Ero sivun ”Käyttäjä:Teemu R” versioiden välillä

Opasnet Suomista
Siirry navigaatioon Siirry hakuun
pEi muokkausyhteenvetoa
Rivi 9: Rivi 9:
Yli vuoden kokemuksella Opasnetin kanssa paininut. Pääasiassa olen koodannut malleja R:llä.
Yli vuoden kokemuksella Opasnetin kanssa paininut. Pääasiassa olen koodannut malleja R:llä.


==R Koodi VedDesTeh==
== R code test ==


<rcode  
<rcode showcode = "1">
name="muuttuja"
label="Alusta muuttuja"
graphics="1"
include="
page:Opasnet_(R_library)|name:answer
>
library(OpasnetUtils)
library(OpasnetUtils)
library(xtable)
library(xtable)
 
data <- op_baseGetData("opasnet_base", "Op_fi2806") # Haetaan päästökerrointiedot
temp <- tidy(op_baseGetData("opasnet_base", "Op_fi2993"), objname = "VedDesTeh")
print(xtable(data), type = "html")
print(xtable(temp), type = "html")
data <- tidy(data) # Siistitään data
 
print(xtable(data), type = "html")
riippuvuudet <- data.frame(
Name = c("Klooraus"),
Key = c("n2YMZPHPrEi1HjD4")
)
 
funktio <- function(dependencies, ...) {
ComputeDependencies(dependencies, ...)
temp <- tidy(op_baseGetData("opasnet_base", "Op_fi2993"), objname = "VedDesTeh")
temp <- merge(
temp,
Klooraus@output[
,
colnames(Klooraus@output) %in% c(colnames(temp), "KloorausSource", "KloorausResult")
],
all = TRUE
)
temp$VedDesTehResult <- ifelse(
is.na(temp$KloorausResult),
temp$VedDesTehResult,
temp$KloorausResult
)
return(temp)
}
 
VedDesTeh <- new("ovariable",
name        = "VedDesTeh",
data        = temp,
dependencies = riippuvuudet,
formula      = funktio
)
temp <- EvalOutput(VedDesTeh)
print(xtable(temp@output), type = "html")
variable <- temp
deps <- list()
priormarg <- TRUE
 
cat("Checking", variable@name, "marginals", "...")
varmar <- colnames(variable@data)[
!grepl(paste("^", variable@name, "", sep=""), colnames(variable@data))&
!colnames(variable@data) %in% c("Result", "Unit")
]
# all locs under observation/parameter index should be excluded
varmar <- c(varmar, paste(variable@name, "Source", sep = "")) # Source is added
# by EvalOutput so it should always be in the initial list.
novarmar <- colnames(variable@data)[!colnames(variable@data) %in% varmar]
if (priormarg & length(variable@marginal) > 0) {
varmar <- unique(c(varmar, colnames(variable@output)[variable@marginal]))
novarmar <- unique(c(novarmar, colnames(variable@output)[!colnames(variable@output) %in% varmar]))
}
if (length(deps) > 0) {
for (i in deps) {
varmar <- unique(c(varmar, colnames(i@output)[i@marginal]))
novarmar <- unique(c(novarmar, colnames(i@output)[!i@marginal]))
}
} else {
for (i in as.character(variable@dependencies$Name)){
varmar <- unique(c(varmar, colnames(get(i)@output)[get(i)@marginal]))
novarmar <- unique(c(novarmar, colnames(get(i)@output)[!get(i)@marginal]))
}
}
varmar <- varmar[!varmar %in% novarmar]
variable@marginal <- colnames(variable@output) %in% varmar
if (sum(variable@marginal) > 0) {
cat(paste(colnames(variable@output)[variable@marginal], collapse = ", "), "recognized as marginal(s).\n")
} else {cat("none recognized.\n")}
#cat("done!\n")
 
 
 
 
temp <- CheckMarginals(temp)
cat(colnames(temp@output)[temp@marginal], "\n")
 
objects.put(VedDesTeh)
 
cat("Muuttuja alustettu. Kopioi sivun osoitteen avain talteen käyttöä varten.\n")
</rcode>
 
==R Koodi PatPitPuhVed==
 
<rcode
name="muuttuja"
label="Alusta muuttuja"
graphics="1"
include="page:Opasnet_(R_library)|name:answer"
>
library(OpasnetUtils)
library(xtable)
library(reshape2)
 
riippuvuudet <- data.frame(
Name = c("RaaPatPitLuo", "VedDesTeh", "VedKasTeh"),
Key = c("AEmnj6ZNfhIHAt2X", "Ro8WEVdKjOEnxocT", "hdXm6afLzU4maZEo")
)
 
