Ero sivun ”Epidemiologinen malli” versioiden välillä
p (→Laskenta) |
Ei muokkausyhteenvetoa |
||
Rivi 1: | Rivi 1: | ||
{{ | {{metodi|moderaattori=Jouni|edistyminen=Täysluonnos|edistymistaulu=Kyllä}} | ||
[[op_en:Epidemiological_modelling]] | [[op_en:Epidemiological_modelling]] | ||
Rivi 9: | Rivi 9: | ||
* Vakava pneumokokkitauti tarkoittaa invasiivista, veriviljelyllä varmennettua pneumokokkitautia (ks. [[Vertailuperusteet|vertailuperusteet]]). | * Vakava pneumokokkitauti tarkoittaa invasiivista, veriviljelyllä varmennettua pneumokokkitautia (ks. [[Vertailuperusteet|vertailuperusteet]]). | ||
* Arvioidaan tautitapausten vuosittainen määrä kaikissa ikäryhmissä. | * Arvioidaan tautitapausten vuosittainen määrä kaikissa ikäryhmissä. | ||
* Rokotuskattavuus, rokotteen | * Rokotuskattavuus, rokotteen teho ja aika rokotusten aloittamisesta ovat riittävät, jotta rokoteserotyyppien nielukantajuus ja tauti häviävät. | ||
* Oletetaan, että rokoteserotyyppien nielukantajuus korvautuu täysin muilla pneumokokin serotyypeillä, joiden taudinaiheuttamiskyky säilyy ennallaan. | * Oletetaan, että rokoteserotyyppien nielukantajuus korvautuu täysin muilla pneumokokin serotyypeillä, joiden taudinaiheuttamiskyky säilyy ennallaan. | ||
:{{attack|# |Nämä bulletit ovat asioita, jotka löytyvät jo perusteluista. Ne voisi kenties poistaa tästä?|--[[Käyttäjä:Heta|Heta]] ([[Keskustelu käyttäjästä:Heta|keskustelu]]) 16. heinäkuuta 2014 kello 08.29 (UTC)}} | |||
== Vastaus == | == Vastaus == | ||
Rivi 16: | Rivi 17: | ||
Ennuste vakavien pneumokokkitautitapausten vuosittaisesta määrästä ikäluokittain | Ennuste vakavien pneumokokkitautitapausten vuosittaisesta määrästä ikäluokittain | ||
lasketaan laskennallisen mallin avulla (ks. 'Perustelut' alla). Tässä vaiheessa ennuste koskee veriviljelypositiivista vakavaa pneumokokkitautia (invasive pneumococcal disease, IPD). | lasketaan laskennallisen mallin avulla (ks. 'Perustelut' alla). Tässä vaiheessa ennuste koskee veriviljelypositiivista vakavaa pneumokokkitautia (invasive pneumococcal disease, IPD). | ||
=== Laskenta === | === Laskenta === | ||
Rivi 42: | Rivi 24: | ||
{{attack|# |Malli ilmeisesti olettaa rokotteelle 100-prosenttisen tehon, siis että rokotteen saaneet eivät voi tautia saada. Minusta rokotteen turvallisuudesta näkemyksiä kaivaessani vastaan tuli jonkun viranomaisen sanomana, että rokote ei kuitenkaan ole ihan näin tehokas. Jos tuo oikea teho tiedetään, niin eikö laskenta pitäisi tehdä sillä, eikä oletuksella, että se toimii kaikilla täydellisest?|--[[Käyttäjä:Heta|Heta]] ([[Keskustelu käyttäjästä:Heta|keskustelu]]) 16. heinäkuuta 2014 kello 07.29 (UTC)}} | {{attack|# |Malli ilmeisesti olettaa rokotteelle 100-prosenttisen tehon, siis että rokotteen saaneet eivät voi tautia saada. Minusta rokotteen turvallisuudesta näkemyksiä kaivaessani vastaan tuli jonkun viranomaisen sanomana, että rokote ei kuitenkaan ole ihan näin tehokas. Jos tuo oikea teho tiedetään, niin eikö laskenta pitäisi tehdä sillä, eikä oletuksella, että se toimii kaikilla täydellisest?|--[[Käyttäjä:Heta|Heta]] ([[Keskustelu käyttäjästä:Heta|keskustelu]]) 16. heinäkuuta 2014 kello 07.29 (UTC)}} | ||
Rivi 268: | Rivi 249: | ||
</rcode> | </rcode> | ||
== Perustelut == | |||
