http://fi.opasnet.org/fi-opwiki/api.php?action=feedcontributions&user=P%C3%A4ivi+Meril%C3%A4inen&feedformat=atomOpasnet Suomi - Käyttäjän muokkaukset [fi]2024-03-29T09:50:24ZKäyttäjän muokkauksetMediaWiki 1.29.0http://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36802Uimavesiopas2021-04-13T07:48:03Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vastaus */</p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
BoDattr <- unkeep(BoDattr, sources=TRUE, prevresults = TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako mikrobia eri ikäryhmässä altistuneet nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(oapply(BoDattr,NULL,sum,"Age"), marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat kokonaistautitapaukset päivässä \n")<br />
oprint(summary(oapply(cases,NULL,sum,"Age"), marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä<br />
\n")<br />
oprint(summary(cases_percent, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36801Uimavesiopas2021-04-13T07:46:25Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vastaus */</p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
BoDattr <- unkeep(BoDattr, sources=TRUE, prevresults = TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako mikrobia eri ikäryhmässä altistuneet nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(oapply(BoDattr,NULL,sum,"Age"), marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat kokonaistautitapaukset päivässä \n")<br />
oprint(summary(oapply(cases,NULL,sum,"Age"), marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä<br />
\n")<br />
oprint(summary(cases_percent, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset \n")<br />
oprint(summary(oapply(cases,NULL,sum,"Age"), marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36779Uimavesiopas2021-03-31T13:42:02Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vastaus */</p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
BoDattr <- unkeep(BoDattr, sources=TRUE, prevresults = TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako mikrobia eri ikäryhmässä altistuneet nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(oapply(BoDattr,NULL,sum,"Age"), marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat kokonaistautitapaukset päivässä \n")<br />
oprint(summary(oapply(cases,NULL,sum,"Age"), marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä<br />
\n")<br />
oprint(summary(cases_percent, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille<br />
\n")<br />
oprint(summary(oapply(cases,NULL,sum,"Age"), marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36778Uimavesiopas2021-03-31T13:38:05Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vastaus */</p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
BoDattr <- unkeep(BoDattr, sources=TRUE, prevresults = TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako mikrobia eri ikäryhmässä altistuneet nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(oapply(BoDattr,NULL,sum,"Age"), marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat kokonaistautitapaukset päivässä \n")<br />
oprint(summary(oapply(cases,NULL,sum,"Age"), marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä<br />
\n")<br />
oprint(summary(cases_percent, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille<br />
\n")<br />
oprint(summary(oapply(cases), marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36777Uimavesiopas2021-03-31T13:26:13Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vastaus */</p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
BoDattr <- unkeep(BoDattr, sources=TRUE, prevresults = TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako mikrobia eri ikäryhmässä altistuneet nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(oapply(BoDattr,NULL,sum,"Age"), marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat kokonaistautitapaukset päivässä \n")<br />
oprint(summary(oapply(cases,NULL,sum,"Age"), marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä<br />
\n")<br />
oprint(summary(cases_percent, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille<br />
\n")<br />
oprint(summary(oapply(cases,NULL,mean,"Iter"), marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36769Uimavesiopas2021-03-29T19:25:47Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vastaus */</p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat tautitapaukset päivässä \n")<br />
oprint(summary(cases, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä<br />
\n")<br />
oprint(summary(cases_percent, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36768Uimavesiopas2021-03-29T19:23:43Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vastaus */</p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat tautitapaukset päivässä. \n")<br />
oprint(summary(cases, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä<br />
\n")<br />
oprint(summary(cases_percent, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36767Uimavesiopas2021-03-29T18:47:07Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat tautitapaukset päivässä. \n")<br />
oprint(summary(cases, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36766Uimavesiopas2021-03-29T18:40:50Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36765Uimavesiopas2021-03-29T18:36:58Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vastaus */</p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi") <br />
)<br />
<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36764Uimavesiopas2021-03-29T18:34:45Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi") <br />
)<br />
<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat tautitapaukset päivässä. \n")<br />
oprint(summary(cases, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36763Uimavesiopas2021-03-29T18:32:34Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi") <br />
)<br />
<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat tautitapaukset päivässä. \n")<br />
oprint(summary(cases, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä. \n")<br />
oprint(summary(cases_percent, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36762Uimavesiopas2021-03-29T18:31:51Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi") +<br />
annotate("text", x = 1:length(label), y = label, label = signif(label,2), size = 6)<br />
<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat tautitapaukset päivässä. \n")<br />
oprint(summary(cases, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä. \n")<br />
oprint(summary(cases_percent, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36761Uimavesiopas2021-03-29T18:14:48Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat tautitapaukset päivässä. \n")<br />
oprint(summary(cases, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
cat("Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä. \n")<br />
oprint(summary(cases_percent, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36760Uimavesiopas2021-03-29T18:09:44Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat tautitapaukset päivässä. \n")<br />
oprint(summary(cases, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36759Uimavesiopas2021-03-29T18:06:07Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36758Uimavesiopas2021-03-29T18:03:42Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Uimavedenveden aiheuttamat tautitapaukset päivässä \n")<br />
oprint(summary(cases, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36612Uimavesiopas2020-12-07T12:42:58Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Uimavesiopas&diff=36611Uimavesiopas2020-12-07T12:35:22Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
{{metodi|moderaattori=Heta}}<br />
[[op_en:Bathing water guide]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan luonnon uimavesien mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisia tietoja uimavedestä ja uimiskäyttäytymisestä pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi. <br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
Mallin käyttämä uimaveden taudinaiheuttajakuormitus ei ole sama asia, kuin EU:ssa ja Suomessa käytössä oleva uimavesiluokitus. [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Tältä]] sivulta löytyvästä taulukosta (englanniksi) voit tarkistaa, mitä taudinaiheuttajamääriä kukin valittavana oleva kuormitusmäärä vastaa.<br />
<br />
<rcode<br />
name="uimavesiopas"<br />
label="Aja malli"<br />
embed=0<br />
graphics=1<br />
variables="<br />
name:rawclass|description:Uimaveden taudinaiheuttajakuormitus|type:selection|<br />
options:<br />
'Surface water - low contamination';Vähäinen kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - medium contamination';Keskisuuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Surface water - high contamination';Suuri kuormitus jätevedestä;<br />
'Hand input';Syötän taudinaiheuttajien määrän itse|<br />
default:'Hand input'|<br />
<br />
category:Tilanne|<br />
<br />
name:total_population|default:100|description:Uimarannan päivittäinen kävijämäärä|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Uimaveden taudinaiheuttajien määrä|<br />
category_conditions:rawclass;'User'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0<br />
"<br />
><br />
# Tämä on koodi "Op_fi5895/uimavesiopas" sivulla [[Uimavesiopas]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(stringr)<br />
<br />
objects.latest("Op_en7961", code_name="initialization") # [[Uimavesiopas]] hakee koko mallin muuttujat<br />
<br />
# Luo ovariablet käyttäjän antamasta datasta<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
<br />
# Jos mikrobipitoisuudet syötetään käsin, laitetaan ne yhteen Ovariableen<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
population <- Ovariable(<br />
"population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population", "distribution"),<br />
Ident=c(NA, "Op_en7961/age_distribution")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
return(distribution * total_population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
#oprint(EvalOutput(population)@output)<br />
<br />
#exposure <- EvalOutput(exposure)<br />
<br />
#objects.latest("Op_en2261", code_name="BoDattr2") # [[Health impact assessment]] BoDattr<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, forceEval=TRUE)<br />
<br />
cat("Mikrobien määrät uimavedessä, mikrobia/litra. \n")<br />
oprint(RawConcentration@output[,c("Pathogen", "RawConcentrationResult")])<br />
cat("Altistuminen: montako jokaista mikrobia eri ikäiset nielevät uimaveden mukana.\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
cat("Uimaveden aiheuttamat tautitapaukset päivässä \n")<br />
oprint(summary(cases, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
# laske tautitapausten määrä<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
<br />
plotdata <- oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output<br />
plotdata$Age <- factor(plotdata$Age, ordered=T, levels=c("0-4", "5-9", "10-14", "15-24", "25-64", "65-79", "80+"))<br />
<br />
cat("Jokaisen taudin tautitapaukset on saatu laskemalla yhteen jokaisen patogeenin aiheuttamat kyseisen taudin tapaukset. Koska on mahdollista, että yhdellä ihmisellä oleva tauti on seurausta monen eri patogeenin auheuttamista taudeista, alta löytyvissä kuvaajissa tautitapausten lukumäärä voi olla todellisuutta korkeampi. Esimerkiksi: kaikki mallissa mukava olevat kuusi patogeenia aiheuttavat vatsataudin, joten jos yksittäinen ihminen altistuu niille kaikille uidessaan tarpeeksi saadakseen kaikki kuusi vatsatautia samanaikaisesti, hänet on laskettu vatsatautitapauksiin mukaan kuusi kertaa. (Tällaisissa tapauksissa saatu vatsatauti olisi selvästi vain yhden patogeenin aiheuttamaa vatsatautia pahempi.) On myös mahdollista, että yksi ihminen saa eri taudit eri patogeeneistä, jolloin tällainen ihminen on laskettu erikseen mukaan jokaisen taidin tapauksiin. \n")<br />
<br />
ggplot(<br />
plotdata,<br />
aes(x=Age, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
# coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobien päivässä aiheuttamat tautitapaukset eri ikäryhmille",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Tautitapauksia päivässä",<br />
x = "Ikä"<br />
) +<br />
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))<br />
<br />
# laske tautitapausten osuus uimareista<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Uimavesien mikrobeista sairastuneiden osuus rannan käyttäjistä",<br />
subtitle=paste("uimarannalla, jolla uimareita on päivässä", sum(result(population))),<br />
y = "Prosenttia uimareista",<br />
x = "Mikrobi"<br />
)<br />
</rcode><br />
<br />
: "Aja malli" -painikkeesta aukeaa uusi sivu, jolle mallin tulokset tulevat näkyviin sen ajettua. Mallin ajamiseen menee n. 1 minuutti.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
Mallissa on mukana vain mikrobeita, jotka aiheuttavat niellessä suolistoinfektioita.<br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en7961 [[:op_en:Bathing water guide|Bathing water guide]] || Dataa uintiajoista ja niellyn veden määrästä uidessa sekä rantakävijöiden ikäjakaumasta. Sivulla myös mallin alustuskoodi || Niellyn veden määrä tunnissa kerrotaan uintiajalla, jotta saadaan selville, kuinka paljon ihmiset nielevät vettä uidessa käydessään. Rantakävijiden ikäjakaumaa käytetään, koska eri ikäiset ihmiset nielevät eri määrät vettä ja ovat uimassa pidempään. Lisäksi herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä, joten sairaustapaukset ja tautitaakat lasketaan erikseen eri ikäryhmille. || Sivu on tätä sivua vastaava englanninkielinen. Siltä löytyy myös mallin englanninkielinen käyttöliittymä (suomenkielinen yllä tällä sivulla). <br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri (raaka)vesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin taudinaiheuttajakuormituksen, data tämän kuormituksen taudinaiheuttajamääristä löytyy tältä sivulta. Mikäli käyttäjä on syöttänyt taudinaiheuttajien määrän itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä määriä käytetään sen sijasta. || Tämä sivu on sama, jota käytetään [[Vesiopas|vesioppaassa]], minkä takia vesien luokitus soveltuu juomavesien raakavesien tarkasteluun uimavesiä paremmin ja minkä takia luokitus ei vastaa EU:n uimavesiluokitusta.<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat uidessa niellyn veden määrän ja veden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee yhden uintikerran aikana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri uimaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi tietyllä rannalla uimisesta. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
* [[Vesiopas]]<br />
* EU-direktiiviin perustuva uimavesien laatuluokittelu [https://www.finlex.fi/data/sdliite/liite/5516.pdf] (Sosiaali- ja terveysministeriön [https://www.finlex.fi/fi/laki/alkup/2008/20080177|asetuksen] liite)<br />
<br />
* A Randomized Controlled Trial Assessing Infectious Disease Risks from Bathing in Fresh Recreational Waters in Relation to the Concentration of Escherichia coli, Intestinal Enterococci, Clostridium perfringens, and Somatic Coliphages [https://doi.org/10.1289/ehp.8115]<br />
* Detection of Cryptosporidium, Giardia and Enterocytozoon bieneusi in surface water, including recreational areas: a one-year prospective study [https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2006.00098.x]<br />
* WHO: [htps://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<references/></div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Vesiopas&diff=35994Vesiopas2019-11-05T11:58:57Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[op_en:Water guide]]<br />
[[Luokka:Talousvesi]]<br />
[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Vesiopas]]<br />
[[Luokka:Tutkimushanke]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
[[Tiedosto:Talousveden_riskinarviointi.png|thumb|500px]]<br />
<br />
'''Vesiopas - Arviointi vedenlaadun terveysvaikutuksista''' käsittelee juomaveden mahdollisia mikrobiologisia terveysriskejä. Mikrobiologisten riskien taustana on raakaveden kontaminoituminen mikrobeilla joista aiheutuu mahdollista terveyshaittaa vesijohtovettä käyttäville ihmisille, sekä juomaveden käsittelyprosessien tehokkuus, joka voi olla riittämätön poistamaan haitalliset mikrobit juomavedestä. Arvioinnilla määritetään, minkä suuruinen mahdollinen terveysriski on tietyillä raakaveden mikrobeilla. Arviointi perustuu matemaattiselle Vesiopas-mallille, joka esitellään alla.<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan juomaveden mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisten vedenpuhdistuslaitosten tietoja pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi.<br />
<br />
==Vastaus==<br />
<br />
<rcode name="answer" graphics=1 variables="<br />
name:rawclass|description:Raakaveden valmiit luokitukset|type:selection|<br />
options:<br />
'Ground water - clean';Pohjavesi - Puhdas;<br />
'Ground water - surface water contamination';Pohjavesi - Pintavesikuormitus;<br />
'Surface water - low contamination';Pintavesi - Vähäinen kuormitus;<br />
'Surface water - medium contamination';Pintavesi - Keskisuuri kuormitus;<br />
'Surface water - high contamination';Pintavesi - Suuri kuormitus;<br />
'Hand input';Ei valmista luokitusta, määrittelen mikrobipitoisuudet itse|<br />
category:Perustiedot|<br />
name:rawconsumption|default:0.25|description:Kylmän hanaveden juominen (litraa/pvä)|<br />
name:total_population|default:10000|description:Altistuvan väestön koko|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Taudinaiheuttajien määrät raakavedessä (jos ei valmista luokitusta)|<br />
category_conditions:RaakaLuokka;'Käyttäjä'|<br />
name:E.coli|description:''E.coli'' O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
<br />
name:treatment|description:Käytössä olevat puhdistusmenetelmät|type:checkbox|options:<br />
'Coagulation and flotation';Saostaminen ja flotaatio;<br />
'Slow sand filtration';Hidas hiekkasuodatus;<br />
'Lime stone filtration';Kalkkikivisuodatus;<br />
'Active carbon filtration';Aktiivihiilisuodatus|<br />
category:Vedenpuhdistus: Puhdistusprosessi ja klooraus|<br />
<br />
name:chlorinedose|default:0|description:Klooriannos (mg/l)|<br />
name:ozonedose|default:0|description:Otsoniannos (mg/l)|<br />
name:uvdose|default:0|description:UV annos (mW/cm^2)|<br />
name:uvtime|default:0|description:UV aika (s)<br />
"<br />
><br />
# This is code Op_fi2583/answer on page [[Water guide]]<br />
<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
<br />
objects.latest("Op_en6177", code_name="waterguide") # [[Water guide]] fetch the whole model<br />
<br />
# Create ovariables from user input data<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
Treatment <- Ovariable("Treatment", data=data.frame(TreatmentMethod=c(treatment, "None"), Result=1))<br />
ChlorineDose <- Ovariable("ChlorineDose", data=data.frame(Result=chlorinedose))<br />
UVdose <- Ovariable("UVdose", data=data.frame(Result=uvdose))<br />
UVtime <- Ovariable("UVtime", data=data.frame(Result=uvtime))<br />
OzoneDose <- Ovariable("OzoneDose", data=data.frame(Result=ozonedose))<br />
RawConsumption <- Ovariable("RawConsumption", data=data.frame(Result=rawconsumption))<br />
# divide the given population size to different age groups based on age distribution of all of Finland<br />
population <- Ovariable("population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
population2 <- Ovariable(<br />
"population2",<br />
ddata="Op_en2949", subset="Population"<br />
)<br />
population2 <- EvalOutput(population2)<br />
population <- population2/oapply(population2, cols = "Age", FUN=sum) * total_population<br />
return(population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
<br />
# if the raw concentrations were chosen to be given by hand, put them into an ovariable<br />
# if some raw water class was chosen, this isn't done, and instead the data for microbe concentrations for that class is used<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, verbose=FALSE, forceEval=TRUE)<br />
# calculate the number of cases<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
cat("Raakaveden patogeenipitoisuudet, microbes/l\n")<br />
oprint(summary(RawConcentration))<br />
cat("Altistuminen, juomaveden mukana nieltyjen mikrobien määrä päivittäin\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
cat("Juomaveden aiheuttamat tautitapaukset päivässä \n")<br />
oprint(summary(cases, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
label <- oapply(BoDattr, c("Exposure_agent", "Iter"), sum)<br />
label <- oapply(unkeep(label, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output$BoDattrResult<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Juomaveden mikrobien aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste(format(sum(result(population)), scientific = F), "hengen populaatiossa"),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Taudinaiheuttaja") + <br />
annotate("text", x = c(1:6), y = label, label = round(label,2), size = 6)<br />
<br />
label2 <- oapply(cases, c("Exposure_agent", "Iter"), sum)<br />
label2 <- oapply(unkeep(label2, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output$Result<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Juomaveden mikrobeiden aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste(format(total_population, scientific = F), "hengen populaatiossa"),<br />
y = "Tautitapaukset",<br />
x = "Taudinaiheuttaja") +<br />
annotate("text", x = c(1:6), y = label2, label = round(label2,2), size = 6)<br />
<br />
<br />
# cases as percent of beachgoers<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
label3 <- oapply(cases_percent, c("Exposure_agent", "Iter"), sum)<br />
label3 <- oapply(unkeep(label3, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output$Result<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Osuus väestöstä, joka sairastuu juomavedestä päivittäin",<br />
y = "Osuus väestöstä (%)",<br />
x = "Taudiniheuttaja") +<br />
annotate("text", x = c(1:6), y = label3, label = round(label3,2), size = 6)<br />
<br />
<br />
cat(paste("Suomessa juomavedestä johtuvia tautitapauksia tulisi olla keskimäärin vähemmän kuin 0.01% populaatiosta vuosittain, tai 1 tapaus 10 000:ä henkeä kohti. WHO:n ohjeet antavat tavoitetasoksi vähemmän kuin 10^-6 DALYa henkeä kohti vuodessa, eli 0.01 DALYa 10 000:ä henkeä kohti. Nämä kuvaajat näyttävät tautitaakat ja tautitapausten määrän jokainen patogeeni auheuttaa päivittäin", format(sum(result(population)), scientific = F), "hengen populaatiossa, kun kylmää hanavettä juodaan keskimäärin", rawconsumption, "litraa/hlö/päivä. \n"))<br />
</rcode><br />
<br />
Tulossivu avautuu uudelle välilehdelle painamalla aja koodi -laatikkoa. Tulokset ilmestyvät näkyviin tulossivulle, kunhan malli on saanut ajettua. Tähän menee noin 45 sekuntia.<br />
<br />
=== Käyttöohjeet Vesiopas-mallille ===<br />
<br />
{{greenbox|<br />
<br />
'''1. Valitse raakaveden luokitus'''<br />
*Pohjavesi - Puhdas: puhdasta pohjavettä<br />
*Pohjavesi - Pintavesikuormitus: esim. rantaimeytymistä<br />
*Pintavesi - Vähäinen kuormitus: suhteellisen puhdasta pintavettä<br />
*Pintavesi - Keskisuuri kuormitus: esim. pienehkö jätevesikuormitus<br />
*Pintavesi - Suuri kuormitus: esim. jätevesikuormitus<br />
<br />
'''TAI'''<br />
<br />
Valitse 'Määrittelen mikrobipitoisuudet itse'. Kirjoita patogeenien pitoisuudet niiden laatikoihin.<br />
<br />
'''2. Ilmoita juomaveden kulutus''' vuorokautta kohden litroina päivässä henkeä kohti (oletus 0,796 l/pvä).<br />
<br />
'''3. Ilmoita kohdealueen väestön lukumäärä.''' (oletus 100000)<br />
<br />
'''4. Valitse puhdistusprosessit.''' Huom! Voit valita monta vaihtoehtoa<br />
<br />
'''5. Valitse onko klooraus käytössä vai ei''' syöttämällä käytetty klooriannos (mg/l). Mikäli kloorausta ei ole, annokseksi tulee 0 mg/l (oletus 0 mg/l). Malli laskee kloorin tuottaman puhdistuman vain laitoksissa tapahtuvalle puhdistumiselle, ja jättää jäännekloorin vaikutuksen veden siirryttyä putkistoon huomiotta.<br />
<br />
'''6. Tuloksen saa näkyviin uudelle sivulle painamalla nappia 'Aja koodi'.''' Tämä avaa uuden välilehden, jolle mallin tulokset ilmestyvät sen ajettua. Ajamisessa kestää noin 45 sekuntia.<br />
}}<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
[[Tiedosto:Vesiopas.png]]<br />
<br />
:''Malli on käännetty Analyticasta R:lle. Alkuperäinen malli löytyy täältä: [[Tiedosto:Vesiopas.ANA]]. Mikäli käyttäjä ei itse anna patogeenikohtaisia pitoisuuksia, käytetään sivulla [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]] olevia arvoja.<br />
<br />
Talousveden laadulle on asetettu terveysperusteisia laatuvaatimuksia ja -suosituksia. Laatua koskevasta lainsäädännästä vastaa Sosiaali- ja terveysministeriö ja laadun valvonnasta kuntien terveydensuojeluviranomaiset. Hyvän veden laadun ylläpitäminen ja kehittäminen edellyttävät korkealaatuista tutkimusta ja yhteistyötä eri tahojen kanssa. Pohjavesiä tai tekopohjavesiä ei yleensä desinfioida. Raakaveden sisältämät kemikaalit, mikrobit tai talousveden valmistuksessa muodostuvat desinfioinnin sivutuotteet voivat aiheuttaa terveysriskejä talousveden käyttäjille. Vesilaitokselta lähtevä vesi saattaa viipyä pitkiäkin aikoja verkostossa. Mikäli olosuhteet ovat mikrobikasvustolle suotuisat, vesi voi muuttua verkostossa ja kiinteistöjen vesijärjestelmissä huonolaatuiseksi ja jopa terveydelle haitalliseksi.<br />
<br />
<br />
Talousvesi tuotetaan joko pohja- tai pintavedestä. Näillä on erilaiset ongelmat. Pintaveden käyttö vaatii aina varsinaisen vesilaitoksen perustamista ja siihen liittyvää tietoa, taitoa ja tekniikkaa sekä koulutettua valvontahenkilöstöä. Pohjavesi taas ei vaadi kovin monimutkaista käsittelyä, joten varsinaista vesilaitoshenkilökuntaa tarvitaan varsin vähän ja valvontakin on vähäisempää. Lisäksi meillä on nykyään useita vesilaitoksia, jotka valmistavat tekopohjavettä. Ominaisuuksiltaan tekopohjavedet saattavat olla hyvien pohjavesien kaltaisia, mutta usein vain keskitasoisen pintaveden veroisia. <br />
<br />
<br />
Pohjaveden käsittelyyn kuuluu tavallisesti veden pH:n ja kovuuden nosto. Tähän voidaan käyttää erilaisia tekniikoita, joista pH:n säädössä kalsiumhydroksidin ja hiilidioksidin käyttö lienee yleisimpiä. Toisinaan tarvitaan lisäksi raudan tai mangaanin saostaminen vahvoilla hapettimilla kuten permanganaatilla tai kloorilla. Lisäksi heikkolaatuiset pohjavedet desinfioidaan.<br />
<br />
<br />
Jotta pintavedestä saataisiin hyvää juomavettä, sitä joudutaan käsittelemään varsin rankasti. Vaikeinta on saada pintaveden humusainekset saostettua. Tähän käytetään erilaisten saostuskemikaalien lisäksi mm. pH:n säätöä ja humusaineksen pilkkomista voimakkailla hapettimilla kuten otsonilla. Lisäksi saostuskemikaalien (esim. alumiinin ja raudan suolat) jäämät on poistettava ja veden kovuutta nostettava niin, ettei putkisto aikojen kuluessa haperru. Väestö on myös suojattava pintavesissä aina piileviltä [http://fi.wikipedia.org/wiki/Mikrobi mikrobeilta], joten vesi täytyy desinfioida tautia aiheuttavien mikrobien, patogeenien, poistamiseksi.<br />
<br />
<br />
Veden laatuun vaikuttavat myös verkoston kunto ja veden verkostossa viipymä aika. Jos verkostoon on kertynyt runsaasti saostumia, nämä sakat sisältävät erilaisten epäorgaanisten yhdisteiden lisäksi valtavasti bakteerimassaa. Verkoston saostumien ominaisuuksia ja niiden vaikutusta veden laatuun on Suomessa alettu tutkia vasta viime aikoina.<br />
<br />
<br />
Riskinarvioinnin tarkoituksena on tuottaa tietoa riskin todellisesta suuruudesta päätöksentekoa varten. Riskinarviointi on tieteellinen prosessi, jossa asiantuntijoilla on keskeinen rooli. Koska tutkittavia riskejä monenlaisia, riskinarviointiprosessit voivat olla hyvin erilaisia. Ympäristöterveyden alalla riskinarvioinnin katsotaan tavallisesti koostuvan neljästä vaiheesta:<br />
# Vaaran tunnistaminen (aiheuttaako tutkittava tekijä vaaraa ihmiselle?)<br />
# Annosvasteen arviointi (mikä on annoksen ja vaikutuksen suhde?)<br />
# Altistumisen arviointi (kuinka paljon ihmiset altistuvat?)<br />
# Riskin karakterisointi (kuinka suuri on terveysriski?)<ref>http://wanda.uef.fi/tkk/avoin/ymp_terveys/</ref><br />
<br />
Kaikkien vesilaitosten tulisi ajoittain tehdä talousvedelle riskinarviointi. Siinä selvitetään toimenpiteet eri kriisitilanteita varten ja laaditaan suunnitelmat eri ongelmatilanteita ja mahdollisia vahinkoja varten. Erilaiset vesilaitokset ja esimerkiksi lomakeskukset tarvitsevat erilaiset suunnitelmat ja toteutukset. <br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en2949 [[:op_en:Population of Finland|Population of Finland]] || Suomalaisten ikäjakauman data || Ikäjakaumaa käytetään, koska herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä. Tautitapaukset ja -taakat lasektaan eri ikäryhmille erikseen ja lasketaan yhteen. ||<br />
|----<br />
| Op_en7956 [[:op_en:Drinking water chlorination efficiency|Drinking water chlorination efficiency]] || Kloorauksen tuottama puhdistuma eri kloorimäärillä ja vaikutusajoilla || Tämän sivun koodin ja datan sekä käyttäjän antaman klooriannoksen avulla lasketaan tapauskohtainen kloorin tuottama puhdistuma. Lasketaan yhteen muiden defintiointi- ja puhdistusmenetelmien tuottaman puhdistuman kanssa kokonaispuhdistuman selvittämiseksi. || Malli ottaa huomioon vain vedenpuhdistamoissa tapahtuvan kloorin tuottaman puhdistuman. Jäännekloorin mahdollinen puhdistava vaikutus putkistoissa on jätetty huomiotta.<br />
|----<br />
| Op_en7955 [[:op_en:Drinking water disinfection efficiency|Drinking water disinfection efficiency]] || Otsonoinnin ja UV:n tuottamat puhdistumat || Mikäli käyttäjä on valinnut jomman kumman tai molemmat desinfiointimenetelmät, niiden tuottama puhdistuma lasketaan yhteen kloorauksen ja muiden puhdistusmenetelmien tuottaman puhdistuman kanssa kokonaispuhdistuman selvittämiseksi. || Tällä hetkellä veden ominaisuuksia, kuten kirkkautta, ei oteta huomioon desinfiointimeletelmien tehossa. Molempien menetelmien annos on myös vakio.<br />
|----<br />
| Op_en7954; [[:op_en:Drinking water treatment efficiency|Drinking water treatment efficiency]] || Eri puhdistusmenetelmien tuottamat puhdistukset. Nämä menetelmät ovat perinteinen puhdistus, hyvin toimva puhdistus, tehostettu puhdistus, hidas hiekkasuodatus, kalkkikivisuodatus ja aktiivihiilisuodatus. || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin tai useamman puhdistusmenetelmän, niiden tuottama puhdistuma lasketaan yhteen kloorauksen ja muiden desinfiointimenetelmien tuottaman puhdistuman kanssa kokonaispuhdistuman selvittämiseksi. ||<br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri raakavesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin raakavesiluokan, valitun luokan taudinaiheuttajamäärien ja kokonaispuhdistuman perusteella lasketaan juomavedessä olevien taudinaiheuttajien määrä. Mikäli käyttäjä on syöttänyt mikrobipitooisuudet itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä mikrobipitoisuuksia käytetään sen sijasta. ||<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat käyttäjän antaman juodun juomaveden määrän, kokonaispuhdistuman ja raakaveden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee päivän aikana juomavetensä mukana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri juomaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi juomavedestä. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
{{metodi|moderator = Päivi Meriläinen}}<br />
*[[Juomaveden patogeenit]]<br />
*[[Juomaveden patogeenien terveysvaikutukset]]<br />
<br />
*[[Arviointi pohjavesilaitoksen mikrobiologisista riskeistä]]<br />
*[[Arviointi juomaveden kloorifenolien terveysvaikutuksista]]<br />
*[[:heande:Kuovesi]]<br />
* [[Mikrobien määrä juomavedessä]]<br />
* [[Mikrobien määrä pohjavedessä]]<br />
*[[Uimavesiopas]]<br />
* WHO: [https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246195/9789241565370-eng.pdf?sequence=1 Quantitative Microbial Risk Assessment: Application for Water Safety Management]<br />
<br />
* [http://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Vesiopas&oldid=35905 Vanha, arkistoitu versio mallista]<br />
<br />
*http://qmrawiki.org/<br />
*https://www.watershare.eu/tool/qmra-treatment-calculator/<br />
*http://qmrawiki.canr.msu.edu/index.php/Quantitative_Microbial_Risk_Assessment_(QMRA)_Wiki<br />
*https://www.who.int/water_sanitation_health/publications/qmra/en/<br />
*https://www.rivm.nl/en/who-collaborating-centre-risk-assessment-of-pathogens-in-food-and-water/tools/qmraspot<br />
<br />
<br />
; Turhia?<br />
*[[Infektion vuosittainen todennäköisyys]]<br />
*[[Vatsatautien tapaukset]]<br />
*[[Patogeenien DALYt vatsataudille]] Yhdistettävä sivuun [[:op_en:DALY]]?<br />
<br />
=== Paikkakuntakohtaiset tiedot ===<br />
<br />
* Op_fi2603 [[Arviointi juomaveden laadun terveysvaikutuksista/Kuopio]] (vedenpuhdistamon tietoja)<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Kirkkonummi]]<br />
<br />
==Viitteet==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
{{eracedu}}</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Vesiopas&diff=35963Vesiopas2019-09-11T07:38:15Z<p>Päivi Meriläinen: /* Katso myös */</p>
<hr />
<div>[[op_en:Water guide]]<br />
[[Luokka:Talousvesi]]<br />
[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Vesiopas]]<br />
[[Luokka:Tutkimushanke]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
[[Tiedosto:Talousveden_riskinarviointi.png|thumb|500px]]<br />
<br />
'''Huom! Vesiopas päivitetään toimivammaksi kesän 2019 aikana. Tällä hetkellä tulokset saa näkyviin vain päivittämällä tulossivu noin minuutti riskilaskelman suorittamisen jälkeen.'''<br />
<br />
'''Vesiopas - Arviointi vedenlaadun terveysvaikutuksista''' käsittelee juomaveden mahdollisia mikrobiologisia terveysriskejä. Mikrobiologisten riskien taustana on raakaveden kontaminoituminen mikrobeilla joista aiheutuu mahdollista terveyshaittaa vesijohtovettä käyttäville ihmisille, sekä juomaveden käsittelyprosessien tehokkuus, joka voi olla riittämätön poistamaan haitalliset mikrobit juomavedestä. Arvioinnilla määritetään, minkä suuruinen mahdollinen terveysriski on tietyillä raakaveden mikrobeilla. Arviointi perustuu matemaattiselle Vesiopas-mallille, joka esitellään alla.<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan juomaveden mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisten vedenpuhdistuslaitosten tietoja pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi.<br />
<br />
==Vastaus==<br />
<br />
<rcode name="answer" graphics=1 variables="<br />
name:rawclass|description:Raakaveden valmiit luokitukset|type:selection|<br />
options:<br />
'Ground water - clean';Pohjavesi - Puhdas;<br />
'Ground water - surface water contamination';Pohjavesi - Pintavesikuormitus;<br />
'Surface water - low contamination';Pintavesi - Vähäinen kuormitus;<br />
'Surface water - medium contamination';Pintavesi - Keskisuuri kuormitus;<br />
'Surface water - high concentration';Pintavesi - Suuri kuormitus;<br />
'Hand input';Ei valmista luokitusta, määrittelen mikrobipitoisuudet itse|<br />
category:Perustiedot|<br />
name:rawconsumption|default:0.796|description:Kylmän hanaveden juominen (litraa/pvä)|<br />
name:total_population|default:100000|description:Altistuvan väestön koko|<br />
<br />
name:Campylo|description:Kampylobakteerin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Taudinaiheuttajien määrät raakavedessä (jos ei valmista luokitusta)|<br />
category_conditions:RaakaLuokka;'Käyttäjä'|<br />
