Versio 23. heinäkuuta 2013 kello 11.07

Tämä sivu on tietokide alatyypiltään arviointi. Sivutunniste: Op_fi2583
Moderaattori:Päivi Meriläinen (katso kaikki) Sivun edistymistä ei ole arvioitu. Arvostuksen määrää ei ole arvioitu (ks. peer review).
Lisää dataa {{#opasnet_base_link:Op_fi2583}}

Vesiopas - Arviointi juomaveden laadun terveysvaikutuksista

Arviointi laadun terveysvaikutuksista käsittelee juomaveden mahdollisia mikrobiologisia terveysriskejä. Mikrobiologisten riskien taustana on raakaveden kontaminoituminen mikrobeilla joista aiheutuu mahdollista terveyshaittaa vesijohtovettä käyttäville ihmisille, sekä juomaveden käsittelyprosessien tehokkuus, joka voi olla riittämätön poistamaan haitalliset mikrobit juomavedestä. Arvioinnilla määritetään, minkä suuruinen mahdollinen terveysriski on tietyillä raakaveden mikrobeilla. Arviointi perustuu matemaattiselle Vesiopas-mallille, joka esitellään alla.

Vesiopasmalli

Raakavesi: Patogeenien pitoisuudet

Raakaveden luokitus:

Kampylobakteeri-pitoisuus arvio (mikrobia/l):

E.coli O157:H7 -pitoisuus arvio (mikrobia/l):

Rotavirus-pitoisuus arvio (mikrobia/l):

Norovirus-pitoisuus arvio (mikrobia/l):

Cryptosporidium-pitoisuus arvio (mikrobia/l):

Giardia-pitoisuus arvio (mikrobia/l):

Kaupungin oletusarvot:

Verkosto ja kuluttajat

veden kulutus (ml):

Altistuvan väestön koko:

+ Näytä koodi - Piilota koodi

library(OpasnetUtils)
library(reshape2)
    i.raw.pat.conc.val <- list(Kampylo, Ecoli, Rota, Noro, Crypto, Giardia)

    #vedenkulutus
    
    VedeKulu = data.frame(VedkulResult = VedeKulu)
    InpVedkul = new("ovariable",name = "InpVedkul" , output = VedeKulu)

    
    #Patogeenien pitoisuudet
    
    Fetch2(data.frame(Name = "RaaPatPitLuo", Key = "AEmnj6ZNfhIHAt2X"), evaluate = TRUE)
    
    RaaPatPitLuo@output <- RaaPatPitLuo@output[RaaPatPitLuo@output$Raakavesilähde == i.raw.class, ]
    RaaPatPitLuo@output <- merge(
        RaaPatPitLuo@output, 
        data.frame(
            Patogeeni = c("Kampylobakteeri","E.coli O157:H7","Rotavirus","Norovirus","Cryptosporidium","Giardia"), 
            TempResult = suppressWarnings(as.numeric(i.raw.pat.conc.val))
        )
    )
    RaaPatPitLuo@output$RaaPatPitLuoResult <- ifelse(
        is.na(RaaPatPitLuo@output$TempResult), 
        RaaPatPitLuo@output$RaaPatPitLuoResult,
        RaaPatPitLuo@output$TempResult
    )
    RaaPatPitLuo@output <- RaaPatPitLuo@output[,!colnames(RaaPatPitLuo@output)%in%"TempResult"]


    Temp = rep(FALSE,8)
    Temp[Puhdistus] = TRUE
    Puhdistus = Temp
    

    InpKloori = new("ovariable", output = data.frame(KlooriResult = KlooriAnnos))
    
    #tehdaan InpVedKasTeh ovariable paalla olevista puhdistuksista
    Fetch2(data.frame(Name = c("VedKasTeh","VedDesTeh"), Key = c("J8AofoHKjKEOuPWK","iFnLQFpUAH3QfwGz")))
        VedKasTeh <- EvalOutput(VedKasTeh)
    VedDesTeh <- EvalOutput(VedDesTeh, substitute = TRUE)