Pneumokokkitaudin rokotusten jälkeinen [[tautitaakka]] arvioidaan nielukantajuuden laskennallisen korvautumismallin <ref name="optimal"> Nurhonen M, Auranen K (2014) Optimal Serotype Compositions for Pneumococcal Conjugate Vaccination under Serotype Replacement. PLoS Computational Biology 10(2): e1003477. [http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1003477]</ref> avulla. Mallissa rokoteserotyyppien nielukantajuus häviää vähitellen rokotusohjelman kohdeväestöstä sekä rokotetun että rokottamattoman väestönosan keskuudessa. Samalla rokotetyyppien nielukantajuus korvautuu ei-rokotetyyppien kantajuudella. Tämän korvautumisen seuraukset voidaan laskea ennen rokotuksia vallinneiden serotyyppikohtaisten nielukantajuusosuuksien ja tautimäärien perusteella. Mallissa oletetaan, että rokoteserotyyppien nielunkantajuus korvautuu täysin ei-rokotetyyppien kantajuudella rokotteen saamimsen jälkeen. | |||
Korvautumisen seuraukset riippuvat oleellisesti kahdesta mallissa hyödynnetystä oletuksesta | |||
# Rokotteeseen kuulumattomien serotyyppien nielukantajuusosuudet toisiinsa verrattuina eivät muutu rokotuksen vaikutuksesta | |||
# Rokotuksella ei ole vaikutusta yksittäisten serotyyppien taudinaiheuttamiskykyyn | |||
Rokottamisen vaikutus tautimäärään lasketaan nielukantajuuden muutosten kautta ja korvautuminen pneumokokkiserotyyppien nielukantajuudessa heijastuu suoraan muutoksena niiden aiheuttamissa tautimäärissä. Rokotusten vaikutus kokonaistautitaakkaan riippuu oleellisesti rokoteserotyyppien taudinaiheuttamiskyvystä verrattuna muiden serotyyppien taudinaiheuttamiskykyyn. Joidenkin serotyyppien kohdalla tarkastellaan kuitenkin myös vaihtoehtoista oletusta, jossa rokote voi vähentää serotyypin aiheuttaman taudin esiintymistä rokotettujen keskuudessa ilman vaikutusta nielukantajuuteen. Pneumokokkien aiheuttama vuosittainen tautimäärä arvioidaan kaikissa ikäryhmissä. | |||
Mallissa keskitytään tarkastelemaan vakavia eli invasiivisia, veriviljelyllä varmennettua pneumokokkitautia (ks. [[Vertailuperusteet|vertailuperusteet]]). Nämä syntyvät bakteerien päästessä elimistön muuten steriileille alueille vereen, selkäydinnesteeseen tai aivoihin, joissa ne aiheuttavat bakteremiaa ja aivokalvontulehdusta. Pneumokokkien aiheuttamat välikorvan tulehdukset ja keuhkokuumeet jäävät vähemmälle huomiolle. | |||
=== Korvautuminen === | |||
[[Korvautuminen]] on ilmiö, jossa rokotusten hävittämät pneumokokkiserotyypit korvautuvat väestössä osittain muilla serotyypeillä. Tällöin pneumokokkien kokonaismäärä ei vähene väestössä niin paljon kuin rokoteserotyyppien yleisyys antaisi olettaa. Ilmiötä on tarkemmin kuvattu [[korvautuminen|omalla sivullaan]]. | |||
<br> <br> | |||
[[File:Model_kuva_simplified2.jpg|thumb|center|600px|'''Kuva 1. Korvautumismallin periaate.''' | |||
Pneumokokin nielukantajuus (carriage, x-akseli) ja sairastumistapaukset kantajuusepisodia kohden (case-to-carrier ratio, y-akseli) rokotteen serotyypeille (VT) ja serotyypeille joihin rokote ei vaikuta (NVT) ennen rokotusohjelmaa (kuva A) ja sen jälkeen (kuva A). Sairastumistapaukset (DVT ja DNVT) on saatu kertomalla akseleiden arvot ja ne vastaavat kuvaajassa suorakulmion muotoisia alueita. Rokottamisen vaikutuksesta rokoteserotyyppien nielukantajuus häviää ja korvautuu muiden serotyyppien kantajuudella (kuva B). Tautitapausten määrä laskee hävinneen ja korvaavan nielukantajuuden sairastuttavuuden (RVT ja RNVT) eroavuuden vuoksi. Tautihäviämä on (kuva B) merkitty sinisellä suorakulmiolla.]] | |||