name:E.coli|description:E.coli O157:H7 määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotaviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Noroviruksen määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidiumin määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardian määrä (mikrobia/l)|default:0|<br />
<br />
name:treatment|description:Käytössä olevat puhdistusmenetelmät|type:checkbox|options:<br />
'Traditional cleaning';Perinteinen puhdistus;<br />
'Well working cleaning';Hyvin toimva puhdistus;<br />
'Enhanced cleaning';Tehostettu puhdistus;<br />
'Slow sand filtration';Hidas hiekkasuodatus;<br />
'Lime stone filtration';Kalkkikivisuodatus;<br />
'Active carbom filtration';Aktiivihiilisuodatus;<br />
'UV';UV;<br />
'Ozonization';Otsonointi|default:1;4;5;6|<br />
category:Vedenpuhdistus: Puhdistusprosessi ja klooraus|<br />
name:chlorinedose|default:0|description:Klooriannos (mg/l)<br />
"><br />
# This is code Op_fi2583/answer on page [[Water guide]]<br />
<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
<br />
objects.latest("Op_en6177", code_name="waterguide") # [[Water guide]] fetch the whole model<br />
<br />
# Create ovariables from user input data<br />
RawClass <- Ovariable("RawClass", data=data.frame(RawWaterClass = rawclass, Result=1))<br />
Treatment <- Ovariable("Treatment", data=data.frame(TreatmentMethod=c(treatment, "None"), Result=1))<br />
ChlorineDose <- Ovariable("ChlorineDose", data=data.frame(Result=chlorinedose))<br />
RawConsumption <- Ovariable("RawConsumption", data=data.frame(Result=rawconsumption))<br />
# divide the given population size to different age groups based on age distribution of all of Finland<br />
population <- Ovariable("population",<br />
dependencies=data.frame(<br />
Name=c("total_population")<br />
),<br />
formula=function (...) {<br />
population2 <- Ovariable(<br />
"population2",<br />
ddata="Op_en2949", subset="Population"<br />
)<br />
population2 <- EvalOutput(population2)<br />
population <- population2/oapply(population2, cols = "Age", FUN=sum) * total_population<br />
return(population)<br />
}<br />
)<br />
<br />
<br />
# if the raw concentrations were chosen to be given by hand, put them into an ovariable<br />
# if some raw water class was chosen, this isn't done, and instead the data for microbe concentrations for that class is used<br />
if (rawclass == "Hand input") {<br />
RawConcentration <- Ovariable(<br />
"RawConcentration",<br />
data=data.frame(<br />
Pathogen=c(<br />
"campylobacter",<br />
"E.coli O157:H7",<br />
"rotavirus",<br />
"norovirus",<br />
"cryptosporidium", <br />
"giardia"),<br />
Result=c(<br />
Campylo,<br />
E.coli,<br />
Rota,<br />
Noro,<br />
Crypto,<br />
Giardia)<br />
)<br />
)<br />
}<br />
<br />
BoDattr <- EvalOutput(BoDattr, verbose=FALSE, forceEval=TRUE)<br />
# calculate the number of cases<br />
cases <- BoDattr/case_burden<br />
<br />
cat("Raakaveden patogeenipitoisuudet, microbes/l\n")<br />
oprint(summary(RawConcentration))<br />
cat("Altistuminen, juomaveden mukana nieltyjen mikrobien määrä päivittäin\n")<br />
oprint(summary(exposure))<br />
cat("Tautitaakka, DALY/päivä (DALY = disability adjusted life years) \n")<br />
oprint(summary(BoDattr, marginals=c("Response","Exposure_agent")))<br />
cat("Juomaveden aiheuttamat tautitapaukset päivässä \n")<br />
oprint(summary(cases, marginals=c("Response", "Exposure_agent")))<br />
<br />
label <- oapply(BoDattr, c("Exposure_agent", "Iter"), sum)<br />
label <- oapply(unkeep(label, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output$BoDattrResult<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(BoDattr, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=BoDattrResult, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Juomaveden mikrobien aiheuttama tautitaakka",<br />
subtitle=paste(format(sum(result(population)), scientific = F), "hengen populaatiossa"),<br />
y = "Tautitaakka (DALY/päivä)",<br />
x = "Taudinaiheuttaja") + <br />
annotate("text", x = c(1:6), y = label, label = round(label,2), size = 6)<br />
<br />
label2 <- oapply(cases, c("Exposure_agent", "Iter"), sum)<br />
label2 <- oapply(unkeep(label2, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output$Result<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Juomaveden mikrobeiden aiheuttamat tautitapaukset",<br />
subtitle=paste(format(total_population, scientific = F), "hengen populaatiossa"),<br />
y = "Tautitapaukset",<br />
x = "Taudinaiheuttaja") +<br />
annotate("text", x = c(1:6), y = label2, label = round(label2,2), size = 6)<br />
<br />
<br />
# cases as percent of beachgoers<br />
cases_percent <- cases*100/total_population<br />
label3 <- oapply(cases_percent, c("Exposure_agent", "Iter"), sum)<br />
label3 <- oapply(unkeep(label3, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output$Result<br />
ggplot(<br />
oapply(unkeep(cases_percent, sources=TRUE), NULL, mean, "Iter")@output,<br />
aes(x=Exposure_agent, weight=Result, fill=Response)) +<br />
geom_bar() +<br />
coord_flip() +<br />
theme_gray(base_size=24)+<br />
labs(<br />
title="Osuus väestöstä, joka sairastuu juomavedestä päivittäin",<br />
y = "Osuus väestöstä (%)",<br />
x = "Taudiniheuttaja") +<br />
annotate("text", x = c(1:6), y = label3, label = round(label3,2), size = 6)<br />
<br />
<br />
cat(paste("Suomessa juomavedestä johtuvia tautitapauksia tulisi olla keskimäärin vähemmän kuin 0.01% populaatiosta vuosittain, tai 1 tapaus 10 000:a henkeä kohti. Nämä kuvaajat näyttävät tautitaakat ja tautitapausten määrän jokainen patogeeni auheuttaa päivittäin", format(sum(result(population)), scientific = F), "hengen populaatiossa, kun kylmää hanavettä juodaan keskimäärin", rawconsumption, "litraa/hlö/päivä. \n"))<br />
</rcode><br />
<br />
Tulossivu avautuu uudelle välilehdelle painamalla aja koodi -laatikkoa. Tulokset ilmestyvät näkyviin tulossivulle, kunhan malli on saanut ajettua. Tähän menee noin 45 sekuntia.<br />
<br />
=== Käyttöohjeet Vesiopas-mallille ===<br />
<br />
{{greenbox|<br />
<br />
'''1. Valitse raakaveden luokitus'''<br />
*Pohjavesi - Puhdas: puhdasta pohjavettä<br />
*Pohjavesi - Pintavesikuormitus: esim. rantaimeytymistä<br />
*Pintavesi - Vähäinen kuormitus: suhteellisen puhdasta pintavettä<br />
*Pintavesi - Keskisuuri kuormitus: esim. pienehkö jätevesikuormitus<br />
*Pintavesi - Suuri kuormitus: esim. jätevesikuormitus<br />
<br />
'''TAI'''<br />
<br />
Valitse 'Määrittelen mikrobipitoisuudet itse'. Kirjoita patogeenien pitoisuudet niiden laatikoihin.<br />
<br />
'''2. Ilmoita juomaveden kulutus''' vuorokautta kohden litroina päivässä henkeä kohti (oletus 0,796 l/pvä).<br />
<br />
'''3. Ilmoita kohdealueen väestön lukumäärä.''' (oletus 100000)<br />
<br />
'''4. Valitse puhdistusprosessit.''' Huom! Voit valita monta vaihtoehtoa<br />
<br />
'''5. Valitse onko klooraus käytössä vai ei''' syöttämällä käytetty klooriannos (mg/l). Mikäli kloorausta ei ole, annokseksi tulee 0 mg/l (oletus 0 mg/l). Malli laskee kloorin tuottaman puhdistuman vain laitoksissa tapahtuvalle puhdistumiselle, ja jättää jäännekloorin vaikutuksen veden siirryttyä putkistoon huomiotta.<br />
<br />
'''6. Tuloksen saa näkyviin uudelle sivulle painamalla nappia 'Aja koodi'.''' Tämä avaa uuden välilehden, jolle mallin tulokset ilmestyvät sen ajettua. Ajamisessa kestää noin 45 sekuntia.<br />
}}<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
[[Tiedosto:Vesiopas.png]]<br />
<br />
:''Malli on käännetty Analyticasta R:lle. Alkuperäinen malli löytyy täältä: [[Tiedosto:Vesiopas.ANA]]. Mikäli käyttäjä ei itse anna patogeenikohtaisia pitoisuuksia, käytetään sivulla [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]] olevia arvoja.<br />
<br />
Talousveden laadulle on asetettu terveysperusteisia laatuvaatimuksia ja -suosituksia. Laatua koskevasta lainsäädännästä vastaa Sosiaali- ja terveysministeriö ja laadun valvonnasta kuntien terveydensuojeluviranomaiset. Hyvän veden laadun ylläpitäminen ja kehittäminen edellyttävät korkealaatuista tutkimusta ja yhteistyötä eri tahojen kanssa. Pohjavesiä tai tekopohjavesiä ei yleensä desinfioida. Raakaveden sisältämät kemikaalit, mikrobit tai talousveden valmistuksessa muodostuvat desinfioinnin sivutuotteet voivat aiheuttaa terveysriskejä talousveden käyttäjille. Vesilaitokselta lähtevä vesi saattaa viipyä pitkiäkin aikoja verkostossa. Mikäli olosuhteet ovat mikrobikasvustolle suotuisat, vesi voi muuttua verkostossa ja kiinteistöjen vesijärjestelmissä huonolaatuiseksi ja jopa terveydelle haitalliseksi.<br />
<br />
<br />
Talousvesi tuotetaan joko pohja- tai pintavedestä. Näillä on erilaiset ongelmat. Pintaveden käyttö vaatii aina varsinaisen vesilaitoksen perustamista ja siihen liittyvää tietoa, taitoa ja tekniikkaa sekä koulutettua valvontahenkilöstöä. Pohjavesi taas ei vaadi kovin monimutkaista käsittelyä, joten varsinaista vesilaitoshenkilökuntaa tarvitaan varsin vähän ja valvontakin on vähäisempää. Lisäksi meillä on nykyään useita vesilaitoksia, jotka valmistavat tekopohjavettä. Ominaisuuksiltaan tekopohjavedet saattavat olla hyvien pohjavesien kaltaisia, mutta usein vain keskitasoisen pintaveden veroisia. <br />
<br />
<br />
Pohjaveden käsittelyyn kuuluu tavallisesti veden pH:n ja kovuuden nosto. Tähän voidaan käyttää erilaisia tekniikoita, joista pH:n säädössä kalsiumhydroksidin ja hiilidioksidin käyttö lienee yleisimpiä. Toisinaan tarvitaan lisäksi raudan tai mangaanin saostaminen vahvoilla hapettimilla kuten permanganaatilla tai kloorilla. Lisäksi heikkolaatuiset pohjavedet desinfioidaan.<br />
<br />
<br />
Jotta pintavedestä saataisiin hyvää juomavettä, sitä joudutaan käsittelemään varsin rankasti. Vaikeinta on saada pintaveden humusainekset saostettua. Tähän käytetään erilaisten saostuskemikaalien lisäksi mm. pH:n säätöä ja humusaineksen pilkkomista voimakkailla hapettimilla kuten otsonilla. Lisäksi saostuskemikaalien (esim. alumiinin ja raudan suolat) jäämät on poistettava ja veden kovuutta nostettava niin, ettei putkisto aikojen kuluessa haperru. Väestö on myös suojattava pintavesissä aina piileviltä [http://fi.wikipedia.org/wiki/Mikrobi mikrobeilta], joten vesi täytyy desinfioida tautia aiheuttavien mikrobien, patogeenien, poistamiseksi.<br />
<br />
<br />
Veden laatuun vaikuttavat myös verkoston kunto ja veden verkostossa viipymä aika. Jos verkostoon on kertynyt runsaasti saostumia, nämä sakat sisältävät erilaisten epäorgaanisten yhdisteiden lisäksi valtavasti bakteerimassaa. Verkoston saostumien ominaisuuksia ja niiden vaikutusta veden laatuun on Suomessa alettu tutkia vasta viime aikoina.<br />
<br />
<br />
Riskinarvioinnin tarkoituksena on tuottaa tietoa riskin todellisesta suuruudesta päätöksentekoa varten. Riskinarviointi on tieteellinen prosessi, jossa asiantuntijoilla on keskeinen rooli. Koska tutkittavia riskejä monenlaisia, riskinarviointiprosessit voivat olla hyvin erilaisia. Ympäristöterveyden alalla riskinarvioinnin katsotaan tavallisesti koostuvan neljästä vaiheesta:<br />
# Vaaran tunnistaminen (aiheuttaako tutkittava tekijä vaaraa ihmiselle?)<br />
# Annosvasteen arviointi (mikä on annoksen ja vaikutuksen suhde?)<br />
# Altistumisen arviointi (kuinka paljon ihmiset altistuvat?)<br />
# Riskin karakterisointi (kuinka suuri on terveysriski?)<ref>http://wanda.uef.fi/tkk/avoin/ymp_terveys/</ref><br />
<br />
Kaikkien vesilaitosten tulisi ajoittain tehdä talousvedelle riskinarviointi. Siinä selvitetään toimenpiteet eri kriisitilanteita varten ja laaditaan suunnitelmat eri ongelmatilanteita ja mahdollisia vahinkoja varten. Erilaiset vesilaitokset ja esimerkiksi lomakeskukset tarvitsevat erilaiset suunnitelmat ja toteutukset. <br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
{| {{prettytable}}<br />
|+ '''Sivut, joilta mallin käyttämä data ja koodit löytyvät<br />
! Sivu !! Mitä dataa tai koodia sivulla on !! Mitä sillä tehdään !! Muita huomioita<br />
|----<br />
| Op_en2949 [[:op_en:Population of Finland|Population of Finland]] || Suomalaisten ikäjakauman data || Ikäjakaumaa käytetään, koska herkkyys taudeille ja niiden vakavuus vaihtelee iän myötä. Tautitapaukset ja -taakat lasektaan eri ikäryhmille erikseen ja lasketaan yhteen. ||<br />
|----<br />
| Op_en7956 [[:op_en:Drinking water chlorination efficiency|Drinking water chlorination efficiency]] || Kloorauksen tuottama puhdistuma eri kloorimäärillä ja vaikutusajoilla || Tämän sivun koodin ja datan sekä käyttäjän antaman klooriannoksen avulla lasketaan tapauskohtainen kloorin tuottama puhdistuma. Lasketaan yhteen muiden defintiointi- ja puhdistusmenetelmien tuottaman puhdistuman kanssa kokonaispuhdistuman selvittämiseksi. || Malli ottaa huomioon vain vedenpuhdistamoissa tapahtuvan kloorin tuottaman puhdistuman. Jäännekloorin mahdollinen puhdistava vaikutus putkistoissa on jätetty huomiotta.<br />
|----<br />
| Op_en7955 [[:op_en:Drinking water disinfection efficiency|Drinking water disinfection efficiency]] || Otsonoinnin ja UV:n tuottamat puhdistumat || Mikäli käyttäjä on valinnut jomman kumman tai molemmat desinfiointimenetelmät, niiden tuottama puhdistuma lasketaan yhteen kloorauksen ja muiden puhdistusmenetelmien tuottaman puhdistuman kanssa kokonaispuhdistuman selvittämiseksi. || Tällä hetkellä veden ominaisuuksia, kuten kirkkautta, ei oteta huomioon desinfiointimeletelmien tehossa. Molempien menetelmien annos on myös vakio.<br />
|----<br />
| Op_en7954; [[:op_en:Drinking water treatment efficiency|Drinking water treatment efficiency]] || Eri puhdistusmenetelmien tuottamat puhdistukset. Nämä menetelmät ovat perinteinen puhdistus, hyvin toimva puhdistus, tehostettu puhdistus, hidas hiekkasuodatus, kalkkikivisuodatus ja aktiivihiilisuodatus. || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin tai useamman puhdistusmenetelmän, niiden tuottama puhdistuma lasketaan yhteen kloorauksen ja muiden desinfiointimenetelmien tuottaman puhdistuman kanssa kokonaispuhdistuman selvittämiseksi. ||<br />
|----<br />
| Op_en7953 [[:op_en:Pathogen concentrations in raw water|Pathogen concentrations in raw water]] || Eri raakavesiluokkien sisältämät taudinaiheuttajamäärät || Mikäli käyttäjä on valinnut jonkin raakavesiluokan, valitun luokan taudinaiheuttajamäärien ja kokonaispuhdistuman perusteella lasketaan juomavedessä olevien taudinaiheuttajien määrä. Mikäli käyttäjä on syöttänyt mikrobipitooisuudet itse, tämän sivun dataa ei käytetä, vaan syötettyjä mikrobipitoisuuksia käytetään sen sijasta. ||<br />
|----<br />
| Op_en7947 [[:op_en:Case burden of waterborne microbes|Case burden of waterborne microbes]] || Eri taudinaiheuttajien tautitaakat, eli kuinka vakavia ja pitkään kestäviä eri taudit ovat. || Tätä dataa käytetään taudinaiheuttajien tuottaman terveyshaitan laskemisessa. ||<br />
|----<br />
| Op_en7957 [[:op_en:Health impacts of waterborne microbes|Health impacts of waterborne microbes]] || Ei sisällä dataa, vain koodia || Sisältää koodit, jotka laskevat käyttäjän antaman juodun juomaveden määrän, kokonaispuhdistuman ja raakaveden taudinaiheuttajamäärien perusteella yksittäisen ihmisen altistumisen taudinaiheuttajille eli sen, kuinka monta kutakin taudinaiheuttajaa keskivertoihminen nielee päivän aikana juomavetensä mukana. ||<br />
|----<br />
| Op_en7948 [[:op_en:ERF of waterborne microbes|ERF of waterborne microbes]] || Kuvaa annos-vaste-funktiot || Funktiot kertovat, kuinka todennäköisesti yksilö sairastuu eri tauteihin eri määrillä altistumista. Tämän avulla lasketaan sairastuneiden määrää. ||<br />
|----<br />
| Op_en2261 [[:op_en:HIA|HIA]] || Koodi, joka kokoaa yhteen kaikki edelliset || Sivulla oleva koodi laskee altistumisen, annos-vasteiden ja tapauskohtaisten tautitaakkojen avulla, kuinka suuri juomaveden kokonaistautitaakka on. Tästä voidaan laskea myös, kuinka paljon ihmisiä tulee todennäköisesti sairaaksi juomavedestä. Nämä ovat mallin lopulliset tulokset. || <br />
|}<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
{{metodi|moderator = Päivi Meriläinen}}<br />
*[[Juomaveden patogeenit]]<br />
*[[Juomaveden patogeenien terveysvaikutukset]]<br />
<br />
*[[Arviointi pohjavesilaitoksen mikrobiologisista riskeistä]]<br />
*[[Arviointi juomaveden kloorifenolien terveysvaikutuksista]]<br />
*[[:heande:Kuovesi]]<br />
* [[Mikrobien määrä juomavedessä]]<br />
* [[Mikrobien määrä pohjavedessä]]<br />
<br />
* [http://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Vesiopas&oldid=35905 Vanha, arkistoitu versio mallista]<br />
<br />
*http://qmrawiki.org/<br />
*https://www.watershare.eu/tool/qmra-treatment-calculator/<br />
*http://qmrawiki.canr.msu.edu/index.php/Quantitative_Microbial_Risk_Assessment_(QMRA)_Wiki<br />
*https://www.who.int/water_sanitation_health/publications/qmra/en/<br />
*https://www.rivm.nl/en/who-collaborating-centre-risk-assessment-of-pathogens-in-food-and-water/tools/qmraspot<br />
<br />
<br />
; Turhia?<br />
*[[Infektion vuosittainen todennäköisyys]]<br />
*[[Vatsatautien tapaukset]]<br />
*[[Patogeenien DALYt vatsataudille]] Yhdistettävä sivuun [[:op_en:DALY]]?<br />
<br />
<br />
*[[Uimavesiopas]]<br />
<br />
=== Paikkakuntakohtaiset tiedot ===<br />
<br />
* Op_fi2603 [[Arviointi juomaveden laadun terveysvaikutuksista/Kuopio]] (vedenpuhdistamon tietoja)<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Kirkkonummi]]<br />
<br />
==Viitteet==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
{{eracedu}}</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Keskustelu:Vesiopas&diff=35818Keskustelu:Vesiopas2019-07-19T06:25:42Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>== Vesioppaan kehityskohteet 2019 ==<br />
<br />
# Annosvasteet pitäisi kuvata kunnolla. Mitä parametrit tarkoittavat ja missä yksiköissä ne ovat. Kunnon linkkaukset avoimiin lähteisiin tai tarkempi kuvaus Opasnettiin. Päivi katsoo<br />
# Mallin koodin yksinkertaistus<br />
#* Pääsivun koodi<br />
#* Klooraus '''OK<br />
#* Suomen populaatio OK?<br />
#* HIA<br />
#* ERF<br />
#* Health impacts of waterborne microbes '''OK<br />
# Sen suunnittelu, mitä käyttäjältä kysytään, ja mitä käyttäjälle tulee ajosta ulos<br />
# Mallin nykyrakenne google drawingilla. Joka muuttuja omaksi solmukseen, ja mukaan nimi, tiedot sisältävän sivun curid (ja ovariablen +uudet ja -poistuvat sarakkeet?). [https://docs.google.com/drawings/d/1Cz1xPwP2K4CdiqQmf3UIStd3i7a7p6BEOk8t8j5YBOg/edit?usp=sharing vanhan Vesiopas-mallin rakennekuva], tavoitteena on [https://docs.google.com/drawings/d/1loHL9x_ZBY90fm0ip8RCEYq7vqez18eNf1AZ4nxqzKI/edit yleinen tautitaakkamalli]; [https://docs.google.com/drawings/d/1Ip-NCrto1WeTO4fioDz0YkccqrT5nkB03GEQZPRzqEo/edit päivitetyn vesioppaan luonnos].<br />
# Selvitä VYHI-järjestelmän sisältämät tiedot. (Veeti eli vesihuollon tietojärjestelmä).<br />
## Ota yhteyttä johonkuhunn, joka osaa kertoa datasta jotain enemmän ''sähköposti laitettu 12.7., vastausta ei vielä kuulunut<br />
## Ainakin seuraavia indikaattoreita kannattaisi kehittää Veeti-datasta:<br />
##* Putkirikkojen määrä vuodessa kunnittain (per 100000 vedenkäyttäjää?) http://veetirajapinta.ymparisto.fi/v1/odata/VerkkoPutkirikko<br />
##* Vesitornien ja verkostojen huoltoindeksi: katsotaan kauanko on kulunut viimeisestä huollosta ja saneerauksesta ja näitä painotetaan jotenkin. (Esim. annetaan miinusta jos huollosta on yli 3 a tai saneerauksesta yli 20 a?) http://veetirajapinta.ymparisto.fi/v1/odata/VerkkojenSaneerauksetVerkkoTyyppi http://veetirajapinta.ymparisto.fi/v1/odata/Vesisailio<br />
##* Jäteveden lupaehtojen saavuttaminen esim. http://veetirajapinta.ymparisto.fi/v1/odata/JatevedenRajaArvo<br />
# Dalyt toteutetaan samalla tavalla kuin [[Ruori]]ssa.<br />
# Mietittävä, pitäisikö ydinkoodi siirtää englanninkieliseen Opasnettiin. KYLLÄ, löytyy tällä hetkellä molemmista '''OK<br />
#* Joka tapauksessa käyttöliittymä kumpaankin.<br />
# Toisaalta, mietittävä koodin toteutusta Githubissa Rmarkdownissa tai Jupyter notebookissa.<br />
# Selvitettävä mahdollisuus käyttää Hiilineutraalin Helsingin laskentamoottoreita ja käyttöliittymiä.<br />
#* plotly + vetoskaalat htps://plot.ly/r/sliders<br />
# Lisätä raakavesi-aineistoa Suomen osalta<br />
# Lisätä puhdistusprosesseja, jotka yleisesti käytössä Suomessa<br />
# Linkittää muihin vastaaviin työkaluihin<br />
# Kansallisen talousveden turvallisuussuunnitelman (Water Safety Plan, WSP) huomioiminen<br />
#*esimerkkisivu paikkakohtaisten tietojen käytöstä --> tulosten ajo valitsemalla kohteen nimi listasta<br />
#*tietokantaan linkittämisen mahdollisuus -->paikkakohtainen tulossivu suojatulle puolelle?<br />
# Uimavesiopasta varten uintiaika (ikä, niellyn veden määrä, aktiviteettityyppi)<br />
# Tuloksissa vertailu kansalliseen raja-arvoon<br />
<br />
<br />
Jo tehty<br />
# Mallin koodin yksinkertaistus<br />
# Kaikki sivut käytävä läpi ja tehtävä yhtenäinen rakenne. '''OK<br />
#* Otsikoinnit päivitetään: kysymys, vastaus, perustelu, data, laskenta.<br />
#* Tarkista viitteet.<br />
#* Poista: aiheeseen liittyviä tiedostoja<br />
# Resp--> Illness. Aina jokin illness. Lisää muuttuja. Luokat: drinking water. HC=hemorrhagic colitis. Unit: DALY/case. Crytpo-->Crypto. Otiskot isolla, rivit pienellä. '''OK<br />
# Väestödata [[Ruori]]sta. '''OK<br />
# age:age --> Age:age koska ensimmäisestä Agesta tehdään automaattisesti sarakkeen nimi. '''OK<br />
# Duration 10/365 --> 10 ja otsikkoon Duration (days) '''OK<br />
# Kaikki koodissa esiintyvät luvut on siirrettävä taulukoihin Opasnetin sivuille '''OK<br />
# Clmysteerifunktio on selvitettävä. Mikä on sen tehtävä mallissa? '''OK''', korvattu yhdellä lisärivillä ChlorineEfficiencyF-funktiossa, jossa sitä käytettiin.<br />
<br />
Yleisiä Opasnetin kehittämistarpeita:<br />
* Data updated successfully tapahtuu suomenkielisessä Opasnetissä turhaan, vaikkei data ole muuttunut.<br />
* Ajon päättymistä ei seurata automaattisesti ja sivu pitää tuoreuttaa käsin.<br />
* Ehdolliset käyttäjäsyötteet rcodessa näkyvät nyt aina vaikka pitäisi ilmaantua vasta jos niitä tarvitaan.<br />
* LaTeX eli <nowiki><math></nowiki> ei toimi.<br />
* Jos joku muu kuin admin lisää linkkejä sivulle, tulee captcha-kysely, josta ei pääse eteenpäin.<br />
<br />
<nowiki><rcode name="ova"><br />
<br />
# This is code Op_en2345/ova on page [[Water guide]] <br />
library(OpasnetUtils)<br />
<br />
ova <- Ovariable(<br />
"ova",<br />
ddata="Op_en2345/watertable"<br />
)<br />
<br />
objects.store(ova)<br />
cat("Ovariable ova stored.\n")<br />
</rcode><br />
<br />
<rcode><br />
#This is code Op_en1234/ on page [[Kuopio water]]<br />
library(OpasnetUtils)<br />
<br />
objects.latest("Op_en2345", code_name="ova") # [[Water guide]] ova<br />
<br />
ova <- EvalOutput(ova)<br />
summary(ova)<br />
</rcode><br />
</nowiki><br />
<br />
Skenaarioita:<br />
<br />
*Raakaveden laadun muuttuminen<br />
**Jätevesivuodot (purku vesistöön)<br />
**Valumat (rankkasateet) <br />
**Vuodenaikaisvaihtelu? Kevätvalumat?<br />
**Indikaattorit? Kemiallisfysikaaliset ja mikrobiologiset (Sameus? E.coli?)<br />
<br />
*Toimintahäiriöt puhdistusprosessissa<br />
<br />
*Puhdistusprosessien optimointi<br />
<br />
*Kloorausannos<br />
<br />
<br />
Tulosten ilmoittaminen:<br />
*Infektion/sairastumisen todennäköisyys<br />
*Sairastuneiden lkm: taulukko + kuvaaja<br />
**Suhteutus tavoitearvoihin?<br />
*DALY? onko tarpeen?<br />
*Muita tarpeita?<br />
*Kustannukset?<br />
<br />
== Virhe koodissa ==<br />
Huomattu, ettei UV-puhdistus anna oikeanlaisia tuloksia, toistaiseksi UV:n käyttö puhdistusprosessiesta poistettu. Koodi korjataan keväällä 2012, jolloin UV palautetaan listaan.<br />
<br />
<br />
== Kehitysideoita malliin 25.11.2011 ==<br />
<br />
*Raakavesiluokituksiin lisää pohjavesi jätevesikontaminaatiolla<br />
*Raakavesiluokitusten pitoisuuksien tarkastus - vastaako Suomen oloja?<br />
*klooraus-moduuliin muutoksia: ensin kloorauksen valinta kyllä - ei, sitten tarkempia tietoja<br />
<br />
== Mallin testausta 18.8.2011 ==<br />
<br />
{{kommentti|#:|Tulokset samaa luokkaa muiden mallien kanssa|--[[Käyttäjä:Päivi Meriläinen|Päivi Meriläinen]] 18. elokuuta 2011 kello 09.46 (EEST)}}<br />
<br />
{{kommentti|#:|Vedenpuhdistus: Puhdistusprosessi ja klooraus-laatikko pitäisi saada jaettua kahteen eri laatikkoon, eli Puhdistusprosessi ja Klooraus (klooraus-laatikkoon kloorauksen tiedot ja ensimmäiseksi pudotusvalikko Kaupungin oletusarvot) |--[[Käyttäjä:Päivi Meriläinen|Päivi Meriläinen]] 18. elokuuta 2011 kello 13.35 (EEST)}}<br />
<br />
== Mallin testausta 17.8.2011 ==<br />
<br />
*Kloorauksen poisto aiheuttaa ongelmia jos klooraus on 0 ja/tai kloorin pitoisuus on 0. Tämän voi toki ohittaa ottamalla kloorauksen laskentaan mukaan ja laittamalla olemattoman pienen pitoisuuden kloorille<br />
<br />
Error in if (Cl.used == 1) { : argument is of length zero<br />
Execution halted<br />
<br />
<br />
Error in sample(Cl.conc.t.cum, 10000, TRUE, Probability) :<br />
invalid first argument<br />
Calls: mean -> sample<br />
Execution halted<br />
<br />
{{kommentti|#:|Ongelma liittyi R-tools bugiin, joka jätti tyhjät (sisältäen 0 arvoiset) muuttujat määrittelemättä; se on nyt korjattu. Poistin myös koko kloorauksen käyttö inputin; klooriannoksen luulisi riittävän inputtina.|--[[Käyttäjä:Teemu R|Teemu R]] 17. elokuuta 2011 kello 13.24 (EEST)}}<br />
<br />
==Analytica-mallin tarkistusta ja epäloogisuuksien korjausta==<br />
<br />
*Ikäjakauma tarkastettu, tehty omat sivut: http://fi.opasnet.org/fi/Suomen_ik%C3%A4jakauma<br />
<br />
*Patogeenien annosvaste: http://fi.opasnet.org/fi/Patogeenien_annosvasteet<br />
<br />
*Chlorine sensitivity poistettu, mutta "Chlorine sensitivity by pathogen"-muuttuja tarpeellinen<br />
<br />
*Erikoistilanteet jätetään pois tästä versiosta<br />
<br />
*ks. E.coli ja indikaattorilaskenta --> jää pois<br />
<br />
*ks. mallinnetut patogeenipitoisuudet. Analytica-malli laskee väärin, aina nollatulos.<br />
<br />
==Tuloksiin kuvaajia==<br />
<br />
*Patogeenien pitoisuudet raakavedessä vs. puhdistetussa vedessä<br />
*Patogeenien pitoisuudet raakavedessä vs. sairastuneiden lkm<br />
<br />
== Kehitystarpeita kesälle 2012 -- [[Käyttäjä:Päivi Meriläinen|Päivi Meriläinen]] 28. toukokuuta 2012 kello 16.49 (EEST) ==<br />
<br />
*Mihin kysymyksiin Vesioppaan pitäisi vastata<br />
*Mitkä kysymykset ovat niitä oikeita?<br />
*Mitä/ketä vesioppaan pitäisi palvella ja auttaa?<br />
*Millaisista vastauksista olisi eniten hyötyä? <br />
*Mitä lisädataa on saatavilla?</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Infektion_todenn%C3%A4k%C3%B6isyys_per_henkil%C3%B6&diff=35775Infektion todennäköisyys per henkilö2019-07-02T12:01:16Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vastaus */</p>
<hr />
<div>{{muuttuja|moderator=Päivi Meriläinen}}<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Mikrobien aiheuttaman infektion todennäköisyys per henkilö<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
=== Data ===<br />
<br />
<br />
=== Laskenta ===<br />
*[[Patogeeneille altistuminen]]<br />
*[[Patogeenien annosvasteet]]<br />
<br />
==== R Koodi ====<br />
<br />
<rcode name="muuttuja"><br />
library(OpasnetUtils)<br />
<br />
riippuvuudet <- data.frame(<br />
Name = c("Altistuminen", "AnnosVaste"),<br />
Ident = c("Op_fi2669/muuttuja", "Op_fi2653/muuttuja")<br />
)<br />
<br />
funktio <- function(...){<br />
out <- merge(AnnosVaste, Altistuminen, all = FALSE)<br />
attach(out@output)<br />
for(i in 1:nrow(out@output)){<br />
out@output$Result[i] = get(as.character(Rname[i]))(AltistuminenResult[i],Param1[i],Param2[i])<br />
}<br />
detach("out@output")<br />
return(out@output[, !colnames(out@output) %in% "out"])<br />
}<br />
<br />
Vaste <- Ovariable("Vaste", dependencies = riippuvuudet, formula = funktio, save = TRUE) <br />
<br />
oprint(Vaste)<br />
</rcode><br />
<br />
== Katso myös ==<br />
*[[Vesiopas]]<br />
<br />
== Viitteet ==<br />
<br />
<br />
<br />
<references/><br />
[[Luokka:Talousvesi]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Vesiopas&diff=35671Vesiopas2019-05-29T08:31:18Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[op_en:Water guide]]<br />
[[Luokka:Talousvesi]]<br />
[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Vesiopas]]<br />
[[Luokka:Tutkimushanke]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
[[Tiedosto:Talousveden_riskinarviointi.png|thumb|500px]]<br />
<br />
'''Huom! Vesiopas päivitetään toimivammaksi kesän 2019 aikana. Tällä hetkellä tulokset saa näkyviin vain päivittämällä tulossivu noin minuutti riskilaskelman suorittamisen jälkeen.'''<br />
<br />
'''Vesiopas - Arviointi vedenlaadun terveysvaikutuksista''' käsittelee juomaveden mahdollisia mikrobiologisia terveysriskejä. Mikrobiologisten riskien taustana on raakaveden kontaminoituminen mikrobeilla joista aiheutuu mahdollista terveyshaittaa vesijohtovettä käyttäville ihmisille, sekä juomaveden käsittelyprosessien tehokkuus, joka voi olla riittämätön poistamaan haitalliset mikrobit juomavedestä. Arvioinnilla määritetään, minkä suuruinen mahdollinen terveysriski on tietyillä raakaveden mikrobeilla. Arviointi perustuu matemaattiselle Vesiopas-mallille, joka esitellään alla.<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan juomaveden mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisten vedenpuhdistuslaitosten tietoja pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi.<br />
<br />
==Vesiopasmalli==<br />
<br />
[http://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Toiminnot:RTools&id=7j34oITDO0otsbh9 Esimerkkiajo Vesiopas-mallilla]<br />
<br />
<rcode name="answer" graphics=1 variables="<br />
name:RaakaLuokka|description:Raakaveden valmiit luokitukset|type:selection|<br />
options:<br />
'Pohjavesi - Puhdas';Pohjavesi - Puhdas;<br />
'Pohjavesi - Pintavesikuormitus';Pohjavesi - Pintavesikuormitus;<br />
'Pintavesi - Vähäinen kuormitus';Pintavesi - Vähäinen kuormitus;<br />
'Pintavesi - Keskisuuri kuormitus';Pintavesi - Keskisuuri kuormitus;<br />
'Pintavesi - Suuri kuormitus';Pintavesi - Suuri kuormitus;<br />
'Käyttäjä';Ei valmista luokitusta, määrittelen mikrobipitoisuudet itse|<br />
category:Perustiedot|<br />
name:IVedenkulutus|default:1.153|description:Veden juominen (litraa /pvä)|<br />
name:Vaestonkoko|default:100000|description:Altistuvan väestön koko|<br />
<br />
name:Kampylo|description:Kampylobakteeri-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Raakaveden mikrobipitoisuudet (jos ei valmista luokitusta)|<br />
category_conditions:RaakaLuokka;'Käyttäjä'|<br />
name:Ecoli|description:E.coli O157:H7 -pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotavirus-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Norovirus-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidium-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardia-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Puhdistus|description:Käytössä olevat puhdistusmenetelmät|type:checkbox|options:<br />
1;Perinteinen puhdistus;<br />
2;Hyvin toimva puhdistus;<br />
3;Tehostettu puhdistus;<br />
4;Hidas hiekkasuodatus;<br />
5;Kalkkikivisuodatus;<br />
6;Aktiivihiilisuodatus;<br />
7;UV suodatus;<br />
8;Otsonointi|default:1;4;5;6|<br />
category:Vedenpuhdistus: Puhdistusprosessi ja klooraus|<br />
name:IKlooriAnnos|default:1.5|description:Klooriannos (mg/l)<br />
"><br />
#This is code Op_fi26 on page [[:op_fi:Vesiopas]]<br />
<br />
#######This part was removed from the interface because the code does not use it.<br />
# name:Kaupunki|description:Kaupungin oletusarvot|default:'Custom'|type:selection|<br />
# options:<br />
# 'Custom';- valitse -;<br />
# 'Op_fi2603';Kuopio|<br />
# category:Kaupungin oletusarvot vedenpuhdistukselle|<br />
# category_conditions:Kaupunki;'- valitse -'|<br />
####################################3333<br />
<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(reshape2)<br />
<br />
#if(RaakaLuokka != 'Käyttäjä') {<br />
# Kampylo <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Ecoli <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Rota <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Noro <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Crypto <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Giardia <- 'Luokituksen mukainen'<br />
#}<br />
<br />
#IRaakaPitoisuus <- list(Kampylo, Ecoli, Rota, Noro, Crypto, Giardia)<br />
<br />
# Vedenkulutus<br />
<br />
if (!is.na(suppressWarnings(as.numeric(IVedenkulutus)))) {<br />
InpVedenkulutus = data.frame(VedenkulutusResult = IVedenkulutus)<br />
InpVedenkulutus = Ovariable("Vedenkulutus", output = InpVedenkulutus)<br />
}<br />
<br />
# Patogeenien pitoisuudet<br />
<br />
objects.latest("Op_fi2655", "muuttuja") # [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]] RaakaPitoisuus, customoitia varten<br />
<br />
if(RaakaLuokka == "Käyttäjä") {<br />
RaakaPitoisuus <- Ovariable("RaakaPitoisuus", data = data.frame(<br />
Patogeeni = c("Kampylobakteeri", "E.coli O157:H7", "Rotavirus", "Norovirus", "Cryptosporidium", "Giardia"), <br />
Result = c(Kampylo, Ecoli, Rota, Noro, Crypto, Giardia)<br />
))<br />
} else {<br />
RaakaPitoisuus@data <- RaakaPitoisuus@data[as.character(RaakaPitoisuus@data$Raakavesilähde) == RaakaLuokka , ]<br />
}<br />
<br />
RaakaPitoisuus <- EvalOutput(RaakaPitoisuus)<br />
<br />
# Tämä vanha koodi on monimpuolisempi ja mahdollistaa yksittäisen patogeenin pitoisuuden antamisen muiden tullessa oletusarvosta.<br />
# Kuitenkin käyttöliittymää on nyt selkeytetty niin ettei käyttäjälle tarjota mahdollisuutta antaa tietoa tällä tavalla.<br />
#temp <- RaakaPitoisuus@output<br />
<br />
#temp <- temp[as.character(temp$Raakavesilähde) == RaakaLuokka, ]<br />
<br />
#temp <- merge(<br />
# temp, <br />
# data.frame(<br />
# Patogeeni = c("Kampylobakteeri","E.coli O157:H7","Rotavirus","Norovirus","Cryptosporidium","Giardia"), <br />
# TempResult = suppressWarnings(as.numeric(IRaakaPitoisuus))<br />
# )<br />
#)<br />
#temp$RaakaPitoisuusResult <- ifelse(<br />
# is.na(temp$TempResult), <br />
# temp$RaakaPitoisuusResult,<br />
# temp$TempResult<br />
#)<br />
#RaakaPitoisuus@output <- temp[, !colnames(temp) %in% c("TempResult", "Raakavesilähde")]<br />
<br />
temp <- rep(FALSE,9) # vaihtoehdot + klooraus joka on mallin rakenteesta johtuen aina epätosi<br />
temp[Puhdistus] <- TRUE<br />
Puhdistus <- temp<br />
<br />
if (!is.na(suppressWarnings(as.numeric(IKlooriAnnos)))) if (IKlooriAnnos >= 0) {<br />
InpKlooriAnnos <- Ovariable("KlooriAnnos", output = data.frame(KlooriAnnosResult = IKlooriAnnos))<br />
}<br />
<br />
# Käsitellään puhdistusmenetelmät käsin tätä mallia varten<br />
<br />
riippuvuudet <- data.frame(<br />
Name = c("RaakaPitoisuus", "Desinfiointi", "PuhdistusTeho", "KloorausTeho"),<br />
Ident = c("Op_fi2655/muuttuja", "Op_fi2993/muuttuja", "Op_fi2656/muuttuja", "Op_fi2667/tehokkuus")<br />
)<br />
<br />
objects.latest("Op_fi2993", "muuttuja") # [[Juomaveden desinfiointi]] Desinfiointi: klooraus ym<br />
<br />
objects.latest("Op_fi2656", "muuttuja") # [[Vedenkäsittelyn tehokkuus]] PuhdistusTeho: suodatukset ym<br />
<br />
PuhdistusTeho <- EvalOutput(PuhdistusTeho)<br />
Desinfiointi <- EvalOutput(Desinfiointi)<br />
<br />
Puhdistus <- data.frame(<br />
Käytössä = Puhdistus, <br />
Puhdistusmenetelmä = c("Perinteinen puhdistus", "Hyvin toimva puhdistus", <br />
"Tehostettu puhdistus" ,"Hidas hiekkasuodatus", "Kalkkikivisuodatus", <br />
"Aktiivihiilisuodatus", "UV", "Otsonointi", "Klooraus")<br />
)<br />
<br />
PuhdistusTeho@output <- merge(PuhdistusTeho@output, Puhdistus[1:6,]) # Vedenkäsittelymenetelmät<br />
<br />
Desinfiointi@output <- merge(Desinfiointi@output, Puhdistus[7:9,]) # Desinfiointimenetelmät<br />
<br />
PuhdistusTeho@output$PuhdistusTehoResult <- ifelse(<br />
PuhdistusTeho@output$Käytössä,<br />
PuhdistusTeho@output$PuhdistusTehoResult,<br />
0<br />
)<br />
Desinfiointi@output$DesinfiointiResult <- ifelse(<br />
