Ero sivun ”Pneumokokkirokotteen hankinta kansalliseen rokotusohjelmaan” versioiden välillä
(→data) |
|||
Rivi 399: | Rivi 399: | ||
</rcode> | </rcode> | ||
=== Data === | |||
Pneumokokin esiintyvyys suomalaisessa väestössä. Carrier: (oireettomien) kantajien lukumäärä, Incidence: invasiivisen pneumokokkitaudin ilmaantuvuus 100000 henkilövuotta kohti. | |||
<t2b name='Pneumokokki väestössä' index='Serotype,Age,Observation' locations='Carrier,Incidence' unit='#, #/100000py'> | |||
19F|Under 5|156030|7.78 | |||
23F|Under 5|156030|7.88 | |||
6B|Under 5|126990|24.39 | |||
14|Under 5|41200|20.76 | |||
9V|Under 5|22290|2.91 | |||
4|Under 5|12830|2.91 | |||
18C|Under 5|10130|6.64 | |||
1|Under 5|10|0.31 | |||
7|Under 5|14180|3.02 | |||
6A|Under 5|54940|3.94 | |||
19A|Under 5|24320|9.88 | |||
3|Under 5|12160|1.25 | |||
8|Under 5|1350|0.1 | |||
9N|Under 5|20940|0.83 | |||
10|Under 5|4050|0.41 | |||
11|Under 5|72270|0.42 | |||
12|Under 5|10|0.21 | |||
15|Under 5|33100|1.98 | |||
16|Under 5|3380|0.21 | |||
20|Under 5|1350|0.01 | |||
22|Under 5|12160|0.93 | |||
23A|Under 5|3380|0.1 | |||
33|Under 5|680|0.42 | |||
35|Under 5|30400|0.31 | |||
38|Under 5|4050|0.42 | |||
6C|Under 5|27470|0.01 | |||
Oth|Under 5|24320|0.73 | |||
19F|Over 5|168100|28.51 | |||
23F|Over 5|314800|53.72 | |||
6B|Over 5|256700|29.53 | |||
14|Over 5|209800|99.43 | |||
9V|Over 5|114100|43.07 | |||
4|Over 5|62500|76.99 | |||
18C|Over 5|200700|24.39 | |||
1|Over 5|100|6.58 | |||
7|Over 5|100|46.88 | |||
6A|Over 5|158800|17.42 | |||
19A|Over 5|54900|20.54 | |||
3|Over 5|30800|55.04 | |||
8|Over 5|8800|11.21 | |||
9N|Over 5|8800|25.2 | |||
10|Over 5|20800|6.28 | |||
11|Over 5|97700|12.76 | |||
12|Over 5|100|13.89 | |||
15|Over 5|100|9.18 | |||
16|Over 5|191900|4.73 | |||
20|Over 5|25200|3.29 | |||
22|Over 5|72500|29.03 | |||
23A|Over 5|22000|4.4 | |||
33|Over 5|100|5.64 | |||
35|Over 5|71300|12.41 | |||
38|Over 5|100|1.43 | |||
6C|Over 5|79400|5.5 | |||
Oth|Over 5|330100|11.2 | |||
</t2b> | |||
== Katso myös == | == Katso myös == |
Versio 27. toukokuuta 2014 kello 07.13
Moderaattori:Jouni (katso kaikki)
Sivun edistymistä ei ole arvioitu. Arvostuksen määrää ei ole arvioitu (ks. peer review). |
Lisää dataa
|
Rajaus
Kysymys
Miten pitäisi toteuttaa keskustelu pneumokokkirokotteesta avoimen arvioinnin mukaisesti?
Rajaus
Tarkastellaan tilannetta Suomessa nykypäivänä.