    Puhdistus = c(Puhdistus,TRUE)
    Puhdistus = data.frame(tottavaitarua = Puhdistus, Vedenpuhdistusmenetelmä = c("Perinteinen puhdistus"
    ,"Hyvin toimva puhdistus" , "Tehostettu puhdistus" ,"Hidas hiekkasuodatus" 
    ,"Kalkkikivisuodatus","Aktiivihiilisuodatus" ,"UV" ,"Otsonointi","Klooraus"))
    PuhdistusKasTeh = Puhdistus[1:6,]
    PuhdistusDesTeh = Puhdistus[7:9,]
    
    VedKasTeh@output = merge(VedKasTeh@output, PuhdistusKasTeh)
    colnames(PuhdistusDesTeh)[colnames(PuhdistusDesTeh) == "Vedenpuhdistusmenetelmä"] = "Menetelmä"
    VedDesTeh@output = merge(VedDesTeh@output, PuhdistusDesTeh)
    
    VedKasTeh@output[,"VedKasTehResult"] = ifelse(
        VedKasTeh@output[,"tottavaitarua"] == FALSE,
        0, 
        VedKasTeh@output[,"VedKasTehResult"]
    )
    VedDesTeh@output[,"VedDesTehResult"] = ifelse(
        VedDesTeh@output[,"tottavaitarua"] == FALSE,
        0, 
        VedDesTeh@output[,"VedDesTehResult"]
    )
    
    VedKasTeh@output <- VedKasTeh@output[,!colnames(VedKasTeh@output) %in%c("tottavaitarua")]
    VedDesTeh@output <- VedDesTeh@output[,!colnames(VedDesTeh@output) %in%c("tottavaitarua")]

    Fetch2(data.frame(Name = "ExpoPatAnn", Key = "PPdMOCJzOZikWlKW"))
    
    #Fetch2(data.frame(Name = "Exposure", Key = "YpqDCiPvtTUDUGMO"))
    
    Fetch2(data.frame(Name = "PatPitPuhVed", Key = "hjUP8y5Rc2laF45F"))
    
    PatPitPuhVed <- EvalOutput(PatPitPuhVed)
    
    #print(xtable(VedKasTeh@output), type = "html")
    #print(xtable(VedDesTeh@output), type = "html")
    #print(xtable(PatPitPuhVed@output), type = "html")
    
    #Exposure <- EvalOutput(Exposure, substitute = TRUE)
    
    #Exposure
    
    #print(xtable(Exposure@output), type = "html")
    
    ExpoPatAnn <- EvalOutput(ExpoPatAnn, substitute = TRUE)
    #print(xtable(ExpoPatAnn@output), type = "html")

#################################################################################

dose.response = ExpoPatAnn@output

Pathogen <- c("Kampylobakteeri","E.coli O157:H7","Rotavirus","Norovirus","Cryptosporidium","Giardia")

vaesto <- opbase.data("Op_fi2652")[,c("Ikä","Result")]
colnames(vaesto) <- c("Age", "Osuus")

vaesto$Populaatio <- vaesto$Osuus * Vaestonkoko

odotettu.elinika <- 81

colnames(dose.response)[colnames(dose.response) == "Patogeeni"] <- "Pathogen"
colnames(dose.response)[colnames(dose.response) == "ExpoPatAnnResult"] <- "P.inf"
colnames(dose.response)[colnames(dose.response) == "ExposureResult"] <- "Exp.pat"
#dose.response = data.frame(Pathogen = ExpoPatAnn@output[,"Patogeeni"],P.inf = ExpoPatAnn@output[,"ExpoPatAnnResult"])
P.ill.g.inf <- data.frame(Pathogen, P.ill.g.inf = c(0.33, 1 - (270 / 1540), 0.9, 0.7, 0.71, 1)) # todennäköisyys sairastua kun saa infektion

# Kampylobakteeri, DALYt per infektio

P.treat.g.ill.Kamp.Gastr <- data.frame(Pathogen = Pathogen[c(1,1,1)], Outcome = "Gastroenteritis", ill.treat = c("Untreated", 
    "General practitioner", "Hospitalised", "Unspecified")[c(1,2,3)], P.treat.g.ill = c(0.7627, 0.2373, 0.0097))