Desinfiointi@output$Käytössä,<br />
Desinfiointi@output$DesinfiointiResult,<br />
0<br />
)<br />
<br />
# Poistetaan "Käytössä" kolumni<br />
PuhdistusTeho@output <- PuhdistusTeho@output[, !colnames(PuhdistusTeho@output) == "Käytössä"]<br />
Desinfiointi@output <- Desinfiointi@output[, !colnames(Desinfiointi@output) == "Käytössä"]<br />
<br />
objects.latest("Op_fi1759", "muuttuja") # [[Infektion todennäköisyys per henkilö]] Vaste<br />
<br />
Vaste <- EvalOutput(Vaste, substitute = TRUE)<br />
<br />
#################################################################################<br />
<br />
dose.response = Vaste@output<br />
<br />
Pathogen <- c("Kampylobakteeri","E.coli O157:H7","Rotavirus","Norovirus","Cryptosporidium","Giardia")<br />
<br />
vaesto <- opbase.data("Op_fi2652")[,c("Ikä","Result")] # [[Suomen ikäjakauma]]<br />
colnames(vaesto) <- c("Age", "Osuus")<br />
<br />
vaesto$Populaatio <- vaesto$Osuus * Vaestonkoko<br />
<br />
odotettu.elinika <- 81<br />
<br />
colnames(dose.response)[colnames(dose.response) == "Patogeeni"] <- "Pathogen"<br />
colnames(dose.response)[colnames(dose.response) == "VasteResult"] <- "P.inf"<br />
colnames(dose.response)[colnames(dose.response) == "AltistuminenResult"] <- "Exp.pat"<br />
<br />
P.ill.g.inf <- data.frame(Pathogen, P.ill.g.inf = c(0.33, 1 - (270 / 1540), 0.9, 0.7, 0.71, 1)) # todennäköisyys sairastua kun saa infektion<br />
<br />
# Kampylobakteeri, DALYt per infektio<br />
<br />
P.treat.g.ill.Kamp.Gastr <- data.frame(Pathogen = Pathogen[c(1,1,1)], Outcome = "Gastroenteritis", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised", "Unspecified")[c(1,2,3)], P.treat.g.ill = c(0.7627, 0.2373, 0.0097))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr <- merge(P.treat.g.ill.Kamp.Gastr, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr$P.treat.ill.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr$P.ill.g.inf * <br />
P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Kamp.Gastr <- data.frame(Outcome = c("Gastroenteritis"), ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", <br />
"Hospitalised", "Unspecified")[c(1,2,3)], dur.ill = c(5.1 / 365, 8.4 / 365, 14.39 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Kamp.Gastr <- data.frame(Outcome = c("Gastroenteritis"), ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", <br />
"Hospitalised", "Unspecified")[c(1,2,3)], sev.ill = c(0.067, 0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Kamp.Gastr <- merge(P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr, duration.ill.treat.Kamp.Gastr)<br />
daly.ill.treat.Kamp.Gastr <- merge(daly.ill.treat.Kamp.Gastr, severity.ill.treat.Kamp.Gastr)<br />
daly.ill.treat.Kamp.Gastr$dalys <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr$P.treat.ill.g.inf * daly.ill.treat.Kamp.Gastr$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Kamp.Gastr$sev.ill<br />
<br />
<br />
P.death.g.ill.Gastr <- 0.0004<br />
P.death.g.inf.Gastr <- P.death.g.ill.Gastr * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Kampylobakteeri"]<br />
death.Gastr.life.lost <- 13.2<br />
daly.death.Kamp.Gastr <- P.death.g.inf.Gastr * death.Gastr.life.lost<br />
<br />
## GBS Kamp.<br />
<br />
P.gbs.g.ill <- 2e-004<br />
P.gbs.g.inf <- P.gbs.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Kampylobakteeri"]<br />
dur.sev.factor.gbs <- data.frame(Outcome = c("Clinical GBS", "Residual GBS"), dur.sev.factor = c(0.29, 5.8)) # duration * severity * fraction?<br />
daly.Kamp.gbs <- data.frame(dur.sev.factor.gbs$Outcome, dalys = dur.sev.factor.gbs$dur.sev.factor * P.gbs.g.inf)<br />
<br />
P.death.g.gbs <- 0.08 / 3 # triangular 0.01, 0.02, 0.05<br />
P.death.g.inf.gbs <- P.death.g.gbs * P.gbs.g.inf<br />
death.gbs.life.lost <- 18.7<br />
daly.death.Kamp.gbs <- P.death.g.inf.gbs * death.gbs.life.lost<br />
<br />
## reactive arthritis Kamp.<br />
<br />
P.arth.g.ill <- 0.02 # triangluar 0.01, 0.02, 0.03<br />
P.arth.g.inf <- P.arth.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Kampylobakteeri"]<br />
duration.arth <- 6 / 52<br />
severity.arth <- 0.21<br />
daly.Kamp.arth <- P.arth.g.inf * duration.arth * severity.arth<br />
<br />
# E.coli<br />
<br />
P.wd.g.ill <- 0.53 # watery diarrhea<br />
P.wd.g.inf <- P.wd.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]<br />
severity.wd <- 0.067<br />
duration.wd <- 3.4 / 365<br />
daly.wd.Ecoli <- P.wd.g.inf * severity.wd * duration.wd<br />
<br />
P.hc.g.ill <- 0.47<br />
P.hc.g.inf <- P.hc.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]<br />
severity.hc <- 0.39<br />
duration.hc <- 5.6 / 365<br />
daly.hc.Ecoli <- P.hc.g.inf * severity.hc * duration.hc<br />
<br />
P.death.g.ill.Ecoli <- 0.00027<br />
P.death.g.inf.Ecoli <- P.death.g.ill.Ecoli * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]<br />
age.death.Ecoli <- 81 - 13.2<br />
daly.death.Ecoli <- P.death.g.inf.Ecoli * (odotettu.elinika - age.death.Ecoli)<br />
<br />
## Haemolytic uraemic syndrome (HUS)<br />
<br />
P.hus.g.ill <- 0.01<br />
P.hus.g.inf <- P.hus.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]<br />
severity.hus <- 0.93<br />
duration.hus <- 21 / 365<br />
daly.hus.Ecoli <- P.hus.g.inf * severity.hus * duration.hus<br />
<br />
P.death.g.hus <- 0.04<br />
P.death.hus.g.inf <- P.death.g.hus * P.hus.g.inf<br />
age.death.hus.Ecoli <- 81 - 26.2<br />
daly.death.hus.Ecoli <- P.death.hus.g.inf * (odotettu.elinika - age.death.hus.Ecoli)<br />
<br />
## End Stage Renal Disease (ESRD)<br />
<br />
P.esrd.g.hus <- 0.118<br />
P.esrd.g.inf <- P.hus.g.inf * P.esrd.g.hus<br />
severity.duration.hus <- 8.7 # severity * duration<br />
daly.esrd.Ecoli <- P.esrd.g.inf * severity.duration.hus<br />
<br />
P.death.g.esrd <- 0.0252<br />
P.death.esrd.g.inf <- P.esrd.g.inf * P.death.g.esrd<br />
age.death.esrd.Ecoli <- 81 - 34<br />
daly.death.esrd.Ecoli <- P.death.esrd.g.inf * (odotettu.elinika - age.death.esrd.Ecoli)<br />
<br />
# Rotavirus<br />
<br />
P.treat.g.ill.Rotavirus <- data.frame(Pathogen = "Rotavirus", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.82,5), <br />
rep(0.95, 10), rep(0.99, 50), rep(0.97, 17), rep(0.137, 5), rep(0.0244, 5), rep(0.0511, 5), rep(0.0127, 50), <br />
rep(0.0299, 17), rep(0.0416, 5), rep(0.0213, 5), rep(0, 72)))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Rotavirus <- merge(P.treat.g.ill.Rotavirus, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Rotavirus$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Rotavirus$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Rotavirus$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Rotavirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(4.9 / 365, <br />
7.1 / 365, 7.7 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Rotavirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, <br />
0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Rotavirus <- merge(P.treat.ill.g.inf.Rotavirus, duration.ill.treat.Rotavirus)<br />
daly.ill.treat.Rotavirus <- merge(daly.ill.treat.Rotavirus, severity.ill.treat.Rotavirus)<br />
daly.ill.treat.Rotavirus$dalys <- daly.ill.treat.Rotavirus$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Rotavirus$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Rotavirus$sev.ill<br />
<br />
<br />
P.death.Rotavirus <- data.frame(Age = 0:81, P.death.g.ill = c(rep(2.13e-005, 5), rep(0, 77)))<br />
P.death.Rotavirus$P.death.g.inf <- P.death.Rotavirus$P.death.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Rotavirus"]<br />
P.death.Rotavirus$Life.lost <- odotettu.elinika - P.death.Rotavirus$Age<br />
daly.death.Rotavirus <- data.frame(Age = P.death.Rotavirus$Age, dalys = P.death.Rotavirus$P.death.g.inf * P.death.Rotavirus$Life.lost)<br />
<br />
# Norovirus<br />
<br />
P.treat.g.ill.Norovirus <- data.frame(Pathogen = "Norovirus", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.94876706,5), <br />
rep(0.9902, 5), rep(0.98239, 5), rep(0.98434, 51), rep(0.992741, 16), rep(0.0448,5), rep(8.6e-003, 5), rep(0.0154, 5), <br />
rep(0.0137, 51), rep(6.17e-003, 16), rep(6.43e-003,5), rep(1.2e-003, 5), rep(2.21e-003, 5), rep(1.96e-003, 51), <br />
rep(8.85e-004, 16)))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Norovirus <- merge(P.treat.g.ill.Norovirus, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Norovirus$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Norovirus$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Norovirus$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Norovirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(3.8 / 365, <br />
5.73 / 365, 7.23 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Norovirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, <br />
0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Norovirus <- merge(P.treat.ill.g.inf.Norovirus, duration.ill.treat.Norovirus)<br />
daly.ill.treat.Norovirus <- merge(daly.ill.treat.Norovirus, severity.ill.treat.Norovirus)<br />
daly.ill.treat.Norovirus$dalys <- daly.ill.treat.Norovirus$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Norovirus$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Norovirus$sev.ill<br />
<br />
P.death.Norovirus <- data.frame(Age = 0:81, P.death.g.ill = c(rep(2.94e-006, 5), rep(0, 61), rep(2.04e-004, 16)))<br />
P.death.Norovirus$P.death.g.inf <- P.death.Norovirus$P.death.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Norovirus"]<br />
P.death.Norovirus$Life.lost <- odotettu.elinika - P.death.Norovirus$Age<br />
daly.death.Norovirus <- data.frame(Age = P.death.Norovirus$Age, dalys = P.death.Norovirus$P.death.g.inf * P.death.Norovirus$Life.lost)<br />
<br />
# Cryptosporidium<br />
<br />
P.treat.g.ill.Crypt <- data.frame(Pathogen = "Cryptosporidium", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.9175730049999999,5), <br />
rep(0.80937, 5), rep(0.6810499999999999, 5), rep(0.9774191, 50), rep(0.94706, 17), rep(0.082,5), rep(0.188, 5), rep(0.316, 5), <br />
rep(0.0209, 50), rep(0.0367, 17), rep(4.26e-004,5), rep(2.63e-003, 5), rep(2.95e-003, 5), rep(1.66e-003, 50), rep(0.0146, 17)))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Crypt <- merge(P.treat.g.ill.Crypt, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Crypt$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Crypt$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Crypt$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Crypt <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(3.5 / 365, <br />
7 /365, 18.4 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Crypt <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, <br />
0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Crypt <- merge(P.treat.ill.g.inf.Crypt, duration.ill.treat.Crypt)<br />
daly.ill.treat.Crypt <- merge(daly.ill.treat.Crypt, severity.ill.treat.Crypt)<br />
daly.ill.treat.Crypt$dalys <- daly.ill.treat.Crypt$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Crypt$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Crypt$sev.ill<br />
<br />
P.death.Crypt <- data.frame(Age = 0:81, P.death.g.ill = c(rep(9.95e-007, 5), rep(0, 10), rep(2.09e-005, 50), rep(1.64e-003, 17)))<br />
P.death.Crypt$P.death.g.inf <- P.death.Crypt$P.death.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Cryptosporidium"]<br />
P.death.Crypt$Life.lost <- odotettu.elinika - P.death.Crypt$Age<br />
daly.death.Crypt <- data.frame(Age = P.death.Crypt$Age, dalys = P.death.Crypt$P.death.g.inf * P.death.Crypt$Life.lost)<br />
<br />
# Giardia<br />
<br />
P.treat.g.ill.Giardia <- data.frame(Pathogen = "Giardia", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.9376,5), <br />
rep(0.91034, 5), rep(0.72642, 5), rep(0.92486, 50), 0.54596, rep(0.5365, 16), rep(0.0609,5), rep(0.0852, 5), rep(0.272, 5), <br />
rep(0.0721, 50), rep(0.451, 17), rep(1.5e-003,5), rep(4.46e-003, 5), rep(1.58e-003, 5), rep(3.04e-003, 51), rep(0.0125, 16)))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Giardia <- merge(P.treat.g.ill.Giardia, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Giardia$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Giardia$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Giardia$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Giardia <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(10 / 365, <br />
10 /365, 30 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Giardia <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, <br />
0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Giardia <- merge(P.treat.ill.g.inf.Giardia, duration.ill.treat.Giardia)<br />
daly.ill.treat.Giardia <- merge(daly.ill.treat.Giardia, severity.ill.treat.Giardia)<br />
daly.ill.treat.Giardia$dalys <- daly.ill.treat.Giardia$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Giardia$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Giardia$sev.ill<br />
<br />
# yhteenveto DALYistä<br />
<br />
Health.effects <- vaesto[,c("Age","Populaatio")]<br />
<br />
Health.effects$Untreated.Gastr.Kamp <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr[daly.ill.treat.Kamp.Gastr$ill.treat == "Untreated", c("dalys")]<br />
Health.effects$GP.Gastr.Kamp <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr[daly.ill.treat.Kamp.Gastr$ill.treat == "General practitioner", c("dalys")]<br />
Health.effects$Hospitalised.Gastr.Kamp <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr[daly.ill.treat.Kamp.Gastr$ill.treat == "Hospitalised", c("dalys")]<br />
Health.effects$Death.Gastr.Kamp <- daly.death.Kamp.Gastr<br />
<br />
Health.effects$Clinical.GBS.Kamp <- daly.Kamp.gbs$dalys[1]<br />
Health.effects$Residual.GBS.Kamp <- daly.Kamp.gbs$dalys[2]<br />
Health.effects$Death.GBS.Kamp <- daly.death.Kamp.gbs<br />
<br />
Health.effects$Arth.Kamp <- daly.Kamp.arth<br />
<br />
Health.effects$WD.Ecoli <- daly.wd.Ecoli<br />
Health.effects$HC.Ecoli <- daly.hc.Ecoli<br />
Health.effects$Death.Ecoli <- daly.death.Ecoli<br />
<br />
Health.effects$HUS.Ecoli <- daly.hus.Ecoli<br />
Health.effects$Death.HUS.Ecoli <- daly.death.hus.Ecoli<br />
<br />
Health.effects$ESRD.Ecoli <- daly.esrd.Ecoli<br />
Health.effects$Death.ESRD.Ecoli <- daly.death.esrd.Ecoli<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Rotavirus[daly.ill.treat.Rotavirus$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Rotavirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Rotavirus[daly.ill.treat.Rotavirus$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Rotavirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Rotavirus[daly.ill.treat.Rotavirus$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Rotavirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.death.Rotavirus)<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Death.Rotavirus"<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Norovirus[daly.ill.treat.Norovirus$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Norovirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Norovirus[daly.ill.treat.Norovirus$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Norovirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Norovirus[daly.ill.treat.Norovirus$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Norovirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.death.Norovirus)<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Death.Norovirus"<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Crypt[daly.ill.treat.Crypt$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Crypt"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Crypt[daly.ill.treat.Crypt$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Crypt"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Crypt[daly.ill.treat.Crypt$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Crypt"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.death.Crypt)<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Death.Crypt"<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Giardia[daly.ill.treat.Giardia$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Giardia"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Giardia[daly.ill.treat.Giardia$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Giardia"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Giardia[daly.ill.treat.Giardia$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Giardia"<br />
<br />
Health.effects <- reshape(Health.effects, idvar = c("Age"), times = colnames(Health.effects)[-c(1,2)], timevar = "Outcome", <br />
varying = list(colnames(Health.effects)[-c(1,2)]), direction = "long")<br />
colnames(Health.effects)[4] <- "P.daly.g.inf"<br />
<br />
Health.effects$Pathogen <- NA<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Kamp", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[1]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Ecoli", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[2]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Rotavirus", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[3]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Norovirus", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[4]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Crypt", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[5]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Giardia", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[6]<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, dose.response[,c("Pathogen", "P.inf")])<br />
Health.effects$DALYs <- (1 - (1 - Health.effects$P.inf * Health.effects$P.daly.g.inf)^365) * Health.effects$Populaatio<br />
<br />
temp <- merge(dose.response, P.ill.g.inf)<br />
<br />
############# EXTRA ###########################################<br />
<br />
MikrobienLogVähenemä <- combine(Desinfiointi, PuhdistusTeho, KloorausTeho, name = "MikrobienLogVähenemä")<br />
<br />
MikrobienLogVähenemä@output[["Puhdistusmenetelmä"]][ <br />
MikrobienLogVähenemä@output[["MikrobienLogVähenemäSource"]] == "KloorausTehoFormula"<br />
] <- "Klooraus"<br />
<br />
#MikrobienLogVähenemä <- oapply(MikrobienLogVähenemä, cols = c("Puhdistusmenetelmä", "KlooriAnnosSource"), FUN = sum, na.rm = TRUE)<br />
<br />
#MikrobienLogVähenemä@output <- fillna(MikrobienLogVähenemä@output, colnames(MikrobienLogVähenemä@output)[MikrobienLogVähenemä@marginal])<br />
<br />
############# TULOKSET #########################################################################################################<br />
<br />
cat("Patogeenien konsentraatio raakavedessä\n")<br />
oprint(RaakaPitoisuus) # Patogeenien konsentraatio raakavedessä<br />
<br />
<br />
d <- data.frame(<br />
Tieto = c("Käytetty klooriannos (mg/l)", "Vedenkulutus (l/hlö/vrk)", "Väestön koko"),<br />
Arvo = c(IKlooriAnnos, IVedenkulutus, Vaestonkoko)<br />
)<br />
oprint(d)<br />
<br />
cat("Käytetyt puhdistusmenetelmät:\n")<br />
<br />
oprint(Puhdistus[Puhdistus$Käytössä == 1, ])<br />
<br />
cat("Patogeenien log vähenemä puhdistuksessa (Kuva 1.)\n")<br />
<br />
ggplot(MikrobienLogVähenemä@output, aes(x = Patogeeni, weight = MikrobienLogVähenemäResult, fill = Puhdistusmenetelmä)) +<br />
geom_bar() + theme_gray(base_size = 24) + labs(title = "Kuva 1. Mikrobien log-vähenemä")<br />
<br />
cat("Patogeeneille altistuminen ja infektion todennäköisyys\n")<br />
oprint(Vaste@output[,c("Patogeeni", "AltistuminenResult", "VasteResult")], digits = 6) # Patogeeneille altistuminen ja infektion todennäköisyys (vaste)<br />
<br />
cat("Arvioitu terveysvaikutus\n")<br />
<br />
cat(sum((1 - (1 - temp$P.ill.g.inf * temp$P.inf)^365) * Vaestonkoko, na.rm = TRUE), " vatsatautia vuodessa \n")<br />
<br />
cat(sum(Health.effects$DALYs, na.rm = TRUE), " DALY:ä vatsataudeista \n") <br />
</rcode><br />
<br />
Tulossivu avautuu uudelle välilehdelle painamalla aja koodi -laatikkoa. Tulokset saa näkyviin päivittämällä tulossivun noin minuutti aja koodi-toiminnon jälkeen.<br />
<br />
=== Käyttöohjeet Vesiopas-mallille ===<br />
<br />
{{greenbox|<br />
<br />
'''1. Valitse raakaveden luokitus'''<br />
*Pohjavesi - Puhdas: puhdasta pohjavettä<br />
*Pohjavesi - Pintavesikuormitus: esim. rantaimeytymistä<br />
*Pintavesi - Vähäinen kuormitus: suhteellisen puhdasta pintavettä<br />
*Pintavesi - Keskisuuri kuormitus: esim. pienehkö jätevesikuormitus<br />
*Pintavesi - Suuri kuormitus: esim. jätevesikuormitus<br />
<br />
'''TAI'''<br />
<br />
Valitse 'Määrittelen mikrobipitoisuudet itse'. Kirjoita patogeenien pitoisuudet niiden laatikoihin.<br />
<br />
'''2. Ilmoita juomaveden kulutus''' vuorokautta kohden litroina päivässä henkeä kohti (oletus 1.153 l/pvä).<br />
<br />
'''3. Ilmoita kohdealueen väestön lukumäärä.''' (oletus 100000)<br />
<br />
'''4. Valitse puhdistusprosessit.''' Huom! Voit valita monta vaihtoehtoa<br />
<br />
'''5. Valitse onko klooraus käytössä vai ei''' syöttämällä käytetty klooriannos (mg/l). Mikäli kloorausta ei ole, annokseksi tulee 0 mg/l (oletus 1.5 mg/l).<br />
<br />
'''6. Tuloksen saa näkyviin uudelle sivulle painamalla nappia 'Aja koodi'.'''<br />
<br />
Kahdesta ensimmäisestä taulukosta ja yhdestä sivun lopussa olevasta kuvasta näkee millaisia lähtöarvoja malliin on syötetty. Terveysvaikutuksina ilmoitetaan kaksi tulosta:<br />
*Montako vatsatautitapausta alueella on vuodessa.<br />
*Montako [[DALY]]a eli toimintakyvyllä painotettua elinvuotta menetetään vatsatautitapausten vuoksi ko. alueella.<br />
}}<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
[[Tiedosto:Vesiopas.png]]<br />
<br />
:''Malli on käännetty Analyticasta R:lle. Alkuperäinen malli löytyy täältä: [[Tiedosto:Vesiopas.ANA]]. Mikäli käyttäjä ei itse anna patogeenikohtaisia pitoisuuksia, käytetään sivulla [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]] olevia arvoja.<br />
<br />
Talousveden laadulle on asetettu terveysperusteisia laatuvaatimuksia ja -suosituksia. Laatua koskevasta lainsäädännästä vastaa Sosiaali- ja terveysministeriö ja laadun valvonnasta kuntien terveydensuojeluviranomaiset. Hyvän veden laadun ylläpitäminen ja kehittäminen edellyttävät korkealaatuista tutkimusta ja yhteistyötä eri tahojen kanssa. Pohjavesiä tai tekopohjavesiä ei yleensä desinfioida. Raakaveden sisältämät kemikaalit, mikrobit tai talousveden valmistuksessa muodostuvat desinfioinnin sivutuotteet voivat aiheuttaa terveysriskejä talousveden käyttäjille. Vesilaitokselta lähtevä vesi saattaa viipyä pitkiäkin aikoja verkostossa. Mikäli olosuhteet ovat mikrobikasvustolle suotuisat, vesi voi muuttua verkostossa ja kiinteistöjen vesijärjestelmissä huonolaatuiseksi ja jopa terveydelle haitalliseksi. <ref>http://www.ktl.fi/portal/suomi/tietoa_terveydesta/elinymparisto/vesi</ref><br />
<br />
<br />
Talousvesi tuotetaan joko pohja- tai pintavedestä. Näillä on erilaiset ongelmat. Pintaveden käyttö vaatii aina varsinaisen vesilaitoksen perustamista ja siihen liittyvää tietoa, taitoa ja tekniikkaa sekä koulutettua valvontahenkilöstöä. Pohjavesi taas ei vaadi kovin monimutkaista käsittelyä, joten varsinaista vesilaitoshenkilökuntaa tarvitaan varsin vähän ja valvontakin on vähäisempää. Lisäksi meillä on nykyään useita vesilaitoksia, jotka valmistavat tekopohjavettä. Ominaisuuksiltaan tekopohjavedet saattavat olla hyvien pohjavesien kaltaisia, mutta usein vain keskitasoisen pintaveden veroisia. <br />
<br />
<br />
Pohjaveden käsittelyyn kuuluu tavallisesti veden pH:n ja kovuuden nosto. Tähän voidaan käyttää erilaisia tekniikoita, joista pH:n säädössä kalsiumhydroksidin ja hiilidioksidin käyttö lienee yleisimpiä. Toisinaan tarvitaan lisäksi raudan tai mangaanin saostaminen vahvoilla hapettimilla kuten permanganaatilla tai kloorilla. Lisäksi heikkolaatuiset pohjavedet desinfioidaan.<br />
<br />
<br />
Jotta pintavedestä saataisiin hyvää juomavettä, sitä joudutaan käsittelemään varsin rankasti. Vaikeinta on saada pintaveden humusainekset saostettua. Tähän käytetään erilaisten saostuskemikaalien lisäksi mm. pH:n säätöä ja humusaineksen pilkkomista voimakkailla hapettimilla kuten otsonilla. Lisäksi saostuskemikaalien (esim. alumiinin ja raudan suolat) jäämät on poistettava ja veden kovuutta nostettava niin, ettei putkisto aikojen kuluessa haperru. Väestö on myös suojattava pintavesissä aina piileviltä [http://fi.wikipedia.org/wiki/Mikrobi mikrobeilta], joten vesi täytyy desinfioida tautia aiheuttavien mikrobien, patogeenien, poistamiseksi.<br />
<br />
<br />
Veden laatuun vaikuttavat myös verkoston kunto ja veden verkostossa viipymä aika. Jos verkostoon on kertynyt runsaasti saostumia, nämä sakat sisältävät erilaisten epäorgaanisten yhdisteiden lisäksi valtavasti bakteerimassaa. Verkoston saostumien ominaisuuksia ja niiden vaikutusta veden laatuun on Suomessa alettu tutkia vasta viime aikoina. <ref>http://www.ktl.fi/portal/suomi/julkaisut/kansanterveyslehti/lehdet_1999/2_1999/vesiepidemiat_voidaan_estaa_hyvalla_talousveden_kasittelylla/</ref><br />
<br />
<br />
Riskinarvioinnin tarkoituksena on tuottaa tietoa riskin todellisesta suuruudesta päätöksentekoa varten. Riskinarviointi on tieteellinen prosessi, jossa asiantuntijoilla on keskeinen rooli. Koska tutkittavia riskejä monenlaisia, riskinarviointiprosessit voivat olla hyvin erilaisia. Ympäristöterveyden alalla riskinarvioinnin katsotaan tavallisesti koostuvan neljästä vaiheesta:<br />
# Vaaran tunnistaminen (aiheuttaako tutkittava tekijä vaaraa ihmiselle?)<br />
# Annosvasteen arviointi (mikä on annoksen ja vaikutuksen suhde?)<br />
# Altistumisen arviointi (kuinka paljon ihmiset altistuvat?)<br />
# Riskin karakterisointi (kuinka suuri on terveysriski?)<ref>http://wanda.uef.fi/tkk/avoin/ymp_terveys/</ref><br />
<br />
Kaikkien vesilaitosten tulisi ajoittain tehdä talousvedelle riskinarviointi. Siinä selvitetään toimenpiteet eri kriisitilanteita varten ja laaditaan suunnitelmat eri ongelmatilanteita ja mahdollisia vahinkoja varten. Erilaiset vesilaitokset ja esimerkiksi lomakeskukset tarvitsevat erilaiset suunnitelmat ja toteutukset. <br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
* Op_fi2652 [[Suomen ikäjakauma]]: Populaation koko, Väestön ikärakenne, Odotettu elinikä<br />
* Op_fi1759 [[Infektion todennäköisyys per henkilö]]<br />
** Op_fi2653 [[Patogeenien annosvasteet]]<br />
** Op_fi2994 [[Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn]] väestömäärä ja vedenkulutus<br />
** Op_fi2669 [[Patogeeneille altistuminen]]<br />
*** Op_fi1757 [[Juomaveden kulutus]]<br />
*** Op_fi2668 [[Patogeenien pitoisuudet puhdistetussa juomavedessä]]<br />
**** Op_fi2655 [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]]<br />
**** Op_fi2656 [[Vedenkäsittelyn tehokkuus]] (Suodatukset ym)<br />
**** Op_fi2993 [[Juomaveden desinfiointi]] (klooraus ym)<br />
**** Op_fi2667 [[Klooraus]]<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
{{metodi|moderator = Päivi Meriläinen}}<br />
*[[Juomaveden patogeenit]]<br />
*[[Juomaveden patogeenien terveysvaikutukset]]<br />
<br />
*[[Arviointi pohjavesilaitoksen mikrobiologisista riskeistä]]<br />
*[[Arviointi juomaveden kloorifenolien terveysvaikutuksista]]<br />
*[[:heande:Kuovesi]]<br />
* [[Mikrobien määrä juomavedessä]]<br />
* [[Mikrobien määrä pohjavedessä]]<br />
<br />
*http://www.fao.org/docrep/006/y4666e/y4666e06.htm#TopOfPage<br />
*http://wiki.camra.msu.edu/index.php?title=Main_Page<br />
*http://www.medicina.fi/index.php?option=com_content&view=article&id=48&Itemid=56#I<br />
<br />
; Turhia?<br />
*[[Infektion vuosittainen todennäköisyys]]<br />
*[[Vatsatautien tapaukset]]<br />
*[[Patogeenien DALYt vatsataudille]] Yhdistettävä sivuun [[:op_en:DALY]]?<br />
<br />
=== Paikkakuntakohtaiset tiedot ===<br />
<br />
* Op_fi2603 [[Arviointi juomaveden laadun terveysvaikutuksista/Kuopio]] (vedenpuhdistamon tietoja)<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Kirkkonummi]]<br />
<br />
==Viitteet==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
{{eracedu}}</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Vesiopas&diff=35670Vesiopas2019-05-29T08:27:19Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vesiopasmalli */</p>
<hr />
<div>[[op_en:Water guide]]<br />
[[Luokka:Talousvesi]]<br />
[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Vesiopas]]<br />
[[Luokka:Tutkimushanke]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
[[Tiedosto:Talousveden_riskinarviointi.png|thumb|500px]]<br />
<br />
'''Huom! Vesiopas päivitetään toimivammaksi kesän 2019 aikana. Tällä hetkellä tulossivun saa näkyviin päivittämällä tulossivu noin minuutti riskilaskelman suorittamisen jälkeen.'''<br />
<br />
'''Vesiopas - Arviointi vedenlaadun terveysvaikutuksista''' käsittelee juomaveden mahdollisia mikrobiologisia terveysriskejä. Mikrobiologisten riskien taustana on raakaveden kontaminoituminen mikrobeilla joista aiheutuu mahdollista terveyshaittaa vesijohtovettä käyttäville ihmisille, sekä juomaveden käsittelyprosessien tehokkuus, joka voi olla riittämätön poistamaan haitalliset mikrobit juomavedestä. Arvioinnilla määritetään, minkä suuruinen mahdollinen terveysriski on tietyillä raakaveden mikrobeilla. Arviointi perustuu matemaattiselle Vesiopas-mallille, joka esitellään alla.<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan juomaveden mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisten vedenpuhdistuslaitosten tietoja pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi.<br />
<br />
==Vesiopasmalli==<br />
<br />
[http://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Toiminnot:RTools&id=7j34oITDO0otsbh9 Esimerkkiajo Vesiopas-mallilla]<br />
<br />
<rcode name="answer" graphics=1 variables="<br />
name:RaakaLuokka|description:Raakaveden valmiit luokitukset|type:selection|<br />
options:<br />
'Pohjavesi - Puhdas';Pohjavesi - Puhdas;<br />
'Pohjavesi - Pintavesikuormitus';Pohjavesi - Pintavesikuormitus;<br />
'Pintavesi - Vähäinen kuormitus';Pintavesi - Vähäinen kuormitus;<br />
'Pintavesi - Keskisuuri kuormitus';Pintavesi - Keskisuuri kuormitus;<br />
'Pintavesi - Suuri kuormitus';Pintavesi - Suuri kuormitus;<br />
'Käyttäjä';Ei valmista luokitusta, määrittelen mikrobipitoisuudet itse|<br />
category:Perustiedot|<br />
name:IVedenkulutus|default:1.153|description:Veden juominen (litraa /pvä)|<br />
name:Vaestonkoko|default:100000|description:Altistuvan väestön koko|<br />
<br />
name:Kampylo|description:Kampylobakteeri-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Raakaveden mikrobipitoisuudet (jos ei valmista luokitusta)|<br />
category_conditions:RaakaLuokka;'Käyttäjä'|<br />
name:Ecoli|description:E.coli O157:H7 -pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotavirus-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Norovirus-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidium-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardia-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Puhdistus|description:Käytössä olevat puhdistusmenetelmät|type:checkbox|options:<br />
1;Perinteinen puhdistus;<br />
2;Hyvin toimva puhdistus;<br />
3;Tehostettu puhdistus;<br />
4;Hidas hiekkasuodatus;<br />
5;Kalkkikivisuodatus;<br />
6;Aktiivihiilisuodatus;<br />
7;UV suodatus;<br />
8;Otsonointi|default:1;4;5;6|<br />
category:Vedenpuhdistus: Puhdistusprosessi ja klooraus|<br />
name:IKlooriAnnos|default:1.5|description:Klooriannos (mg/l)<br />
"><br />
#This is code Op_fi26 on page [[:op_fi:Vesiopas]]<br />
<br />
#######This part was removed from the interface because the code does not use it.<br />
# name:Kaupunki|description:Kaupungin oletusarvot|default:'Custom'|type:selection|<br />
# options:<br />
# 'Custom';- valitse -;<br />
# 'Op_fi2603';Kuopio|<br />
# category:Kaupungin oletusarvot vedenpuhdistukselle|<br />
# category_conditions:Kaupunki;'- valitse -'|<br />
####################################3333<br />
<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(reshape2)<br />
<br />
#if(RaakaLuokka != 'Käyttäjä') {<br />
# Kampylo <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Ecoli <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Rota <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Noro <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Crypto <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Giardia <- 'Luokituksen mukainen'<br />
#}<br />
<br />
#IRaakaPitoisuus <- list(Kampylo, Ecoli, Rota, Noro, Crypto, Giardia)<br />
<br />
# Vedenkulutus<br />
<br />
if (!is.na(suppressWarnings(as.numeric(IVedenkulutus)))) {<br />
InpVedenkulutus = data.frame(VedenkulutusResult = IVedenkulutus)<br />
InpVedenkulutus = Ovariable("Vedenkulutus", output = InpVedenkulutus)<br />
}<br />
<br />
# Patogeenien pitoisuudet<br />
<br />
objects.latest("Op_fi2655", "muuttuja") # [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]] RaakaPitoisuus, customoitia varten<br />
<br />
if(RaakaLuokka == "Käyttäjä") {<br />
RaakaPitoisuus <- Ovariable("RaakaPitoisuus", data = data.frame(<br />
Patogeeni = c("Kampylobakteeri", "E.coli O157:H7", "Rotavirus", "Norovirus", "Cryptosporidium", "Giardia"), <br />
Result = c(Kampylo, Ecoli, Rota, Noro, Crypto, Giardia)<br />
))<br />
} else {<br />
RaakaPitoisuus@data <- RaakaPitoisuus@data[as.character(RaakaPitoisuus@data$Raakavesilähde) == RaakaLuokka , ]<br />
}<br />
<br />
RaakaPitoisuus <- EvalOutput(RaakaPitoisuus)<br />
<br />
# Tämä vanha koodi on monimpuolisempi ja mahdollistaa yksittäisen patogeenin pitoisuuden antamisen muiden tullessa oletusarvosta.<br />
# Kuitenkin käyttöliittymää on nyt selkeytetty niin ettei käyttäjälle tarjota mahdollisuutta antaa tietoa tällä tavalla.<br />
#temp <- RaakaPitoisuus@output<br />
<br />
#temp <- temp[as.character(temp$Raakavesilähde) == RaakaLuokka, ]<br />
<br />
#temp <- merge(<br />
# temp, <br />
# data.frame(<br />
# Patogeeni = c("Kampylobakteeri","E.coli O157:H7","Rotavirus","Norovirus","Cryptosporidium","Giardia"), <br />
# TempResult = suppressWarnings(as.numeric(IRaakaPitoisuus))<br />
# )<br />
#)<br />
#temp$RaakaPitoisuusResult <- ifelse(<br />
# is.na(temp$TempResult), <br />
# temp$RaakaPitoisuusResult,<br />
# temp$TempResult<br />
#)<br />
#RaakaPitoisuus@output <- temp[, !colnames(temp) %in% c("TempResult", "Raakavesilähde")]<br />
<br />
temp <- rep(FALSE,9) # vaihtoehdot + klooraus joka on mallin rakenteesta johtuen aina epätosi<br />
temp[Puhdistus] <- TRUE<br />
Puhdistus <- temp<br />
<br />
if (!is.na(suppressWarnings(as.numeric(IKlooriAnnos)))) if (IKlooriAnnos >= 0) {<br />
InpKlooriAnnos <- Ovariable("KlooriAnnos", output = data.frame(KlooriAnnosResult = IKlooriAnnos))<br />
}<br />
<br />
# Käsitellään puhdistusmenetelmät käsin tätä mallia varten<br />
<br />
riippuvuudet <- data.frame(<br />
Name = c("RaakaPitoisuus", "Desinfiointi", "PuhdistusTeho", "KloorausTeho"),<br />
Ident = c("Op_fi2655/muuttuja", "Op_fi2993/muuttuja", "Op_fi2656/muuttuja", "Op_fi2667/tehokkuus")<br />
)<br />
<br />
objects.latest("Op_fi2993", "muuttuja") # [[Juomaveden desinfiointi]] Desinfiointi: klooraus ym<br />
<br />
objects.latest("Op_fi2656", "muuttuja") # [[Vedenkäsittelyn tehokkuus]] PuhdistusTeho: suodatukset ym<br />
<br />
PuhdistusTeho <- EvalOutput(PuhdistusTeho)<br />
Desinfiointi <- EvalOutput(Desinfiointi)<br />
<br />
Puhdistus <- data.frame(<br />
Käytössä = Puhdistus, <br />
Puhdistusmenetelmä = c("Perinteinen puhdistus", "Hyvin toimva puhdistus", <br />
"Tehostettu puhdistus" ,"Hidas hiekkasuodatus", "Kalkkikivisuodatus", <br />
"Aktiivihiilisuodatus", "UV", "Otsonointi", "Klooraus")<br />
)<br />
<br />
PuhdistusTeho@output <- merge(PuhdistusTeho@output, Puhdistus[1:6,]) # Vedenkäsittelymenetelmät<br />
<br />
Desinfiointi@output <- merge(Desinfiointi@output, Puhdistus[7:9,]) # Desinfiointimenetelmät<br />
<br />
PuhdistusTeho@output$PuhdistusTehoResult <- ifelse(<br />
PuhdistusTeho@output$Käytössä,<br />
PuhdistusTeho@output$PuhdistusTehoResult,<br />
0<br />
)<br />