=== Funktioiden alustus === | === Funktioiden alustus === |
Versio 16. heinäkuuta 2014 kello 08.29
Edistymisluokitus |
---|
Opasnetissa lukuisat sivut ovat työn alla eri vaiheissa. Niiden tietosisältöön pitää siis suhtautua harkiten. Tämän sivun sisällön edistyminen on arvioitu:
|
Moderaattori:Jouni (katso kaikki)
Sivun edistyminen: Täysluonnos. Arvostuksen määrää ei ole arvioitu (ks. peer review). |
Lisää dataa
|
Kysymys
Miten arvioidaan vakavan pneumokokkitaudin tautitaakka tilanteessa, jossa kansallisessa rokotusohjelmassa on jo vuodesta 2010 lähtien käytetty pikkulapsille tiettyjä rokoteserotyyppejä sisältävää konjugaattirokotetta?
- Vakava pneumokokkitauti tarkoittaa invasiivista, veriviljelyllä varmennettua pneumokokkitautia (ks. vertailuperusteet).
- Arvioidaan tautitapausten vuosittainen määrä kaikissa ikäryhmissä.
- Rokotuskattavuus, rokotteen teho ja aika rokotusten aloittamisesta ovat riittävät, jotta rokoteserotyyppien nielukantajuus ja tauti häviävät.
- Oletetaan, että rokoteserotyyppien nielukantajuus korvautuu täysin muilla pneumokokin serotyypeillä, joiden taudinaiheuttamiskyky säilyy ennallaan.
- ⇤--#: . Nämä bulletit ovat asioita, jotka löytyvät jo perusteluista. Ne voisi kenties poistaa tästä? --Heta (keskustelu) 16. heinäkuuta 2014 kello 08.29 (UTC) (type: truth; paradigms: science: attack)
Vastaus
Ennuste vakavien pneumokokkitautitapausten vuosittaisesta määrästä ikäluokittain lasketaan laskennallisen mallin avulla (ks. 'Perustelut' alla). Tässä vaiheessa ennuste koskee veriviljelypositiivista vakavaa pneumokokkitautia (invasive pneumococcal disease, IPD).
Laskenta
Seuraava ohjelma havainnollistaa korvautumismallia. Ohjelmassa voidaan verrata keskenään rokotteita PCV10 ja PCV13. Lisäksi mukana vertailussa voi olla käyttäjän valitsemat serotyypit sisältävä pneumokokkirokote sekä tilanne, jossa ei rokoteta. Tuloksena esitetään mallin mukainen vakavien pneumokokkitautitapausten lukumäärä Suomessa vuosittain ensin serotyyppikohtaisesti ja sen jälkeen erikseen ikäluokissa <5 vuotta ja 5+ vuotta. Ohjelmakoodi perustuu viitteen [1] liitetiedostoon S1. ----#: . Tämän ohjelmakoodin tarjoamia valintavaihtoehtoja tullaan laajentamaan siten, että osalle serotyypeistä voidaan rokotteen olettaa antavan osittaisen suojan tautia vastaan ilman vaikutusta nielukantajuuteen. --Markku N. (keskustelu) 27. kesäkuuta 2014 kello 10.12 (UTC) (type: truth; paradigms: science: comment)
⇤--#: . Malli ilmeisesti olettaa rokotteelle 100-prosenttisen tehon, siis että rokotteen saaneet eivät voi tautia saada. Minusta rokotteen turvallisuudesta näkemyksiä kaivaessani vastaan tuli jonkun viranomaisen sanomana, että rokote ei kuitenkaan ole ihan näin tehokas. Jos tuo oikea teho tiedetään, niin eikö laskenta pitäisi tehdä sillä, eikä oletuksella, että se toimii kaikilla täydellisest? --Heta (keskustelu) 16. heinäkuuta 2014 kello 07.29 (UTC) (type: truth; paradigms: science: attack)
Ohje käyttäjälle: Voit verrata eri rokotteita keskenään tai rokotetta/rokotteita tilanteeseen, jossa ei rokoteta lainkaan. Valitse ensin vertailuun haluamasi rokotteet. PCV10, PCV13 ja 'Ei rokoteta'-skenaario voi tehdä suoravalintana. Sen lisäksi voit tarkastella myös rokotetta, johon itse valitset haluamasi serotyypit. Valintojen jälkeen klikkaa painiketta "Aja koodi". Tulokset lasketaan erilliselle välilehdelle.