Osallistujat
- Avoimen päätöksentekokäytännön taitajat:
- Jouni Tuomisto (ohjaaja)
- Teemu Rintala (mallintaja)
- Pauli Orden (moderaattori)
- Timo Koski (moderaattori)
- Matleena Tuomisto (moderaattori)
- Tuukka Hämynen (moderaattori)
- Julia Rintala (osa-aikainen moderaattori)
- Rokoteasiantuntijat (tämä lista päivitettävä PCV:n mukaiseksi):
- Hanna Nohynek (vastaava tutkija)
- Heini Salo
- Terhi Kilpi
- Pertti Sormunen
- Kari Auranen
- Tuija Leino
- Simopekka Vänskä
Oletettu käyttö ja käyttäjät
Tämän työn tulosten odotetaan kehittävän jäsentynyttä, perusteltua ja kriittistä rokotekeskustelua Suomessa. Lisäksi se voi jatkossa auttaa rokotehankintoihin liittyviä päätösprosesseja. Tärkeimmät käyttäjät ovat:
- THL
- Sosiaali- ja terveysministeriö
- Lääke- ja rokoteteollisuusteollisuus
- Kansainväliset rokotetutkijat
- Kansalaiset
Päätökset
Vastaus
Työssä on ainakin seuraavat osat
- Keskustelutilan luominen eli osakysymysten päättäminen ja sivujen luonti niille.
- Keskustelutilan jatkuva seuraaminen ja häiriköinnin siivoaminen.
- Kommentointityökalun seuraaminen ja kommenttien nosto varsinaiseen tekstiin. Tämä työkalu on niille jotka eivät halua kirjautua.
- Tägikone on työkalu tekstin jäsentämiseen ja asiasanoittamiseen. Se on koekäytössä.
- Varsinaisen keskustelun tueksi tuotettava taustamateriaali: wikistetään erilaisia rokotteeseen liittyviä yleisiä ja spesifisiä raportteja ja yhteenvetoja sen hyödyistä, haitoista ja tehosta. Tätä materiaalia voisi alkaa listata ja työstää jo nopeasti.
- Kustannus-hyötymallin toteutus R:llä JAGSilla.
- Mallin parametritietojen kerääminen ja syöttäminen malliin.
- Päätösvaihtoehtojen kuvaaminen (suoraviivainen)
- Eri vaikutusten kuvaaminen ovariableina osana kausaalimallia. (Nämä lienevät pääosin tiedossa yleistasolla)
- Lopputuloksia koskevien arvojen kuvaaminen. Tämä on iso työ ja vaatii myös teoriapohdintaa siitä, käytetäänkö esim MCDAta tai kahdesta paremman valitsemista. Molemmat olisi kiinnostavin. Muitakin vaihtoehtoja voi harkita.
- Osallistujien kouluttaminen keskeisiin menetelmiin tarpeen mukaan. Näitä ovat Keskustelu ja [op_en:Modelling in Opasnet|Opasnet-mallinnus]].
- Päivitettyjen ohjeiden kirjoittaminen näistä menetelmistä. Menetelmien edelleen kehittäminen tämän hankkeen oppien perusteella.
Kustannukset
- Jouni Tuomisto: ohjaus ja avoimen päätöksentekokäytännön koordinointi: 3 htkk virkatyönä
- Opasnet-moderaattorit: 4.5 hlö * 3 kk * 150 h/kk * 12 e/h * 1.35 sivukulut = 32805 e (oletetaan maksimityöllisyys kaikille, vaikka moderaattorit tuskin työskentelevät täyspäiväisesti)
- R-mallinnus Opasnettiin: 1 hlö * 3 kk * 150 h/kk * 17 e/h * 1.35 sivukulut = 10328 e
- Rokoteasiantuntijatyö: 3 hlö * 1.5 kk virkatyönä
Vertailun vuoksi: LVMn Liikenne ja viestintä digitaalisessa Suomessa 2020 on houkutellut viikossa toistakymmentä uutta käyttäjää ja n. 50000 merkkiä uutta tekstiä jäsennettäväksi.
Perustelut
Riippuvuudet
- Päätökset:
- Muuttujat:
- rokotuskattavuus
- rokotteen teho eri kantoihin
- rokotteen haittavaikutukset
- rokotteen hinta
- pneumokokin terveyshaitat: invasiivinen pneumokokki-infektio, välikorvantulehdus, aivokalvontulehdus
- rokotteen epäsuorat vaikutukset muiden kantojen ja bakteerien yleisyyteen
- rokotteen epäsuorat vaikutukset antibioottien tarpeeseen ja hoitokustannuksiin
- laumaimmuniteetti
- Arvot
- kustannustehokkuus
- sairauksien laatupainokertoimet (op_en:Disability weights)
- sairauksien, rokotteiden ja hoitojen nettikustannukset
- rokotehaittojen kohdistuminen (ei saisi tulla haittaa niille jotka eivät rokotteesta hyödy)
Wikistettävää aineistoa
- Tartuntataudit Suomessa 2012 [1] luku Invasiivinen pneumokokkitauti, ss. 30-32.