Desinfiointi@output$DesinfiointiResult <- ifelse(<br />
Desinfiointi@output$Käytössä,<br />
Desinfiointi@output$DesinfiointiResult,<br />
0<br />
)<br />
<br />
# Poistetaan "Käytössä" kolumni<br />
PuhdistusTeho@output <- PuhdistusTeho@output[, !colnames(PuhdistusTeho@output) == "Käytössä"]<br />
Desinfiointi@output <- Desinfiointi@output[, !colnames(Desinfiointi@output) == "Käytössä"]<br />
<br />
objects.latest("Op_fi1759", "muuttuja") # [[Infektion todennäköisyys per henkilö]] Vaste<br />
<br />
Vaste <- EvalOutput(Vaste, substitute = TRUE)<br />
<br />
#################################################################################<br />
<br />
dose.response = Vaste@output<br />
<br />
Pathogen <- c("Kampylobakteeri","E.coli O157:H7","Rotavirus","Norovirus","Cryptosporidium","Giardia")<br />
<br />
vaesto <- opbase.data("Op_fi2652")[,c("Ikä","Result")] # [[Suomen ikäjakauma]]<br />
colnames(vaesto) <- c("Age", "Osuus")<br />
<br />
vaesto$Populaatio <- vaesto$Osuus * Vaestonkoko<br />
<br />
odotettu.elinika <- 81<br />
<br />
colnames(dose.response)[colnames(dose.response) == "Patogeeni"] <- "Pathogen"<br />
colnames(dose.response)[colnames(dose.response) == "VasteResult"] <- "P.inf"<br />
colnames(dose.response)[colnames(dose.response) == "AltistuminenResult"] <- "Exp.pat"<br />
<br />
P.ill.g.inf <- data.frame(Pathogen, P.ill.g.inf = c(0.33, 1 - (270 / 1540), 0.9, 0.7, 0.71, 1)) # todennäköisyys sairastua kun saa infektion<br />
<br />
# Kampylobakteeri, DALYt per infektio<br />
<br />
P.treat.g.ill.Kamp.Gastr <- data.frame(Pathogen = Pathogen[c(1,1,1)], Outcome = "Gastroenteritis", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised", "Unspecified")[c(1,2,3)], P.treat.g.ill = c(0.7627, 0.2373, 0.0097))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr <- merge(P.treat.g.ill.Kamp.Gastr, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr$P.treat.ill.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr$P.ill.g.inf * <br />
P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Kamp.Gastr <- data.frame(Outcome = c("Gastroenteritis"), ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", <br />
"Hospitalised", "Unspecified")[c(1,2,3)], dur.ill = c(5.1 / 365, 8.4 / 365, 14.39 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Kamp.Gastr <- data.frame(Outcome = c("Gastroenteritis"), ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", <br />
"Hospitalised", "Unspecified")[c(1,2,3)], sev.ill = c(0.067, 0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Kamp.Gastr <- merge(P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr, duration.ill.treat.Kamp.Gastr)<br />
daly.ill.treat.Kamp.Gastr <- merge(daly.ill.treat.Kamp.Gastr, severity.ill.treat.Kamp.Gastr)<br />
daly.ill.treat.Kamp.Gastr$dalys <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr$P.treat.ill.g.inf * daly.ill.treat.Kamp.Gastr$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Kamp.Gastr$sev.ill<br />
<br />
<br />
P.death.g.ill.Gastr <- 0.0004<br />
P.death.g.inf.Gastr <- P.death.g.ill.Gastr * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Kampylobakteeri"]<br />
death.Gastr.life.lost <- 13.2<br />
daly.death.Kamp.Gastr <- P.death.g.inf.Gastr * death.Gastr.life.lost<br />
<br />
## GBS Kamp.<br />
<br />
P.gbs.g.ill <- 2e-004<br />
P.gbs.g.inf <- P.gbs.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Kampylobakteeri"]<br />
dur.sev.factor.gbs <- data.frame(Outcome = c("Clinical GBS", "Residual GBS"), dur.sev.factor = c(0.29, 5.8)) # duration * severity * fraction?<br />
daly.Kamp.gbs <- data.frame(dur.sev.factor.gbs$Outcome, dalys = dur.sev.factor.gbs$dur.sev.factor * P.gbs.g.inf)<br />
<br />
P.death.g.gbs <- 0.08 / 3 # triangular 0.01, 0.02, 0.05<br />
P.death.g.inf.gbs <- P.death.g.gbs * P.gbs.g.inf<br />
death.gbs.life.lost <- 18.7<br />
daly.death.Kamp.gbs <- P.death.g.inf.gbs * death.gbs.life.lost<br />
<br />
## reactive arthritis Kamp.<br />
<br />
P.arth.g.ill <- 0.02 # triangluar 0.01, 0.02, 0.03<br />
P.arth.g.inf <- P.arth.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Kampylobakteeri"]<br />
duration.arth <- 6 / 52<br />
severity.arth <- 0.21<br />
daly.Kamp.arth <- P.arth.g.inf * duration.arth * severity.arth<br />
<br />
# E.coli<br />
<br />
P.wd.g.ill <- 0.53 # watery diarrhea<br />
P.wd.g.inf <- P.wd.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]<br />
severity.wd <- 0.067<br />
duration.wd <- 3.4 / 365<br />
daly.wd.Ecoli <- P.wd.g.inf * severity.wd * duration.wd<br />
<br />
P.hc.g.ill <- 0.47<br />
P.hc.g.inf <- P.hc.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]<br />
severity.hc <- 0.39<br />
duration.hc <- 5.6 / 365<br />
daly.hc.Ecoli <- P.hc.g.inf * severity.hc * duration.hc<br />
<br />
P.death.g.ill.Ecoli <- 0.00027<br />
P.death.g.inf.Ecoli <- P.death.g.ill.Ecoli * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]<br />
age.death.Ecoli <- 81 - 13.2<br />
daly.death.Ecoli <- P.death.g.inf.Ecoli * (odotettu.elinika - age.death.Ecoli)<br />
<br />
## Haemolytic uraemic syndrome (HUS)<br />
<br />
P.hus.g.ill <- 0.01<br />
P.hus.g.inf <- P.hus.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]<br />
severity.hus <- 0.93<br />
duration.hus <- 21 / 365<br />
daly.hus.Ecoli <- P.hus.g.inf * severity.hus * duration.hus<br />
<br />
P.death.g.hus <- 0.04<br />
P.death.hus.g.inf <- P.death.g.hus * P.hus.g.inf<br />
age.death.hus.Ecoli <- 81 - 26.2<br />
daly.death.hus.Ecoli <- P.death.hus.g.inf * (odotettu.elinika - age.death.hus.Ecoli)<br />
<br />
## End Stage Renal Disease (ESRD)<br />
<br />
P.esrd.g.hus <- 0.118<br />
P.esrd.g.inf <- P.hus.g.inf * P.esrd.g.hus<br />
severity.duration.hus <- 8.7 # severity * duration<br />
daly.esrd.Ecoli <- P.esrd.g.inf * severity.duration.hus<br />
<br />
P.death.g.esrd <- 0.0252<br />
P.death.esrd.g.inf <- P.esrd.g.inf * P.death.g.esrd<br />
age.death.esrd.Ecoli <- 81 - 34<br />
daly.death.esrd.Ecoli <- P.death.esrd.g.inf * (odotettu.elinika - age.death.esrd.Ecoli)<br />
<br />
# Rotavirus<br />
<br />
P.treat.g.ill.Rotavirus <- data.frame(Pathogen = "Rotavirus", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.82,5), <br />
rep(0.95, 10), rep(0.99, 50), rep(0.97, 17), rep(0.137, 5), rep(0.0244, 5), rep(0.0511, 5), rep(0.0127, 50), <br />
rep(0.0299, 17), rep(0.0416, 5), rep(0.0213, 5), rep(0, 72)))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Rotavirus <- merge(P.treat.g.ill.Rotavirus, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Rotavirus$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Rotavirus$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Rotavirus$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Rotavirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(4.9 / 365, <br />
7.1 / 365, 7.7 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Rotavirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, <br />
0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Rotavirus <- merge(P.treat.ill.g.inf.Rotavirus, duration.ill.treat.Rotavirus)<br />
daly.ill.treat.Rotavirus <- merge(daly.ill.treat.Rotavirus, severity.ill.treat.Rotavirus)<br />
daly.ill.treat.Rotavirus$dalys <- daly.ill.treat.Rotavirus$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Rotavirus$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Rotavirus$sev.ill<br />
<br />
<br />
P.death.Rotavirus <- data.frame(Age = 0:81, P.death.g.ill = c(rep(2.13e-005, 5), rep(0, 77)))<br />
P.death.Rotavirus$P.death.g.inf <- P.death.Rotavirus$P.death.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Rotavirus"]<br />
P.death.Rotavirus$Life.lost <- odotettu.elinika - P.death.Rotavirus$Age<br />
daly.death.Rotavirus <- data.frame(Age = P.death.Rotavirus$Age, dalys = P.death.Rotavirus$P.death.g.inf * P.death.Rotavirus$Life.lost)<br />
<br />
# Norovirus<br />
<br />
P.treat.g.ill.Norovirus <- data.frame(Pathogen = "Norovirus", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.94876706,5), <br />
rep(0.9902, 5), rep(0.98239, 5), rep(0.98434, 51), rep(0.992741, 16), rep(0.0448,5), rep(8.6e-003, 5), rep(0.0154, 5), <br />
rep(0.0137, 51), rep(6.17e-003, 16), rep(6.43e-003,5), rep(1.2e-003, 5), rep(2.21e-003, 5), rep(1.96e-003, 51), <br />
rep(8.85e-004, 16)))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Norovirus <- merge(P.treat.g.ill.Norovirus, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Norovirus$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Norovirus$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Norovirus$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Norovirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(3.8 / 365, <br />
5.73 / 365, 7.23 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Norovirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, <br />
0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Norovirus <- merge(P.treat.ill.g.inf.Norovirus, duration.ill.treat.Norovirus)<br />
daly.ill.treat.Norovirus <- merge(daly.ill.treat.Norovirus, severity.ill.treat.Norovirus)<br />
daly.ill.treat.Norovirus$dalys <- daly.ill.treat.Norovirus$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Norovirus$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Norovirus$sev.ill<br />
<br />
P.death.Norovirus <- data.frame(Age = 0:81, P.death.g.ill = c(rep(2.94e-006, 5), rep(0, 61), rep(2.04e-004, 16)))<br />
P.death.Norovirus$P.death.g.inf <- P.death.Norovirus$P.death.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Norovirus"]<br />
P.death.Norovirus$Life.lost <- odotettu.elinika - P.death.Norovirus$Age<br />
daly.death.Norovirus <- data.frame(Age = P.death.Norovirus$Age, dalys = P.death.Norovirus$P.death.g.inf * P.death.Norovirus$Life.lost)<br />
<br />
# Cryptosporidium<br />
<br />
P.treat.g.ill.Crypt <- data.frame(Pathogen = "Cryptosporidium", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.9175730049999999,5), <br />
rep(0.80937, 5), rep(0.6810499999999999, 5), rep(0.9774191, 50), rep(0.94706, 17), rep(0.082,5), rep(0.188, 5), rep(0.316, 5), <br />
rep(0.0209, 50), rep(0.0367, 17), rep(4.26e-004,5), rep(2.63e-003, 5), rep(2.95e-003, 5), rep(1.66e-003, 50), rep(0.0146, 17)))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Crypt <- merge(P.treat.g.ill.Crypt, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Crypt$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Crypt$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Crypt$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Crypt <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(3.5 / 365, <br />
7 /365, 18.4 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Crypt <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, <br />
0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Crypt <- merge(P.treat.ill.g.inf.Crypt, duration.ill.treat.Crypt)<br />
daly.ill.treat.Crypt <- merge(daly.ill.treat.Crypt, severity.ill.treat.Crypt)<br />
daly.ill.treat.Crypt$dalys <- daly.ill.treat.Crypt$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Crypt$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Crypt$sev.ill<br />
<br />
P.death.Crypt <- data.frame(Age = 0:81, P.death.g.ill = c(rep(9.95e-007, 5), rep(0, 10), rep(2.09e-005, 50), rep(1.64e-003, 17)))<br />
P.death.Crypt$P.death.g.inf <- P.death.Crypt$P.death.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Cryptosporidium"]<br />
P.death.Crypt$Life.lost <- odotettu.elinika - P.death.Crypt$Age<br />
daly.death.Crypt <- data.frame(Age = P.death.Crypt$Age, dalys = P.death.Crypt$P.death.g.inf * P.death.Crypt$Life.lost)<br />
<br />
# Giardia<br />
<br />
P.treat.g.ill.Giardia <- data.frame(Pathogen = "Giardia", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.9376,5), <br />
rep(0.91034, 5), rep(0.72642, 5), rep(0.92486, 50), 0.54596, rep(0.5365, 16), rep(0.0609,5), rep(0.0852, 5), rep(0.272, 5), <br />
rep(0.0721, 50), rep(0.451, 17), rep(1.5e-003,5), rep(4.46e-003, 5), rep(1.58e-003, 5), rep(3.04e-003, 51), rep(0.0125, 16)))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Giardia <- merge(P.treat.g.ill.Giardia, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Giardia$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Giardia$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Giardia$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Giardia <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(10 / 365, <br />
10 /365, 30 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Giardia <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, <br />
0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Giardia <- merge(P.treat.ill.g.inf.Giardia, duration.ill.treat.Giardia)<br />
daly.ill.treat.Giardia <- merge(daly.ill.treat.Giardia, severity.ill.treat.Giardia)<br />
daly.ill.treat.Giardia$dalys <- daly.ill.treat.Giardia$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Giardia$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Giardia$sev.ill<br />
<br />
# yhteenveto DALYistä<br />
<br />
Health.effects <- vaesto[,c("Age","Populaatio")]<br />
<br />
Health.effects$Untreated.Gastr.Kamp <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr[daly.ill.treat.Kamp.Gastr$ill.treat == "Untreated", c("dalys")]<br />
Health.effects$GP.Gastr.Kamp <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr[daly.ill.treat.Kamp.Gastr$ill.treat == "General practitioner", c("dalys")]<br />
Health.effects$Hospitalised.Gastr.Kamp <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr[daly.ill.treat.Kamp.Gastr$ill.treat == "Hospitalised", c("dalys")]<br />
Health.effects$Death.Gastr.Kamp <- daly.death.Kamp.Gastr<br />
<br />
Health.effects$Clinical.GBS.Kamp <- daly.Kamp.gbs$dalys[1]<br />
Health.effects$Residual.GBS.Kamp <- daly.Kamp.gbs$dalys[2]<br />
Health.effects$Death.GBS.Kamp <- daly.death.Kamp.gbs<br />
<br />
Health.effects$Arth.Kamp <- daly.Kamp.arth<br />
<br />
Health.effects$WD.Ecoli <- daly.wd.Ecoli<br />
Health.effects$HC.Ecoli <- daly.hc.Ecoli<br />
Health.effects$Death.Ecoli <- daly.death.Ecoli<br />
<br />
Health.effects$HUS.Ecoli <- daly.hus.Ecoli<br />
Health.effects$Death.HUS.Ecoli <- daly.death.hus.Ecoli<br />
<br />
Health.effects$ESRD.Ecoli <- daly.esrd.Ecoli<br />
Health.effects$Death.ESRD.Ecoli <- daly.death.esrd.Ecoli<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Rotavirus[daly.ill.treat.Rotavirus$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Rotavirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Rotavirus[daly.ill.treat.Rotavirus$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Rotavirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Rotavirus[daly.ill.treat.Rotavirus$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Rotavirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.death.Rotavirus)<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Death.Rotavirus"<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Norovirus[daly.ill.treat.Norovirus$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Norovirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Norovirus[daly.ill.treat.Norovirus$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Norovirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Norovirus[daly.ill.treat.Norovirus$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Norovirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.death.Norovirus)<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Death.Norovirus"<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Crypt[daly.ill.treat.Crypt$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Crypt"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Crypt[daly.ill.treat.Crypt$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Crypt"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Crypt[daly.ill.treat.Crypt$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Crypt"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.death.Crypt)<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Death.Crypt"<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Giardia[daly.ill.treat.Giardia$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Giardia"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Giardia[daly.ill.treat.Giardia$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Giardia"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Giardia[daly.ill.treat.Giardia$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Giardia"<br />
<br />
Health.effects <- reshape(Health.effects, idvar = c("Age"), times = colnames(Health.effects)[-c(1,2)], timevar = "Outcome", <br />
varying = list(colnames(Health.effects)[-c(1,2)]), direction = "long")<br />
colnames(Health.effects)[4] <- "P.daly.g.inf"<br />
<br />
Health.effects$Pathogen <- NA<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Kamp", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[1]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Ecoli", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[2]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Rotavirus", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[3]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Norovirus", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[4]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Crypt", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[5]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Giardia", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[6]<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, dose.response[,c("Pathogen", "P.inf")])<br />
Health.effects$DALYs <- (1 - (1 - Health.effects$P.inf * Health.effects$P.daly.g.inf)^365) * Health.effects$Populaatio<br />
<br />
temp <- merge(dose.response, P.ill.g.inf)<br />
<br />
############# EXTRA ###########################################<br />
<br />
MikrobienLogVähenemä <- combine(Desinfiointi, PuhdistusTeho, KloorausTeho, name = "MikrobienLogVähenemä")<br />
<br />
MikrobienLogVähenemä@output[["Puhdistusmenetelmä"]][ <br />
MikrobienLogVähenemä@output[["MikrobienLogVähenemäSource"]] == "KloorausTehoFormula"<br />
] <- "Klooraus"<br />
<br />
#MikrobienLogVähenemä <- oapply(MikrobienLogVähenemä, cols = c("Puhdistusmenetelmä", "KlooriAnnosSource"), FUN = sum, na.rm = TRUE)<br />
<br />
#MikrobienLogVähenemä@output <- fillna(MikrobienLogVähenemä@output, colnames(MikrobienLogVähenemä@output)[MikrobienLogVähenemä@marginal])<br />
<br />
############# TULOKSET #########################################################################################################<br />
<br />
cat("Patogeenien konsentraatio raakavedessä\n")<br />
oprint(RaakaPitoisuus) # Patogeenien konsentraatio raakavedessä<br />
<br />
<br />
d <- data.frame(<br />
Tieto = c("Käytetty klooriannos (mg/l)", "Vedenkulutus (l/hlö/vrk)", "Väestön koko"),<br />
Arvo = c(IKlooriAnnos, IVedenkulutus, Vaestonkoko)<br />
)<br />
oprint(d)<br />
<br />
cat("Käytetyt puhdistusmenetelmät:\n")<br />
<br />
oprint(Puhdistus[Puhdistus$Käytössä == 1, ])<br />
<br />
cat("Patogeenien log vähenemä puhdistuksessa (Kuva 1.)\n")<br />
<br />
ggplot(MikrobienLogVähenemä@output, aes(x = Patogeeni, weight = MikrobienLogVähenemäResult, fill = Puhdistusmenetelmä)) +<br />
geom_bar() + theme_gray(base_size = 24) + labs(title = "Kuva 1. Mikrobien log-vähenemä")<br />
<br />
cat("Patogeeneille altistuminen ja infektion todennäköisyys\n")<br />
oprint(Vaste@output[,c("Patogeeni", "AltistuminenResult", "VasteResult")], digits = 6) # Patogeeneille altistuminen ja infektion todennäköisyys (vaste)<br />
<br />
cat("Arvioitu terveysvaikutus\n")<br />
<br />
cat(sum((1 - (1 - temp$P.ill.g.inf * temp$P.inf)^365) * Vaestonkoko, na.rm = TRUE), " vatsatautia vuodessa \n")<br />
<br />
cat(sum(Health.effects$DALYs, na.rm = TRUE), " DALY:ä vatsataudeista \n") <br />
</rcode><br />
<br />
Tulossivu avautuu uudelle välilehdelle painamalla aja koodi -laatikkoa. Tulokset saa näkyviin päivittämällä tulossivun noin minuutti aja koodi-toiminnon jälkeen.<br />
<br />
=== Käyttöohjeet Vesiopas-mallille ===<br />
<br />
{{greenbox|<br />
<br />
'''1. Valitse raakaveden luokitus'''<br />
*Pohjavesi - Puhdas: puhdasta pohjavettä<br />
*Pohjavesi - Pintavesikuormitus: esim. rantaimeytymistä<br />
*Pintavesi - Vähäinen kuormitus: suhteellisen puhdasta pintavettä<br />
*Pintavesi - Keskisuuri kuormitus: esim. pienehkö jätevesikuormitus<br />
*Pintavesi - Suuri kuormitus: esim. jätevesikuormitus<br />
<br />
'''TAI'''<br />
<br />
Valitse 'Määrittelen mikrobipitoisuudet itse'. Kirjoita patogeenien pitoisuudet niiden laatikoihin.<br />
<br />
'''2. Ilmoita juomaveden kulutus''' vuorokautta kohden litroina päivässä henkeä kohti (oletus 1.153 l/pvä).<br />
<br />
'''3. Ilmoita kohdealueen väestön lukumäärä.''' (oletus 100000)<br />
<br />
'''4. Valitse puhdistusprosessit.''' Huom! Voit valita monta vaihtoehtoa<br />
<br />
'''5. Valitse onko klooraus käytössä vai ei''' syöttämällä käytetty klooriannos (mg/l). Mikäli kloorausta ei ole, annokseksi tulee 0 mg/l (oletus 1.5 mg/l).<br />
<br />
'''6. Tuloksen saa näkyviin uudelle sivulle painamalla nappia 'Aja koodi'.'''<br />
<br />
Kahdesta ensimmäisestä taulukosta ja yhdestä sivun lopussa olevasta kuvasta näkee millaisia lähtöarvoja malliin on syötetty. Terveysvaikutuksina ilmoitetaan kaksi tulosta:<br />
*Montako vatsatautitapausta alueella on vuodessa.<br />
*Montako [[DALY]]a eli toimintakyvyllä painotettua elinvuotta menetetään vatsatautitapausten vuoksi ko. alueella.<br />
}}<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
[[Tiedosto:Vesiopas.png]]<br />
<br />
:''Malli on käännetty Analyticasta R:lle. Alkuperäinen malli löytyy täältä: [[Tiedosto:Vesiopas.ANA]]. Mikäli käyttäjä ei itse anna patogeenikohtaisia pitoisuuksia, käytetään sivulla [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]] olevia arvoja.<br />
<br />
Talousveden laadulle on asetettu terveysperusteisia laatuvaatimuksia ja -suosituksia. Laatua koskevasta lainsäädännästä vastaa Sosiaali- ja terveysministeriö ja laadun valvonnasta kuntien terveydensuojeluviranomaiset. Hyvän veden laadun ylläpitäminen ja kehittäminen edellyttävät korkealaatuista tutkimusta ja yhteistyötä eri tahojen kanssa. Pohjavesiä tai tekopohjavesiä ei yleensä desinfioida. Raakaveden sisältämät kemikaalit, mikrobit tai talousveden valmistuksessa muodostuvat desinfioinnin sivutuotteet voivat aiheuttaa terveysriskejä talousveden käyttäjille. Vesilaitokselta lähtevä vesi saattaa viipyä pitkiäkin aikoja verkostossa. Mikäli olosuhteet ovat mikrobikasvustolle suotuisat, vesi voi muuttua verkostossa ja kiinteistöjen vesijärjestelmissä huonolaatuiseksi ja jopa terveydelle haitalliseksi. <ref>http://www.ktl.fi/portal/suomi/tietoa_terveydesta/elinymparisto/vesi</ref><br />
<br />
<br />
Talousvesi tuotetaan joko pohja- tai pintavedestä. Näillä on erilaiset ongelmat. Pintaveden käyttö vaatii aina varsinaisen vesilaitoksen perustamista ja siihen liittyvää tietoa, taitoa ja tekniikkaa sekä koulutettua valvontahenkilöstöä. Pohjavesi taas ei vaadi kovin monimutkaista käsittelyä, joten varsinaista vesilaitoshenkilökuntaa tarvitaan varsin vähän ja valvontakin on vähäisempää. Lisäksi meillä on nykyään useita vesilaitoksia, jotka valmistavat tekopohjavettä. Ominaisuuksiltaan tekopohjavedet saattavat olla hyvien pohjavesien kaltaisia, mutta usein vain keskitasoisen pintaveden veroisia. <br />
<br />
<br />
Pohjaveden käsittelyyn kuuluu tavallisesti veden pH:n ja kovuuden nosto. Tähän voidaan käyttää erilaisia tekniikoita, joista pH:n säädössä kalsiumhydroksidin ja hiilidioksidin käyttö lienee yleisimpiä. Toisinaan tarvitaan lisäksi raudan tai mangaanin saostaminen vahvoilla hapettimilla kuten permanganaatilla tai kloorilla. Lisäksi heikkolaatuiset pohjavedet desinfioidaan.<br />
<br />
<br />
Jotta pintavedestä saataisiin hyvää juomavettä, sitä joudutaan käsittelemään varsin rankasti. Vaikeinta on saada pintaveden humusainekset saostettua. Tähän käytetään erilaisten saostuskemikaalien lisäksi mm. pH:n säätöä ja humusaineksen pilkkomista voimakkailla hapettimilla kuten otsonilla. Lisäksi saostuskemikaalien (esim. alumiinin ja raudan suolat) jäämät on poistettava ja veden kovuutta nostettava niin, ettei putkisto aikojen kuluessa haperru. Väestö on myös suojattava pintavesissä aina piileviltä [http://fi.wikipedia.org/wiki/Mikrobi mikrobeilta], joten vesi täytyy desinfioida tautia aiheuttavien mikrobien, patogeenien, poistamiseksi.<br />
<br />
<br />
Veden laatuun vaikuttavat myös verkoston kunto ja veden verkostossa viipymä aika. Jos verkostoon on kertynyt runsaasti saostumia, nämä sakat sisältävät erilaisten epäorgaanisten yhdisteiden lisäksi valtavasti bakteerimassaa. Verkoston saostumien ominaisuuksia ja niiden vaikutusta veden laatuun on Suomessa alettu tutkia vasta viime aikoina. <ref>http://www.ktl.fi/portal/suomi/julkaisut/kansanterveyslehti/lehdet_1999/2_1999/vesiepidemiat_voidaan_estaa_hyvalla_talousveden_kasittelylla/</ref><br />
<br />
<br />
Riskinarvioinnin tarkoituksena on tuottaa tietoa riskin todellisesta suuruudesta päätöksentekoa varten. Riskinarviointi on tieteellinen prosessi, jossa asiantuntijoilla on keskeinen rooli. Koska tutkittavia riskejä monenlaisia, riskinarviointiprosessit voivat olla hyvin erilaisia. Ympäristöterveyden alalla riskinarvioinnin katsotaan tavallisesti koostuvan neljästä vaiheesta:<br />
# Vaaran tunnistaminen (aiheuttaako tutkittava tekijä vaaraa ihmiselle?)<br />
# Annosvasteen arviointi (mikä on annoksen ja vaikutuksen suhde?)<br />
# Altistumisen arviointi (kuinka paljon ihmiset altistuvat?)<br />
# Riskin karakterisointi (kuinka suuri on terveysriski?)<ref>http://wanda.uef.fi/tkk/avoin/ymp_terveys/</ref><br />
<br />
Kaikkien vesilaitosten tulisi ajoittain tehdä talousvedelle riskinarviointi. Siinä selvitetään toimenpiteet eri kriisitilanteita varten ja laaditaan suunnitelmat eri ongelmatilanteita ja mahdollisia vahinkoja varten. Erilaiset vesilaitokset ja esimerkiksi lomakeskukset tarvitsevat erilaiset suunnitelmat ja toteutukset. <br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
* Op_fi2652 [[Suomen ikäjakauma]]: Populaation koko, Väestön ikärakenne, Odotettu elinikä<br />
* Op_fi1759 [[Infektion todennäköisyys per henkilö]]<br />
** Op_fi2653 [[Patogeenien annosvasteet]]<br />
** Op_fi2994 [[Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn]] väestömäärä ja vedenkulutus<br />
** Op_fi2669 [[Patogeeneille altistuminen]]<br />
*** Op_fi1757 [[Juomaveden kulutus]]<br />
*** Op_fi2668 [[Patogeenien pitoisuudet puhdistetussa juomavedessä]]<br />
**** Op_fi2655 [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]]<br />
**** Op_fi2656 [[Vedenkäsittelyn tehokkuus]] (Suodatukset ym)<br />
**** Op_fi2993 [[Juomaveden desinfiointi]] (klooraus ym)<br />
**** Op_fi2667 [[Klooraus]]<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
{{metodi|moderator = Päivi Meriläinen}}<br />
*[[Juomaveden patogeenit]]<br />
*[[Juomaveden patogeenien terveysvaikutukset]]<br />
<br />
*[[Arviointi pohjavesilaitoksen mikrobiologisista riskeistä]]<br />
*[[Arviointi juomaveden kloorifenolien terveysvaikutuksista]]<br />
*[[:heande:Kuovesi]]<br />
* [[Mikrobien määrä juomavedessä]]<br />
* [[Mikrobien määrä pohjavedessä]]<br />
<br />
*http://www.fao.org/docrep/006/y4666e/y4666e06.htm#TopOfPage<br />
*http://wiki.camra.msu.edu/index.php?title=Main_Page<br />
*http://www.medicina.fi/index.php?option=com_content&view=article&id=48&Itemid=56#I<br />
<br />
; Turhia?<br />
*[[Infektion vuosittainen todennäköisyys]]<br />
*[[Vatsatautien tapaukset]]<br />
*[[Patogeenien DALYt vatsataudille]] Yhdistettävä sivuun [[:op_en:DALY]]?<br />
<br />
=== Paikkakuntakohtaiset tiedot ===<br />
<br />
* Op_fi2603 [[Arviointi juomaveden laadun terveysvaikutuksista/Kuopio]] (vedenpuhdistamon tietoja)<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Kirkkonummi]]<br />
<br />
==Viitteet==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
{{eracedu}}</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Vesiopas&diff=35669Vesiopas2019-05-29T08:20:56Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>[[op_en:Water guide]]<br />
[[Luokka:Talousvesi]]<br />
[[Luokka:Avoin malli]]<br />
[[Luokka:Malli]]<br />
[[Luokka:Vesiopas]]<br />
[[Luokka:Tutkimushanke]]<br />
[[Luokka:Sisältää R-koodia]]<br />
[[Tiedosto:Talousveden_riskinarviointi.png|thumb|500px]]<br />
<br />
'''Huom! Vesiopas päivitetään toimivammaksi kesän 2019 aikana. Tällä hetkellä tulossivun saa näkyviin päivittämällä tulossivu noin minuutti riskilaskelman suorittamisen jälkeen.'''<br />
<br />
'''Vesiopas - Arviointi vedenlaadun terveysvaikutuksista''' käsittelee juomaveden mahdollisia mikrobiologisia terveysriskejä. Mikrobiologisten riskien taustana on raakaveden kontaminoituminen mikrobeilla joista aiheutuu mahdollista terveyshaittaa vesijohtovettä käyttäville ihmisille, sekä juomaveden käsittelyprosessien tehokkuus, joka voi olla riittämätön poistamaan haitalliset mikrobit juomavedestä. Arvioinnilla määritetään, minkä suuruinen mahdollinen terveysriski on tietyillä raakaveden mikrobeilla. Arviointi perustuu matemaattiselle Vesiopas-mallille, joka esitellään alla.<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Miten arvioidaan juomaveden mikrobiologisia riskejä sekä niiden aiheuttamia terveysvaikutuksia? Erilaisten vedenpuhdistuslaitosten tietoja pitää voida syöttää arviointiin lähtötiedoiksi.<br />
<br />
==Vesiopasmalli==<br />
<br />
[http://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Toiminnot:RTools&id=7j34oITDO0otsbh9 Esimerkkiajo Vesiopas-mallilla]<br />
<br />
<rcode name="answer" graphics=1 variables="<br />
name:RaakaLuokka|description:Raakaveden valmiit luokitukset|type:selection|<br />
options:<br />
'Pohjavesi - Puhdas';Pohjavesi - Puhdas;<br />
'Pohjavesi - Pintavesikuormitus';Pohjavesi - Pintavesikuormitus;<br />
'Pintavesi - Vähäinen kuormitus';Pintavesi - Vähäinen kuormitus;<br />
'Pintavesi - Keskisuuri kuormitus';Pintavesi - Keskisuuri kuormitus;<br />
'Pintavesi - Suuri kuormitus';Pintavesi - Suuri kuormitus;<br />
'Käyttäjä';Ei valmista luokitusta, määrittelen mikrobipitoisuudet itse|<br />
category:Perustiedot|<br />
name:IVedenkulutus|default:1.153|description:Veden juominen (litraa /pvä)|<br />
name:Vaestonkoko|default:100000|description:Altistuvan väestön koko|<br />
<br />
name:Kampylo|description:Kampylobakteeri-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
category:Raakaveden mikrobipitoisuudet (jos ei valmista luokitusta)|<br />
category_conditions:RaakaLuokka;'Käyttäjä'|<br />
name:Ecoli|description:E.coli O157:H7 -pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Rota|description:Rotavirus-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Noro|description:Norovirus-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Crypto|description:Cryptosporidium-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Giardia|description:Giardia-pitoisuus arvio (mikrobia/l)|default:0|<br />
name:Puhdistus|description:Käytössä olevat puhdistusmenetelmät|type:checkbox|options:<br />
1;Perinteinen puhdistus;<br />
2;Hyvin toimva puhdistus;<br />
3;Tehostettu puhdistus;<br />
4;Hidas hiekkasuodatus;<br />
5;Kalkkikivisuodatus;<br />
6;Aktiivihiilisuodatus;<br />
7;UV suodatus;<br />
8;Otsonointi|default:1;4;5;6|<br />
category:Vedenpuhdistus: Puhdistusprosessi ja klooraus|<br />
name:IKlooriAnnos|default:1.5|description:Klooriannos (mg/l)<br />
"><br />
#This is code Op_fi26 on page [[:op_fi:Vesiopas]]<br />
<br />
#######This part was removed from the interface because the code does not use it.<br />
# name:Kaupunki|description:Kaupungin oletusarvot|default:'Custom'|type:selection|<br />
# options:<br />
# 'Custom';- valitse -;<br />
# 'Op_fi2603';Kuopio|<br />
# category:Kaupungin oletusarvot vedenpuhdistukselle|<br />
# category_conditions:Kaupunki;'- valitse -'|<br />
####################################3333<br />
<br />
library(OpasnetUtils)<br />
library(ggplot2)<br />
library(reshape2)<br />
<br />
#if(RaakaLuokka != 'Käyttäjä') {<br />
# Kampylo <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Ecoli <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Rota <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Noro <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Crypto <- 'Luokituksen mukainen'<br />
# Giardia <- 'Luokituksen mukainen'<br />
#}<br />
<br />
#IRaakaPitoisuus <- list(Kampylo, Ecoli, Rota, Noro, Crypto, Giardia)<br />
<br />
# Vedenkulutus<br />
<br />
if (!is.na(suppressWarnings(as.numeric(IVedenkulutus)))) {<br />
InpVedenkulutus = data.frame(VedenkulutusResult = IVedenkulutus)<br />
InpVedenkulutus = Ovariable("Vedenkulutus", output = InpVedenkulutus)<br />
}<br />
<br />
# Patogeenien pitoisuudet<br />
<br />
objects.latest("Op_fi2655", "muuttuja") # [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]] RaakaPitoisuus, customoitia varten<br />
<br />
if(RaakaLuokka == "Käyttäjä") {<br />
RaakaPitoisuus <- Ovariable("RaakaPitoisuus", data = data.frame(<br />
Patogeeni = c("Kampylobakteeri", "E.coli O157:H7", "Rotavirus", "Norovirus", "Cryptosporidium", "Giardia"), <br />
Result = c(Kampylo, Ecoli, Rota, Noro, Crypto, Giardia)<br />
))<br />
} else {<br />
RaakaPitoisuus@data <- RaakaPitoisuus@data[as.character(RaakaPitoisuus@data$Raakavesilähde) == RaakaLuokka , ]<br />
}<br />
<br />
RaakaPitoisuus <- EvalOutput(RaakaPitoisuus)<br />
<br />
# Tämä vanha koodi on monimpuolisempi ja mahdollistaa yksittäisen patogeenin pitoisuuden antamisen muiden tullessa oletusarvosta.<br />
# Kuitenkin käyttöliittymää on nyt selkeytetty niin ettei käyttäjälle tarjota mahdollisuutta antaa tietoa tällä tavalla.<br />
#temp <- RaakaPitoisuus@output<br />
<br />
#temp <- temp[as.character(temp$Raakavesilähde) == RaakaLuokka, ]<br />
<br />
#temp <- merge(<br />
# temp, <br />
# data.frame(<br />
# Patogeeni = c("Kampylobakteeri","E.coli O157:H7","Rotavirus","Norovirus","Cryptosporidium","Giardia"), <br />
# TempResult = suppressWarnings(as.numeric(IRaakaPitoisuus))<br />
# )<br />
#)<br />
#temp$RaakaPitoisuusResult <- ifelse(<br />
# is.na(temp$TempResult), <br />
# temp$RaakaPitoisuusResult,<br />
# temp$TempResult<br />
#)<br />
#RaakaPitoisuus@output <- temp[, !colnames(temp) %in% c("TempResult", "Raakavesilähde")]<br />
<br />
temp <- rep(FALSE,9) # vaihtoehdot + klooraus joka on mallin rakenteesta johtuen aina epätosi<br />
temp[Puhdistus] <- TRUE<br />
Puhdistus <- temp<br />
<br />
if (!is.na(suppressWarnings(as.numeric(IKlooriAnnos)))) if (IKlooriAnnos >= 0) {<br />
InpKlooriAnnos <- Ovariable("KlooriAnnos", output = data.frame(KlooriAnnosResult = IKlooriAnnos))<br />
}<br />
<br />
# Käsitellään puhdistusmenetelmät käsin tätä mallia varten<br />
<br />
riippuvuudet <- data.frame(<br />
Name = c("RaakaPitoisuus", "Desinfiointi", "PuhdistusTeho", "KloorausTeho"),<br />
Ident = c("Op_fi2655/muuttuja", "Op_fi2993/muuttuja", "Op_fi2656/muuttuja", "Op_fi2667/tehokkuus")<br />
)<br />
<br />
objects.latest("Op_fi2993", "muuttuja") # [[Juomaveden desinfiointi]] Desinfiointi: klooraus ym<br />
<br />
objects.latest("Op_fi2656", "muuttuja") # [[Vedenkäsittelyn tehokkuus]] PuhdistusTeho: suodatukset ym<br />
<br />
PuhdistusTeho <- EvalOutput(PuhdistusTeho)<br />
Desinfiointi <- EvalOutput(Desinfiointi)<br />
<br />
Puhdistus <- data.frame(<br />
Käytössä = Puhdistus, <br />
Puhdistusmenetelmä = c("Perinteinen puhdistus", "Hyvin toimva puhdistus", <br />
"Tehostettu puhdistus" ,"Hidas hiekkasuodatus", "Kalkkikivisuodatus", <br />
"Aktiivihiilisuodatus", "UV", "Otsonointi", "Klooraus")<br />
)<br />
<br />
PuhdistusTeho@output <- merge(PuhdistusTeho@output, Puhdistus[1:6,]) # Vedenkäsittelymenetelmät<br />
<br />
Desinfiointi@output <- merge(Desinfiointi@output, Puhdistus[7:9,]) # Desinfiointimenetelmät<br />
<br />
PuhdistusTeho@output$PuhdistusTehoResult <- ifelse(<br />