P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr <- merge(P.treat.g.ill.Kamp.Gastr, P.ill.g.inf)
P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr$P.treat.ill.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr$P.ill.g.inf * 
    P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr$P.treat.g.ill

duration.ill.treat.Kamp.Gastr <- data.frame(Outcome = c("Gastroenteritis"), ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", 
    "Hospitalised", "Unspecified")[c(1,2,3)], dur.ill = c(5.1 / 365, 8.4 / 365, 14.39 / 365))

severity.ill.treat.Kamp.Gastr <- data.frame(Outcome = c("Gastroenteritis"), ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", 
    "Hospitalised", "Unspecified")[c(1,2,3)], sev.ill = c(0.067, 0.393, 0.393))

daly.ill.treat.Kamp.Gastr <- merge(P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr, duration.ill.treat.Kamp.Gastr)
daly.ill.treat.Kamp.Gastr <- merge(daly.ill.treat.Kamp.Gastr, severity.ill.treat.Kamp.Gastr)
daly.ill.treat.Kamp.Gastr$dalys <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr$P.treat.ill.g.inf * daly.ill.treat.Kamp.Gastr$dur.ill * 
    daly.ill.treat.Kamp.Gastr$sev.ill


P.death.g.ill.Gastr <- 0.0004
P.death.g.inf.Gastr <- P.death.g.ill.Gastr * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Kampylobakteeri"]
death.Gastr.life.lost <- 13.2
daly.death.Kamp.Gastr <- P.death.g.inf.Gastr * death.Gastr.life.lost

## GBS Kamp.

P.gbs.g.ill <- 2e-004
P.gbs.g.inf <- P.gbs.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Kampylobakteeri"]
dur.sev.factor.gbs <- data.frame(Outcome = c("Clinical GBS", "Residual GBS"), dur.sev.factor = c(0.29, 5.8)) # duration * severity * fraction?
daly.Kamp.gbs <- data.frame(dur.sev.factor.gbs$Outcome, dalys = dur.sev.factor.gbs$dur.sev.factor * P.gbs.g.inf)

P.death.g.gbs <- 0.08 / 3 # triangular 0.01, 0.02, 0.05
P.death.g.inf.gbs <- P.death.g.gbs * P.gbs.g.inf
death.gbs.life.lost <- 18.7
daly.death.Kamp.gbs <- P.death.g.inf.gbs * death.gbs.life.lost

## reactive arthritis Kamp.

P.arth.g.ill <- 0.02 # triangluar 0.01, 0.02, 0.03
P.arth.g.inf <- P.arth.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Kampylobakteeri"]
duration.arth <- 6 / 52
severity.arth <- 0.21
daly.Kamp.arth <- P.arth.g.inf * duration.arth * severity.arth

# E.coli

P.wd.g.ill <- 0.53 # watery diarrhea
P.wd.g.inf <- P.wd.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]
severity.wd <- 0.067
duration.wd <- 3.4 / 365
daly.wd.Ecoli <- P.wd.g.inf * severity.wd * duration.wd

P.hc.g.ill <- 0.47
P.hc.g.inf <- P.hc.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]
severity.hc <- 0.39
duration.hc <- 5.6 / 365
daly.hc.Ecoli <- P.hc.g.inf * severity.hc * duration.hc

P.death.g.ill.Ecoli <- 0.00027
P.death.g.inf.Ecoli <- P.death.g.ill.Ecoli * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]
age.death.Ecoli <- 81 - 13.2
daly.death.Ecoli <- P.death.g.inf.Ecoli * (odotettu.elinika - age.death.Ecoli)

## Haemolytic uraemic syndrome (HUS)

P.hus.g.ill <- 0.01
P.hus.g.inf <- P.hus.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]
severity.hus <- 0.93
duration.hus <- 21 / 365
daly.hus.Ecoli <- P.hus.g.inf * severity.hus * duration.hus

P.death.g.hus <- 0.04
P.death.hus.g.inf <- P.death.g.hus * P.hus.g.inf
age.death.hus.Ecoli <- 81 - 26.2
daly.death.hus.Ecoli <- P.death.hus.g.inf * (odotettu.elinika - age.death.hus.Ecoli)

## End Stage Renal Disease (ESRD)

P.esrd.g.hus <- 0.118
P.esrd.g.inf <- P.hus.g.inf * P.esrd.g.hus
severity.duration.hus <- 8.7 # severity * duration
daly.esrd.Ecoli <- P.esrd.g.inf * severity.duration.hus