- Pneumokokki-konjugaattirokotteen vaikuttavuuden seuranta osana kansallista rokotusohjelmaa - Prosessikuvausasiakirja [2] Kokonaan
Käytettäviä menetelmiä
- Avoin päätöksentekokäytäntö, katso myös julkaisu Tuomisto, Pohjola, Pohjola: Avoin päätöksentekokäytäntö voisi parantaa tiedon hyödyntämistä. Yhteiskuntapolitiikka 79 (2014) 1: 66-75. [3]
- Avoin arviointi
- Jaettu ymmärrys
- op_en:Portal:Modelling with Opasnet
Muuta aineistoa
- [4]
- Nurhonen, Auranen: Optimal Serotype Compositions for Pneumococcal Conjugate Vaccination under Serotype Replacement
- Epidemiological modelling
Laskenta
Nurhonen M, Auranen K: Optimal serotype compositions for pneumococcal conjugate vaccination under serotype replacement [[5]
The program code with instructions and examples.
This file contains a core set of functions implementing the basic tools presented in the manuscript and instructions on how to use the code. The code is written in the R programming language, which is freely available at www.r-project.org. To run the examples in Sections S1.1-S1.3, first load the functions listed in Section S1.4. The calculation of the projected net effectiveness of a vaccination programme assuming a given vaccine composition is demonstrated in Section S1.2 and Section S1.3 shows how to use the code in searching for optimal vaccine compositions.
- S1.1. Data preparation
In our example, we apply the code to the IPD data from Finland and carriage data from Finland and the UK. The data contain 24 serotypes and 2 age categories, the <5 and 5+ year olds.
- S1.2 Predicting the net effectiveness under a given vaccine composition
The function Vaccination is an implementation of equation (1). Its arguments are the pre-vaccination IPD and carriage incidences by age category and serotype. It returns the predicted post-vaccination versions of these two matrices. If only one age category is considered, the arguments can be vectors.
Example S1.2A: Calculate the predicted incidence of IPD for the non-vaccine types(NVTs) under PCV13. The predictions are calculated separately for the two age classes. These are the values reported on the bottom panel in Figure 2 (there given as per 100K incidences).
serotypes 8 9N 10 11 12 15 16 20 22 23A 33 35 38 6C Oth ipd_under5 0.4 3 1.5 1.5 0.8 7.2 0.8 0 3.4 0.4 1.5 1.1 1.5 0 2.7 ipd_over5 30.2 67.8 16.9 34.3 37.4 24.7 12.7 8.9 78.1 11.8 15.2 33.4 3.8 14.8 30.1
Example S1.2B: Decrease in IPD incidence after adding a single new serotype to PCV13 separately for the two age categories.
serotypes 8 9N 10 11 12 15 16 20 22 23A 33 35 38 6C ipd_under5 0.2 0.8 1.1 -8.9 0.8 4.2 0.4 0 2.2 0 1.5 -2.4 1.1 -3.2 ipd_over5 26.4 64.5 7.7 -10.9 37.3 24.7 -93.3 -2.5 49.2 1.9 15.1 1.2 3.8 -23
- S1.3. Finding optimal vaccine serotype compositions
The search for optimal vaccine compositions is implemented in the function “OptimalSequence”. The optimum is found for the entire data, i.e. taking into account all age categories (columns) included in the matrix arguments. If optimum is intended to be found only for one age category, the arguments for “OptimalSequence” should be vectors corresponding to this category.
Example S1.3A: The optimal sequence for under 5 year olds when replacement is 100%. The output shows the decreases in IPD incidence for each step, corresponding to Figure 5(C). The last serotype (row 27, the category "Other") is excluded from any vaccine composition but is taken into account as a replacing serotype at each stage.
rank 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 stype 14 6B 19A 18C 7 4 9V 6A 23F 19F 15 3 22 33 9N 38 10 1 12 16 eff 16.8 15.4 10.3 7.8 2.9 3 2.5 2.2 2.4 5.1 3.3 3.7 2.7 1.8 1.9 1.7 1.8 1.6 1.1 0.9
Example S1.3B: The optimal sequence for the whole population when replacement is 50% and the current composition includes the PCV7 serotypes.
rank 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 stype 3 7 19A 9N 22 12 6A 15 8 35 11 1 33 10 23A 6C 20 effect 82.3 79.3 42.8 40.9 41.6 24 21.1 20.8 20.3 17.7 15.2 15.1 13.6 13.7 8.6 6.1 6.5
Data
Pneumokokin esiintyvyys suomalaisessa väestössä. Carrier: (oireettomien) kantajien lukumäärä, Incidence: invasiivisen pneumokokkitaudin ilmaantuvuus 100000 henkilövuotta kohti.