PuhdistusTeho@output$Käytössä,<br />
PuhdistusTeho@output$PuhdistusTehoResult,<br />
0<br />
)<br />
Desinfiointi@output$DesinfiointiResult <- ifelse(<br />
Desinfiointi@output$Käytössä,<br />
Desinfiointi@output$DesinfiointiResult,<br />
0<br />
)<br />
<br />
# Poistetaan "Käytössä" kolumni<br />
PuhdistusTeho@output <- PuhdistusTeho@output[, !colnames(PuhdistusTeho@output) == "Käytössä"]<br />
Desinfiointi@output <- Desinfiointi@output[, !colnames(Desinfiointi@output) == "Käytössä"]<br />
<br />
objects.latest("Op_fi1759", "muuttuja") # [[Infektion todennäköisyys per henkilö]] Vaste<br />
<br />
Vaste <- EvalOutput(Vaste, substitute = TRUE)<br />
<br />
#################################################################################<br />
<br />
dose.response = Vaste@output<br />
<br />
Pathogen <- c("Kampylobakteeri","E.coli O157:H7","Rotavirus","Norovirus","Cryptosporidium","Giardia")<br />
<br />
vaesto <- opbase.data("Op_fi2652")[,c("Ikä","Result")] # [[Suomen ikäjakauma]]<br />
colnames(vaesto) <- c("Age", "Osuus")<br />
<br />
vaesto$Populaatio <- vaesto$Osuus * Vaestonkoko<br />
<br />
odotettu.elinika <- 81<br />
<br />
colnames(dose.response)[colnames(dose.response) == "Patogeeni"] <- "Pathogen"<br />
colnames(dose.response)[colnames(dose.response) == "VasteResult"] <- "P.inf"<br />
colnames(dose.response)[colnames(dose.response) == "AltistuminenResult"] <- "Exp.pat"<br />
<br />
P.ill.g.inf <- data.frame(Pathogen, P.ill.g.inf = c(0.33, 1 - (270 / 1540), 0.9, 0.7, 0.71, 1)) # todennäköisyys sairastua kun saa infektion<br />
<br />
# Kampylobakteeri, DALYt per infektio<br />
<br />
P.treat.g.ill.Kamp.Gastr <- data.frame(Pathogen = Pathogen[c(1,1,1)], Outcome = "Gastroenteritis", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised", "Unspecified")[c(1,2,3)], P.treat.g.ill = c(0.7627, 0.2373, 0.0097))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr <- merge(P.treat.g.ill.Kamp.Gastr, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr$P.treat.ill.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr$P.ill.g.inf * <br />
P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Kamp.Gastr <- data.frame(Outcome = c("Gastroenteritis"), ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", <br />
"Hospitalised", "Unspecified")[c(1,2,3)], dur.ill = c(5.1 / 365, 8.4 / 365, 14.39 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Kamp.Gastr <- data.frame(Outcome = c("Gastroenteritis"), ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", <br />
"Hospitalised", "Unspecified")[c(1,2,3)], sev.ill = c(0.067, 0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Kamp.Gastr <- merge(P.treat.ill.g.inf.Kamp.Gastr, duration.ill.treat.Kamp.Gastr)<br />
daly.ill.treat.Kamp.Gastr <- merge(daly.ill.treat.Kamp.Gastr, severity.ill.treat.Kamp.Gastr)<br />
daly.ill.treat.Kamp.Gastr$dalys <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr$P.treat.ill.g.inf * daly.ill.treat.Kamp.Gastr$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Kamp.Gastr$sev.ill<br />
<br />
<br />
P.death.g.ill.Gastr <- 0.0004<br />
P.death.g.inf.Gastr <- P.death.g.ill.Gastr * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Kampylobakteeri"]<br />
death.Gastr.life.lost <- 13.2<br />
daly.death.Kamp.Gastr <- P.death.g.inf.Gastr * death.Gastr.life.lost<br />
<br />
## GBS Kamp.<br />
<br />
P.gbs.g.ill <- 2e-004<br />
P.gbs.g.inf <- P.gbs.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Kampylobakteeri"]<br />
dur.sev.factor.gbs <- data.frame(Outcome = c("Clinical GBS", "Residual GBS"), dur.sev.factor = c(0.29, 5.8)) # duration * severity * fraction?<br />
daly.Kamp.gbs <- data.frame(dur.sev.factor.gbs$Outcome, dalys = dur.sev.factor.gbs$dur.sev.factor * P.gbs.g.inf)<br />
<br />
P.death.g.gbs <- 0.08 / 3 # triangular 0.01, 0.02, 0.05<br />
P.death.g.inf.gbs <- P.death.g.gbs * P.gbs.g.inf<br />
death.gbs.life.lost <- 18.7<br />
daly.death.Kamp.gbs <- P.death.g.inf.gbs * death.gbs.life.lost<br />
<br />
## reactive arthritis Kamp.<br />
<br />
P.arth.g.ill <- 0.02 # triangluar 0.01, 0.02, 0.03<br />
P.arth.g.inf <- P.arth.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Kampylobakteeri"]<br />
duration.arth <- 6 / 52<br />
severity.arth <- 0.21<br />
daly.Kamp.arth <- P.arth.g.inf * duration.arth * severity.arth<br />
<br />
# E.coli<br />
<br />
P.wd.g.ill <- 0.53 # watery diarrhea<br />
P.wd.g.inf <- P.wd.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]<br />
severity.wd <- 0.067<br />
duration.wd <- 3.4 / 365<br />
daly.wd.Ecoli <- P.wd.g.inf * severity.wd * duration.wd<br />
<br />
P.hc.g.ill <- 0.47<br />
P.hc.g.inf <- P.hc.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]<br />
severity.hc <- 0.39<br />
duration.hc <- 5.6 / 365<br />
daly.hc.Ecoli <- P.hc.g.inf * severity.hc * duration.hc<br />
<br />
P.death.g.ill.Ecoli <- 0.00027<br />
P.death.g.inf.Ecoli <- P.death.g.ill.Ecoli * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]<br />
age.death.Ecoli <- 81 - 13.2<br />
daly.death.Ecoli <- P.death.g.inf.Ecoli * (odotettu.elinika - age.death.Ecoli)<br />
<br />
## Haemolytic uraemic syndrome (HUS)<br />
<br />
P.hus.g.ill <- 0.01<br />
P.hus.g.inf <- P.hus.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "E.coli O157:H7"]<br />
severity.hus <- 0.93<br />
duration.hus <- 21 / 365<br />
daly.hus.Ecoli <- P.hus.g.inf * severity.hus * duration.hus<br />
<br />
P.death.g.hus <- 0.04<br />
P.death.hus.g.inf <- P.death.g.hus * P.hus.g.inf<br />
age.death.hus.Ecoli <- 81 - 26.2<br />
daly.death.hus.Ecoli <- P.death.hus.g.inf * (odotettu.elinika - age.death.hus.Ecoli)<br />
<br />
## End Stage Renal Disease (ESRD)<br />
<br />
P.esrd.g.hus <- 0.118<br />
P.esrd.g.inf <- P.hus.g.inf * P.esrd.g.hus<br />
severity.duration.hus <- 8.7 # severity * duration<br />
daly.esrd.Ecoli <- P.esrd.g.inf * severity.duration.hus<br />
<br />
P.death.g.esrd <- 0.0252<br />
P.death.esrd.g.inf <- P.esrd.g.inf * P.death.g.esrd<br />
age.death.esrd.Ecoli <- 81 - 34<br />
daly.death.esrd.Ecoli <- P.death.esrd.g.inf * (odotettu.elinika - age.death.esrd.Ecoli)<br />
<br />
# Rotavirus<br />
<br />
P.treat.g.ill.Rotavirus <- data.frame(Pathogen = "Rotavirus", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.82,5), <br />
rep(0.95, 10), rep(0.99, 50), rep(0.97, 17), rep(0.137, 5), rep(0.0244, 5), rep(0.0511, 5), rep(0.0127, 50), <br />
rep(0.0299, 17), rep(0.0416, 5), rep(0.0213, 5), rep(0, 72)))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Rotavirus <- merge(P.treat.g.ill.Rotavirus, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Rotavirus$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Rotavirus$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Rotavirus$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Rotavirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(4.9 / 365, <br />
7.1 / 365, 7.7 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Rotavirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, <br />
0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Rotavirus <- merge(P.treat.ill.g.inf.Rotavirus, duration.ill.treat.Rotavirus)<br />
daly.ill.treat.Rotavirus <- merge(daly.ill.treat.Rotavirus, severity.ill.treat.Rotavirus)<br />
daly.ill.treat.Rotavirus$dalys <- daly.ill.treat.Rotavirus$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Rotavirus$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Rotavirus$sev.ill<br />
<br />
<br />
P.death.Rotavirus <- data.frame(Age = 0:81, P.death.g.ill = c(rep(2.13e-005, 5), rep(0, 77)))<br />
P.death.Rotavirus$P.death.g.inf <- P.death.Rotavirus$P.death.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Rotavirus"]<br />
P.death.Rotavirus$Life.lost <- odotettu.elinika - P.death.Rotavirus$Age<br />
daly.death.Rotavirus <- data.frame(Age = P.death.Rotavirus$Age, dalys = P.death.Rotavirus$P.death.g.inf * P.death.Rotavirus$Life.lost)<br />
<br />
# Norovirus<br />
<br />
P.treat.g.ill.Norovirus <- data.frame(Pathogen = "Norovirus", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.94876706,5), <br />
rep(0.9902, 5), rep(0.98239, 5), rep(0.98434, 51), rep(0.992741, 16), rep(0.0448,5), rep(8.6e-003, 5), rep(0.0154, 5), <br />
rep(0.0137, 51), rep(6.17e-003, 16), rep(6.43e-003,5), rep(1.2e-003, 5), rep(2.21e-003, 5), rep(1.96e-003, 51), <br />
rep(8.85e-004, 16)))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Norovirus <- merge(P.treat.g.ill.Norovirus, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Norovirus$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Norovirus$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Norovirus$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Norovirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(3.8 / 365, <br />
5.73 / 365, 7.23 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Norovirus <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, <br />
0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Norovirus <- merge(P.treat.ill.g.inf.Norovirus, duration.ill.treat.Norovirus)<br />
daly.ill.treat.Norovirus <- merge(daly.ill.treat.Norovirus, severity.ill.treat.Norovirus)<br />
daly.ill.treat.Norovirus$dalys <- daly.ill.treat.Norovirus$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Norovirus$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Norovirus$sev.ill<br />
<br />
P.death.Norovirus <- data.frame(Age = 0:81, P.death.g.ill = c(rep(2.94e-006, 5), rep(0, 61), rep(2.04e-004, 16)))<br />
P.death.Norovirus$P.death.g.inf <- P.death.Norovirus$P.death.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Norovirus"]<br />
P.death.Norovirus$Life.lost <- odotettu.elinika - P.death.Norovirus$Age<br />
daly.death.Norovirus <- data.frame(Age = P.death.Norovirus$Age, dalys = P.death.Norovirus$P.death.g.inf * P.death.Norovirus$Life.lost)<br />
<br />
# Cryptosporidium<br />
<br />
P.treat.g.ill.Crypt <- data.frame(Pathogen = "Cryptosporidium", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.9175730049999999,5), <br />
rep(0.80937, 5), rep(0.6810499999999999, 5), rep(0.9774191, 50), rep(0.94706, 17), rep(0.082,5), rep(0.188, 5), rep(0.316, 5), <br />
rep(0.0209, 50), rep(0.0367, 17), rep(4.26e-004,5), rep(2.63e-003, 5), rep(2.95e-003, 5), rep(1.66e-003, 50), rep(0.0146, 17)))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Crypt <- merge(P.treat.g.ill.Crypt, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Crypt$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Crypt$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Crypt$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Crypt <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(3.5 / 365, <br />
7 /365, 18.4 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Crypt <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, <br />
0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Crypt <- merge(P.treat.ill.g.inf.Crypt, duration.ill.treat.Crypt)<br />
daly.ill.treat.Crypt <- merge(daly.ill.treat.Crypt, severity.ill.treat.Crypt)<br />
daly.ill.treat.Crypt$dalys <- daly.ill.treat.Crypt$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Crypt$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Crypt$sev.ill<br />
<br />
P.death.Crypt <- data.frame(Age = 0:81, P.death.g.ill = c(rep(9.95e-007, 5), rep(0, 10), rep(2.09e-005, 50), rep(1.64e-003, 17)))<br />
P.death.Crypt$P.death.g.inf <- P.death.Crypt$P.death.g.ill * P.ill.g.inf$P.ill.g.inf[P.ill.g.inf$Pathogen == "Cryptosporidium"]<br />
P.death.Crypt$Life.lost <- odotettu.elinika - P.death.Crypt$Age<br />
daly.death.Crypt <- data.frame(Age = P.death.Crypt$Age, dalys = P.death.Crypt$P.death.g.inf * P.death.Crypt$Life.lost)<br />
<br />
# Giardia<br />
<br />
P.treat.g.ill.Giardia <- data.frame(Pathogen = "Giardia", ill.treat = c("Untreated", <br />
"General practitioner", "Hospitalised")[rep(1:3, each = 82)], Age = rep(0:81, 3), P.treat.g.ill = c(rep(0.9376,5), <br />
rep(0.91034, 5), rep(0.72642, 5), rep(0.92486, 50), 0.54596, rep(0.5365, 16), rep(0.0609,5), rep(0.0852, 5), rep(0.272, 5), <br />
rep(0.0721, 50), rep(0.451, 17), rep(1.5e-003,5), rep(4.46e-003, 5), rep(1.58e-003, 5), rep(3.04e-003, 51), rep(0.0125, 16)))<br />
<br />
P.treat.ill.g.inf.Giardia <- merge(P.treat.g.ill.Giardia, P.ill.g.inf)<br />
P.treat.ill.g.inf.Giardia$P.treat.g.inf <- P.treat.ill.g.inf.Giardia$P.ill.g.inf * P.treat.ill.g.inf.Giardia$P.treat.g.ill<br />
<br />
duration.ill.treat.Giardia <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner","Hospitalised"), dur.ill = c(10 / 365, <br />
10 /365, 30 / 365))<br />
<br />
severity.ill.treat.Giardia <- data.frame(ill.treat = c("Untreated", "General practitioner", "Hospitalised"), sev.ill = c(0.067, <br />
0.393, 0.393))<br />
<br />
daly.ill.treat.Giardia <- merge(P.treat.ill.g.inf.Giardia, duration.ill.treat.Giardia)<br />
daly.ill.treat.Giardia <- merge(daly.ill.treat.Giardia, severity.ill.treat.Giardia)<br />
daly.ill.treat.Giardia$dalys <- daly.ill.treat.Giardia$P.treat.g.inf * daly.ill.treat.Giardia$dur.ill * <br />
daly.ill.treat.Giardia$sev.ill<br />
<br />
# yhteenveto DALYistä<br />
<br />
Health.effects <- vaesto[,c("Age","Populaatio")]<br />
<br />
Health.effects$Untreated.Gastr.Kamp <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr[daly.ill.treat.Kamp.Gastr$ill.treat == "Untreated", c("dalys")]<br />
Health.effects$GP.Gastr.Kamp <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr[daly.ill.treat.Kamp.Gastr$ill.treat == "General practitioner", c("dalys")]<br />
Health.effects$Hospitalised.Gastr.Kamp <- daly.ill.treat.Kamp.Gastr[daly.ill.treat.Kamp.Gastr$ill.treat == "Hospitalised", c("dalys")]<br />
Health.effects$Death.Gastr.Kamp <- daly.death.Kamp.Gastr<br />
<br />
Health.effects$Clinical.GBS.Kamp <- daly.Kamp.gbs$dalys[1]<br />
Health.effects$Residual.GBS.Kamp <- daly.Kamp.gbs$dalys[2]<br />
Health.effects$Death.GBS.Kamp <- daly.death.Kamp.gbs<br />
<br />
Health.effects$Arth.Kamp <- daly.Kamp.arth<br />
<br />
Health.effects$WD.Ecoli <- daly.wd.Ecoli<br />
Health.effects$HC.Ecoli <- daly.hc.Ecoli<br />
Health.effects$Death.Ecoli <- daly.death.Ecoli<br />
<br />
Health.effects$HUS.Ecoli <- daly.hus.Ecoli<br />
Health.effects$Death.HUS.Ecoli <- daly.death.hus.Ecoli<br />
<br />
Health.effects$ESRD.Ecoli <- daly.esrd.Ecoli<br />
Health.effects$Death.ESRD.Ecoli <- daly.death.esrd.Ecoli<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Rotavirus[daly.ill.treat.Rotavirus$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Rotavirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Rotavirus[daly.ill.treat.Rotavirus$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Rotavirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Rotavirus[daly.ill.treat.Rotavirus$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Rotavirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.death.Rotavirus)<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Death.Rotavirus"<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Norovirus[daly.ill.treat.Norovirus$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Norovirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Norovirus[daly.ill.treat.Norovirus$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Norovirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Norovirus[daly.ill.treat.Norovirus$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Norovirus"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.death.Norovirus)<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Death.Norovirus"<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Crypt[daly.ill.treat.Crypt$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Crypt"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Crypt[daly.ill.treat.Crypt$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Crypt"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Crypt[daly.ill.treat.Crypt$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Crypt"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.death.Crypt)<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Death.Crypt"<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Giardia[daly.ill.treat.Giardia$ill.treat == "Untreated", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Untreated.Giardia"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Giardia[daly.ill.treat.Giardia$ill.treat == "General practitioner", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "GP.Giardia"<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, daly.ill.treat.Giardia[daly.ill.treat.Giardia$ill.treat == "Hospitalised", c("Age", "dalys")])<br />
colnames(Health.effects)[ncol(Health.effects)] <- "Hospitalised.Giardia"<br />
<br />
Health.effects <- reshape(Health.effects, idvar = c("Age"), times = colnames(Health.effects)[-c(1,2)], timevar = "Outcome", <br />
varying = list(colnames(Health.effects)[-c(1,2)]), direction = "long")<br />
colnames(Health.effects)[4] <- "P.daly.g.inf"<br />
<br />
Health.effects$Pathogen <- NA<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Kamp", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[1]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Ecoli", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[2]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Rotavirus", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[3]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Norovirus", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[4]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Crypt", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[5]<br />
Health.effects$Pathogen[grep(".Giardia", Health.effects$Outcome)] <- Pathogen[6]<br />
<br />
Health.effects <- merge(Health.effects, dose.response[,c("Pathogen", "P.inf")])<br />
Health.effects$DALYs <- (1 - (1 - Health.effects$P.inf * Health.effects$P.daly.g.inf)^365) * Health.effects$Populaatio<br />
<br />
temp <- merge(dose.response, P.ill.g.inf)<br />
<br />
############# EXTRA ###########################################<br />
<br />
MikrobienLogVähenemä <- combine(Desinfiointi, PuhdistusTeho, KloorausTeho, name = "MikrobienLogVähenemä")<br />
<br />
MikrobienLogVähenemä@output[["Puhdistusmenetelmä"]][ <br />
MikrobienLogVähenemä@output[["MikrobienLogVähenemäSource"]] == "KloorausTehoFormula"<br />
] <- "Klooraus"<br />
<br />
#MikrobienLogVähenemä <- oapply(MikrobienLogVähenemä, cols = c("Puhdistusmenetelmä", "KlooriAnnosSource"), FUN = sum, na.rm = TRUE)<br />
<br />
#MikrobienLogVähenemä@output <- fillna(MikrobienLogVähenemä@output, colnames(MikrobienLogVähenemä@output)[MikrobienLogVähenemä@marginal])<br />
<br />
############# TULOKSET #########################################################################################################<br />
<br />
cat("Patogeenien konsentraatio raakavedessä\n")<br />
oprint(RaakaPitoisuus) # Patogeenien konsentraatio raakavedessä<br />
<br />
<br />
d <- data.frame(<br />
Tieto = c("Käytetty klooriannos (mg/l)", "Vedenkulutus (l/hlö/vrk)", "Väestön koko"),<br />
Arvo = c(IKlooriAnnos, IVedenkulutus, Vaestonkoko)<br />
)<br />
oprint(d)<br />
<br />
cat("Käytetyt puhdistusmenetelmät:\n")<br />
<br />
oprint(Puhdistus[Puhdistus$Käytössä == 1, ])<br />
<br />
cat("Patogeenien log vähenemä puhdistuksessa (Kuva 1.)\n")<br />
<br />
ggplot(MikrobienLogVähenemä@output, aes(x = Patogeeni, weight = MikrobienLogVähenemäResult, fill = Puhdistusmenetelmä)) +<br />
geom_bar() + theme_gray(base_size = 24) + labs(title = "Kuva 1. Mikrobien log-vähenemä")<br />
<br />
cat("Patogeeneille altistuminen ja infektion todennäköisyys\n")<br />
oprint(Vaste@output[,c("Patogeeni", "AltistuminenResult", "VasteResult")], digits = 6) # Patogeeneille altistuminen ja infektion todennäköisyys (vaste)<br />
<br />
cat("Arvioitu terveysvaikutus\n")<br />
<br />
cat(sum((1 - (1 - temp$P.ill.g.inf * temp$P.inf)^365) * Vaestonkoko, na.rm = TRUE), " vatsatautia vuodessa \n")<br />
<br />
cat(sum(Health.effects$DALYs, na.rm = TRUE), " DALY:ä vatsataudeista \n") <br />
</rcode><br />
<br />
=== Käyttöohjeet Vesiopas-mallille ===<br />
<br />
{{greenbox|<br />
<br />
'''1. Valitse raakaveden luokitus'''<br />
*Pohjavesi - Puhdas: puhdasta pohjavettä<br />
*Pohjavesi - Pintavesikuormitus: esim. rantaimeytymistä<br />
*Pintavesi - Vähäinen kuormitus: suhteellisen puhdasta pintavettä<br />
*Pintavesi - Keskisuuri kuormitus: esim. pienehkö jätevesikuormitus<br />
*Pintavesi - Suuri kuormitus: esim. jätevesikuormitus<br />
<br />
'''TAI'''<br />
<br />
Valitse 'Määrittelen mikrobipitoisuudet itse'. Kirjoita patogeenien pitoisuudet niiden laatikoihin.<br />
<br />
'''2. Ilmoita juomaveden kulutus''' vuorokautta kohden litroina päivässä henkeä kohti (oletus 1.153 l/pvä).<br />
<br />
'''3. Ilmoita kohdealueen väestön lukumäärä.''' (oletus 100000)<br />
<br />
'''4. Valitse puhdistusprosessit.''' Huom! Voit valita monta vaihtoehtoa<br />
<br />
'''5. Valitse onko klooraus käytössä vai ei''' syöttämällä käytetty klooriannos (mg/l). Mikäli kloorausta ei ole, annokseksi tulee 0 mg/l (oletus 1.5 mg/l).<br />
<br />
'''6. Tuloksen saa näkyviin uudelle sivulle painamalla nappia 'Aja koodi'.'''<br />
<br />
Kahdesta ensimmäisestä taulukosta ja yhdestä sivun lopussa olevasta kuvasta näkee millaisia lähtöarvoja malliin on syötetty. Terveysvaikutuksina ilmoitetaan kaksi tulosta:<br />
*Montako vatsatautitapausta alueella on vuodessa.<br />
*Montako [[DALY]]a eli toimintakyvyllä painotettua elinvuotta menetetään vatsatautitapausten vuoksi ko. alueella.<br />
}}<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
[[Tiedosto:Vesiopas.png]]<br />
<br />
:''Malli on käännetty Analyticasta R:lle. Alkuperäinen malli löytyy täältä: [[Tiedosto:Vesiopas.ANA]]. Mikäli käyttäjä ei itse anna patogeenikohtaisia pitoisuuksia, käytetään sivulla [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]] olevia arvoja.<br />
<br />
Talousveden laadulle on asetettu terveysperusteisia laatuvaatimuksia ja -suosituksia. Laatua koskevasta lainsäädännästä vastaa Sosiaali- ja terveysministeriö ja laadun valvonnasta kuntien terveydensuojeluviranomaiset. Hyvän veden laadun ylläpitäminen ja kehittäminen edellyttävät korkealaatuista tutkimusta ja yhteistyötä eri tahojen kanssa. Pohjavesiä tai tekopohjavesiä ei yleensä desinfioida. Raakaveden sisältämät kemikaalit, mikrobit tai talousveden valmistuksessa muodostuvat desinfioinnin sivutuotteet voivat aiheuttaa terveysriskejä talousveden käyttäjille. Vesilaitokselta lähtevä vesi saattaa viipyä pitkiäkin aikoja verkostossa. Mikäli olosuhteet ovat mikrobikasvustolle suotuisat, vesi voi muuttua verkostossa ja kiinteistöjen vesijärjestelmissä huonolaatuiseksi ja jopa terveydelle haitalliseksi. <ref>http://www.ktl.fi/portal/suomi/tietoa_terveydesta/elinymparisto/vesi</ref><br />
<br />
<br />
Talousvesi tuotetaan joko pohja- tai pintavedestä. Näillä on erilaiset ongelmat. Pintaveden käyttö vaatii aina varsinaisen vesilaitoksen perustamista ja siihen liittyvää tietoa, taitoa ja tekniikkaa sekä koulutettua valvontahenkilöstöä. Pohjavesi taas ei vaadi kovin monimutkaista käsittelyä, joten varsinaista vesilaitoshenkilökuntaa tarvitaan varsin vähän ja valvontakin on vähäisempää. Lisäksi meillä on nykyään useita vesilaitoksia, jotka valmistavat tekopohjavettä. Ominaisuuksiltaan tekopohjavedet saattavat olla hyvien pohjavesien kaltaisia, mutta usein vain keskitasoisen pintaveden veroisia. <br />
<br />
<br />
Pohjaveden käsittelyyn kuuluu tavallisesti veden pH:n ja kovuuden nosto. Tähän voidaan käyttää erilaisia tekniikoita, joista pH:n säädössä kalsiumhydroksidin ja hiilidioksidin käyttö lienee yleisimpiä. Toisinaan tarvitaan lisäksi raudan tai mangaanin saostaminen vahvoilla hapettimilla kuten permanganaatilla tai kloorilla. Lisäksi heikkolaatuiset pohjavedet desinfioidaan.<br />
<br />
<br />
Jotta pintavedestä saataisiin hyvää juomavettä, sitä joudutaan käsittelemään varsin rankasti. Vaikeinta on saada pintaveden humusainekset saostettua. Tähän käytetään erilaisten saostuskemikaalien lisäksi mm. pH:n säätöä ja humusaineksen pilkkomista voimakkailla hapettimilla kuten otsonilla. Lisäksi saostuskemikaalien (esim. alumiinin ja raudan suolat) jäämät on poistettava ja veden kovuutta nostettava niin, ettei putkisto aikojen kuluessa haperru. Väestö on myös suojattava pintavesissä aina piileviltä [http://fi.wikipedia.org/wiki/Mikrobi mikrobeilta], joten vesi täytyy desinfioida tautia aiheuttavien mikrobien, patogeenien, poistamiseksi.<br />
<br />
<br />
Veden laatuun vaikuttavat myös verkoston kunto ja veden verkostossa viipymä aika. Jos verkostoon on kertynyt runsaasti saostumia, nämä sakat sisältävät erilaisten epäorgaanisten yhdisteiden lisäksi valtavasti bakteerimassaa. Verkoston saostumien ominaisuuksia ja niiden vaikutusta veden laatuun on Suomessa alettu tutkia vasta viime aikoina. <ref>http://www.ktl.fi/portal/suomi/julkaisut/kansanterveyslehti/lehdet_1999/2_1999/vesiepidemiat_voidaan_estaa_hyvalla_talousveden_kasittelylla/</ref><br />
<br />
<br />
Riskinarvioinnin tarkoituksena on tuottaa tietoa riskin todellisesta suuruudesta päätöksentekoa varten. Riskinarviointi on tieteellinen prosessi, jossa asiantuntijoilla on keskeinen rooli. Koska tutkittavia riskejä monenlaisia, riskinarviointiprosessit voivat olla hyvin erilaisia. Ympäristöterveyden alalla riskinarvioinnin katsotaan tavallisesti koostuvan neljästä vaiheesta:<br />
# Vaaran tunnistaminen (aiheuttaako tutkittava tekijä vaaraa ihmiselle?)<br />
# Annosvasteen arviointi (mikä on annoksen ja vaikutuksen suhde?)<br />
# Altistumisen arviointi (kuinka paljon ihmiset altistuvat?)<br />
# Riskin karakterisointi (kuinka suuri on terveysriski?)<ref>http://wanda.uef.fi/tkk/avoin/ymp_terveys/</ref><br />
<br />
Kaikkien vesilaitosten tulisi ajoittain tehdä talousvedelle riskinarviointi. Siinä selvitetään toimenpiteet eri kriisitilanteita varten ja laaditaan suunnitelmat eri ongelmatilanteita ja mahdollisia vahinkoja varten. Erilaiset vesilaitokset ja esimerkiksi lomakeskukset tarvitsevat erilaiset suunnitelmat ja toteutukset. <br />
<br />
=== Riippuvuudet ===<br />
<br />
* Op_fi2652 [[Suomen ikäjakauma]]: Populaation koko, Väestön ikärakenne, Odotettu elinikä<br />
* Op_fi1759 [[Infektion todennäköisyys per henkilö]]<br />
** Op_fi2653 [[Patogeenien annosvasteet]]<br />
** Op_fi2994 [[Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn]] väestömäärä ja vedenkulutus<br />
** Op_fi2669 [[Patogeeneille altistuminen]]<br />
*** Op_fi1757 [[Juomaveden kulutus]]<br />
*** Op_fi2668 [[Patogeenien pitoisuudet puhdistetussa juomavedessä]]<br />
**** Op_fi2655 [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]]<br />
**** Op_fi2656 [[Vedenkäsittelyn tehokkuus]] (Suodatukset ym)<br />
**** Op_fi2993 [[Juomaveden desinfiointi]] (klooraus ym)<br />
**** Op_fi2667 [[Klooraus]]<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
{{metodi|moderator = Päivi Meriläinen}}<br />
*[[Juomaveden patogeenit]]<br />
*[[Juomaveden patogeenien terveysvaikutukset]]<br />
<br />
*[[Arviointi pohjavesilaitoksen mikrobiologisista riskeistä]]<br />
*[[Arviointi juomaveden kloorifenolien terveysvaikutuksista]]<br />
*[[:heande:Kuovesi]]<br />
* [[Mikrobien määrä juomavedessä]]<br />
* [[Mikrobien määrä pohjavedessä]]<br />
<br />
*http://www.fao.org/docrep/006/y4666e/y4666e06.htm#TopOfPage<br />
*http://wiki.camra.msu.edu/index.php?title=Main_Page<br />
*http://www.medicina.fi/index.php?option=com_content&view=article&id=48&Itemid=56#I<br />
<br />
; Turhia?<br />
*[[Infektion vuosittainen todennäköisyys]]<br />
*[[Vatsatautien tapaukset]]<br />
*[[Patogeenien DALYt vatsataudille]] Yhdistettävä sivuun [[:op_en:DALY]]?<br />
<br />
=== Paikkakuntakohtaiset tiedot ===<br />
<br />
* Op_fi2603 [[Arviointi juomaveden laadun terveysvaikutuksista/Kuopio]] (vedenpuhdistamon tietoja)<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Raakaveden patogeenipitoisuudet/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Paikkakuntakohtaiset tiedot talousveden käsittelyyn/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Juomaveden desinfiointi/Kirkkonummi]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Lahti]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Mikkeli]]<br />
*[[:heande:Polaris:Vedenkäsittelyn tehokkuus/Kirkkonummi]]<br />
<br />
==Viitteet==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
{{eracedu}}</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Mikrobiologisen_terveysriskinarvion_taustatiedot_ja_ohjeet&diff=34920Mikrobiologisen terveysriskinarvion taustatiedot ja ohjeet2018-01-30T09:24:24Z<p>Päivi Meriläinen: /* Viitearvoja mikrobiologisen terveysriskin kuvaukseen */</p>
<hr />
<div>{{ensyklopedia|moderator=Päivi Meriläinen}}<br />
<br />
==Mikrobiologisen terveysriskinarvion peruste==<br />
<br />
Ihmiselle haitallisia mikrobeja esiintyy luonnonvesissä, jonne ne päätyvät mm. jätevesien tai eläinten ulosteiden mukana. Kaivosteollisuuden aiheuttamista mikrobiologisista terveysriskeistä ihmisille ei ole tarkkaa tietoa. On kuitenkin mahdollista, että kaivosprosessi voi lisätä mikrobien määrää kaivosvesissä ja analysoimalla kaivosveden taudinaiheuttajamikrobien pitoisuudet voidaan arvioida, voivatko kaivosvedet olla terveysriski ihmisten terveydelle. On kuitenkin huomattava, että kaivosvedet eivät yleensä päädy ihmisten juomavedeksi. <br />
<br />
<br />
Kaivostoiminta voi vaikuttaa pinta- tai pohjavesiin. Kaivosalueella pohjavesiä voidaan käyttää kaivoksen omana talousvetenä tai <br />
kaivosalueen ulkopuolella olevien kaivojen kautta väestön talousvetenä (yksityiskaivot). Pohjavettä voidaan käyttää juomavetenä (ja ruoanlaittoon), <br />
peseytymisvetenä, löylyvetenä ja kasvimaiden kasteluvetenä. Myös pintavesien epäpuhtauksiin liittyvää terveysriskiä ja viihtyvyyshaittaa on suositeltavaa arvioida veden/vesistön käyttökohteiden mukaan. Pintavettä käytetään uimavetenä, pesuvetenä (peseytymisvetenä), saunottaessa löylyvetenä ja ravintokasvien kasteluvetenä kasvimaalla. Ihmiselle haitalliset taudinaiheuttajat voivat olla haitaksi ihmisterveydelle suun kautta nautittuina eli pääasiassa kuumentamattoman juomaveden kautta. Pintavedelle voi altistua myös uimisen kautta, sillä ihminen nielee uimavettä aina uidessaan. Pintavesi sellaisenaan ei ole koskaan suositeltu käyttömuoto, eli pintavettä ei saa käyttää juomavetenä. Tämä arvio keskittyy kuitenkin juomaveden kautta tulevaan altistumiseen, mutta on huomattava että muitakin altistumisreittejä on.<br />
<br />
<br />
Kaivostoiminta voi myös vaikuttaa mikrobiyhteisöjen funktionaalisuuteen: kaivostoiminta voi muuttaa bakteerien kykyä muokata aineita suotuisissa olosuhteissa ihmisille haitallisempaan muotoon. Sedimenttien mikrobiyhteisö voi muuttua elohopeaa metyloivia bakteereita suosivaan suuntaan, eli elohopeaa metyloivien bakteereiden osuus kasvaa ja täten metyylielohopean määrä sedimentissä voi kasvaa. Metyylielohopea on ihmiselle haitallinen aine, joka voi rikastua ravintoketjussa kaloihin ja täten päätyä myös ihmisravintoon aiheuttaen haitallisia terveysvaikutuksia.<br />
<br />
<br />
==Juomaveden mikrobeihin liittyvä terveysriski (pohjavesi)==<br />
<br />
Ihmiselle haitalliset mikrobit eli patogeenit aiheuttavat ihmiselle terveyshaittoja. Tässä arvioinnissa ovat mukana kampylobakteeri ja legionella edustamassa bakteereita ja norovirus edustamassa viruksia:<br />
<br />
*'''Kampylobakteeri:''' Kampylobakteeri on kaikkialla maailmassa erittäin yleisesti sekä eläimillä että ihmisillä esiintyvä bakteeri. Kampylobakteerilajeja on useita: näistä Campylobacter jejuni (yli 90 %) ja Campylobacter coli (5–10 %) ovat Suomessa yleisimmät taudinaiheuttajat. Kampylobakteeria voi esiintyä myös luonnonvesissä, joissa se voi säilyä elossa jopa useita viikkoja tai kuukausia. <ref>[https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/kampylobakteeri THL: Kampylobakteeri]</ref><br />
<br />
*'''Legionella-bakteeri''': Legionellaa esiintyy pieniä määriä makeissa luonnon vesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Jos ihminen hengittää legionellabakteereja sisältävää aerosolia, hän voi saada infektion. Itämisaika tartunnasta ensioireisiin on 2─10 vrk ja legionellan aiheuttama taudinkuva voi vaihdella oireettomasta infektiosta vaikeaan keuhkokuumeeseen, jota kutsutaan myös legioonalaistaudiksi. <ref>[https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella THL: Legionella]</ref><br />
<br />
*'''Norovirus:'''Kalikiviruksiin kuuluvat norovirukset ovat yleisimpiä aikuisten vatsatautien aiheuttajia. Norovirus aiheuttaa taudin, jonka oireisiin kuuluvat oksennukset, ripuli, vatsakivut ja usein kuume. Myös lapsilla norovirukset ovat merkittävä vatsataudin aiheuttaja. <ref>[https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/virustaudit/norovirus THL: Norovirus]</ref><br />
<br />
==Viitearvoja mikrobiologisen terveysriskin kuvaukseen==<br />
<br />
<br />
Talousvedestä ei saa aiheutua ihmiselle terveydellistä haittaa. Talousvedessä ei saa olla mitään eliöitä kuten esimerkiksi bakteereita, viruksia tai loisia eikä kemiallisia aineita sellaisina määrinä, että niistä voisi aiheutua vaaraa ihmisten terveydelle talousvesiasetuksessa 442/2014 esitettyjen terveydellisten vähimmäisvaatimusten mukaisesta. Asetuksessa on lisäksi esitetty käyttökelpoisuuteen perustuvia laatusuosituksia. Talousveden on oltava myös muuten käyttötarkoitukseensa soveltuvaa, eikä se saa aiheuttaa haitallista syöpymistä tai haitallisten saostumien syntymistä vesijohdoissa ja vedenkäyttölaitteissa (STM 442/2014) Mikrobiologinen laatu on erityisen tärkeää kuluttajille, sillä taudinaiheittajamikrobien esiintyminen vedessä voi aiheuttaa välittömän terveysriskin ihmisen juotua saastunutta vettä. <br />
<br />
<br />
Koska kaikkia mahdollisia taudinaiheuttajia on hidasta ja kallista tutkia vedestä, on talousveden laadun tarkkailussa käytössä indikaattorimenetelmä, eli vedestä tutkitaan niitä bakteereja, joiden tiedetään kuvastavan mahdollisten taudinaiheuttajien esiintymistä vedessä. ''Escherichia coli''-bakteeria pidetään hyvänä ulosteperäisen saastutuksen osoittajana. Enterokokki-bakteerien esiintyminen vedessä kertoo ulosteperäisestä saastumisesta. Laatuvaatimuksen mukaisesti talousvedessä ei saa esiintyä näitä kumpaakaan:<br />
<br />
*''Esterichia coli'' 0 pmy/100 ml (pmy=pesäkkeen muodostama yksikkö)<br />
<br />
*Enterokokit 0 pmy/100 ml <ref name =STM>STM 442/2014[http://stm.fi/documents/1271139/5001813/Liitteet+I-III+Talousveden+laatuvaatimukset+ja+-suositukset.pdf/3f91fff3-e4aa-45da-ab32-eb0570b0e2c3]</ref>.<br />
<br />
<br />
Raakavetenä käytettävälle pinta- ja pohjavedelle ei ole laatuvaatimuksia, mutta veden turvallisuussuunnitelman (Water Safety Plan, WSP) myötä jos raakaveden laadun koetaan olevan mahdollinen (terveys)riski, on raakavedenkin laatua seurattava. Mikäli halutaan tehdä riskinarvio, jossa huomioidaan vedenlaatu aina raakavedestä lähtien, on siinä olevien taudinaiheuttajamikrobien määrä oltava tiedossa:<br />
<br />
* Pintaveden laatu eli pintavedessä olevien ihmiselle haitallisten mikrobien pitoisuudet on oltava tiedossa, jotta niiden terveysvaikutukset voidaan laskea, ks. [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]].<br />
<br />
* Pinta- ja pohjavesiin liittyvästä terveysarvioinnista voi lukea lisää sivuilta [[Pintavesiin liittyvä terveysriskinarvio]] ja [[Pohjavesiin liittyvä terveysriskinarvio]].<br />
<br />
Kaivostoiminnan ei tiedetä vaikuttavan pinta- tai pohjavesien mikrobiologiseen laatuun.<br />
<br />
==Viitteet==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
==Katso myös: KAVERI-mallin kaikki sivut==<br />
<br />
{{KAVERI-malli}}<br />
[[Category:KAVERI-malli]]<br />
{{edistymisluokitus|edistyminen=Tarkistettu}}<br />
<br />
==Mikrobit kaivosympäristön vesissä ja terveysriskin arvioinnin toteuttaminen==<br />
<br />