P.death.g.esrd <- 0.0252
P.death.esrd.g.inf <- P.esrd.g.inf * P.death.g.esrd
age.death.esrd.Ecoli <- 81 - 34
daly.death.esrd.Ecoli <- P.death.esrd.g.inf * (odotettu.elinika - age.death.esrd.Ecoli)

# Rotavirus

P.treat.g.ill.Rotavirus <- data.frame(Pathogen = "Rotavirus", ill.treat = c("Untreated", 
    "General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.82,5), 
    rep(0.95, 10), rep(0.99, 50), rep(0.97, 17), rep(0.137, 5), rep(0.0244, 5), rep(0.0511, 5), rep(0.0127, 50), 
    rep(0.0299, 17), rep(0.0416, 5), rep(0.0213, 5), rep(0, 72)))

P.treat.ill.g.inf.Rotavirus <- merge(P.treat.g.ill.Rotavirus, P.ill.g.inf)
P.treat.ill.g.inf.Rotavirus$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Rotavirus$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Rotavirus$P.treat.g.ill

duration.ill.treat.Rotavirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(4.9 / 365, 
    7.1 / 365, 7.7 / 365))

severity.ill.treat.Rotavirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, 
    0.393, 0.393))

daly.ill.treat.Rotavirus <- merge(P.treat.ill.g.inf.Rotavirus, duration.ill.treat.Rotavirus)
daly.ill.treat.Rotavirus <- merge(daly.ill.treat.Rotavirus, severity.ill.treat.Rotavirus)
daly.ill.treat.Rotavirus$dalys <- daly.ill.treat.Rotavirus$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Rotavirus$dur.ill * 
    daly.ill.treat.Rotavirus$sev.ill


P.death.Rotavirus <- data.frame(Age = 0:81, P.death.g.ill = c(rep(2.13e-005, 5), rep(0, 77)))
P.death.Rotavirus$P.death.g.inf <- P.death.Rotavirus$P.death.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Rotavirus"]
P.death.Rotavirus$Life.lost <- odotettu.elinika - P.death.Rotavirus$Age
daly.death.Rotavirus <- data.frame(Age = P.death.Rotavirus$Age, dalys = P.death.Rotavirus$P.death.g.inf * P.death.Rotavirus$Life.lost)

# Norovirus

P.treat.g.ill.Norovirus <- data.frame(Pathogen = "Norovirus", ill.treat = c("Untreated", 
    "General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.94876706,5), 
    rep(0.9902, 5), rep(0.98239, 5), rep(0.98434, 51), rep(0.992741, 16), rep(0.0448,5), rep(8.6e-003, 5), rep(0.0154, 5), 
    rep(0.0137, 51), rep(6.17e-003, 16), rep(6.43e-003,5), rep(1.2e-003, 5), rep(2.21e-003, 5), rep(1.96e-003, 51), 
    rep(8.85e-004, 16)))

P.treat.ill.g.inf.Norovirus <- merge(P.treat.g.ill.Norovirus, P.ill.g.inf)
P.treat.ill.g.inf.Norovirus$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Norovirus$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Norovirus$P.treat.g.ill

duration.ill.treat.Norovirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(3.8 / 365, 
    5.73 / 365, 7.23 / 365))

severity.ill.treat.Norovirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, 
    0.393, 0.393))

daly.ill.treat.Norovirus <- merge(P.treat.ill.g.inf.Norovirus, duration.ill.treat.Norovirus)
daly.ill.treat.Norovirus <- merge(daly.ill.treat.Norovirus, severity.ill.treat.Norovirus)
daly.ill.treat.Norovirus$dalys <- daly.ill.treat.Norovirus$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Norovirus$dur.ill * 
    daly.ill.treat.Norovirus$sev.ill

P.death.Norovirus <- data.frame(Age = 0:81, P.death.g.ill = c(rep(2.94e-006, 5), rep(0, 61), rep(2.04e-004, 16)))
P.death.Norovirus$P.death.g.inf <- P.death.Norovirus$P.death.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Norovirus"]
P.death.Norovirus$Life.lost <- odotettu.elinika - P.death.Norovirus$Age
daly.death.Norovirus <- data.frame(Age = P.death.Norovirus$Age, dalys = P.death.Norovirus$P.death.g.inf * P.death.Norovirus$Life.lost)