Perustelut
Pneumokokkitaudin rokotusten jälkeinen tautitaakka arvioidaan nielukantajuuden laskennallisen korvautumismallin [1] avulla. Mallissa rokoteserotyyppien nielukantajuus häviää vähitellen rokotusohjelman kohdeväestöstä sekä rokotetun että rokottamattoman väestönosan keskuudessa. Samalla rokotetyyppien nielukantajuus korvautuu ei-rokotetyyppien kantajuudella. Tämän korvautumisen seuraukset voidaan laskea ennen rokotuksia vallinneiden serotyyppikohtaisten nielukantajuusosuuksien ja tautimäärien perusteella. Mallissa oletetaan, että rokoteserotyyppien nielunkantajuus korvautuu täysin ei-rokotetyyppien kantajuudella rokotteen saamimsen jälkeen.
Korvautumisen seuraukset riippuvat oleellisesti kahdesta mallissa hyödynnetystä oletuksesta
- Rokotteeseen kuulumattomien serotyyppien nielukantajuusosuudet toisiinsa verrattuina eivät muutu rokotuksen vaikutuksesta
- Rokotuksella ei ole vaikutusta yksittäisten serotyyppien taudinaiheuttamiskykyyn
Rokottamisen vaikutus tautimäärään lasketaan nielukantajuuden muutosten kautta ja korvautuminen pneumokokkiserotyyppien nielukantajuudessa heijastuu suoraan muutoksena niiden aiheuttamissa tautimäärissä. Rokotusten vaikutus kokonaistautitaakkaan riippuu oleellisesti rokoteserotyyppien taudinaiheuttamiskyvystä verrattuna muiden serotyyppien taudinaiheuttamiskykyyn. Joidenkin serotyyppien kohdalla tarkastellaan kuitenkin myös vaihtoehtoista oletusta, jossa rokote voi vähentää serotyypin aiheuttaman taudin esiintymistä rokotettujen keskuudessa ilman vaikutusta nielukantajuuteen. Pneumokokkien aiheuttama vuosittainen tautimäärä arvioidaan kaikissa ikäryhmissä.
Mallissa keskitytään tarkastelemaan vakavia eli invasiivisia, veriviljelyllä varmennettua pneumokokkitautia (ks. vertailuperusteet). Nämä syntyvät bakteerien päästessä elimistön muuten steriileille alueille vereen, selkäydinnesteeseen tai aivoihin, joissa ne aiheuttavat bakteremiaa ja aivokalvontulehdusta. Pneumokokkien aiheuttamat välikorvan tulehdukset ja keuhkokuumeet jäävät vähemmälle huomiolle.
Korvautuminen
Korvautuminen on ilmiö, jossa rokotusten hävittämät pneumokokkiserotyypit korvautuvat väestössä osittain muilla serotyypeillä. Tällöin pneumokokkien kokonaismäärä ei vähene väestössä niin paljon kuin rokoteserotyyppien yleisyys antaisi olettaa. Ilmiötä on tarkemmin kuvattu omalla sivullaan.
Funktioiden alustus
Mallissa käytetään samoja funktioita ja ovariableja kuin englanninkielisessä mallissa. Katso siis op_en:Epidemiological modelling#Initiate functions.
Data
Pneumokokin esiintyvyys suomalaisessa väestössä. Carrier: (oireettomien) kantajuusedpisodien lukumäärä vuodessa, Incidence: invasiivisten pneumokokkitautitapausten lukumäärä vuodessa.
Näytä yksityiskohdat | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Alla olevan taulukon data otettu täältä.
|
Katso myös
Tämä rokotehankintakeskustelu toimitettiin tiedoksi kansalliselle rokotusasiantuntijaryhmälle 8.9.2014.