Funktioita R-toolsiin

[show] Tämä sivu on tietokide alatyypiltään metodi. Sivutunniste: Op_fi2765
Moderaattori:Jouni (katso kaikki) Sivun edistymistä ei ole arvioitu. Arvostuksen määrää ei ole arvioitu (ks. peer review).
Lisää dataa {{#opasnet_base_link:Op_fi2765}}

Kysymys

Miten pitäisi laskea tyypillisiä terveysvaikutusarviointien laskutehtäviä R-ohjelmalla?

Vastaus

generic

Tämä koodi sisältää funktiot dropall ja PTable.

+ Näytä koodi - Piilota koodi

######################################
## dropall pudottaa data.framesta pois kaikki faktorien sellaiset levelit, joita ei käytetä.
## parametrit: x = data.frame 

dropall <- function(x){
    isFac <- NULL
    for (i in 1:dim(x)[2]){isFac[i] = is.factor(x[ , i])}

    for (i in 1:length(isFac)){
        x[, i] <- x[, i][ , drop = TRUE]
        }
    return(x)
    }
########################################

#########################################
## PTable muuntaa arvioinnin todennäköisyystaulun sopivaan muotoon arviointia varten.
## Parametrit: P = todennäköisyystaulu Opasnet-kannasta kaivettuna.
##             n = iteraatioiden lukumäärä Monte Carlossa
## Todennäköisyystaulun sarakkeiden on oltava: Muuttuja, Selite, Lokaatio, P
## Tuotteena on Monte Carloa varten tehty taulu, jonka sarakkeina ovat
## n (iteraatio) ja kaikki todennäköisyystaulussa olleet selitteet, joiden riveille on arvottu
## lokaatiot niiden todennäköisyyksien mukaisesti, jotka todennäköisyystaulussa oli annettu.

PTable <- function(P, n) {
Pt <- unique(P[,c("Muuttuja", "Selite")])
Pt <- data.frame(Muuttuja = rep(Pt$Muuttuja, n), Selite = rep(Pt$Selite, n), obs = rep(1:n, each = nrow(Pt)), P = runif(n*nrow(Pt), 0, 1))
for(i in 2:nrow(P)){P$Result[i] <- P$Result[i] + ifelse(P$Muuttuja[i] == P$Muuttuja[i-1] & P$Selite[i] == P$Selite[i-1], P$Result[i-1], 0)}
P <- merge(P, Pt)
P <- P[P$P <= P$Result, ]
Pt <- as.data.frame(as.table(tapply(P$Result, as.list(P[, c("Muuttuja", "Selite", "obs")]), min)))
colnames(Pt) <- c("Muuttuja", "Selite", "obs", "Result")
Pt <- Pt[!is.na(P$Result), ]
P <- merge(P, Pt)
P <- P[, !colnames(P) %in% c("Result", "P", "Muuttuja")]
P <- reshape(P, idvar = "obs", timevar = "Selite", v.names = "Lokaatio", direction = "wide")
colnames(P) <- ifelse(substr(colnames(P), 1, 9) == "Lokaatio.", substr(colnames(P), 10,30), colnames(P))
return(P)
}
######################################

Perustelut

Tälle sivulle voi listata erilaisia hyödyllisiksi katsottuja funktioita R:ää varten, kunhan ne sopivat yleiseen käyttöön. On tärkeää pitää tämä sivu yhdenmukaisena vastaavan englanninkielisen sivun op_en:Functions for R-tools kanssa, jotta R-koodit toimivat molemmissa wikeissä.

Päätelmiä koodissa olleista virheistä:

--#: Jos lokaatiot ovat 0.5 ja 1.0, jälkimmäinen muutetaan R:n faktorissa automaattisesti 1:ksi. Jos sen sijaan lokaatioita on 1, 0.5, 1.0 ja joitakin tekstikenttiä, 1 ja 1.0 tulkitaan eri faktorin leveleiksi. Kannattaa siis alunperinkin jättää turhat desimaalit pois datatauluista, jolloin niiden yllättävä tippuminen pois ei aiheuta matchaysongelmia. --Jouni Tuomisto 10. joulukuuta 2011 kello 14.01 (EET)
--#: Opasnet-kannassa on toiminto, jolla samaa tarkoittavat lokaatiot voidaan yhdistää. Tästä kuitenkin syntyy se ongelma, että kannasta tarjotaan ulos eri lokaatiota kuin mitä sinne on pistetty sisään, esim. lokaation Max sijasta tulee max, ja sitten eri taulujen yhdistäminen R:ssä mergellä ei onnistu. Ehkä tämä toiminnallisuus pitäisi ottaa pois päältä, koska käyttäjä ei juuri voi hallita sitä eikä tunnistaa virhettä. Lisäksi se on muistaakseni toteutettu kannassa siten, että se on universaali, jolloin eri objektien ja actien lokaatiot pakotetaan samaksi, vaikka sama sana eri yhteyksissä oikeasti tarkoittaisi eri asioita. Koko tämä aihe liittyy semanttisiin ongelmiin, joita ei juuri ole Opasnet-kannassa huomioitu ja toteutukset ovat kökköjä kuten tämä. --Jouni Tuomisto 10. joulukuuta 2011 kello 14.01 (EET)

Katso myös

Viitteet

Aiheeseen liittyviä tiedostoja