+ Näytä koodi- Piilota koodi
library(OpasnetUtils)
library(xtable)
library(ggplot2)
# Rakennetaan annetuista tiedoista data.frame.
out <- data.frame()
for(i in 1:6) {
temp <- toupper(get(paste("laim", i, sep = "")))
if(temp != "") {
suku <- gsub("[0-9 ]*", "", temp)
suku <- strsplit(suku, ",")[[1]]
lukumäärä <- gsub("[a-zA-Z ]", "", temp)
lukumäärä <- strsplit(lukumäärä, ",")[[1]]
out <- rbind(out, data.frame(
Näyte = näyte,
Päivämäärä = as.character(pvm),
Lämpötila = lämpötila,
Laimennos = rep(i, length(suku)),
Lyhenne = suku,
Result = as.numeric(as.character(lukumäärä))
))
}
}
# Haetaan sukujen oikeat nimet.
lyhenteet <- opbase.data("Op_fi3376.lyhenteet")[ , c("Lyhenne", "Suku")]
puuttuvat <- out$Lyhenne[!out$Lyhenne %in% lyhenteet$Lyhenne]
# Tietoja ei tallenneta, jos on kirjattu listalta puuttuvia lyhenteitä.
if(length(puuttuvat)>0)
{cat("Näiden lyhenteiden mukaisia sukuja eli löydy: ", as.character(puuttuvat), "\nTietoja ei tallenneta!\n")
} else {
out <- merge(lyhenteet, out, all.x = TRUE)
out <- out[ , colnames(out) != "Lyhenne"]
# Printataan taulukko.
print(xtable(out), type = 'html')
# Piirretään kuvaaja.
graph <- ggplot(out, aes(x = Suku, y = Result, colour = Laimennos)) +
geom_point(size = 5) +
theme_grey(base_size = 24)
print(graph)
# Muodostetaan uusi taulukko, jossa suvut ovat sarakkeina ja printataan se.
taul <- reshape(out, timevar = "Suku", idvar = "Laimennos", v.names = "Result", direction = "wide")
colnames(taul) <- gsub("Result.", "", colnames(taul))
print(xtable(taul), type = 'html')
#Tallennetaan uudet tiedot.
opbase.upload(input = out, ident = "Op_fi3376", name = "Rakennusnäytteiden mikrobikannat", obj_type = 'study',
act_type = lisäys, language = 'fin', unit = '#', who = wiki_username
)
cat("Tiedot tallennettu\n")
}
| |
Mikrobikantatutkimus
Tämä sivu on rakennusnäytteistä peräisin olevien mikrobikantojen tutkimustulosten tallentamista varten.
Mikrobikantojen lyhenteet
Lyhenteet eivät ole kokoriippuvaisia eli myös pieniä kirjaimia voi käyttää.
lyhenteet(-)| Obs | Lyhenne | Suku | Kuvaus |
|---|
| 1 | ST | Staphylococcus | |
| 2 | SR | Streptococcus versicolor | |
| 3 | CH | Strachybotrys chartatum | |
| 4 | CY | Cyanobacterium | |