[[Vesiopas]] laskee terveysriskin raakaveden laadun sekä käytettävissä olevien talousveden puhdistusmenetelmien puhdistustehokkuuksien perusteella ja antaa tuloksen infektion todennäköisyytenä, sairastuneiden ihmisten lukumääränä sekä haittapainotettuina elinvuosina (disability adjusten life years, DALY):<br />
<br />
*[[Infektion todennäköisyys per henkilö]]<br />
*Sairastuneiden lkm<br />
*[[Patogeenien DALYt vatsataudille]]<br />
<br />
<br />
==Mikrobien haittavaikutukset terveydelle==<br />
<br />
Mikäli kaivosvesistä on mitattu taudinaiheuttajamikrobien pitoisuuksia, voidaan niiden aiheuttama terveysriski arvioida Vesioppaan ks. [[Vesiopas]] avulla, jos vettä käytetään suoraan juomavetenä.<br />
<br />
==Mikrobien saanti / altistustason määrittäminen==<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus pintavedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi uidessa suun tai ihon kautta. Pintavettä ei käytetä juomavetenä, mutta tekemällä terveysriskilaskentoja oletuksella, että altistuminen tapahtuisi vettä juomalla saadaan selville "worst-case" -skenaario. Uidessa ihminen juo aina pienen määrän vettä, joka on myös huomioitava arvioinneissa. Altistuminen voi tapahtua myös kaivoveden kautta, jolloin juomavesi on todellinen altistumisreitti. Tällöin laskennoissa käytettävänä pitoisuutena pitää luonnollisesti olla ko. kaivoveden mitattu, mallinnettu tai arvioitu pitoisuus. <br />
<br />
* Juomaveden määrä: Keskimäärin 2 litraa vuorokaudessa. <br />
<br />
* Uidessa juodun veden määrä: Keskimäärin 50 ml per uimiskerta.<br />
<br />
==Mikrobien annosvasteet==<br />
<br />
Eri taudinaiheuttajamikrobeille on niille ominaiset annosvasteet, eli määrä jolla kyseinen mikrobi aiheuttaa infektion, ks. [[Patogeenien annosvasteet]].<br />
<br />
<br />
==Viitteet==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
<br />
<br />
==Katso myös: KAVERI-mallin kaikki sivut==<br />
<br />
{{KAVERI-malli}}<br />
[[Luokka:KAVERI-malli]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Mikrobiologisen_terveysriskinarvion_taustatiedot_ja_ohjeet&diff=34919Mikrobiologisen terveysriskinarvion taustatiedot ja ohjeet2018-01-30T09:23:27Z<p>Päivi Meriläinen: /* Viitearvoja mikrobiologisen terveysriskin kuvaukseen */</p>
<hr />
<div>{{ensyklopedia|moderator=Päivi Meriläinen}}<br />
<br />
==Mikrobiologisen terveysriskinarvion peruste==<br />
<br />
Ihmiselle haitallisia mikrobeja esiintyy luonnonvesissä, jonne ne päätyvät mm. jätevesien tai eläinten ulosteiden mukana. Kaivosteollisuuden aiheuttamista mikrobiologisista terveysriskeistä ihmisille ei ole tarkkaa tietoa. On kuitenkin mahdollista, että kaivosprosessi voi lisätä mikrobien määrää kaivosvesissä ja analysoimalla kaivosveden taudinaiheuttajamikrobien pitoisuudet voidaan arvioida, voivatko kaivosvedet olla terveysriski ihmisten terveydelle. On kuitenkin huomattava, että kaivosvedet eivät yleensä päädy ihmisten juomavedeksi. <br />
<br />
<br />
Kaivostoiminta voi vaikuttaa pinta- tai pohjavesiin. Kaivosalueella pohjavesiä voidaan käyttää kaivoksen omana talousvetenä tai <br />
kaivosalueen ulkopuolella olevien kaivojen kautta väestön talousvetenä (yksityiskaivot). Pohjavettä voidaan käyttää juomavetenä (ja ruoanlaittoon), <br />
peseytymisvetenä, löylyvetenä ja kasvimaiden kasteluvetenä. Myös pintavesien epäpuhtauksiin liittyvää terveysriskiä ja viihtyvyyshaittaa on suositeltavaa arvioida veden/vesistön käyttökohteiden mukaan. Pintavettä käytetään uimavetenä, pesuvetenä (peseytymisvetenä), saunottaessa löylyvetenä ja ravintokasvien kasteluvetenä kasvimaalla. Ihmiselle haitalliset taudinaiheuttajat voivat olla haitaksi ihmisterveydelle suun kautta nautittuina eli pääasiassa kuumentamattoman juomaveden kautta. Pintavedelle voi altistua myös uimisen kautta, sillä ihminen nielee uimavettä aina uidessaan. Pintavesi sellaisenaan ei ole koskaan suositeltu käyttömuoto, eli pintavettä ei saa käyttää juomavetenä. Tämä arvio keskittyy kuitenkin juomaveden kautta tulevaan altistumiseen, mutta on huomattava että muitakin altistumisreittejä on.<br />
<br />
<br />
Kaivostoiminta voi myös vaikuttaa mikrobiyhteisöjen funktionaalisuuteen: kaivostoiminta voi muuttaa bakteerien kykyä muokata aineita suotuisissa olosuhteissa ihmisille haitallisempaan muotoon. Sedimenttien mikrobiyhteisö voi muuttua elohopeaa metyloivia bakteereita suosivaan suuntaan, eli elohopeaa metyloivien bakteereiden osuus kasvaa ja täten metyylielohopean määrä sedimentissä voi kasvaa. Metyylielohopea on ihmiselle haitallinen aine, joka voi rikastua ravintoketjussa kaloihin ja täten päätyä myös ihmisravintoon aiheuttaen haitallisia terveysvaikutuksia.<br />
<br />
<br />
==Juomaveden mikrobeihin liittyvä terveysriski (pohjavesi)==<br />
<br />
Ihmiselle haitalliset mikrobit eli patogeenit aiheuttavat ihmiselle terveyshaittoja. Tässä arvioinnissa ovat mukana kampylobakteeri ja legionella edustamassa bakteereita ja norovirus edustamassa viruksia:<br />
<br />
*'''Kampylobakteeri:''' Kampylobakteeri on kaikkialla maailmassa erittäin yleisesti sekä eläimillä että ihmisillä esiintyvä bakteeri. Kampylobakteerilajeja on useita: näistä Campylobacter jejuni (yli 90 %) ja Campylobacter coli (5–10 %) ovat Suomessa yleisimmät taudinaiheuttajat. Kampylobakteeria voi esiintyä myös luonnonvesissä, joissa se voi säilyä elossa jopa useita viikkoja tai kuukausia. <ref>[https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/kampylobakteeri THL: Kampylobakteeri]</ref><br />
<br />
*'''Legionella-bakteeri''': Legionellaa esiintyy pieniä määriä makeissa luonnon vesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Jos ihminen hengittää legionellabakteereja sisältävää aerosolia, hän voi saada infektion. Itämisaika tartunnasta ensioireisiin on 2─10 vrk ja legionellan aiheuttama taudinkuva voi vaihdella oireettomasta infektiosta vaikeaan keuhkokuumeeseen, jota kutsutaan myös legioonalaistaudiksi. <ref>[https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella THL: Legionella]</ref><br />
<br />
*'''Norovirus:'''Kalikiviruksiin kuuluvat norovirukset ovat yleisimpiä aikuisten vatsatautien aiheuttajia. Norovirus aiheuttaa taudin, jonka oireisiin kuuluvat oksennukset, ripuli, vatsakivut ja usein kuume. Myös lapsilla norovirukset ovat merkittävä vatsataudin aiheuttaja. <ref>[https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/virustaudit/norovirus THL: Norovirus]</ref><br />
<br />
==Viitearvoja mikrobiologisen terveysriskin kuvaukseen==<br />
<br />
<br />
Talousvedestä ei saa aiheutua ihmiselle terveydellistä haittaa. Talousvedessä ei saa olla mitään eliöitä kuten esimerkiksi bakteereita, viruksia tai loisia eikä kemiallisia aineita sellaisina määrinä, että niistä voisi aiheutua vaaraa ihmisten terveydelle talousvesiasetuksessa 442/2014 esitettyjen terveydellisten vähimmäisvaatimusten mukaisesta. Asetuksessa on lisäksi esitetty käyttökelpoisuuteen perustuvia laatusuosituksia. Talousveden on oltava myös muuten käyttötarkoitukseensa soveltuvaa, eikä se saa aiheuttaa haitallista syöpymistä tai haitallisten saostumien syntymistä vesijohdoissa ja vedenkäyttölaitteissa (STM 442/2014) Mikrobiologinen laatu on erityisen tärkeää kuluttajille, sillä taudinaiheittajamikrobien esiintyminen vedessä voi aiheuttaa välittömän terveysriskin ihmisen juotua saastunutta vettä. <br />
<br />
Koska kaikkia mahdollisia taudinaiheuttajia on hidasta ja kallista tutkia vedestä, on talousveden laadun tarkkailussa käytössä indikaattorimenetelmä, eli vedestä tutkitaan niitä bakteereja, joiden tiedetään kuvastavan mahdollisten taudinaiheuttajien esiintymistä vedessä. ''Escherichia coli''-bakteeria pidetään hyvänä ulosteperäisen saastutuksen osoittajana. Enterokokki-bakteerien esiintyminen vedessä kertoo ulosteperäisestä saastumisesta. Laatuvaatimuksen mukaisesti talousvedessä ei saa esiintyä näitä kumpaakaan:<br />
<br />
*''Esterichia coli'' 0 pmy/100 ml (pmy=pesäkkeen muodostama yksikkö)<br />
<br />
*Enterokokit 0 pmy/100 ml <ref name =STM>STM 442/2014[http://stm.fi/documents/1271139/5001813/Liitteet+I-III+Talousveden+laatuvaatimukset+ja+-suositukset.pdf/3f91fff3-e4aa-45da-ab32-eb0570b0e2c3]</ref>.<br />
<br />
<br />
Raakavetenä käytettävälle pinta- ja pohjavedelle ei ole laatuvaatimuksia, mutta veden turvallisuussuunnitelman (Water Safety Plan, WSP) myötä jos raakaveden laadun koetaan olevan mahdollinen (terveys)riski, on raakavedenkin laatua seurattava. Mikäli halutaan tehdä riskinarvio, jossa huomioidaan vedenlaatu aina raakavedestä lähtien, on siinä olevien taudinaiheuttajamikrobien määrä oltava tiedossa:<br />
<br />
* Pintaveden laatu eli pintavedessä olevien ihmiselle haitallisten mikrobien pitoisuudet on oltava tiedossa, jotta niiden terveysvaikutukset voidaan laskea, ks. [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]].<br />
<br />
* Pinta- ja pohjavesiin liittyvästä terveysarvioinnista voi lukea lisää sivuilta [[Pintavesiin liittyvä terveysriskinarvio]] ja [[Pohjavesiin liittyvä terveysriskinarvio]].<br />
<br />
Kaivostoiminnan ei tiedetä vaikuttavan pinta- tai pohjavesien mikrobiologiseen laatuun.<br />
<br />
==Viitteet==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
==Katso myös: KAVERI-mallin kaikki sivut==<br />
<br />
{{KAVERI-malli}}<br />
[[Category:KAVERI-malli]]<br />
{{edistymisluokitus|edistyminen=Tarkistettu}}<br />
<br />
==Mikrobit kaivosympäristön vesissä ja terveysriskin arvioinnin toteuttaminen==<br />
<br />
[[Vesiopas]] laskee terveysriskin raakaveden laadun sekä käytettävissä olevien talousveden puhdistusmenetelmien puhdistustehokkuuksien perusteella ja antaa tuloksen infektion todennäköisyytenä, sairastuneiden ihmisten lukumääränä sekä haittapainotettuina elinvuosina (disability adjusten life years, DALY):<br />
<br />
*[[Infektion todennäköisyys per henkilö]]<br />
*Sairastuneiden lkm<br />
*[[Patogeenien DALYt vatsataudille]]<br />
<br />
<br />
==Mikrobien haittavaikutukset terveydelle==<br />
<br />
Mikäli kaivosvesistä on mitattu taudinaiheuttajamikrobien pitoisuuksia, voidaan niiden aiheuttama terveysriski arvioida Vesioppaan ks. [[Vesiopas]] avulla, jos vettä käytetään suoraan juomavetenä.<br />
<br />
==Mikrobien saanti / altistustason määrittäminen==<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus pintavedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi uidessa suun tai ihon kautta. Pintavettä ei käytetä juomavetenä, mutta tekemällä terveysriskilaskentoja oletuksella, että altistuminen tapahtuisi vettä juomalla saadaan selville "worst-case" -skenaario. Uidessa ihminen juo aina pienen määrän vettä, joka on myös huomioitava arvioinneissa. Altistuminen voi tapahtua myös kaivoveden kautta, jolloin juomavesi on todellinen altistumisreitti. Tällöin laskennoissa käytettävänä pitoisuutena pitää luonnollisesti olla ko. kaivoveden mitattu, mallinnettu tai arvioitu pitoisuus. <br />
<br />
* Juomaveden määrä: Keskimäärin 2 litraa vuorokaudessa. <br />
<br />
* Uidessa juodun veden määrä: Keskimäärin 50 ml per uimiskerta.<br />
<br />
==Mikrobien annosvasteet==<br />
<br />
Eri taudinaiheuttajamikrobeille on niille ominaiset annosvasteet, eli määrä jolla kyseinen mikrobi aiheuttaa infektion, ks. [[Patogeenien annosvasteet]].<br />
<br />
<br />
==Viitteet==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
<br />
<br />
==Katso myös: KAVERI-mallin kaikki sivut==<br />
<br />
{{KAVERI-malli}}<br />
[[Luokka:KAVERI-malli]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Mikrobiologisen_terveysriskinarvion_taustatiedot_ja_ohjeet&diff=34918Mikrobiologisen terveysriskinarvion taustatiedot ja ohjeet2018-01-30T08:59:03Z<p>Päivi Meriläinen: /* Viitearvoja mikrobiologisen terveysriskin kuvaukseen */</p>
<hr />
<div>{{ensyklopedia|moderator=Päivi Meriläinen}}<br />
<br />
==Mikrobiologisen terveysriskinarvion peruste==<br />
<br />
Ihmiselle haitallisia mikrobeja esiintyy luonnonvesissä, jonne ne päätyvät mm. jätevesien tai eläinten ulosteiden mukana. Kaivosteollisuuden aiheuttamista mikrobiologisista terveysriskeistä ihmisille ei ole tarkkaa tietoa. On kuitenkin mahdollista, että kaivosprosessi voi lisätä mikrobien määrää kaivosvesissä ja analysoimalla kaivosveden taudinaiheuttajamikrobien pitoisuudet voidaan arvioida, voivatko kaivosvedet olla terveysriski ihmisten terveydelle. On kuitenkin huomattava, että kaivosvedet eivät yleensä päädy ihmisten juomavedeksi. <br />
<br />
<br />
Kaivostoiminta voi vaikuttaa pinta- tai pohjavesiin. Kaivosalueella pohjavesiä voidaan käyttää kaivoksen omana talousvetenä tai <br />
kaivosalueen ulkopuolella olevien kaivojen kautta väestön talousvetenä (yksityiskaivot). Pohjavettä voidaan käyttää juomavetenä (ja ruoanlaittoon), <br />
peseytymisvetenä, löylyvetenä ja kasvimaiden kasteluvetenä. Myös pintavesien epäpuhtauksiin liittyvää terveysriskiä ja viihtyvyyshaittaa on suositeltavaa arvioida veden/vesistön käyttökohteiden mukaan. Pintavettä käytetään uimavetenä, pesuvetenä (peseytymisvetenä), saunottaessa löylyvetenä ja ravintokasvien kasteluvetenä kasvimaalla. Ihmiselle haitalliset taudinaiheuttajat voivat olla haitaksi ihmisterveydelle suun kautta nautittuina eli pääasiassa kuumentamattoman juomaveden kautta. Pintavedelle voi altistua myös uimisen kautta, sillä ihminen nielee uimavettä aina uidessaan. Pintavesi sellaisenaan ei ole koskaan suositeltu käyttömuoto, eli pintavettä ei saa käyttää juomavetenä. Tämä arvio keskittyy kuitenkin juomaveden kautta tulevaan altistumiseen, mutta on huomattava että muitakin altistumisreittejä on.<br />
<br />
<br />
Kaivostoiminta voi myös vaikuttaa mikrobiyhteisöjen funktionaalisuuteen: kaivostoiminta voi muuttaa bakteerien kykyä muokata aineita suotuisissa olosuhteissa ihmisille haitallisempaan muotoon. Sedimenttien mikrobiyhteisö voi muuttua elohopeaa metyloivia bakteereita suosivaan suuntaan, eli elohopeaa metyloivien bakteereiden osuus kasvaa ja täten metyylielohopean määrä sedimentissä voi kasvaa. Metyylielohopea on ihmiselle haitallinen aine, joka voi rikastua ravintoketjussa kaloihin ja täten päätyä myös ihmisravintoon aiheuttaen haitallisia terveysvaikutuksia.<br />
<br />
<br />
==Juomaveden mikrobeihin liittyvä terveysriski (pohjavesi)==<br />
<br />
Ihmiselle haitalliset mikrobit eli patogeenit aiheuttavat ihmiselle terveyshaittoja. Tässä arvioinnissa ovat mukana kampylobakteeri ja legionella edustamassa bakteereita ja norovirus edustamassa viruksia:<br />
<br />
*'''Kampylobakteeri:''' Kampylobakteeri on kaikkialla maailmassa erittäin yleisesti sekä eläimillä että ihmisillä esiintyvä bakteeri. Kampylobakteerilajeja on useita: näistä Campylobacter jejuni (yli 90 %) ja Campylobacter coli (5–10 %) ovat Suomessa yleisimmät taudinaiheuttajat. Kampylobakteeria voi esiintyä myös luonnonvesissä, joissa se voi säilyä elossa jopa useita viikkoja tai kuukausia. <ref>[https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/kampylobakteeri THL: Kampylobakteeri]</ref><br />
<br />
*'''Legionella-bakteeri''': Legionellaa esiintyy pieniä määriä makeissa luonnon vesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Jos ihminen hengittää legionellabakteereja sisältävää aerosolia, hän voi saada infektion. Itämisaika tartunnasta ensioireisiin on 2─10 vrk ja legionellan aiheuttama taudinkuva voi vaihdella oireettomasta infektiosta vaikeaan keuhkokuumeeseen, jota kutsutaan myös legioonalaistaudiksi. <ref>[https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella THL: Legionella]</ref><br />
<br />
*'''Norovirus:'''Kalikiviruksiin kuuluvat norovirukset ovat yleisimpiä aikuisten vatsatautien aiheuttajia. Norovirus aiheuttaa taudin, jonka oireisiin kuuluvat oksennukset, ripuli, vatsakivut ja usein kuume. Myös lapsilla norovirukset ovat merkittävä vatsataudin aiheuttaja. <ref>[https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/virustaudit/norovirus THL: Norovirus]</ref><br />
<br />
==Viitearvoja mikrobiologisen terveysriskin kuvaukseen==<br />
<br />
Talousvedestä ei saa aiheutua ihmiselle terveydellistä haittaa. Talousvedessä ei saa olla ihmiselle haitallisia mikrobeja terveydelle vaarallisina määrinä tai pitoisuuksina talousvesiasetuksessa 442/2014 esitettyjen terveydellisten vähimmäisvaatimusten mukaisesta. Asetuksessa on lisäksi esitetty käyttökelpoisuuteen perustuvia laatusuosituksia. Talousveden on oltava myös muuten käyttötarkoitukseensa soveltuvaa, eikä se saa aiheuttaa haitallista syöpymistä tai haitallisten saostumien syntymistä vesijohdoissa ja vedenkäyttölaitteissa (STM 442/2014) Mikrobiologinen laatu on erityisen tärkeää kuluttajille, sillä taudinaiheittajamikrobien esiintyminen vedessä voi aiheuttaa välittömän terveysriskin ihmisen juotua saastunutta vettä. Koska<br />
kaikkia mahdollisia taudinaiheuttajia on hidasta ja kallista tutkia vedestä, on talousveden laadun tarkkailussa käytössä indikaattorimenetelmä, eli vedestä tutkitaan niitä bakteereja, joiden tiedetään kuvastavan mahdollisten taudinaiheuttajien esiintymistä vedessä. ''Escherichia coli''-bakteeria pidetään hyvänä ulosteperäisen saastutuksen osoittajana. Enterokokki-bakteerien esiintyminen vedessä kertoo ulosteperäisestä saastumisesta. Laatuvaatimuksen mukaisesti talousvedessä ei saa esiintyä näitä kumpaakaan:<br />
<br />
*''Esterichia coli'' 0 pmy/100 ml (pmy=pesäkkeen muodostama yksikkö)<br />
<br />
*Enterokokit 0 pmy/100 ml <ref name =STM>STM 442/2014[http://stm.fi/documents/1271139/5001813/Liitteet+I-III+Talousveden+laatuvaatimukset+ja+-suositukset.pdf/3f91fff3-e4aa-45da-ab32-eb0570b0e2c3]</ref>.<br />
<br />
<br />
Raakavetenä käytettävälle pinta- ja pohjavedelle ei ole laatuvaatimuksia, mutta veden turvallisuussuunnitelman (Water Safety Plan, WSP) myötä jos raakaveden laadun koetaan olevan mahdollinen (terveys)riski, on raakavedenkin laatua seurattava. Mikäli halutaan tehdä riskinarvio, jossa huomioidaan vedenlaatu aina raakavedestä lähtien, on siinä olevien taudinaiheuttajamikrobien määrä oltava tiedossa:<br />
<br />
* Pintaveden laatu eli pintavedessä olevien ihmiselle haitallisten mikrobien pitoisuudet on oltava tiedossa, jotta niiden terveysvaikutukset voidaan laskea, ks. [[Raakaveden patogeenipitoisuudet]].<br />
<br />
* Pinta- ja pohjavesiin liittyvästä terveysarvioinnista voi lukea lisää sivuilta [[Pintavesiin liittyvä terveysriskinarvio]] ja [[Pohjavesiin liittyvä terveysriskinarvio]].<br />
<br />
==Viitteet==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
==Katso myös: KAVERI-mallin kaikki sivut==<br />
<br />
{{KAVERI-malli}}<br />
[[Category:KAVERI-malli]]<br />
{{edistymisluokitus|edistyminen=Tarkistettu}}<br />
<br />
==Mikrobit kaivosympäristön vesissä ja terveysriskin arvioinnin toteuttaminen==<br />
<br />
[[Vesiopas]] laskee terveysriskin raakaveden laadun sekä käytettävissä olevien talousveden puhdistusmenetelmien puhdistustehokkuuksien perusteella ja antaa tuloksen infektion todennäköisyytenä, sairastuneiden ihmisten lukumääränä sekä haittapainotettuina elinvuosina (disability adjusten life years, DALY):<br />
<br />
*[[Infektion todennäköisyys per henkilö]]<br />
*Sairastuneiden lkm<br />
*[[Patogeenien DALYt vatsataudille]]<br />
<br />
<br />
==Mikrobien haittavaikutukset terveydelle==<br />
<br />
Mikäli kaivosvesistä on mitattu taudinaiheuttajamikrobien pitoisuuksia, voidaan niiden aiheuttama terveysriski arvioida Vesioppaan ks. [[Vesiopas]] avulla, jos vettä käytetään suoraan juomavetenä.<br />
<br />
==Mikrobien saanti / altistustason määrittäminen==<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus pintavedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi uidessa suun tai ihon kautta. Pintavettä ei käytetä juomavetenä, mutta tekemällä terveysriskilaskentoja oletuksella, että altistuminen tapahtuisi vettä juomalla saadaan selville "worst-case" -skenaario. Uidessa ihminen juo aina pienen määrän vettä, joka on myös huomioitava arvioinneissa. Altistuminen voi tapahtua myös kaivoveden kautta, jolloin juomavesi on todellinen altistumisreitti. Tällöin laskennoissa käytettävänä pitoisuutena pitää luonnollisesti olla ko. kaivoveden mitattu, mallinnettu tai arvioitu pitoisuus. <br />
<br />
* Juomaveden määrä: Keskimäärin 2 litraa vuorokaudessa. <br />
<br />
* Uidessa juodun veden määrä: Keskimäärin 50 ml per uimiskerta.<br />
<br />
==Mikrobien annosvasteet==<br />
<br />
Eri taudinaiheuttajamikrobeille on niille ominaiset annosvasteet, eli määrä jolla kyseinen mikrobi aiheuttaa infektion, ks. [[Patogeenien annosvasteet]].<br />
<br />
<br />
==Viitteet==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
<br />
<br />
==Katso myös: KAVERI-mallin kaikki sivut==<br />
<br />
{{KAVERI-malli}}<br />
[[Luokka:KAVERI-malli]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=34709Legionellan terveysriskinarviointi2017-12-14T09:38:09Z<p>Päivi Meriläinen: /* Riskiarviointimalli */</p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
'''Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?'''<br />
<br />
===Legionella===<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnonvesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
===Legionellan lähteet===<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
<br />
Legionella on havaittu myös muualla kuin talousvesijärjestelmissä, ja legionellan aiheuttaman terveysriskin suuruuteen vaikuttaa aina se, mitä kautta legionellalle voidaan altistua. Pelkän juomaveden kautta riski on pienempi mitä hengittäessä. Tämän vuoksi on huomioitava voiko legionellalla saastunut vesi päätyä aerosoliksi lisäten terveysriskiä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin.<br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Europppalaisessa ohjeistuksessa legionella enimmäispitoisuudeksi lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle on 1000 pmy/l.<br />
<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (pmy/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(pmy/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. \n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
===Annosvasteita riskinarviointiin===<br />
<br />
Amstron ja Haas 2008. http://jwh.iwaponline.com/content/ppiwajwh/6/2/149.full.pdf<br />
<br />
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2016/EW/c6ew00023a#!divAbstract<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18209278<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
Ks. ylläolevan mallin antama tulos.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
Jos veden legionellapitoisuus ylittää lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle annetun ohjearvon on 1000 pmy/l, ovat terveysriskit mahdollisia.<br />
<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/lainsaadantoa-ja-ohjeistoja<br />
<br />
http://www.thl.fi/attachments/Infektiotaudit/Torjuntaohjeet/legionelloosin_seuranta_ja_torjunta_tehostuvat.pdf<br />
<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
https://www.escmid.org/fileadmin/src/media/PDFs/3Research_Projects/ESGLI/European_Guidelines_September_2011_v1_1.pdf<br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}<br />
<br />
<br />
== Katso myös: KAVERI-mallin kaikki sivut ==<br />
<br />
{{KAVERI-malli}}<br />
[[Category:KAVERI-malli]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Conpat&diff=34383Conpat2017-06-19T09:58:54Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vertaisarvioidut kansainväliset julkaisut */</p>
<hr />
<div>[[kuva:conpat.png|thumb|500px|CONPAT logo]]<br />
<br />
== Tutkimuksen taustaa==<br />
<br />
Makean veden lähteet ovat tärkeitä elämälle monella tapaa. Tarvitsemme niitä kalastukseen, kastelujärjestelmiin, lukuisten teollisuustuotteiden valmistamiseen ja sanitaatioon. Makeista vesistä riippuvaisia ekosysteemipalveluita ovat muun muassa vesivoiman ja ruuan tuotanto, virkistäytyminen ja juomaveden saanti pohja- ja pintavesistä.<br />
Huolimatta korkealle kehittyneestä jätevedenpuhdistuksesta ja juomaveden valmistusprosessista, useat tekijät voivat vaarantaa juomaveden puhtauden. Eri lähteistä tulevat haitallisia aineita, kuten mikrobeja ja kemikaaleja, ei aina pystytä poistamaan tai desinfioimaan riittävän tehokkaasti, ja ne voivat kulkeutua raakavedestä kuluttajaveteen.<br />
Tärkein vesiturvallisuuden periaate on veden lähteen suojeleminen. Se ei kuitenkaan ole nykymaailmassa yksinkertaista, sillä haitta-aineet vaihtelevat laajasta kirjosta lääkeaineita, taudinaiheuttajamikrobeihin ja maatalouden ravinteisiin. Sama vesistö vastaanottaa usein kotitalouksien ja teollisuuden jätevesiä sekä valuma-alueelle sijoittuvan maatalouden ja asutuksen ravinnepäästöjä. Haitallisten aineiden kulkeutumisessa on kyse monimutkaisista ekologisista prosesseista, joihin liittyy monia yhteiskunnallisia toimijoita – tarvitaan siis kokonaisvaltainen, koko järjestelmän kattava lähestymistapa, jotta veden puhtaus saataisiin turvattua.<br />
<br />
Suomen Akatemian rahoittama nelivuotinen Conpat-tutkimushanke kehittää poikkitieteellisiä metodeja veden haitta-aineista johtuvien ongelmien ratkaisemiseksi. Tutkimuksen ensimmäisessä osiossa keskitytään taudinaiheuttajamikrobien ja kemikaalien käyttäytymiseen ja kulkeutumiseen vesivirrassa. Tutkimuksen kysymyksiä ovat: Mitä ovat eri haitallisten aineiden pitoisuudet jätevedenpuhdistamolle päätyvässä vedessä. Miten haitta-aineet kulkeutuvat alavirtaan ja lopulta kuluttajan vesihanaan? Keskeisiä metodeja ovat vesinäytteiden kemiallinen ja mikrobiologinen analysointi ja matemaattisten mallien soveltaminen aineiden kulkeutumiseen joessa. Kokeellinen työ keskittyy Kokemäenjokeen Nokialla, johon vesi virtaa Tammerkoskesta Tampereen Pyhäjärven kautta. <br />
<br />
Tutkimushankkeen toisessa osiossa arvioidaan haitallisten aineiden vaikutuksia ihmisten terveydelle ja ennakoidaan niistä koituvia taloudellisia kustannuksia. Suurin osa Suomen vedestä johtuvista epidemioista aiheutuu mikrobien saastuttamista pohjavesivaroista, mutta joissakin tapauksissa epidemiat ovat saaneet alkunsa puhdistamattoman pintaveden käytöstä juomavetenä. Yleisimmät taudinaiheuttajat ovat norovirus ja camylobakteria, jotka aiheuttavat suolistoinfektioita. Ehkäisemällä taudinaiheuttajien ja muiden haitallisten aineiden kulkeutumista talousveteen tehokkaasti ja täsmälliseen tietoon perustuen voidaan säästää merkittäviä summia terveydenhoitokuluissa. <br />
<br />
Kolmannessa osiossa tutkitaan riskinhallinnan ja viestinnän menetelmiä analysoimalla julkista keskustelua ja sidosryhmien ja asiantuntijoiden näkemyksiä. Veteen liittyvissä uhkatilanteissa on tärkeää saada luotettavaa tietoa siitä, mitä todellisuudessa on tapahtunut ja mihin tiedot perustuvat. Tutkimuksen tavoitteena on tuottaa tieteellisesti perusteltua ja sosiaalisesti vastuullista tietoa, jonka pohjalta haitta-aineiden päätymistä kuluttajaveteen voidaan ennaltaehkäistä ja toimia tehokkaasti veden pilaantumistilanteissa.<br />
<br />
== Projektin esittely ==<br />
<br />
CONPAT (Aquatic contaminants – pathways, health risks and management) keskittyy kestävään veden käyttöön ja vesiturvallisuuteen. Tutkimuksessa selvitetään mikrobiologisten ja kemiallisten haitta-aineiden lähteitä, käyttäytymistä ja kulkeutumista vesistössä. Lisäksi arvioidaan epäpuhtauksien terveysvaikutuksia, sekä uhkien hallintakeinojen taloudellisia vaikutuksia. Kokeellinen osa keskittyy Kokemäenjoen veden ja tekopohjaveden laadun vaihteluihin. Vedestä mitataan patogeenisten mikrobien ja haitallisten kemikaalien (lääkeaineet ja makeutusaineet) pitoisuuksia. Matemaattisilla malleilla tarkastellaan mikrobien ja haitta-aineiden kulkeutumista vesistössä, juomaveden mikrobien ja haitta-aineiden terveysvaikutuksia sekä taloudellisia vaikutuksia eri riskinhallintavaihtoehdoilla. Lisäksi konsortiotutkimuksessa tarkastellaan riskien määrittelyä, riskikommunikaatiota ja riskinhallintaa sekä käsitteellisen tutkimuksen avulla että keräämällä empiiristä aineistoa median, asiantuntijoiden sekä sidosryhmien riskinäkemyksistä.<br />
<br />
Projektin esittelymateriaalia:<br />
<br />
[http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php Vesikirje: Jätevedenpuhdistamoiden läpi kulkeutuu vesistöihin kemikaaleja ja mikrobeja]<br />
<br />
[http://www.syke.fi/hankkeet/conpat CONPAT-hankkeen esittely]<br />
<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Conpat CONPAT-hankkeen julkiset nettisivut]<br />
<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti avausseminaarin 30.-31. elokuuta 2012 ja vieraili Virttaankankaan harjulla]]<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio2.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti loppuseminaarin 15.9.2016 Turussa Logomolla]]<br />
<br />
==CONPAT-loppuseminaari 15.9.2016==<br />
<br />
CONPAT-hankkeen loppuseminaari pidettiin 15.9.2016 Turussa. Seminaarin [https://tapahtumakalenteri.thl.fi/web/thl/tapahtumat/-/tapahtumalistaus/view/1381538] esitykset (videot + ppt-kalvot) löytyvät tästä:<br />
https://thl.videosync.fi/conpat/<br />
<br />
Seminaarista kirjoitettu blogikirjoitus (Jari Lyytimäki, SYKE): https://luonnonvaralta.wordpress.com/2016/09/16/juomavesi-riskia-vailla/<br />
<br />
== Julkaisut ==<br />
<br />
<br />
===Suomenkieliset yleisluontoiset julkaisut ja esitykset===<br />
<br />
'''THL-verkkouutiset:'''<br />
<br />
[https://www.thl.fi/-/kokemaenjoen-vesiston-saasteiden-riski-vaestolle-ja-taloudelle-on-vahainen 8.6.2016: Kokemäenjoen vesistön saasteiden riski väestölle ja taloudelle on vähäinen]<br />
<br />
[https://www.thl.fi/fi/-/tutkittu-tekopohjavesi-on-turvallista-kuluttajille-seuraa-conpat-loppuseminaaria-verkossa 12.9.2016: Tutkittu tekopohjavesi on turvallista kuluttajille - Seuraa CONPAT-loppuseminaaria verkossa]<br />
<br />
'''Suomenkieliset raportit:'''<br />
<br />
[http://www.julkari.fi/handle/10024/110740 Ympäristö ja terveys -lehti: Vesistöjen likaantumisen riskejä ja niiden hallintaa, CONPAT-hanke lähtenyt liikkeelle]<br />
<br />
[http://www.julkari.fi/handle/10024/125974 Ympäristö ja terveys -lehti: Kuluttajakemikaalit ja mikrobit Kokemäenjoen vesistössä]<br />
<br />
[http://www.julkari.fi/handle/10024/129707 Vesitalous-lehti: Mikrobiologiset jäljitysmenetelmät vesivarojen saastelähteiden tunnistamiseen]<br />
<br />
<br />
'''Vesihuolto 2016 lehdistölyhennelmät:'''<br />
<br />
[http://www.vvy.fi/files/5250/Pitkanen_Tarja.pdf Saastelähteiden jäljitys toimii Kokemäenjoen vesistössä]<br />
<br />
[http://www.vvy.fi/files/5242/Merilainen_Paivi.pdf Talousveden mikrobiologisten ja kemiallisten saasteiden kokonaisriskinarviointi‐ kulkeutuminen, terveys ja talous]<br />
<br />
CONPAT:n esittelyposteri Suomen Akatemian Akvaattisten luonnonvarojen kestävä hallinta AKVA-ohjelman avajaisseminaarista 11.10.2012 löytyy täältä: [[kuva:CONPAT posteri 2012.pdf]]<br />
<br />
Ympäristö ja terveys -lehden artikkeli CONPAT-projektista ja sen alustavista tuloksista löytyy täältä: [[Tiedosto:CONPAT ympäristö ja terveys 2013.pdf]]<br />
<br />
Vesikirje: [http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php Jätevedenpuhdistamoiden läpi kulkeutuu vesistöihin kemikaaleja ja mikrobeja]. Suomen ympäristökeskus, 16.6.2015.<br />
<br />
===Vertaisarvioidut kansainväliset julkaisut===<br />
<br />
'''KV-julkaisut:'''<br />
<br />
<u>WP1</u>: <br />
<br />
* Assmuth, T., Simola, A., Pitkänen, T., Lyytimäki, J. Huttula, T. (2016) Integrated frameworks for assessing and managing health risks in the context of artificial groundwater recharge with river water. Integrated Environmental Assessment and Management, 12(1):160-73. doi: 10.1002/ieam.1660.<br /, http://dx.doi.org/10.1002/ieam.1660><br />
<br />
<u>WP2</u>: <br />
<br />
* Pitkänen, T., Ryu, H., Elk, M., Hokajärvi, A-M., Siponen, S., Vepsäläinen, A., Räsänen, P. and Santo Domingo, J.W. (2013) Detection of fecal bacteria and source tracking identifiers in environmental waters using rRNA-based RT-qPCR and rDNA-based qPCR assays. Environmental Science and Technology. Environ. Sci. Technol., 2013, 47 (23), pp 13611–13620. DOI: 10.1021/es403489b.<br />
<br />
*http://dx.doi.org/10.1128/AEM.02446-14<br />
<br />
<u>WP3</u>: <br />
<br />
* Happonen M., Koivusalo H., Malve O., Perkola N., Juntunen J. and Huttula T., 2015: Contamination risk of raw drinking water caused by PFOA sources along a river reach in south-western Finland. Science of The Total Environment 541(15):74-82. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0048969715306677<br />
<br />
* Rankinen, K., Pitkänen, T., Leckie, H., Butterfield, D., Uusi-Kämppä, J., Whitehead, P. The INCA-Pathogens model: An Application to the Loimijoki river basin in Finland. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375 http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971630972X<br />
<br />
<u>WP3/WP4/WP5</u>: <br />
<br />
*Juntunen J., Meriläinen P., Simola A.. 2017: Public health and economic risk assessment of waterborne contaminants and pathogens in Finland. Sci Total Environ. 2017 May 10;599-600:873-882. doi: 10.1016/j.scitotenv.2017.05.007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28501011<br />
<br />
<u>WP6</u>: <br />
<br />
Lyytimäki and Assmuth. (2014) Down with the flow: Public debate of risks related to artificial groundwater recharge scheme of Virttaankangas, Finland. GeoJournal DOI: 10.1007/s10708-014-9540-3. http://springer.libdl.ir/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
== In English ==<br />
<br />
Introduction to CONPAT-project is found [http://en.opasnet.org/w/CONPAT here].<br />
<br />
Microbiological health risks in drinking water after artificial groundwater recharge process. Poster in combined Water Microbiology and Health Related Water Microbiology-conferences. Chapel Hill, 15.-19.5.2017. {{#l:Conpat_QMRA_Chapel Hill.pdf}}<br />
<br />
== Projektisivut ==<br />
<br />
CONPAT-projektin sisäiset sivut löytyvät [http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page täältä].<br />
<br />
== Lisätietoja ==<br />
<br />
[http://www.thl.fi/fi_FI/web/fi/hanke?id=30133 CONPAT-projektikuvaus]<br />
<br />
[http://www.syke.fi/fi-FI/Tutkimus__kehittaminen/Tutkimus_ja_kehittamishankkeet/Hankkeet/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_terveysriskit_ja_riskien_hallinta_CONPAT/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_(2721) CONPAT project description]<br />
<br />
[http://www.aka.fi/akva Suomen Akatamian AKVA-ohjelman kotisivut]<br />
<br />
{{Toiminnallisuuksia}}<br />
<br />
Esimerkkejä sivuista, joilla on hyödyllisiä toiminnallisuuksia (esitelty Conpat-kokouksessa 28.1.2014):<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:WP2#Working_with_data_in_Heande]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Special:Upload]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Mikrobien_m%C3%A4%C3%A4r%C3%A4_pohjavedess%C3%A4#Malli]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Vesiopas#Vesiopasmalli]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Metallimalmin_murskausprosessin_p%C3%B6lyp%C3%A4%C3%A4st%C3%B6t#Vastaus]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Static_GoogleMaps]<br />
[http://194.187.214.42/rtools_server/runs/sqXkI2WkPrZL1hhh_plot001.png]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=TVvHW061okeVvtr5]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=GrXZxcahuaGb21wD]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Wiki_maps]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Conpat#Lis.C3.A4tietoja]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Baseline_building_stock#Answer]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=2bocEnerRhHj9yws]<br />
<br />
<br />
[[Luokka:Vesi]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Conpat&diff=34382Conpat2017-06-19T09:45:47Z<p>Päivi Meriläinen: /* Julkaisut */</p>
<hr />
<div>[[kuva:conpat.png|thumb|500px|CONPAT logo]]<br />
<br />
== Tutkimuksen taustaa==<br />
<br />