# Cryptosporidium

P.treat.g.ill.Crypt <- data.frame(Pathogen = "Cryptosporidium", ill.treat = c("Untreated", 
    "General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.9175730049999999,5), 
    rep(0.80937, 5), rep(0.6810499999999999, 5), rep(0.9774191, 50), rep(0.94706, 17), rep(0.082,5), rep(0.188, 5), rep(0.316, 5), 
    rep(0.0209, 50), rep(0.0367, 17), rep(4.26e-004,5), rep(2.63e-003, 5), rep(2.95e-003, 5), rep(1.66e-003, 50), rep(0.0146, 17)))

P.treat.ill.g.inf.Crypt <- merge(P.treat.g.ill.Crypt, P.ill.g.inf)
P.treat.ill.g.inf.Crypt$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Crypt$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Crypt$P.treat.g.ill

duration.ill.treat.Crypt <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(3.5 / 365, 
    7 /365, 18.4 / 365))

severity.ill.treat.Crypt <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, 
    0.393, 0.393))

daly.ill.treat.Crypt <- merge(P.treat.ill.g.inf.Crypt, duration.ill.treat.Crypt)
daly.ill.treat.Crypt <- merge(daly.ill.treat.Crypt, severity.ill.treat.Crypt)
daly.ill.treat.Crypt$dalys <- daly.ill.treat.Crypt$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Crypt$dur.ill * 
    daly.ill.treat.Crypt$sev.ill

P.death.Crypt <- data.frame(Age = 0:81, P.death.g.ill = c(rep(9.95e-007, 5), rep(0, 10), rep(2.09e-005, 50), rep(1.64e-003, 17)))
P.death.Crypt$P.death.g.inf <- P.death.Crypt$P.death.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Cryptosporidium"]
P.death.Crypt$Life.lost <- odotettu.elinika - P.death.Crypt$Age
daly.death.Crypt <- data.frame(Age = P.death.Crypt$Age, dalys = P.death.Crypt$P.death.g.inf * P.death.Crypt$Life.lost)

# Giardia

P.treat.g.ill.Giardia <- data.frame(Pathogen = "Giardia", ill.treat = c("Untreated", 
    "General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.9376,5), 
    rep(0.91034, 5), rep(0.72642, 5), rep(0.92486, 50), 0.54596, rep(0.5365, 16), rep(0.0609,5), rep(0.0852, 5), rep(0.272, 5), 
    rep(0.0721, 50), rep(0.451, 17), rep(1.5e-003,5), rep(4.46e-003, 5), rep(1.58e-003, 5), rep(3.04e-003, 51), rep(0.0125, 16)))

P.treat.ill.g.inf.Giardia <- merge(P.treat.g.ill.Giardia, P.ill.g.inf)
P.treat.ill.g.inf.Giardia$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Giardia$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Giardia$P.treat.g.ill

duration.ill.treat.Giardia <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(10 / 365, 
    10 /365, 30 / 365))

severity.ill.treat.Giardia <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, 
    0.393, 0.393))

daly.ill.treat.Giardia <- merge(P.treat.ill.g.inf.Giardia, duration.ill.treat.Giardia)
daly.ill.treat.Giardia <- merge(daly.ill.treat.Giardia, severity.ill.treat.Giardia)
daly.ill.treat.Giardia$dalys <- daly.ill.treat.Giardia$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Giardia$dur.ill * 
    daly.ill.treat.Giardia$sev.ill

# yhteenveto DALYistä

Health.effects <- vaesto[,c("Age","Populaatio")]

Health.effects$Untreated.Gastr.Kamp <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr[daly.ill.treat.Kamp.Gastr$ill.treat == "Untreated", c("dalys")]
Health.effects$GP.Gastr.Kamp <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr[daly.ill.treat.Kamp.Gastr$ill.treat == "General practitioner", c("dalys")]
Health.effects$Hospitalised.Gastr.Kamp <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr[daly.ill.treat.Kamp.Gastr$ill.treat == "Hospitalised", c("dalys")]
Health.effects$Death.Gastr.Kamp <- daly.death.Kamp.Gastr