dependencies <- riippuvuudet#funktio <- function(dependencies, ...) {
ComputeDependencies(dependencies)#, ...)
print(xtable(VedDesTeh@output), type = "html")
cat(colnames(VedDesTeh@output)[VedDesTeh@marginal], "\n")
#VedDesTeh <- dcast()
VedDesTeh@output <- as.data.frame(as.table(tapply(
VedDesTeh@output[["VedDesTehResult"]],
VedDesTeh@output[,VedDesTeh@marginal &
!colnames(VedDesTeh@output) %in% c("Menetelmä", "KloorausSource")],
sum
)))
print(xtable(VedDesTeh@output), type = "html")
colnames(VedDesTeh@output)[colnames(VedDesTeh@output) %in% "Freq"] <- "VedDesTehResult"
VedDesTeh <- CheckMarginals(VedDesTeh)
cat(colnames(VedDesTeh@output)[VedDesTeh@marginal], "\n")
VedKasTeh@output <- as.data.frame(as.table(tapply(
VedKasTeh@output[["VedKasTehResult"]],
VedKasTeh@output[,VedKasTeh@marginal &
!colnames(VedKasTeh@output) %in% "Vedenpuhdistusmenetelmä"],
sum
)))
print(xtable(VedKasTeh@output), type = "html")
colnames(VedKasTeh@output)[colnames(VedKasTeh@output) %in% "Freq"] <- "VedKasTehResult"
VedKasTeh <- CheckMarginals(VedKasTeh)
        out <- merge(RaaPatPitLuo, VedDesTeh)
        out <- merge(out, VedKasTeh)
attach(out@output)
out@output$Result <- RaaPatPitLuoResult * 10 ^(-(VedDesTehResult + VedKasTehResult))
detach("out@output")
#out <- RaaPatPitLuo * 10 ^(0 - (VedDesTeh + VedKasTeh))
        #return(out@output)
#}
 
#PatPitPuhVed <- new("ovariable",
# name        = "PatPitPuhVed",
# dependencies = riippuvuudet,
# formula      = funktio
#)
 
#temp <- EvalOutput(PatPitPuhVed, N = 1, substitute = TRUE)
 
#print(xtable(temp@output), type = "html")
 
#objects.put(PatPitPuhVed)
 
cat("Muuttuja alustettu. Kopioi sivun osoitteen avain talteen käyttöä varten.\n")
</rcode>
 
== R Koodi Infektio todennäköisyys ==
 
<rcode>
 
#laskee todennakoisyyden infectiolle
library(OpasnetUtils)
library(xtable)
riippuvuudet <- data.frame(
Name = c("Exposure", "PatAnnVas"),
Key = c("97X24ShLlNiDbdqi", "Em89Y0FEI8jtg7Tx")
)
dependencies <- riippuvuudet#funktio <- function(dependencies, ...){
ComputeDependencies(dependencies)#, ...)
out <- merge(PatAnnVas,Exposure, all = FALSE)
 
#print(xtable(out@output), type = "html")
 
#attach(out@output)
cat(class(out@output), "\n")
cat(class(out@output$ExposureResult), "\n")
cat(class(out@output[["ExposureResult"]][[1]]), "\n")
cat(out@output[["ExposureResult"]][[1]], "\n")
#print(xtable(out@output$ExposureResult), type = "html")
for(i in 1:nrow(out@output)){
cat(i, "\n")
cat(as.character(out@output$Rname[i]), "\n")
cat(out@output$ExposureResult[[1]][i], "\n")
cat(out@output$Param1[i], "\n")
cat(out@output$Param2[i], "\n")
out@output$Result[i] = get(as.character(out@output$Rname[i]))(out@output$ExposureResult[[1]][i],out@output$Param1[i],out@output$Param2[i])
}
#detach("out@output")
# return(out@output[, !colnames(out@output) %in% "out"])
#}
 
 
 
#ExpoPatAnn <- new("ovariable",
# name        = "ExpoPatAnn",
# dependencies = riippuvuudet,
# formula      = funktio
#)
 
#objects.put(ExpoPatAnn)
#print(xtable(EvalOutput(ExpoPatAnn)@output),type = "html")
#cat("Muuttuja alustettu. Kopioi sivun osoitteen avain talteen käyttöä varten.\n")
</rcode>
</rcode>

Versio 20. heinäkuuta 2012 kello 08.22

Teemu Rintala

Tausta

Sivarissa ja töissä Jounilla 2010 kesä - 2011 syksy. Parhaillani opiskelen Bioinformaatioteknologiaa Aalto-yliopistossa.

Taidot

Yli vuoden kokemuksella Opasnetin kanssa paininut. Pääasiassa olen koodannut malleja R:llä.

R code test

- Piilota koodi

library(OpasnetUtils)
library(xtable)
data <- op_baseGetData("opasnet_base", "Op_fi2806") # Haetaan päästökerrointiedot
print(xtable(data), type = "html")
data <- tidy(data) # Siistitään data
print(xtable(data), type = "html")

Noudettu kohteesta ”https://fi.opasnet.org/index.php?title=Käyttäjä:Teemu_R&oldid=14354”