Makean veden lähteet ovat tärkeitä elämälle monella tapaa. Tarvitsemme niitä kalastukseen, kastelujärjestelmiin, lukuisten teollisuustuotteiden valmistamiseen ja sanitaatioon. Makeista vesistä riippuvaisia ekosysteemipalveluita ovat muun muassa vesivoiman ja ruuan tuotanto, virkistäytyminen ja juomaveden saanti pohja- ja pintavesistä.<br />
Huolimatta korkealle kehittyneestä jätevedenpuhdistuksesta ja juomaveden valmistusprosessista, useat tekijät voivat vaarantaa juomaveden puhtauden. Eri lähteistä tulevat haitallisia aineita, kuten mikrobeja ja kemikaaleja, ei aina pystytä poistamaan tai desinfioimaan riittävän tehokkaasti, ja ne voivat kulkeutua raakavedestä kuluttajaveteen.<br />
Tärkein vesiturvallisuuden periaate on veden lähteen suojeleminen. Se ei kuitenkaan ole nykymaailmassa yksinkertaista, sillä haitta-aineet vaihtelevat laajasta kirjosta lääkeaineita, taudinaiheuttajamikrobeihin ja maatalouden ravinteisiin. Sama vesistö vastaanottaa usein kotitalouksien ja teollisuuden jätevesiä sekä valuma-alueelle sijoittuvan maatalouden ja asutuksen ravinnepäästöjä. Haitallisten aineiden kulkeutumisessa on kyse monimutkaisista ekologisista prosesseista, joihin liittyy monia yhteiskunnallisia toimijoita – tarvitaan siis kokonaisvaltainen, koko järjestelmän kattava lähestymistapa, jotta veden puhtaus saataisiin turvattua.<br />
<br />
Suomen Akatemian rahoittama nelivuotinen Conpat-tutkimushanke kehittää poikkitieteellisiä metodeja veden haitta-aineista johtuvien ongelmien ratkaisemiseksi. Tutkimuksen ensimmäisessä osiossa keskitytään taudinaiheuttajamikrobien ja kemikaalien käyttäytymiseen ja kulkeutumiseen vesivirrassa. Tutkimuksen kysymyksiä ovat: Mitä ovat eri haitallisten aineiden pitoisuudet jätevedenpuhdistamolle päätyvässä vedessä. Miten haitta-aineet kulkeutuvat alavirtaan ja lopulta kuluttajan vesihanaan? Keskeisiä metodeja ovat vesinäytteiden kemiallinen ja mikrobiologinen analysointi ja matemaattisten mallien soveltaminen aineiden kulkeutumiseen joessa. Kokeellinen työ keskittyy Kokemäenjokeen Nokialla, johon vesi virtaa Tammerkoskesta Tampereen Pyhäjärven kautta. <br />
<br />
Tutkimushankkeen toisessa osiossa arvioidaan haitallisten aineiden vaikutuksia ihmisten terveydelle ja ennakoidaan niistä koituvia taloudellisia kustannuksia. Suurin osa Suomen vedestä johtuvista epidemioista aiheutuu mikrobien saastuttamista pohjavesivaroista, mutta joissakin tapauksissa epidemiat ovat saaneet alkunsa puhdistamattoman pintaveden käytöstä juomavetenä. Yleisimmät taudinaiheuttajat ovat norovirus ja camylobakteria, jotka aiheuttavat suolistoinfektioita. Ehkäisemällä taudinaiheuttajien ja muiden haitallisten aineiden kulkeutumista talousveteen tehokkaasti ja täsmälliseen tietoon perustuen voidaan säästää merkittäviä summia terveydenhoitokuluissa. <br />
<br />
Kolmannessa osiossa tutkitaan riskinhallinnan ja viestinnän menetelmiä analysoimalla julkista keskustelua ja sidosryhmien ja asiantuntijoiden näkemyksiä. Veteen liittyvissä uhkatilanteissa on tärkeää saada luotettavaa tietoa siitä, mitä todellisuudessa on tapahtunut ja mihin tiedot perustuvat. Tutkimuksen tavoitteena on tuottaa tieteellisesti perusteltua ja sosiaalisesti vastuullista tietoa, jonka pohjalta haitta-aineiden päätymistä kuluttajaveteen voidaan ennaltaehkäistä ja toimia tehokkaasti veden pilaantumistilanteissa.<br />
<br />
== Projektin esittely ==<br />
<br />
CONPAT (Aquatic contaminants – pathways, health risks and management) keskittyy kestävään veden käyttöön ja vesiturvallisuuteen. Tutkimuksessa selvitetään mikrobiologisten ja kemiallisten haitta-aineiden lähteitä, käyttäytymistä ja kulkeutumista vesistössä. Lisäksi arvioidaan epäpuhtauksien terveysvaikutuksia, sekä uhkien hallintakeinojen taloudellisia vaikutuksia. Kokeellinen osa keskittyy Kokemäenjoen veden ja tekopohjaveden laadun vaihteluihin. Vedestä mitataan patogeenisten mikrobien ja haitallisten kemikaalien (lääkeaineet ja makeutusaineet) pitoisuuksia. Matemaattisilla malleilla tarkastellaan mikrobien ja haitta-aineiden kulkeutumista vesistössä, juomaveden mikrobien ja haitta-aineiden terveysvaikutuksia sekä taloudellisia vaikutuksia eri riskinhallintavaihtoehdoilla. Lisäksi konsortiotutkimuksessa tarkastellaan riskien määrittelyä, riskikommunikaatiota ja riskinhallintaa sekä käsitteellisen tutkimuksen avulla että keräämällä empiiristä aineistoa median, asiantuntijoiden sekä sidosryhmien riskinäkemyksistä.<br />
<br />
Projektin esittelymateriaalia:<br />
<br />
[http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php Vesikirje: Jätevedenpuhdistamoiden läpi kulkeutuu vesistöihin kemikaaleja ja mikrobeja]<br />
<br />
[http://www.syke.fi/hankkeet/conpat CONPAT-hankkeen esittely]<br />
<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Conpat CONPAT-hankkeen julkiset nettisivut]<br />
<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti avausseminaarin 30.-31. elokuuta 2012 ja vieraili Virttaankankaan harjulla]]<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio2.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti loppuseminaarin 15.9.2016 Turussa Logomolla]]<br />
<br />
==CONPAT-loppuseminaari 15.9.2016==<br />
<br />
CONPAT-hankkeen loppuseminaari pidettiin 15.9.2016 Turussa. Seminaarin [https://tapahtumakalenteri.thl.fi/web/thl/tapahtumat/-/tapahtumalistaus/view/1381538] esitykset (videot + ppt-kalvot) löytyvät tästä:<br />
https://thl.videosync.fi/conpat/<br />
<br />
Seminaarista kirjoitettu blogikirjoitus (Jari Lyytimäki, SYKE): https://luonnonvaralta.wordpress.com/2016/09/16/juomavesi-riskia-vailla/<br />
<br />
== Julkaisut ==<br />
<br />
<br />
===Suomenkieliset yleisluontoiset julkaisut ja esitykset===<br />
<br />
'''THL-verkkouutiset:'''<br />
<br />
[https://www.thl.fi/-/kokemaenjoen-vesiston-saasteiden-riski-vaestolle-ja-taloudelle-on-vahainen 8.6.2016: Kokemäenjoen vesistön saasteiden riski väestölle ja taloudelle on vähäinen]<br />
<br />
[https://www.thl.fi/fi/-/tutkittu-tekopohjavesi-on-turvallista-kuluttajille-seuraa-conpat-loppuseminaaria-verkossa 12.9.2016: Tutkittu tekopohjavesi on turvallista kuluttajille - Seuraa CONPAT-loppuseminaaria verkossa]<br />
<br />
'''Suomenkieliset raportit:'''<br />
<br />
[http://www.julkari.fi/handle/10024/110740 Ympäristö ja terveys -lehti: Vesistöjen likaantumisen riskejä ja niiden hallintaa, CONPAT-hanke lähtenyt liikkeelle]<br />
<br />
[http://www.julkari.fi/handle/10024/125974 Ympäristö ja terveys -lehti: Kuluttajakemikaalit ja mikrobit Kokemäenjoen vesistössä]<br />
<br />
[http://www.julkari.fi/handle/10024/129707 Vesitalous-lehti: Mikrobiologiset jäljitysmenetelmät vesivarojen saastelähteiden tunnistamiseen]<br />
<br />
<br />
'''Vesihuolto 2016 lehdistölyhennelmät:'''<br />
<br />
[http://www.vvy.fi/files/5250/Pitkanen_Tarja.pdf Saastelähteiden jäljitys toimii Kokemäenjoen vesistössä]<br />
<br />
[http://www.vvy.fi/files/5242/Merilainen_Paivi.pdf Talousveden mikrobiologisten ja kemiallisten saasteiden kokonaisriskinarviointi‐ kulkeutuminen, terveys ja talous]<br />
<br />
CONPAT:n esittelyposteri Suomen Akatemian Akvaattisten luonnonvarojen kestävä hallinta AKVA-ohjelman avajaisseminaarista 11.10.2012 löytyy täältä: [[kuva:CONPAT posteri 2012.pdf]]<br />
<br />
Ympäristö ja terveys -lehden artikkeli CONPAT-projektista ja sen alustavista tuloksista löytyy täältä: [[Tiedosto:CONPAT ympäristö ja terveys 2013.pdf]]<br />
<br />
Vesikirje: [http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php Jätevedenpuhdistamoiden läpi kulkeutuu vesistöihin kemikaaleja ja mikrobeja]. Suomen ympäristökeskus, 16.6.2015.<br />
<br />
===Vertaisarvioidut kansainväliset julkaisut===<br />
<br />
'''KV-julkaisut:'''<br />
<br />
http://dx.doi.org/10.1002/ieam.1660<br />
<br />
http://dx.doi.org/10.1128/AEM.02446-14<br />
<br />
http://link.springer.com/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0048969715306677<br />
<br />
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971630972X<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28501011<br />
<br />
<u>WP1</u>: <br />
<br />
* Assmuth, T., Simola, A., Pitkänen, T., Lyytimäki, J. Huttula, T. (2016) Integrated frameworks for assessing and managing health risks in the context of artificial groundwater recharge with river water. Integrated Environmental Assessment and Management, 12(1):160-73. doi: 10.1002/ieam.1660.<br /><br />
<br />
<u>WP2</u>: <br />
<br />
* Pitkänen, T., Ryu, H., Elk, M., Hokajärvi, A-M., Siponen, S., Vepsäläinen, A., Räsänen, P. and Santo Domingo, J.W. (2013) Detection of fecal bacteria and source tracking identifiers in environmental waters using rRNA-based RT-qPCR and rDNA-based qPCR assays. Environmental Science and Technology. Environ. Sci. Technol., 2013, 47 (23), pp 13611–13620. DOI: 10.1021/es403489b.<br />
<br />
<u>WP3</u>: <br />
<br />
* Happonen M., Koivusalo H., Malve O., Perkola N., Juntunen J. and Huttula T., 2015: Contamination risk of raw drinking water caused by PFOA sources along a river reach in south-western Finland. Science of The Total Environment 541(15):74-82<br />
<br />
* Rankinen, K., Pitkänen, T., Leckie, H., Butterfield, D., Uusi-Kämppä, J., Whitehead, P. The INCA-Pathogens model: An Application to the Loimijoki river basin in Finland. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375<br />
<br />
<u>WP3/WP4/WP5</u>: <br />
<br />
*Juntunen J., Meriläinen P., Simola A.. 2017: Public health and economic risk assessment of waterborne contaminants and pathogens in Finland. Sci Total Environ. 2017 May 10;599-600:873-882. doi: 10.1016/j.scitotenv.2017.05.007. <br />
<br />
<u>WP6</u>: <br />
<br />
Lyytimäki and Assmuth. (2014) Down with the flow: Public debate of risks related to artificial groundwater recharge scheme of Virttaankangas, Finland. GeoJournal DOI: 10.1007/s10708-014-9540-3. http://springer.libdl.ir/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
== In English ==<br />
<br />
Introduction to CONPAT-project is found [http://en.opasnet.org/w/CONPAT here].<br />
<br />
Microbiological health risks in drinking water after artificial groundwater recharge process. Poster in combined Water Microbiology and Health Related Water Microbiology-conferences. Chapel Hill, 15.-19.5.2017. {{#l:Conpat_QMRA_Chapel Hill.pdf}}<br />
<br />
== Projektisivut ==<br />
<br />
CONPAT-projektin sisäiset sivut löytyvät [http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page täältä].<br />
<br />
== Lisätietoja ==<br />
<br />
[http://www.thl.fi/fi_FI/web/fi/hanke?id=30133 CONPAT-projektikuvaus]<br />
<br />
[http://www.syke.fi/fi-FI/Tutkimus__kehittaminen/Tutkimus_ja_kehittamishankkeet/Hankkeet/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_terveysriskit_ja_riskien_hallinta_CONPAT/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_(2721) CONPAT project description]<br />
<br />
[http://www.aka.fi/akva Suomen Akatamian AKVA-ohjelman kotisivut]<br />
<br />
{{Toiminnallisuuksia}}<br />
<br />
Esimerkkejä sivuista, joilla on hyödyllisiä toiminnallisuuksia (esitelty Conpat-kokouksessa 28.1.2014):<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:WP2#Working_with_data_in_Heande]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Special:Upload]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Mikrobien_m%C3%A4%C3%A4r%C3%A4_pohjavedess%C3%A4#Malli]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Vesiopas#Vesiopasmalli]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Metallimalmin_murskausprosessin_p%C3%B6lyp%C3%A4%C3%A4st%C3%B6t#Vastaus]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Static_GoogleMaps]<br />
[http://194.187.214.42/rtools_server/runs/sqXkI2WkPrZL1hhh_plot001.png]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=TVvHW061okeVvtr5]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=GrXZxcahuaGb21wD]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Wiki_maps]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Conpat#Lis.C3.A4tietoja]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Baseline_building_stock#Answer]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=2bocEnerRhHj9yws]<br />
<br />
<br />
[[Luokka:Vesi]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Conpat&diff=34380Conpat2017-06-19T06:00:46Z<p>Päivi Meriläinen: /* Suomenkieliset yleisluontoiset julkaisut ja esitykset */</p>
<hr />
<div>[[kuva:conpat.png|thumb|500px|CONPAT logo]]<br />
<br />
== Tutkimuksen taustaa==<br />
<br />
Makean veden lähteet ovat tärkeitä elämälle monella tapaa. Tarvitsemme niitä kalastukseen, kastelujärjestelmiin, lukuisten teollisuustuotteiden valmistamiseen ja sanitaatioon. Makeista vesistä riippuvaisia ekosysteemipalveluita ovat muun muassa vesivoiman ja ruuan tuotanto, virkistäytyminen ja juomaveden saanti pohja- ja pintavesistä.<br />
Huolimatta korkealle kehittyneestä jätevedenpuhdistuksesta ja juomaveden valmistusprosessista, useat tekijät voivat vaarantaa juomaveden puhtauden. Eri lähteistä tulevat haitallisia aineita, kuten mikrobeja ja kemikaaleja, ei aina pystytä poistamaan tai desinfioimaan riittävän tehokkaasti, ja ne voivat kulkeutua raakavedestä kuluttajaveteen.<br />
Tärkein vesiturvallisuuden periaate on veden lähteen suojeleminen. Se ei kuitenkaan ole nykymaailmassa yksinkertaista, sillä haitta-aineet vaihtelevat laajasta kirjosta lääkeaineita, taudinaiheuttajamikrobeihin ja maatalouden ravinteisiin. Sama vesistö vastaanottaa usein kotitalouksien ja teollisuuden jätevesiä sekä valuma-alueelle sijoittuvan maatalouden ja asutuksen ravinnepäästöjä. Haitallisten aineiden kulkeutumisessa on kyse monimutkaisista ekologisista prosesseista, joihin liittyy monia yhteiskunnallisia toimijoita – tarvitaan siis kokonaisvaltainen, koko järjestelmän kattava lähestymistapa, jotta veden puhtaus saataisiin turvattua.<br />
<br />
Suomen Akatemian rahoittama nelivuotinen Conpat-tutkimushanke kehittää poikkitieteellisiä metodeja veden haitta-aineista johtuvien ongelmien ratkaisemiseksi. Tutkimuksen ensimmäisessä osiossa keskitytään taudinaiheuttajamikrobien ja kemikaalien käyttäytymiseen ja kulkeutumiseen vesivirrassa. Tutkimuksen kysymyksiä ovat: Mitä ovat eri haitallisten aineiden pitoisuudet jätevedenpuhdistamolle päätyvässä vedessä. Miten haitta-aineet kulkeutuvat alavirtaan ja lopulta kuluttajan vesihanaan? Keskeisiä metodeja ovat vesinäytteiden kemiallinen ja mikrobiologinen analysointi ja matemaattisten mallien soveltaminen aineiden kulkeutumiseen joessa. Kokeellinen työ keskittyy Kokemäenjokeen Nokialla, johon vesi virtaa Tammerkoskesta Tampereen Pyhäjärven kautta. <br />
<br />
Tutkimushankkeen toisessa osiossa arvioidaan haitallisten aineiden vaikutuksia ihmisten terveydelle ja ennakoidaan niistä koituvia taloudellisia kustannuksia. Suurin osa Suomen vedestä johtuvista epidemioista aiheutuu mikrobien saastuttamista pohjavesivaroista, mutta joissakin tapauksissa epidemiat ovat saaneet alkunsa puhdistamattoman pintaveden käytöstä juomavetenä. Yleisimmät taudinaiheuttajat ovat norovirus ja camylobakteria, jotka aiheuttavat suolistoinfektioita. Ehkäisemällä taudinaiheuttajien ja muiden haitallisten aineiden kulkeutumista talousveteen tehokkaasti ja täsmälliseen tietoon perustuen voidaan säästää merkittäviä summia terveydenhoitokuluissa. <br />
<br />
Kolmannessa osiossa tutkitaan riskinhallinnan ja viestinnän menetelmiä analysoimalla julkista keskustelua ja sidosryhmien ja asiantuntijoiden näkemyksiä. Veteen liittyvissä uhkatilanteissa on tärkeää saada luotettavaa tietoa siitä, mitä todellisuudessa on tapahtunut ja mihin tiedot perustuvat. Tutkimuksen tavoitteena on tuottaa tieteellisesti perusteltua ja sosiaalisesti vastuullista tietoa, jonka pohjalta haitta-aineiden päätymistä kuluttajaveteen voidaan ennaltaehkäistä ja toimia tehokkaasti veden pilaantumistilanteissa.<br />
<br />
== Projektin esittely ==<br />
<br />
CONPAT (Aquatic contaminants – pathways, health risks and management) keskittyy kestävään veden käyttöön ja vesiturvallisuuteen. Tutkimuksessa selvitetään mikrobiologisten ja kemiallisten haitta-aineiden lähteitä, käyttäytymistä ja kulkeutumista vesistössä. Lisäksi arvioidaan epäpuhtauksien terveysvaikutuksia, sekä uhkien hallintakeinojen taloudellisia vaikutuksia. Kokeellinen osa keskittyy Kokemäenjoen veden ja tekopohjaveden laadun vaihteluihin. Vedestä mitataan patogeenisten mikrobien ja haitallisten kemikaalien (lääkeaineet ja makeutusaineet) pitoisuuksia. Matemaattisilla malleilla tarkastellaan mikrobien ja haitta-aineiden kulkeutumista vesistössä, juomaveden mikrobien ja haitta-aineiden terveysvaikutuksia sekä taloudellisia vaikutuksia eri riskinhallintavaihtoehdoilla. Lisäksi konsortiotutkimuksessa tarkastellaan riskien määrittelyä, riskikommunikaatiota ja riskinhallintaa sekä käsitteellisen tutkimuksen avulla että keräämällä empiiristä aineistoa median, asiantuntijoiden sekä sidosryhmien riskinäkemyksistä.<br />
<br />
Projektin esittelymateriaalia:<br />
<br />
[http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php Vesikirje: Jätevedenpuhdistamoiden läpi kulkeutuu vesistöihin kemikaaleja ja mikrobeja]<br />
<br />
[http://www.syke.fi/hankkeet/conpat CONPAT-hankkeen esittely]<br />
<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Conpat CONPAT-hankkeen julkiset nettisivut]<br />
<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti avausseminaarin 30.-31. elokuuta 2012 ja vieraili Virttaankankaan harjulla]]<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio2.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti loppuseminaarin 15.9.2016 Turussa Logomolla]]<br />
<br />
==CONPAT-loppuseminaari 15.9.2016==<br />
<br />
CONPAT-hankkeen loppuseminaari pidettiin 15.9.2016 Turussa. Seminaarin [https://tapahtumakalenteri.thl.fi/web/thl/tapahtumat/-/tapahtumalistaus/view/1381538] esitykset (videot + ppt-kalvot) löytyvät tästä:<br />
https://thl.videosync.fi/conpat/<br />
<br />
Seminaarista kirjoitettu blogikirjoitus (Jari Lyytimäki, SYKE): https://luonnonvaralta.wordpress.com/2016/09/16/juomavesi-riskia-vailla/<br />
<br />
== Julkaisut ==<br />
<br />
<br />
===Suomenkieliset yleisluontoiset julkaisut ja esitykset===<br />
<br />
'''THL-verkkouutiset:'''<br />
<br />
[https://www.thl.fi/-/kokemaenjoen-vesiston-saasteiden-riski-vaestolle-ja-taloudelle-on-vahainen 8.6.2016: Kokemäenjoen vesistön saasteiden riski väestölle ja taloudelle on vähäinen]<br />
<br />
[https://www.thl.fi/fi/-/tutkittu-tekopohjavesi-on-turvallista-kuluttajille-seuraa-conpat-loppuseminaaria-verkossa 12.9.2016: Tutkittu tekopohjavesi on turvallista kuluttajille - Seuraa CONPAT-loppuseminaaria verkossa]<br />
<br />
'''Suomenkieliset raportit:'''<br />
<br />
[http://www.julkari.fi/handle/10024/110740 Ympäristö ja terveys -lehti: Vesistöjen likaantumisen riskejä ja niiden hallintaa, CONPAT-hanke lähtenyt liikkeelle]<br />
<br />
[http://www.julkari.fi/handle/10024/125974 Ympäristö ja terveys -lehti: Kuluttajakemikaalit ja mikrobit Kokemäenjoen vesistössä]<br />
<br />
[http://www.julkari.fi/handle/10024/129707 Vesitalous-lehti: Mikrobiologiset jäljitysmenetelmät vesivarojen saastelähteiden tunnistamiseen]<br />
<br />
<br />
'''Vesihuolto 2016 lehdistölyhennelmät:'''<br />
<br />
[http://www.vvy.fi/files/5250/Pitkanen_Tarja.pdf Saastelähteiden jäljitys toimii Kokemäenjoen vesistössä]<br />
<br />
[http://www.vvy.fi/files/5242/Merilainen_Paivi.pdf Talousveden mikrobiologisten ja kemiallisten saasteiden kokonaisriskinarviointi‐ kulkeutuminen, terveys<br />
ja talous]<br />
<br />
[CONPAT:n esittelyposteri Suomen Akatemian Akvaattisten luonnonvarojen kestävä hallinta AKVA-ohjelman avajaisseminaarista 11.10.2012 löytyy täältä: [[kuva:CONPAT posteri 2012.pdf]<br />
<br />
Ympäristö ja terveys -lehden artikkeli CONPAT-projektista ja sen alustavista tuloksista löytyy täältä: [[Tiedosto:CONPAT ympäristö ja terveys 2013.pdf]]<br />
<br />
Vesikirje: [http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php Jätevedenpuhdistamoiden läpi kulkeutuu vesistöihin kemikaaleja ja mikrobeja]. Suomen ympäristökeskus, 16.6.2015.<br />
<br />
===Vertaisarvioidut kansainväliset julkaisut===<br />
<br />
'''KV-julkaisut:'''<br />
<br />
http://dx.doi.org/10.1002/ieam.1660<br />
<br />
http://dx.doi.org/10.1128/AEM.02446-14<br />
<br />
http://link.springer.com/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0048969715306677<br />
<br />
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971630972X<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28501011<br />
<br />
<u>WP1</u>: <br />
<br />
* Assmuth, T., Simola, A., Pitkänen, T., Lyytimäki, J. Huttula, T. (2016) Integrated frameworks for assessing and managing health risks in the context of artificial groundwater recharge with river water. Integrated Environmental Assessment and Management, 12(1):160-73. doi: 10.1002/ieam.1660.<br /><br />
<br />
<u>WP2</u>: <br />
<br />
* Pitkänen, T., Ryu, H., Elk, M., Hokajärvi, A-M., Siponen, S., Vepsäläinen, A., Räsänen, P. and Santo Domingo, J.W. (2013) Detection of fecal bacteria and source tracking identifiers in environmental waters using rRNA-based RT-qPCR and rDNA-based qPCR assays. Environmental Science and Technology. Environ. Sci. Technol., 2013, 47 (23), pp 13611–13620. DOI: 10.1021/es403489b.<br />
<br />
<u>WP3</u>: <br />
<br />
* Happonen M., Koivusalo H., Malve O., Perkola N., Juntunen J. and Huttula T., 2015: Contamination risk of raw drinking water caused by PFOA sources along a river reach in south-western Finland. Science of The Total Environment 541(15):74-82<br />
<br />
* Rankinen, K., Pitkänen, T., Leckie, H., Butterfield, D., Uusi-Kämppä, J., Whitehead, P. The INCA-Pathogens model: An Application to the Loimijoki river basin in Finland. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375<br />
<br />
<u>WP3/WP4/WP5</u>: <br />
<br />
*Juntunen J., Meriläinen P., Simola A.. 2017: Public health and economic risk assessment of waterborne contaminants and pathogens in Finland. Sci Total Environ. 2017 May 10;599-600:873-882. doi: 10.1016/j.scitotenv.2017.05.007. <br />
<br />
<u>WP6</u>: <br />
<br />
Lyytimäki and Assmuth. (2014) Down with the flow: Public debate of risks related to artificial groundwater recharge scheme of Virttaankangas, Finland. GeoJournal DOI: 10.1007/s10708-014-9540-3. http://springer.libdl.ir/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
== In English ==<br />
<br />
Introduction to CONPAT-project is found [http://en.opasnet.org/w/CONPAT here].<br />
<br />
Microbiological health risks in drinking water after artificial groundwater recharge process. Poster in combined Water Microbiology and Health Related Water Microbiology-conferences. Chapel Hill, 15.-19.5.2017. {{#l:Conpat_QMRA_Chapel Hill.pdf}}<br />
<br />
== Projektisivut ==<br />
<br />
CONPAT-projektin sisäiset sivut löytyvät [http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page täältä].<br />
<br />
== Lisätietoja ==<br />
<br />
[http://www.thl.fi/fi_FI/web/fi/hanke?id=30133 CONPAT-projektikuvaus]<br />
<br />
[http://www.syke.fi/fi-FI/Tutkimus__kehittaminen/Tutkimus_ja_kehittamishankkeet/Hankkeet/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_terveysriskit_ja_riskien_hallinta_CONPAT/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_(2721) CONPAT project description]<br />
<br />
[http://www.aka.fi/akva Suomen Akatamian AKVA-ohjelman kotisivut]<br />
<br />
{{Toiminnallisuuksia}}<br />
<br />
Esimerkkejä sivuista, joilla on hyödyllisiä toiminnallisuuksia (esitelty Conpat-kokouksessa 28.1.2014):<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:WP2#Working_with_data_in_Heande]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Special:Upload]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Mikrobien_m%C3%A4%C3%A4r%C3%A4_pohjavedess%C3%A4#Malli]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Vesiopas#Vesiopasmalli]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Metallimalmin_murskausprosessin_p%C3%B6lyp%C3%A4%C3%A4st%C3%B6t#Vastaus]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Static_GoogleMaps]<br />
[http://194.187.214.42/rtools_server/runs/sqXkI2WkPrZL1hhh_plot001.png]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=TVvHW061okeVvtr5]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=GrXZxcahuaGb21wD]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Wiki_maps]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Conpat#Lis.C3.A4tietoja]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Baseline_building_stock#Answer]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=2bocEnerRhHj9yws]<br />
<br />
<br />
[[Luokka:Vesi]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Conpat&diff=34379Conpat2017-06-19T05:18:24Z<p>Päivi Meriläinen: /* Projektin esittely */</p>
<hr />
<div>[[kuva:conpat.png|thumb|500px|CONPAT logo]]<br />
<br />
== Tutkimuksen taustaa==<br />
<br />
Makean veden lähteet ovat tärkeitä elämälle monella tapaa. Tarvitsemme niitä kalastukseen, kastelujärjestelmiin, lukuisten teollisuustuotteiden valmistamiseen ja sanitaatioon. Makeista vesistä riippuvaisia ekosysteemipalveluita ovat muun muassa vesivoiman ja ruuan tuotanto, virkistäytyminen ja juomaveden saanti pohja- ja pintavesistä.<br />
Huolimatta korkealle kehittyneestä jätevedenpuhdistuksesta ja juomaveden valmistusprosessista, useat tekijät voivat vaarantaa juomaveden puhtauden. Eri lähteistä tulevat haitallisia aineita, kuten mikrobeja ja kemikaaleja, ei aina pystytä poistamaan tai desinfioimaan riittävän tehokkaasti, ja ne voivat kulkeutua raakavedestä kuluttajaveteen.<br />
Tärkein vesiturvallisuuden periaate on veden lähteen suojeleminen. Se ei kuitenkaan ole nykymaailmassa yksinkertaista, sillä haitta-aineet vaihtelevat laajasta kirjosta lääkeaineita, taudinaiheuttajamikrobeihin ja maatalouden ravinteisiin. Sama vesistö vastaanottaa usein kotitalouksien ja teollisuuden jätevesiä sekä valuma-alueelle sijoittuvan maatalouden ja asutuksen ravinnepäästöjä. Haitallisten aineiden kulkeutumisessa on kyse monimutkaisista ekologisista prosesseista, joihin liittyy monia yhteiskunnallisia toimijoita – tarvitaan siis kokonaisvaltainen, koko järjestelmän kattava lähestymistapa, jotta veden puhtaus saataisiin turvattua.<br />
<br />
Suomen Akatemian rahoittama nelivuotinen Conpat-tutkimushanke kehittää poikkitieteellisiä metodeja veden haitta-aineista johtuvien ongelmien ratkaisemiseksi. Tutkimuksen ensimmäisessä osiossa keskitytään taudinaiheuttajamikrobien ja kemikaalien käyttäytymiseen ja kulkeutumiseen vesivirrassa. Tutkimuksen kysymyksiä ovat: Mitä ovat eri haitallisten aineiden pitoisuudet jätevedenpuhdistamolle päätyvässä vedessä. Miten haitta-aineet kulkeutuvat alavirtaan ja lopulta kuluttajan vesihanaan? Keskeisiä metodeja ovat vesinäytteiden kemiallinen ja mikrobiologinen analysointi ja matemaattisten mallien soveltaminen aineiden kulkeutumiseen joessa. Kokeellinen työ keskittyy Kokemäenjokeen Nokialla, johon vesi virtaa Tammerkoskesta Tampereen Pyhäjärven kautta. <br />
<br />
Tutkimushankkeen toisessa osiossa arvioidaan haitallisten aineiden vaikutuksia ihmisten terveydelle ja ennakoidaan niistä koituvia taloudellisia kustannuksia. Suurin osa Suomen vedestä johtuvista epidemioista aiheutuu mikrobien saastuttamista pohjavesivaroista, mutta joissakin tapauksissa epidemiat ovat saaneet alkunsa puhdistamattoman pintaveden käytöstä juomavetenä. Yleisimmät taudinaiheuttajat ovat norovirus ja camylobakteria, jotka aiheuttavat suolistoinfektioita. Ehkäisemällä taudinaiheuttajien ja muiden haitallisten aineiden kulkeutumista talousveteen tehokkaasti ja täsmälliseen tietoon perustuen voidaan säästää merkittäviä summia terveydenhoitokuluissa. <br />
<br />
Kolmannessa osiossa tutkitaan riskinhallinnan ja viestinnän menetelmiä analysoimalla julkista keskustelua ja sidosryhmien ja asiantuntijoiden näkemyksiä. Veteen liittyvissä uhkatilanteissa on tärkeää saada luotettavaa tietoa siitä, mitä todellisuudessa on tapahtunut ja mihin tiedot perustuvat. Tutkimuksen tavoitteena on tuottaa tieteellisesti perusteltua ja sosiaalisesti vastuullista tietoa, jonka pohjalta haitta-aineiden päätymistä kuluttajaveteen voidaan ennaltaehkäistä ja toimia tehokkaasti veden pilaantumistilanteissa.<br />
<br />
== Projektin esittely ==<br />
<br />
CONPAT (Aquatic contaminants – pathways, health risks and management) keskittyy kestävään veden käyttöön ja vesiturvallisuuteen. Tutkimuksessa selvitetään mikrobiologisten ja kemiallisten haitta-aineiden lähteitä, käyttäytymistä ja kulkeutumista vesistössä. Lisäksi arvioidaan epäpuhtauksien terveysvaikutuksia, sekä uhkien hallintakeinojen taloudellisia vaikutuksia. Kokeellinen osa keskittyy Kokemäenjoen veden ja tekopohjaveden laadun vaihteluihin. Vedestä mitataan patogeenisten mikrobien ja haitallisten kemikaalien (lääkeaineet ja makeutusaineet) pitoisuuksia. Matemaattisilla malleilla tarkastellaan mikrobien ja haitta-aineiden kulkeutumista vesistössä, juomaveden mikrobien ja haitta-aineiden terveysvaikutuksia sekä taloudellisia vaikutuksia eri riskinhallintavaihtoehdoilla. Lisäksi konsortiotutkimuksessa tarkastellaan riskien määrittelyä, riskikommunikaatiota ja riskinhallintaa sekä käsitteellisen tutkimuksen avulla että keräämällä empiiristä aineistoa median, asiantuntijoiden sekä sidosryhmien riskinäkemyksistä.<br />
<br />
Projektin esittelymateriaalia:<br />
<br />
[http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php Vesikirje: Jätevedenpuhdistamoiden läpi kulkeutuu vesistöihin kemikaaleja ja mikrobeja]<br />
<br />
[http://www.syke.fi/hankkeet/conpat CONPAT-hankkeen esittely]<br />
<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Conpat CONPAT-hankkeen julkiset nettisivut]<br />
<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti avausseminaarin 30.-31. elokuuta 2012 ja vieraili Virttaankankaan harjulla]]<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio2.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti loppuseminaarin 15.9.2016 Turussa Logomolla]]<br />
<br />
==CONPAT-loppuseminaari 15.9.2016==<br />
<br />
CONPAT-hankkeen loppuseminaari pidettiin 15.9.2016 Turussa. Seminaarin [https://tapahtumakalenteri.thl.fi/web/thl/tapahtumat/-/tapahtumalistaus/view/1381538] esitykset (videot + ppt-kalvot) löytyvät tästä:<br />
https://thl.videosync.fi/conpat/<br />
<br />
Seminaarista kirjoitettu blogikirjoitus (Jari Lyytimäki, SYKE): https://luonnonvaralta.wordpress.com/2016/09/16/juomavesi-riskia-vailla/<br />
<br />
== Julkaisut ==<br />
<br />
<br />
===Suomenkieliset yleisluontoiset julkaisut ja esitykset===<br />
<br />
'''THL-verkkouutiset:'''<br />
<br />
https://www.thl.fi/-/kokemaenjoen-vesiston-saasteiden-riski-vaestolle-ja-taloudelle-on-vahainen<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/-/tutkittu-tekopohjavesi-on-turvallista-kuluttajille-seuraa-conpat-loppuseminaaria-verkossa<br />
<br />
'''Suomenkieliset raportit:'''<br />
<br />
http://www.julkari.fi/handle/10024/110740<br />
<br />
http://www.julkari.fi/handle/10024/125974<br />
<br />
http://www.julkari.fi/handle/10024/129707<br />
<br />
<br />
'''Vesihuolto 2016 lehdistölyhennelmät:'''<br />
<br />
http://www.vvy.fi/files/5250/Pitkanen_Tarja.pdf<br />
<br />
http://www.vvy.fi/files/5242/Merilainen_Paivi.pdf<br />
<br />
CONPAT:n esittelyposteri Suomen Akatemian Akvaattisten luonnonvarojen kestävä hallinta AKVA-ohjelman avajaisseminaarista 11.10.2012 löytyy täältä: [[kuva:CONPAT posteri 2012.pdf]]<br />
<br />
Ympäristö ja terveys -lehden artikkeli CONPAT-projektista ja sen alustavista tuloksista löytyy täältä: [[Tiedosto:CONPAT ympäristö ja terveys 2013.pdf]]<br />
<br />
Vesikirje: [http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php Jätevedenpuhdistamoiden läpi kulkeutuu vesistöihin kemikaaleja ja mikrobeja]. Suomen ympäristökeskus, 16.6.2015.<br />
<br />
===Vertaisarvioidut kansainväliset julkaisut===<br />
<br />
'''KV-julkaisut:'''<br />
<br />
http://dx.doi.org/10.1002/ieam.1660<br />
<br />
http://dx.doi.org/10.1128/AEM.02446-14<br />
<br />
http://link.springer.com/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0048969715306677<br />
<br />
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971630972X<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28501011<br />
<br />
<u>WP1</u>: <br />
<br />
* Assmuth, T., Simola, A., Pitkänen, T., Lyytimäki, J. Huttula, T. (2016) Integrated frameworks for assessing and managing health risks in the context of artificial groundwater recharge with river water. Integrated Environmental Assessment and Management, 12(1):160-73. doi: 10.1002/ieam.1660.<br /><br />
<br />
<u>WP2</u>: <br />
<br />
* Pitkänen, T., Ryu, H., Elk, M., Hokajärvi, A-M., Siponen, S., Vepsäläinen, A., Räsänen, P. and Santo Domingo, J.W. (2013) Detection of fecal bacteria and source tracking identifiers in environmental waters using rRNA-based RT-qPCR and rDNA-based qPCR assays. Environmental Science and Technology. Environ. Sci. Technol., 2013, 47 (23), pp 13611–13620. DOI: 10.1021/es403489b.<br />
<br />
<u>WP3</u>: <br />
<br />
* Happonen M., Koivusalo H., Malve O., Perkola N., Juntunen J. and Huttula T., 2015: Contamination risk of raw drinking water caused by PFOA sources along a river reach in south-western Finland. Science of The Total Environment 541(15):74-82<br />
<br />
* Rankinen, K., Pitkänen, T., Leckie, H., Butterfield, D., Uusi-Kämppä, J., Whitehead, P. The INCA-Pathogens model: An Application to the Loimijoki river basin in Finland. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375<br />
<br />
<u>WP3/WP4/WP5</u>: <br />
<br />
*Juntunen J., Meriläinen P., Simola A.. 2017: Public health and economic risk assessment of waterborne contaminants and pathogens in Finland. Sci Total Environ. 2017 May 10;599-600:873-882. doi: 10.1016/j.scitotenv.2017.05.007. <br />
<br />
<u>WP6</u>: <br />
<br />
Lyytimäki and Assmuth. (2014) Down with the flow: Public debate of risks related to artificial groundwater recharge scheme of Virttaankangas, Finland. GeoJournal DOI: 10.1007/s10708-014-9540-3. http://springer.libdl.ir/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
== In English ==<br />
<br />
Introduction to CONPAT-project is found [http://en.opasnet.org/w/CONPAT here].<br />
<br />
Microbiological health risks in drinking water after artificial groundwater recharge process. Poster in combined Water Microbiology and Health Related Water Microbiology-conferences. Chapel Hill, 15.-19.5.2017. {{#l:Conpat_QMRA_Chapel Hill.pdf}}<br />
<br />
== Projektisivut ==<br />
<br />
CONPAT-projektin sisäiset sivut löytyvät [http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page täältä].<br />
<br />
== Lisätietoja ==<br />
<br />
[http://www.thl.fi/fi_FI/web/fi/hanke?id=30133 CONPAT-projektikuvaus]<br />
<br />
[http://www.syke.fi/fi-FI/Tutkimus__kehittaminen/Tutkimus_ja_kehittamishankkeet/Hankkeet/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_terveysriskit_ja_riskien_hallinta_CONPAT/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_(2721) CONPAT project description]<br />
<br />
[http://www.aka.fi/akva Suomen Akatamian AKVA-ohjelman kotisivut]<br />
<br />
{{Toiminnallisuuksia}}<br />
<br />
Esimerkkejä sivuista, joilla on hyödyllisiä toiminnallisuuksia (esitelty Conpat-kokouksessa 28.1.2014):<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:WP2#Working_with_data_in_Heande]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Special:Upload]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Mikrobien_m%C3%A4%C3%A4r%C3%A4_pohjavedess%C3%A4#Malli]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Vesiopas#Vesiopasmalli]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Metallimalmin_murskausprosessin_p%C3%B6lyp%C3%A4%C3%A4st%C3%B6t#Vastaus]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Static_GoogleMaps]<br />