Health.effects$Clinical.GBS.Kamp <- daly.Kamp.gbs$dalys[1]
Health.effects$Residual.GBS.Kamp <- daly.Kamp.gbs$dalys[2]
Health.effects$Death.GBS.Kamp <- daly.death.Kamp.gbs

Health.effects$Arth.Kamp <- daly.Kamp.arth

Health.effects$WD.Ecoli <- daly.wd.Ecoli
Health.effects$HC.Ecoli <- daly.hc.Ecoli
Health.effects$Death.Ecoli <- daly.death.Ecoli

Health.effects$HUS.Ecoli <- daly.hus.Ecoli
Health.effects$Death.HUS.Ecoli <- daly.death.hus.Ecoli

Health.effects$ESRD.Ecoli <- daly.esrd.Ecoli
Health.effects$Death.ESRD.Ecoli <- daly.death.esrd.Ecoli

Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Rotavirus[daly.ill.treat.Rotavirus$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Rotavirus"
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Rotavirus[daly.ill.treat.Rotavirus$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Rotavirus"
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Rotavirus[daly.ill.treat.Rotavirus$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Rotavirus"
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.death.Rotavirus)
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Death.Rotavirus"

Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Norovirus[daly.ill.treat.Norovirus$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Norovirus"
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Norovirus[daly.ill.treat.Norovirus$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Norovirus"
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Norovirus[daly.ill.treat.Norovirus$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Norovirus"
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.death.Norovirus)
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Death.Norovirus"

Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Crypt[daly.ill.treat.Crypt$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Crypt"
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Crypt[daly.ill.treat.Crypt$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Crypt"
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Crypt[daly.ill.treat.Crypt$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Crypt"
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.death.Crypt)
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Death.Crypt"

Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Giardia[daly.ill.treat.Giardia$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Giardia"
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Giardia[daly.ill.treat.Giardia$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Giardia"
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Giardia[daly.ill.treat.Giardia$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Giardia"

Health.effects <- reshape(Health.effects, idvar = c("Age"), times = colnames(Health.effects)[-c(1,2)], timevar = "Outcome", 
    varying = list(colnames(Health.effects)[-c(1,2)]), direction = "long")
colnames(Health.effects)[4] <- "P.daly.g.inf"
    
Health.effects$Pathogen <- NA
Health.effects$Pathogen[grep(".Kamp", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[1]
Health.effects$Pathogen[grep(".Ecoli", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[2]
Health.effects$Pathogen[grep(".Rotavirus", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[3]
Health.effects$Pathogen[grep(".Norovirus", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[4]
Health.effects$Pathogen[grep(".Crypt", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[5]
Health.effects$Pathogen[grep(".Giardia", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[6]

Health.effects <- merge(Health.effects, dose.response[,c("Pathogen", "P.inf")])
Health.effects$DALYs <- (1 - (1 - Health.effects$P.inf * Health.effects$P.daly.g.inf)^365) * Health.effects$Populaatio



temp <- merge(dose.response, P.ill.g.inf)

############# TULOKSET #########################################################################################################

cat("<span style='font-size: 1.2em;font-weight:bold;'>Patogeenien konsentraatio raakavedessä</span>\n")
oprint(RaaPatPitLuo@output) # Patogeenien konsentraatio raakavedessä
cat("<span style='font-size: 1.2em;font-weight:bold;'>Patogeenien log vähenemä puhdistuksessa</span>\n")
oprint(VedKasTeh@output) # Patogeenien log vähenemä puhdistuksessa
oprint(VedDesTeh@output) # Patogeenien log vähenemä desinfioinnissa
cat("<span style='font-size: 1.2em;font-weight:bold;'>Patogeeneille altistuminen ja infektion todennäköisyys</span>\n")
cat(colnames(dose.response), "\n")
#cat(colnames(ExpoPatAnn@output), "\n")
oprint(dose.response[,c("Pathogen", "Exp.pat", "P.inf", "VedDesTehSource")]) # Patogeeneille altistuminen ja infektion todennäköisyys

cat("<span style='font-size: 1.2em;font-weight:bold;'>Arvioitu terveysvaikutus</span>\n")

cat(sum((1 - (1 - temp$P.ill.g.inf * temp$P.inf)^365) * Vaestonkoko, na.rm = TRUE), " vatsatautia vuodessa \n")

cat(sum(Health.effects$DALYs, na.rm = TRUE), " DALY:ä vatsataudeista \n")

Malli on käännetty Analyticasta, R:lle. Alkuperäinen malli löytyy täältä: Tiedosto:Vesiopas.ANA. Mikäli "Patogeenipitoisuus arvio" -kenttä jätetään tekstimuotoiseksi, ladataan raakaveden luokituksen mukainen arvo tietokannasta.