Obs | Serotype | Age | Carrier | Incidence |
---|---|---|---|---|
1 | 19F | Under 5 | 156030 | 7.78 |
2 | 23F | Under 5 | 156030 | 7.88 |
3 | 6B | Under 5 | 126990 | 24.39 |
4 | 14 | Under 5 | 41200 | 20.76 |
5 | 9V | Under 5 | 22290 | 2.91 |
6 | 4 | Under 5 | 12830 | 2.91 |
7 | 18C | Under 5 | 10130 | 6.64 |
8 | 1 | Under 5 | 10 | 0.31 |
9 | 7 | Under 5 | 14180 | 3.02 |
10 | 6A | Under 5 | 54940 | 3.94 |
11 | 19A | Under 5 | 24320 | 9.88 |
12 | 3 | Under 5 | 12160 | 1.25 |
13 | 8 | Under 5 | 1350 | 0.1 |
14 | 9N | Under 5 | 20940 | 0.83 |
15 | 10 | Under 5 | 4050 | 0.41 |
16 | 11 | Under 5 | 72270 | 0.42 |
17 | 12 | Under 5 | 10 | 0.21 |
18 | 15 | Under 5 | 33100 | 1.98 |
19 | 16 | Under 5 | 3380 | 0.21 |
20 | 20 | Under 5 | 1350 | 0.01 |
21 | 22 | Under 5 | 12160 | 0.93 |
22 | 23A | Under 5 | 3380 | 0.1 |
23 | 33 | Under 5 | 680 | 0.42 |
24 | 35 | Under 5 | 30400 | 0.31 |
25 | 38 | Under 5 | 4050 | 0.42 |
26 | 6C | Under 5 | 27470 | 0.01 |
27 | Oth | Under 5 | 24320 | 0.73 |
28 | 19F | Over 5 | 168100 | 28.51 |
29 | 23F | Over 5 | 314800 | 53.72 |
30 | 6B | Over 5 | 256700 | 29.53 |
31 | 14 | Over 5 | 209800 | 99.43 |
32 | 9V | Over 5 | 114100 | 43.07 |
33 | 4 | Over 5 | 62500 | 76.99 |
34 | 18C | Over 5 | 200700 | 24.39 |
35 | 1 | Over 5 | 100 | 6.58 |
36 | 7 | Over 5 | 100 | 46.88 |
37 | 6A | Over 5 | 158800 | 17.42 |
38 | 19A | Over 5 | 54900 | 20.54 |
39 | 3 | Over 5 | 30800 | 55.04 |
40 | 8 | Over 5 | 8800 | 11.21 |
41 | 9N | Over 5 | 8800 | 25.2 |
42 | 10 | Over 5 | 20800 | 6.28 |
43 | 11 | Over 5 | 97700 | 12.76 |
44 | 12 | Over 5 | 100 | 13.89 |
45 | 15 | Over 5 | 100 | 9.18 |
46 | 16 | Over 5 | 191900 | 4.73 |
47 | 20 | Over 5 | 25200 | 3.29 |
48 | 22 | Over 5 | 72500 | 29.03 |
49 | 23A | Over 5 | 22000 | 4.4 |
50 | 33 | Over 5 | 100 | 5.64 |
51 | 35 | Over 5 | 71300 | 12.41 |
52 | 38 | Over 5 | 100 | 1.43 |
53 | 6C | Over 5 | 79400 | 5.5 |
54 | Oth | Over 5 | 330100 | 11.2 |
Katso myös
- Biopolttoainearvioinnit
- Avoin päätöksenteko rokotehankinnassa (suojattu sivu)
- Duodecim 2013: Lasten pneumokokkirokotukset – menestystarina alkanut myös Suomessa [6]
- Rokotusinfon sivu pneumokokkirokotteesta
- Pneumokokkiohjelman vaikuttavuusarviointi (suojattu sivu)
- Vakavan pneumokokkitaudin ilmaantuvuus Suomessa
- FinIP-tutkimukset