ovatko eri johdokset keskenään samanlaisia toksisuusekvivalentteina mitattuna? Asiaa tutkittiin tekemällä annosvastekokeita useilla eri johdoksilla.	S62 · S64 · S83 · S87 · S137 · S149 · S192 · S217, S217b, S226, S227, S228
Suklaakokeet	Miten erilaiset ruoka-aineet muokkaavat TCDD:n aiheuttamia muutoksia syömiskäyttäytymisessä? Liittyykö TCDD-vaikutus erityisesti johonkin ravintoaineeseen kuten proteiiniin, rasvaan tai hiilihydraatteihin? Asiaa tutkittiin useissa kokeissa, joissa TCDD-altistetuille rotille annettiin syötäväksi muutakin kuin perusrehua. Usein se oli suklaata, koska se kelpasi rotille ja oli helppo mitata tarkasti.	S113 · S239 · S240 · S243 · S250 · S251‎ · S252‎ · S253‎ · S254 · S261, S262, S264 · S263‎ · S269‎ · S270‎ · S273 · S276 · S278‎ · S280‎
Letkuruokinta	Estääkö letkuruokinta näivetysoireyhtymää? Näin voisi olla, jos näivetysoireyhtymä on ensisijaisesti syömiskäyttäytymisen muutos ja haitat johtuvat energianpuutteesta. Asiaa tutkittiin antamalla rotille ravintoa mahaletkun kautta korvaamaan vähentynyttä syöntiä.	S37 · S41 · S49 · S88 · S109 · S118 · S124 · S131 · S188 · S191
Altistusreitin vaikutus	Jos TCDD vaikuttaa keskushermostoon ruokahalua säädellen, onko vaikutus voimakkaampi suoraan aivokammioon annettuna?	S132
Leptiini	Miten TCDD vaikuttaa ruokahalun säätelyyn ob-hiirillä tai Zucker-rotilla, jotka ovat geneettisesti lihavia? Ob-hiiriltä puuttuu ruokahalua hillitsevä leptiinihormoni. Miten leptiini muokkaa TCDD-annosvastetta? Entä muuttaako TCDD-altistus leptiinisäätelyä L-E- tai H/W-rotilla?	S164 · S183 · S213 · ZUCKER
Risteytyskoe	Han/Wistar-rotat kestävät erityisen paljon TCDD:tä johtuen kahdesta mutaatiosta, kun taas Long-Evans rotilla ei ole kumpaakaan ja ne ovat siksi herkkiä. Toinen on AH-reseptorissa ja toinen tuntemattomassa B-geenissä. Nämä muuttuneet alleelit risteytettiin kahteen uuteen A- ja B-rottakantaan. Lisäksi jalostettiin C-kanta, jossa ei ole muuttuneita alleeleja.	S187 · S201 · S206 · S209 · S212 · S215 · S216 · S223 · S229 · S230 · S236 · S238 · S242 · S248 · S260 · S275 · S284 · S392 · Risteytyskoe 1988
Biliverdiini	Tutkimuksen alkusysäyksenä oli havainto, että B-kannan rotilla voi esiintyä vakavaa tumman pigmentin kertymistä maksaan. Tämä osoittautui biliverdiiniksi ja sen johdoksiksi. Miten TCDD vaikuttaa bilirubiini- ja biliverdiinimetaboliaan? Missä metaboliaketjun vaiheessa häiriö ilmenee, ja miten rottien genetiikka vaikuttaa ilmiön syntymiseen?	S256 · S266 · S271 · S279 · S311 · S324 · S325 · S326 · S349
Kestävyys ja sen kehitys	Miten TCDD-kestävyys kehittyy rotanpennuilla? Entä miten se vaikuttaa sukupuolielimistöön?	S222 · S224 · S241 · S246 · S259 · S267 · S277 · S282 · S289 · S292
Insuliini ja glukoosi	TCDD aiheuttaa rotilla lisääntynyttä herkkyyttä insuliinille ja hypoglykemiaa. Lisäksi glukoneogeneesi eli sokerin valmistaminen proteiineista on vähentynyt. Selittääkö tämän näivetysoireyhtymää? Insuliinin ja glukoosin roolia tutkittiin näillä kokeilla.	S72 · S172 · S178
Rasvahapot	TCDD aiheuttaa rotilla näivetysoireyhtymän eli ruumiinpainon säätötaso laskee pysyvästi. Samalla rottien rasvakudos vähenee. Onko tällä ilmiöllä vaikutusta eri rasvahappojen suhteisiin eri elimissä ja onko sillä kokonaisuuden kannalta merkitystä? Näissä kokeissa mitattiin rasvahappopitoisuuksia maksasta, plasmasta ja rasvakudoksesta TCDD-herkillä ja -kestävillä rotilla.	S158 · S168