Käyttöohjeet Vesiopas-mallille

1. Valitse raakaveden luokitus

Pohjavesi - Puhdas
- Puhdasta pohjavettä
Pohjavesi - Pintavesikuormitus
- esim. rantaimeytymistä
Pintavesi - Vähäinen kuormitus
- Suhteellisen puhdasta pintavettä
Pintavesi - Keskisuuri kuormitus
- esim. pienehkö jätevesikuormitus
Pintavesi - Suuri kuormitus
- esim. jätevesikuormitus

TAI

Kirjoita patogeenien pitoisuudet niiden laatikoihin. Jos "Patogeenipitoisuus arvio" -kenttä jätetään tekstimuotoiseksi, ladataan raakaveden luokituksen mukainen arvo tietokannasta.

2. Valitse puhdistusprosessit. Huom! Voit valita monta vaihtoehtoa

3. Valitse onko klooraus käytössä vai ei syöttämällä käytetty klooriannos (mg/l). Mikäli kloorausta ei ole, annokseksi tulee 0 mg/l. Klooraukseen liittyvät arvot on ilmoitettu oletusarvoina mutta niitä voi muuttaa haluttaessa. Jos valitset "Kaupungin oletusarvot", tulos lasketaan oletusarvojen perusteella huolimatta siitä onko niitä muutettu vai ei.

4. Ilmoita juomaveden kulutus vuorokautta kohden millilitroina.

5. Ilmoita kohdealueen väestön lukumäärä.

6. Tuloksen saa näkyviin uudelle sivulle "aja koodi" kohdasta.

Tulosten tulkinta

R-tools -nimiselle välilehdellä ilmoitetaan tulos. Kolmesta ensimmäisestä vihreästä laatikosta näkee millaisia lähtöarvoja malliin on syötetty. Kaksi alinta laatikko ilmoittavat mallin tulokset:

Montako vatsatautitapausta alueella on vuodessa
Monta DALYa eli toimintakyvyn vajaavuudella painotettua elinvuotta menetetään vatsatautitapausten vuoksi ko. alueella

Rajaus

Tässä tarkastellaan juomaveden mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia. Minkä tahansa malliin sopivan vedenpuhdistuslaitoksen tiedot voidaan syöttää arviointiin lähtötiedoiksi.

Määritelmä

Talousveden laadulle on asetettu terveysperusteisia laatuvaatimuksia ja -suosituksia. Laatua koskevasta lainsäädännästä vastaa Sosiaali- ja terveysministeriö ja laadun valvonnasta kuntien terveydensuojeluviranomaiset. Hyvän veden laadun ylläpitäminen ja kehittäminen edellyttävät korkealaatuista tutkimusta ja yhteistyötä eri tahojen kanssa. Pohjavesiä tai tekopohjavesiä ei yleensä desinfioida. Raakaveden sisältämät kemikaalit, mikrobit tai talousveden valmistuksessa muodostuvat desinfioinnin sivutuotteet voivat aiheuttaa terveysriskejä talousveden käyttäjille. Vesilaitokselta lähtevä vesi saattaa viipyä pitkiäkin aikoja verkostossa. Mikäli olosuhteet ovat mikrobikasvustolle suotuisat, vesi voi muuttua verkostossa ja kiinteistöjen vesijärjestelmissä huonolaatuiseksi ja jopa terveydelle haitalliseksi. ^[1]

Talousvesi tuotetaan joko pohja- tai pintavedestä. Näillä on erilaiset ongelmat. Pintaveden käyttö vaatii aina varsinaisen vesilaitoksen perustamista ja siihen liittyvää tietoa, taitoa ja tekniikkaa sekä koulutettua valvontahenkilöstöä. Pohjavesi taas ei vaadi kovin monimutkaista käsittelyä, joten varsinaista vesilaitoshenkilökuntaa tarvitaan varsin vähän ja valvontakin on vähäisempää. Lisäksi meillä on nykyään useita vesilaitoksia, jotka valmistavat tekopohjavettä. Ominaisuuksiltaan tekopohjavedet saattavat olla hyvien pohjavesien kaltaisia, mutta usein vain keskitasoisen pintaveden veroisia.

Pohjaveden käsittelyyn kuuluu tavallisesti veden pH:n ja kovuuden nosto. Tähän voidaan käyttää erilaisia tekniikoita, joista pH:n säädössä kalsiumhydroksidin ja hiilidioksidin käyttö lienee yleisimpiä. Toisinaan tarvitaan lisäksi raudan tai mangaanin saostaminen vahvoilla hapettimilla kuten permanganaatilla tai kloorilla. Lisäksi heikkolaatuiset pohjavedet desinfioidaan.

Jotta pintavedestä saataisiin hyvää juomavettä, sitä joudutaan käsittelemään varsin rankasti. Vaikeinta on saada pintaveden humusainekset saostettua. Tähän käytetään erilaisten saostuskemikaalien lisäksi mm. pH:n säätöä ja humusaineksen pilkkomista voimakkailla hapettimilla kuten otsonilla. Lisäksi saostuskemikaalien (esim. alumiinin ja raudan suolat) jäämät on poistettava ja veden kovuutta nostettava niin, ettei putkisto aikojen kuluessa haperru. Väestö on myös suojattava pintavesissä aina piileviltä mikrobeilta, joten vesi täytyy desinfioida tautia aiheuttavien mikrobien, patogeenien, poistamiseksi.

Veden laatuun vaikuttavat myös verkoston kunto ja veden verkostossa viipymä aika. Jos verkostoon on kertynyt runsaasti saostumia, nämä sakat sisältävät erilaisten epäorgaanisten yhdisteiden lisäksi valtavasti bakteerimassaa. Verkoston saostumien ominaisuuksia ja niiden vaikutusta veden laatuun on Suomessa alettu tutkia vasta viime aikoina. ^[2]

Riskinarvioinnin tarkoituksena on tuottaa tietoa riskin todellisesta suuruudesta päätöksentekoa varten. Riskinarviointi on tieteellinen prosessi, jossa asiantuntijoilla on keskeinen rooli. Koska tutkittavia riskejä monenlaisia, riskinarviointiprosessit voivat olla hyvin erilaisia. Ympäristöterveyden alalla riskinarvioinnin katsotaan tavallisesti koostuvan neljästä vaiheesta:

1. Vaaran tunnistaminen (aiheuttaako tutkittava tekijä vaaraa ihmiselle?)
2. Annosvasteen arviointi (mikä on annoksen ja vaikutuksen suhde?)
3. Altistumisen arviointi (kuinka paljon ihmiset altistuvat?)
4. Riskin karakterisointi (kuinka suuri on terveysriski?)^[3]

Kaikkien vesilaitosten tulisi ajoittain tehdä talousvedelle riskinarviointi. Siinä selvitetään toimenpiteet eri kriisitilanteita varten ja laaditaan suunnitelmat eri ongelmatilanteita ja mahdollisia vahinkoja varten. Erilaiset vesilaitokset ja esimerkiksi lomakeskukset tarvitsevat erilaiset suunnitelmat ja toteutukset.

Muuttujat

Data

Paikkakuntakohtaiset tiedot

Katso myös

Viitteet

Aiheeseen liittyviä tiedostoja

[1] ttp://www.ktl.fi/portal/suomi/tietoa_terveydesta/elinymparisto/vesi

[2] ttp://www.ktl.fi/portal/suomi/julkaisut/kansanterveyslehti/lehdet_1999/2_1999/vesiepidemiat_voidaan_estaa_hyvalla_talousveden_kasittelylla/

[3] ttp://wanda.uef.fi/tkk/avoin/ymp_terveys/

[1]

[2]

[3]

Ero sivun ”Vesiopas” versioiden välillä