[http://194.187.214.42/rtools_server/runs/sqXkI2WkPrZL1hhh_plot001.png]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=TVvHW061okeVvtr5]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=GrXZxcahuaGb21wD]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Wiki_maps]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Conpat#Lis.C3.A4tietoja]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Baseline_building_stock#Answer]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=2bocEnerRhHj9yws]<br />
<br />
<br />
[[Luokka:Vesi]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Conpat&diff=34350Conpat2017-05-31T09:39:30Z<p>Päivi Meriläinen: /* CONPAT-loppuseminaari 15.9.2016 */</p>
<hr />
<div>[[kuva:conpat.png|thumb|500px|CONPAT logo]]<br />
<br />
== Tutkimuksen taustaa==<br />
<br />
Makean veden lähteet ovat tärkeitä elämälle monella tapaa. Tarvitsemme niitä kalastukseen, kastelujärjestelmiin, lukuisten teollisuustuotteiden valmistamiseen ja sanitaatioon. Makeista vesistä riippuvaisia ekosysteemipalveluita ovat muun muassa vesivoiman ja ruuan tuotanto, virkistäytyminen ja juomaveden saanti pohja- ja pintavesistä.<br />
Huolimatta korkealle kehittyneestä jätevedenpuhdistuksesta ja juomaveden valmistusprosessista, useat tekijät voivat vaarantaa juomaveden puhtauden. Eri lähteistä tulevat haitallisia aineita, kuten mikrobeja ja kemikaaleja, ei aina pystytä poistamaan tai desinfioimaan riittävän tehokkaasti, ja ne voivat kulkeutua raakavedestä kuluttajaveteen.<br />
Tärkein vesiturvallisuuden periaate on veden lähteen suojeleminen. Se ei kuitenkaan ole nykymaailmassa yksinkertaista, sillä haitta-aineet vaihtelevat laajasta kirjosta lääkeaineita, taudinaiheuttajamikrobeihin ja maatalouden ravinteisiin. Sama vesistö vastaanottaa usein kotitalouksien ja teollisuuden jätevesiä sekä valuma-alueelle sijoittuvan maatalouden ja asutuksen ravinnepäästöjä. Haitallisten aineiden kulkeutumisessa on kyse monimutkaisista ekologisista prosesseista, joihin liittyy monia yhteiskunnallisia toimijoita – tarvitaan siis kokonaisvaltainen, koko järjestelmän kattava lähestymistapa, jotta veden puhtaus saataisiin turvattua.<br />
<br />
Suomen Akatemian rahoittama nelivuotinen Conpat-tutkimushanke kehittää poikkitieteellisiä metodeja veden haitta-aineista johtuvien ongelmien ratkaisemiseksi. Tutkimuksen ensimmäisessä osiossa keskitytään taudinaiheuttajamikrobien ja kemikaalien käyttäytymiseen ja kulkeutumiseen vesivirrassa. Tutkimuksen kysymyksiä ovat: Mitä ovat eri haitallisten aineiden pitoisuudet jätevedenpuhdistamolle päätyvässä vedessä. Miten haitta-aineet kulkeutuvat alavirtaan ja lopulta kuluttajan vesihanaan? Keskeisiä metodeja ovat vesinäytteiden kemiallinen ja mikrobiologinen analysointi ja matemaattisten mallien soveltaminen aineiden kulkeutumiseen joessa. Kokeellinen työ keskittyy Kokemäenjokeen Nokialla, johon vesi virtaa Tammerkoskesta Tampereen Pyhäjärven kautta. <br />
<br />
Tutkimushankkeen toisessa osiossa arvioidaan haitallisten aineiden vaikutuksia ihmisten terveydelle ja ennakoidaan niistä koituvia taloudellisia kustannuksia. Suurin osa Suomen vedestä johtuvista epidemioista aiheutuu mikrobien saastuttamista pohjavesivaroista, mutta joissakin tapauksissa epidemiat ovat saaneet alkunsa puhdistamattoman pintaveden käytöstä juomavetenä. Yleisimmät taudinaiheuttajat ovat norovirus ja camylobakteria, jotka aiheuttavat suolistoinfektioita. Ehkäisemällä taudinaiheuttajien ja muiden haitallisten aineiden kulkeutumista talousveteen tehokkaasti ja täsmälliseen tietoon perustuen voidaan säästää merkittäviä summia terveydenhoitokuluissa. <br />
<br />
Kolmannessa osiossa tutkitaan riskinhallinnan ja viestinnän menetelmiä analysoimalla julkista keskustelua ja sidosryhmien ja asiantuntijoiden näkemyksiä. Veteen liittyvissä uhkatilanteissa on tärkeää saada luotettavaa tietoa siitä, mitä todellisuudessa on tapahtunut ja mihin tiedot perustuvat. Tutkimuksen tavoitteena on tuottaa tieteellisesti perusteltua ja sosiaalisesti vastuullista tietoa, jonka pohjalta haitta-aineiden päätymistä kuluttajaveteen voidaan ennaltaehkäistä ja toimia tehokkaasti veden pilaantumistilanteissa.<br />
<br />
== Projektin esittely ==<br />
<br />
CONPAT (Aquatic contaminants – pathways, health risks and management) keskittyy kestävään veden käyttöön ja vesiturvallisuuteen. Tutkimuksessa selvitetään mikrobiologisten ja kemiallisten haitta-aineiden lähteitä, käyttäytymistä ja kulkeutumista vesistössä. Lisäksi arvioidaan epäpuhtauksien terveysvaikutuksia, sekä uhkien hallintakeinojen taloudellisia vaikutuksia. Kokeellinen osa keskittyy Kokemäenjoen veden ja tekopohjaveden laadun vaihteluihin. Vedestä mitataan patogeenisten mikrobien ja haitallisten kemikaalien (lääkeaineet ja makeutusaineet) pitoisuuksia. Matemaattisilla malleilla tarkastellaan mikrobien ja haitta-aineiden kulkeutumista vesistössä, juomaveden mikrobien ja haitta-aineiden terveysvaikutuksia sekä taloudellisia vaikutuksia eri riskinhallintavaihtoehdoilla. Lisäksi konsortiotutkimuksessa tarkastellaan riskien määrittelyä, riskikommunikaatiota ja riskinhallintaa sekä käsitteellisen tutkimuksen avulla että keräämällä empiiristä aineistoa median, asiantuntijoiden sekä sidosryhmien riskinäkemyksistä.<br />
<br />
Projektin esittelymateriaalia:<br />
<br />
http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php<br />
<br />
http://www.syke.fi/hankkeet/conpat<br />
<br />
http://fi.opasnet.org/fi/Conpat<br />
<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti avausseminaarin 30.-31. elokuuta 2012 ja vieraili Virttaankankaan harjulla]]<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio2.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti loppuseminaarin 15.9.2016 Turussa Logomolla]]<br />
<br />
==CONPAT-loppuseminaari 15.9.2016==<br />
<br />
CONPAT-hankkeen loppuseminaari pidettiin 15.9.2016 Turussa. Seminaarin [https://tapahtumakalenteri.thl.fi/web/thl/tapahtumat/-/tapahtumalistaus/view/1381538] esitykset (videot + ppt-kalvot) löytyvät tästä:<br />
https://thl.videosync.fi/conpat/<br />
<br />
Seminaarista kirjoitettu blogikirjoitus (Jari Lyytimäki, SYKE): https://luonnonvaralta.wordpress.com/2016/09/16/juomavesi-riskia-vailla/<br />
<br />
== Julkaisut ==<br />
<br />
<br />
===Suomenkieliset yleisluontoiset julkaisut ja esitykset===<br />
<br />
'''THL-verkkouutiset:'''<br />
<br />
https://www.thl.fi/-/kokemaenjoen-vesiston-saasteiden-riski-vaestolle-ja-taloudelle-on-vahainen<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/-/tutkittu-tekopohjavesi-on-turvallista-kuluttajille-seuraa-conpat-loppuseminaaria-verkossa<br />
<br />
'''Suomenkieliset raportit:'''<br />
<br />
http://www.julkari.fi/handle/10024/110740<br />
<br />
http://www.julkari.fi/handle/10024/125974<br />
<br />
http://www.julkari.fi/handle/10024/129707<br />
<br />
<br />
'''Vesihuolto 2016 lehdistölyhennelmät:'''<br />
<br />
http://www.vvy.fi/files/5250/Pitkanen_Tarja.pdf<br />
<br />
http://www.vvy.fi/files/5242/Merilainen_Paivi.pdf<br />
<br />
CONPAT:n esittelyposteri Suomen Akatemian Akvaattisten luonnonvarojen kestävä hallinta AKVA-ohjelman avajaisseminaarista 11.10.2012 löytyy täältä: [[kuva:CONPAT posteri 2012.pdf]]<br />
<br />
Ympäristö ja terveys -lehden artikkeli CONPAT-projektista ja sen alustavista tuloksista löytyy täältä: [[Tiedosto:CONPAT ympäristö ja terveys 2013.pdf]]<br />
<br />
Vesikirje: [http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php Jätevedenpuhdistamoiden läpi kulkeutuu vesistöihin kemikaaleja ja mikrobeja]. Suomen ympäristökeskus, 16.6.2015.<br />
<br />
===Vertaisarvioidut kansainväliset julkaisut===<br />
<br />
'''KV-julkaisut:'''<br />
<br />
http://dx.doi.org/10.1002/ieam.1660<br />
<br />
http://dx.doi.org/10.1128/AEM.02446-14<br />
<br />
http://link.springer.com/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0048969715306677<br />
<br />
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971630972X<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28501011<br />
<br />
<u>WP1</u>: <br />
<br />
* Assmuth, T., Simola, A., Pitkänen, T., Lyytimäki, J. Huttula, T. (2016) Integrated frameworks for assessing and managing health risks in the context of artificial groundwater recharge with river water. Integrated Environmental Assessment and Management, 12(1):160-73. doi: 10.1002/ieam.1660.<br /><br />
<br />
<u>WP2</u>: <br />
<br />
* Pitkänen, T., Ryu, H., Elk, M., Hokajärvi, A-M., Siponen, S., Vepsäläinen, A., Räsänen, P. and Santo Domingo, J.W. (2013) Detection of fecal bacteria and source tracking identifiers in environmental waters using rRNA-based RT-qPCR and rDNA-based qPCR assays. Environmental Science and Technology. Environ. Sci. Technol., 2013, 47 (23), pp 13611–13620. DOI: 10.1021/es403489b.<br />
<br />
<u>WP3</u>: <br />
<br />
* Happonen M., Koivusalo H., Malve O., Perkola N., Juntunen J. and Huttula T., 2015: Contamination risk of raw drinking water caused by PFOA sources along a river reach in south-western Finland. Science of The Total Environment 541(15):74-82<br />
<br />
* Rankinen, K., Pitkänen, T., Leckie, H., Butterfield, D., Uusi-Kämppä, J., Whitehead, P. The INCA-Pathogens model: An Application to the Loimijoki river basin in Finland. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375<br />
<br />
<u>WP3/WP4/WP5</u>: <br />
<br />
*Juntunen J., Meriläinen P., Simola A.. 2017: Public health and economic risk assessment of waterborne contaminants and pathogens in Finland. Sci Total Environ. 2017 May 10;599-600:873-882. doi: 10.1016/j.scitotenv.2017.05.007. <br />
<br />
<u>WP6</u>: <br />
<br />
Lyytimäki and Assmuth. (2014) Down with the flow: Public debate of risks related to artificial groundwater recharge scheme of Virttaankangas, Finland. GeoJournal DOI: 10.1007/s10708-014-9540-3. http://springer.libdl.ir/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
== In English ==<br />
<br />
Introduction to CONPAT-project is found [http://en.opasnet.org/w/CONPAT here].<br />
<br />
Microbiological health risks in drinking water after artificial groundwater recharge process. Poster in combined Water Microbiology and Health Related Water Microbiology-conferences. Chapel Hill, 15.-19.5.2017. {{#l:Conpat_QMRA_Chapel Hill.pdf}}<br />
<br />
== Projektisivut ==<br />
<br />
CONPAT-projektin sisäiset sivut löytyvät [http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page täältä].<br />
<br />
== Lisätietoja ==<br />
<br />
[http://www.thl.fi/fi_FI/web/fi/hanke?id=30133 CONPAT-projektikuvaus]<br />
<br />
[http://www.syke.fi/fi-FI/Tutkimus__kehittaminen/Tutkimus_ja_kehittamishankkeet/Hankkeet/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_terveysriskit_ja_riskien_hallinta_CONPAT/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_(2721) CONPAT project description]<br />
<br />
[http://www.aka.fi/akva Suomen Akatamian AKVA-ohjelman kotisivut]<br />
<br />
{{Toiminnallisuuksia}}<br />
<br />
Esimerkkejä sivuista, joilla on hyödyllisiä toiminnallisuuksia (esitelty Conpat-kokouksessa 28.1.2014):<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:WP2#Working_with_data_in_Heande]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Special:Upload]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Mikrobien_m%C3%A4%C3%A4r%C3%A4_pohjavedess%C3%A4#Malli]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Vesiopas#Vesiopasmalli]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Metallimalmin_murskausprosessin_p%C3%B6lyp%C3%A4%C3%A4st%C3%B6t#Vastaus]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Static_GoogleMaps]<br />
[http://194.187.214.42/rtools_server/runs/sqXkI2WkPrZL1hhh_plot001.png]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=TVvHW061okeVvtr5]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=GrXZxcahuaGb21wD]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Wiki_maps]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Conpat#Lis.C3.A4tietoja]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Baseline_building_stock#Answer]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=2bocEnerRhHj9yws]<br />
<br />
<br />
[[Luokka:Vesi]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Conpat&diff=34349Conpat2017-05-29T07:22:03Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vertaisarvioidut kansainväliset julkaisut */</p>
<hr />
<div>[[kuva:conpat.png|thumb|500px|CONPAT logo]]<br />
<br />
== Tutkimuksen taustaa==<br />
<br />
Makean veden lähteet ovat tärkeitä elämälle monella tapaa. Tarvitsemme niitä kalastukseen, kastelujärjestelmiin, lukuisten teollisuustuotteiden valmistamiseen ja sanitaatioon. Makeista vesistä riippuvaisia ekosysteemipalveluita ovat muun muassa vesivoiman ja ruuan tuotanto, virkistäytyminen ja juomaveden saanti pohja- ja pintavesistä.<br />
Huolimatta korkealle kehittyneestä jätevedenpuhdistuksesta ja juomaveden valmistusprosessista, useat tekijät voivat vaarantaa juomaveden puhtauden. Eri lähteistä tulevat haitallisia aineita, kuten mikrobeja ja kemikaaleja, ei aina pystytä poistamaan tai desinfioimaan riittävän tehokkaasti, ja ne voivat kulkeutua raakavedestä kuluttajaveteen.<br />
Tärkein vesiturvallisuuden periaate on veden lähteen suojeleminen. Se ei kuitenkaan ole nykymaailmassa yksinkertaista, sillä haitta-aineet vaihtelevat laajasta kirjosta lääkeaineita, taudinaiheuttajamikrobeihin ja maatalouden ravinteisiin. Sama vesistö vastaanottaa usein kotitalouksien ja teollisuuden jätevesiä sekä valuma-alueelle sijoittuvan maatalouden ja asutuksen ravinnepäästöjä. Haitallisten aineiden kulkeutumisessa on kyse monimutkaisista ekologisista prosesseista, joihin liittyy monia yhteiskunnallisia toimijoita – tarvitaan siis kokonaisvaltainen, koko järjestelmän kattava lähestymistapa, jotta veden puhtaus saataisiin turvattua.<br />
<br />
Suomen Akatemian rahoittama nelivuotinen Conpat-tutkimushanke kehittää poikkitieteellisiä metodeja veden haitta-aineista johtuvien ongelmien ratkaisemiseksi. Tutkimuksen ensimmäisessä osiossa keskitytään taudinaiheuttajamikrobien ja kemikaalien käyttäytymiseen ja kulkeutumiseen vesivirrassa. Tutkimuksen kysymyksiä ovat: Mitä ovat eri haitallisten aineiden pitoisuudet jätevedenpuhdistamolle päätyvässä vedessä. Miten haitta-aineet kulkeutuvat alavirtaan ja lopulta kuluttajan vesihanaan? Keskeisiä metodeja ovat vesinäytteiden kemiallinen ja mikrobiologinen analysointi ja matemaattisten mallien soveltaminen aineiden kulkeutumiseen joessa. Kokeellinen työ keskittyy Kokemäenjokeen Nokialla, johon vesi virtaa Tammerkoskesta Tampereen Pyhäjärven kautta. <br />
<br />
Tutkimushankkeen toisessa osiossa arvioidaan haitallisten aineiden vaikutuksia ihmisten terveydelle ja ennakoidaan niistä koituvia taloudellisia kustannuksia. Suurin osa Suomen vedestä johtuvista epidemioista aiheutuu mikrobien saastuttamista pohjavesivaroista, mutta joissakin tapauksissa epidemiat ovat saaneet alkunsa puhdistamattoman pintaveden käytöstä juomavetenä. Yleisimmät taudinaiheuttajat ovat norovirus ja camylobakteria, jotka aiheuttavat suolistoinfektioita. Ehkäisemällä taudinaiheuttajien ja muiden haitallisten aineiden kulkeutumista talousveteen tehokkaasti ja täsmälliseen tietoon perustuen voidaan säästää merkittäviä summia terveydenhoitokuluissa. <br />
<br />
Kolmannessa osiossa tutkitaan riskinhallinnan ja viestinnän menetelmiä analysoimalla julkista keskustelua ja sidosryhmien ja asiantuntijoiden näkemyksiä. Veteen liittyvissä uhkatilanteissa on tärkeää saada luotettavaa tietoa siitä, mitä todellisuudessa on tapahtunut ja mihin tiedot perustuvat. Tutkimuksen tavoitteena on tuottaa tieteellisesti perusteltua ja sosiaalisesti vastuullista tietoa, jonka pohjalta haitta-aineiden päätymistä kuluttajaveteen voidaan ennaltaehkäistä ja toimia tehokkaasti veden pilaantumistilanteissa.<br />
<br />
== Projektin esittely ==<br />
<br />
CONPAT (Aquatic contaminants – pathways, health risks and management) keskittyy kestävään veden käyttöön ja vesiturvallisuuteen. Tutkimuksessa selvitetään mikrobiologisten ja kemiallisten haitta-aineiden lähteitä, käyttäytymistä ja kulkeutumista vesistössä. Lisäksi arvioidaan epäpuhtauksien terveysvaikutuksia, sekä uhkien hallintakeinojen taloudellisia vaikutuksia. Kokeellinen osa keskittyy Kokemäenjoen veden ja tekopohjaveden laadun vaihteluihin. Vedestä mitataan patogeenisten mikrobien ja haitallisten kemikaalien (lääkeaineet ja makeutusaineet) pitoisuuksia. Matemaattisilla malleilla tarkastellaan mikrobien ja haitta-aineiden kulkeutumista vesistössä, juomaveden mikrobien ja haitta-aineiden terveysvaikutuksia sekä taloudellisia vaikutuksia eri riskinhallintavaihtoehdoilla. Lisäksi konsortiotutkimuksessa tarkastellaan riskien määrittelyä, riskikommunikaatiota ja riskinhallintaa sekä käsitteellisen tutkimuksen avulla että keräämällä empiiristä aineistoa median, asiantuntijoiden sekä sidosryhmien riskinäkemyksistä.<br />
<br />
Projektin esittelymateriaalia:<br />
<br />
http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php<br />
<br />
http://www.syke.fi/hankkeet/conpat<br />
<br />
http://fi.opasnet.org/fi/Conpat<br />
<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti avausseminaarin 30.-31. elokuuta 2012 ja vieraili Virttaankankaan harjulla]]<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio2.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti loppuseminaarin 15.9.2016 Turussa Logomolla]]<br />
<br />
==CONPAT-loppuseminaari 15.9.2016==<br />
<br />
CONPAT-hankkeen loppuseminaari pidettiin 15.9.2016 Turussa. Seminaarin [Seminaarikuvaus [https://tapahtumakalenteri.thl.fi/web/thl/tapahtumat/-/tapahtumalistaus/view/1381538] esitykset (videot + ppt-kalvot) löytyvät tästä:<br />
https://thl.videosync.fi/conpat/<br />
<br />
Seminaarista kirjoitettu blogikirjoitus (Jari Lyytimäki, SYKE): https://luonnonvaralta.wordpress.com/2016/09/16/juomavesi-riskia-vailla/<br />
<br />
<br />
== Julkaisut ==<br />
<br />
<br />
===Suomenkieliset yleisluontoiset julkaisut ja esitykset===<br />
<br />
'''THL-verkkouutiset:'''<br />
<br />
https://www.thl.fi/-/kokemaenjoen-vesiston-saasteiden-riski-vaestolle-ja-taloudelle-on-vahainen<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/-/tutkittu-tekopohjavesi-on-turvallista-kuluttajille-seuraa-conpat-loppuseminaaria-verkossa<br />
<br />
'''Suomenkieliset raportit:'''<br />
<br />
http://www.julkari.fi/handle/10024/110740<br />
<br />
http://www.julkari.fi/handle/10024/125974<br />
<br />
http://www.julkari.fi/handle/10024/129707<br />
<br />
<br />
'''Vesihuolto 2016 lehdistölyhennelmät:'''<br />
<br />
http://www.vvy.fi/files/5250/Pitkanen_Tarja.pdf<br />
<br />
http://www.vvy.fi/files/5242/Merilainen_Paivi.pdf<br />
<br />
CONPAT:n esittelyposteri Suomen Akatemian Akvaattisten luonnonvarojen kestävä hallinta AKVA-ohjelman avajaisseminaarista 11.10.2012 löytyy täältä: [[kuva:CONPAT posteri 2012.pdf]]<br />
<br />
Ympäristö ja terveys -lehden artikkeli CONPAT-projektista ja sen alustavista tuloksista löytyy täältä: [[Tiedosto:CONPAT ympäristö ja terveys 2013.pdf]]<br />
<br />
Vesikirje: [http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php Jätevedenpuhdistamoiden läpi kulkeutuu vesistöihin kemikaaleja ja mikrobeja]. Suomen ympäristökeskus, 16.6.2015.<br />
<br />
===Vertaisarvioidut kansainväliset julkaisut===<br />
<br />
'''KV-julkaisut:'''<br />
<br />
http://dx.doi.org/10.1002/ieam.1660<br />
<br />
http://dx.doi.org/10.1128/AEM.02446-14<br />
<br />
http://link.springer.com/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0048969715306677<br />
<br />
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971630972X<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28501011<br />
<br />
<u>WP1</u>: <br />
<br />
* Assmuth, T., Simola, A., Pitkänen, T., Lyytimäki, J. Huttula, T. (2016) Integrated frameworks for assessing and managing health risks in the context of artificial groundwater recharge with river water. Integrated Environmental Assessment and Management, 12(1):160-73. doi: 10.1002/ieam.1660.<br /><br />
<br />
<u>WP2</u>: <br />
<br />
* Pitkänen, T., Ryu, H., Elk, M., Hokajärvi, A-M., Siponen, S., Vepsäläinen, A., Räsänen, P. and Santo Domingo, J.W. (2013) Detection of fecal bacteria and source tracking identifiers in environmental waters using rRNA-based RT-qPCR and rDNA-based qPCR assays. Environmental Science and Technology. Environ. Sci. Technol., 2013, 47 (23), pp 13611–13620. DOI: 10.1021/es403489b.<br />
<br />
<u>WP3</u>: <br />
<br />
* Happonen M., Koivusalo H., Malve O., Perkola N., Juntunen J. and Huttula T., 2015: Contamination risk of raw drinking water caused by PFOA sources along a river reach in south-western Finland. Science of The Total Environment 541(15):74-82<br />
<br />
* Rankinen, K., Pitkänen, T., Leckie, H., Butterfield, D., Uusi-Kämppä, J., Whitehead, P. The INCA-Pathogens model: An Application to the Loimijoki river basin in Finland. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375<br />
<br />
<u>WP3/WP4/WP5</u>: <br />
<br />
*Juntunen J., Meriläinen P., Simola A.. 2017: Public health and economic risk assessment of waterborne contaminants and pathogens in Finland. Sci Total Environ. 2017 May 10;599-600:873-882. doi: 10.1016/j.scitotenv.2017.05.007. <br />
<br />
<u>WP6</u>: <br />
<br />
Lyytimäki and Assmuth. (2014) Down with the flow: Public debate of risks related to artificial groundwater recharge scheme of Virttaankangas, Finland. GeoJournal DOI: 10.1007/s10708-014-9540-3. http://springer.libdl.ir/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
== In English ==<br />
<br />
Introduction to CONPAT-project is found [http://en.opasnet.org/w/CONPAT here].<br />
<br />
Microbiological health risks in drinking water after artificial groundwater recharge process. Poster in combined Water Microbiology and Health Related Water Microbiology-conferences. Chapel Hill, 15.-19.5.2017. {{#l:Conpat_QMRA_Chapel Hill.pdf}}<br />
<br />
== Projektisivut ==<br />
<br />
CONPAT-projektin sisäiset sivut löytyvät [http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page täältä].<br />
<br />
== Lisätietoja ==<br />
<br />
[http://www.thl.fi/fi_FI/web/fi/hanke?id=30133 CONPAT-projektikuvaus]<br />
<br />
[http://www.syke.fi/fi-FI/Tutkimus__kehittaminen/Tutkimus_ja_kehittamishankkeet/Hankkeet/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_terveysriskit_ja_riskien_hallinta_CONPAT/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_(2721) CONPAT project description]<br />
<br />
[http://www.aka.fi/akva Suomen Akatamian AKVA-ohjelman kotisivut]<br />
<br />
{{Toiminnallisuuksia}}<br />
<br />
Esimerkkejä sivuista, joilla on hyödyllisiä toiminnallisuuksia (esitelty Conpat-kokouksessa 28.1.2014):<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:WP2#Working_with_data_in_Heande]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Special:Upload]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Mikrobien_m%C3%A4%C3%A4r%C3%A4_pohjavedess%C3%A4#Malli]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Vesiopas#Vesiopasmalli]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Metallimalmin_murskausprosessin_p%C3%B6lyp%C3%A4%C3%A4st%C3%B6t#Vastaus]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Static_GoogleMaps]<br />
[http://194.187.214.42/rtools_server/runs/sqXkI2WkPrZL1hhh_plot001.png]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=TVvHW061okeVvtr5]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=GrXZxcahuaGb21wD]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Wiki_maps]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Conpat#Lis.C3.A4tietoja]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Baseline_building_stock#Answer]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=2bocEnerRhHj9yws]<br />
<br />
<br />
[[Luokka:Vesi]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Conpat&diff=34348Conpat2017-05-29T07:21:07Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vertaisarvioidut kansainväliset julkaisut */</p>
<hr />
<div>[[kuva:conpat.png|thumb|500px|CONPAT logo]]<br />
<br />
== Tutkimuksen taustaa==<br />
<br />
Makean veden lähteet ovat tärkeitä elämälle monella tapaa. Tarvitsemme niitä kalastukseen, kastelujärjestelmiin, lukuisten teollisuustuotteiden valmistamiseen ja sanitaatioon. Makeista vesistä riippuvaisia ekosysteemipalveluita ovat muun muassa vesivoiman ja ruuan tuotanto, virkistäytyminen ja juomaveden saanti pohja- ja pintavesistä.<br />
Huolimatta korkealle kehittyneestä jätevedenpuhdistuksesta ja juomaveden valmistusprosessista, useat tekijät voivat vaarantaa juomaveden puhtauden. Eri lähteistä tulevat haitallisia aineita, kuten mikrobeja ja kemikaaleja, ei aina pystytä poistamaan tai desinfioimaan riittävän tehokkaasti, ja ne voivat kulkeutua raakavedestä kuluttajaveteen.<br />
Tärkein vesiturvallisuuden periaate on veden lähteen suojeleminen. Se ei kuitenkaan ole nykymaailmassa yksinkertaista, sillä haitta-aineet vaihtelevat laajasta kirjosta lääkeaineita, taudinaiheuttajamikrobeihin ja maatalouden ravinteisiin. Sama vesistö vastaanottaa usein kotitalouksien ja teollisuuden jätevesiä sekä valuma-alueelle sijoittuvan maatalouden ja asutuksen ravinnepäästöjä. Haitallisten aineiden kulkeutumisessa on kyse monimutkaisista ekologisista prosesseista, joihin liittyy monia yhteiskunnallisia toimijoita – tarvitaan siis kokonaisvaltainen, koko järjestelmän kattava lähestymistapa, jotta veden puhtaus saataisiin turvattua.<br />
<br />
Suomen Akatemian rahoittama nelivuotinen Conpat-tutkimushanke kehittää poikkitieteellisiä metodeja veden haitta-aineista johtuvien ongelmien ratkaisemiseksi. Tutkimuksen ensimmäisessä osiossa keskitytään taudinaiheuttajamikrobien ja kemikaalien käyttäytymiseen ja kulkeutumiseen vesivirrassa. Tutkimuksen kysymyksiä ovat: Mitä ovat eri haitallisten aineiden pitoisuudet jätevedenpuhdistamolle päätyvässä vedessä. Miten haitta-aineet kulkeutuvat alavirtaan ja lopulta kuluttajan vesihanaan? Keskeisiä metodeja ovat vesinäytteiden kemiallinen ja mikrobiologinen analysointi ja matemaattisten mallien soveltaminen aineiden kulkeutumiseen joessa. Kokeellinen työ keskittyy Kokemäenjokeen Nokialla, johon vesi virtaa Tammerkoskesta Tampereen Pyhäjärven kautta. <br />
<br />
Tutkimushankkeen toisessa osiossa arvioidaan haitallisten aineiden vaikutuksia ihmisten terveydelle ja ennakoidaan niistä koituvia taloudellisia kustannuksia. Suurin osa Suomen vedestä johtuvista epidemioista aiheutuu mikrobien saastuttamista pohjavesivaroista, mutta joissakin tapauksissa epidemiat ovat saaneet alkunsa puhdistamattoman pintaveden käytöstä juomavetenä. Yleisimmät taudinaiheuttajat ovat norovirus ja camylobakteria, jotka aiheuttavat suolistoinfektioita. Ehkäisemällä taudinaiheuttajien ja muiden haitallisten aineiden kulkeutumista talousveteen tehokkaasti ja täsmälliseen tietoon perustuen voidaan säästää merkittäviä summia terveydenhoitokuluissa. <br />
<br />
Kolmannessa osiossa tutkitaan riskinhallinnan ja viestinnän menetelmiä analysoimalla julkista keskustelua ja sidosryhmien ja asiantuntijoiden näkemyksiä. Veteen liittyvissä uhkatilanteissa on tärkeää saada luotettavaa tietoa siitä, mitä todellisuudessa on tapahtunut ja mihin tiedot perustuvat. Tutkimuksen tavoitteena on tuottaa tieteellisesti perusteltua ja sosiaalisesti vastuullista tietoa, jonka pohjalta haitta-aineiden päätymistä kuluttajaveteen voidaan ennaltaehkäistä ja toimia tehokkaasti veden pilaantumistilanteissa.<br />
<br />
== Projektin esittely ==<br />
<br />
CONPAT (Aquatic contaminants – pathways, health risks and management) keskittyy kestävään veden käyttöön ja vesiturvallisuuteen. Tutkimuksessa selvitetään mikrobiologisten ja kemiallisten haitta-aineiden lähteitä, käyttäytymistä ja kulkeutumista vesistössä. Lisäksi arvioidaan epäpuhtauksien terveysvaikutuksia, sekä uhkien hallintakeinojen taloudellisia vaikutuksia. Kokeellinen osa keskittyy Kokemäenjoen veden ja tekopohjaveden laadun vaihteluihin. Vedestä mitataan patogeenisten mikrobien ja haitallisten kemikaalien (lääkeaineet ja makeutusaineet) pitoisuuksia. Matemaattisilla malleilla tarkastellaan mikrobien ja haitta-aineiden kulkeutumista vesistössä, juomaveden mikrobien ja haitta-aineiden terveysvaikutuksia sekä taloudellisia vaikutuksia eri riskinhallintavaihtoehdoilla. Lisäksi konsortiotutkimuksessa tarkastellaan riskien määrittelyä, riskikommunikaatiota ja riskinhallintaa sekä käsitteellisen tutkimuksen avulla että keräämällä empiiristä aineistoa median, asiantuntijoiden sekä sidosryhmien riskinäkemyksistä.<br />
<br />
Projektin esittelymateriaalia:<br />
<br />
http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php<br />
<br />
http://www.syke.fi/hankkeet/conpat<br />
<br />
http://fi.opasnet.org/fi/Conpat<br />
<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti avausseminaarin 30.-31. elokuuta 2012 ja vieraili Virttaankankaan harjulla]]<br />
<br />
[[kuva:conpatkonsortio2.png|thumb|400px|Conpat-hankkeen tutkijoita. Konsortio piti loppuseminaarin 15.9.2016 Turussa Logomolla]]<br />
<br />
==CONPAT-loppuseminaari 15.9.2016==<br />
<br />
CONPAT-hankkeen loppuseminaari pidettiin 15.9.2016 Turussa. Seminaarin [Seminaarikuvaus [https://tapahtumakalenteri.thl.fi/web/thl/tapahtumat/-/tapahtumalistaus/view/1381538] esitykset (videot + ppt-kalvot) löytyvät tästä:<br />
https://thl.videosync.fi/conpat/<br />
<br />
Seminaarista kirjoitettu blogikirjoitus (Jari Lyytimäki, SYKE): https://luonnonvaralta.wordpress.com/2016/09/16/juomavesi-riskia-vailla/<br />
<br />
<br />
== Julkaisut ==<br />
<br />
<br />
===Suomenkieliset yleisluontoiset julkaisut ja esitykset===<br />
<br />
'''THL-verkkouutiset:'''<br />
<br />
https://www.thl.fi/-/kokemaenjoen-vesiston-saasteiden-riski-vaestolle-ja-taloudelle-on-vahainen<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/-/tutkittu-tekopohjavesi-on-turvallista-kuluttajille-seuraa-conpat-loppuseminaaria-verkossa<br />
<br />
'''Suomenkieliset raportit:'''<br />
<br />
http://www.julkari.fi/handle/10024/110740<br />
<br />
http://www.julkari.fi/handle/10024/125974<br />
<br />
http://www.julkari.fi/handle/10024/129707<br />
<br />
<br />
'''Vesihuolto 2016 lehdistölyhennelmät:'''<br />
<br />
http://www.vvy.fi/files/5250/Pitkanen_Tarja.pdf<br />
<br />
http://www.vvy.fi/files/5242/Merilainen_Paivi.pdf<br />
<br />
CONPAT:n esittelyposteri Suomen Akatemian Akvaattisten luonnonvarojen kestävä hallinta AKVA-ohjelman avajaisseminaarista 11.10.2012 löytyy täältä: [[kuva:CONPAT posteri 2012.pdf]]<br />
<br />
Ympäristö ja terveys -lehden artikkeli CONPAT-projektista ja sen alustavista tuloksista löytyy täältä: [[Tiedosto:CONPAT ympäristö ja terveys 2013.pdf]]<br />
<br />
Vesikirje: [http://mmm.multiedition.fi/syke/vesikirje/Vesikirje_2_2015/5_uutinen.php Jätevedenpuhdistamoiden läpi kulkeutuu vesistöihin kemikaaleja ja mikrobeja]. Suomen ympäristökeskus, 16.6.2015.<br />
<br />
===Vertaisarvioidut kansainväliset julkaisut===<br />
<br />
'''KV-julkaisut:'''<br />
<br />
http://dx.doi.org/10.1002/ieam.1660<br />
<br />
http://dx.doi.org/10.1128/AEM.02446-14<br />
<br />
http://link.springer.com/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0048969715306677<br />
<br />
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971630972X<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28501011<br />
<br />
<u>WP1</u>: <br />
<br />
* Assmuth, T., Simola, A., Pitkänen, T., Lyytimäki, J. Huttula, T. (2016) Integrated frameworks for assessing and managing health risks in the context of artificial groundwater recharge with river water. Integrated Environmental Assessment and Management, 12(1):160-73. doi: 10.1002/ieam.1660.<br /><br />
<br />
<u>WP2</u>: <br />
<br />
* Pitkänen, T., Ryu, H., Elk, M., Hokajärvi, A-M., Siponen, S., Vepsäläinen, A., Räsänen, P. and Santo Domingo, J.W. (2013) Detection of fecal bacteria and source tracking identifiers in environmental waters using rRNA-based RT-qPCR and rDNA-based qPCR assays. Environmental Science and Technology. Environ. Sci. Technol., 2013, 47 (23), pp 13611–13620. DOI: 10.1021/es403489b.<br />
<br />
<u>WP3</u>: <br />
<br />
* Happonen M., Koivusalo H., Malve O., Perkola N., Juntunen J. and Huttula T., 2015: Contamination risk of raw drinking water caused by PFOA sources along a river reach in south-western Finland. Science of The Total Environment 541(15):74-82<br />
<br />
* Rankinen, K., Pitkänen, T., Leckie, H., Butterfield, D., Uusi-Kämppä, J., Whitehead, P. The INCA-Pathogens model: An Application to the Loimijoki river basin in Finland. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27302375<br />
<br />
<u>WP3/WP4/WP5</u>: <br />
<br />
*Juntunen J., Meriläinen P., Simola A.. 2017: Public health and economic risk assessment of waterborne contaminants and pathogens in Finland. Sci Total Environ. 2017 May 10;599-600:873-882. doi: 10.1016/j.scitotenv.2017.05.007. <br />
<br />
<br />
<u>WP6</u>: <br />
<br />
Lyytimäki and Assmuth. (2014) Down with the flow: Public debate of risks related to artificial groundwater recharge scheme of Virttaankangas, Finland. GeoJournal DOI: 10.1007/s10708-014-9540-3. http://springer.libdl.ir/article/10.1007/s10708-014-9540-3<br />
<br />
== In English ==<br />
<br />
Introduction to CONPAT-project is found [http://en.opasnet.org/w/CONPAT here].<br />
<br />
Microbiological health risks in drinking water after artificial groundwater recharge process. Poster in combined Water Microbiology and Health Related Water Microbiology-conferences. Chapel Hill, 15.-19.5.2017. {{#l:Conpat_QMRA_Chapel Hill.pdf}}<br />
<br />
== Projektisivut ==<br />
<br />
CONPAT-projektin sisäiset sivut löytyvät [http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page täältä].<br />
<br />
== Lisätietoja ==<br />
<br />
[http://www.thl.fi/fi_FI/web/fi/hanke?id=30133 CONPAT-projektikuvaus]<br />
<br />
[http://www.syke.fi/fi-FI/Tutkimus__kehittaminen/Tutkimus_ja_kehittamishankkeet/Hankkeet/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_terveysriskit_ja_riskien_hallinta_CONPAT/Veden_kontaminantit__likaantumisen_syyt_(2721) CONPAT project description]<br />
<br />
[http://www.aka.fi/akva Suomen Akatamian AKVA-ohjelman kotisivut]<br />
<br />
{{Toiminnallisuuksia}}<br />
<br />
Esimerkkejä sivuista, joilla on hyödyllisiä toiminnallisuuksia (esitelty Conpat-kokouksessa 28.1.2014):<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:WP2#Working_with_data_in_Heande]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Special:Upload]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Mikrobien_m%C3%A4%C3%A4r%C3%A4_pohjavedess%C3%A4#Malli]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Vesiopas#Vesiopasmalli]<br />
[http://heande.opasnet.org/wiki/Conpat:Main_page]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Metallimalmin_murskausprosessin_p%C3%B6lyp%C3%A4%C3%A4st%C3%B6t#Vastaus]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Static_GoogleMaps]<br />
[http://194.187.214.42/rtools_server/runs/sqXkI2WkPrZL1hhh_plot001.png]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=TVvHW061okeVvtr5]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=GrXZxcahuaGb21wD]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Opasnet_map#Wiki_maps]<br />
[http://fi.opasnet.org/fi/Conpat#Lis.C3.A4tietoja]<br />
[http://en.opasnet.org/w/Baseline_building_stock#Answer]<br />
[http://en.opasnet.org/en-opwiki/index.php?title=Special:RTools&id=2bocEnerRhHj9yws]<br />
<br />
<br />
[[Luokka:Vesi]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Tautitaakkaverkosto&diff=34347Tautitaakkaverkosto2017-05-24T10:24:05Z<p>Päivi Meriläinen: Ak: Uusi sivu: Tautitaakka on laaja kokonaisuus, johon liittyy useiden eri alojen asiantuntijoiden tietoutta. Tautitaakkaverkosto kokoaa yhteen eri tutkimuslaitosten, koulutuslaitosten ja muiden ...</p>
<hr />
<div>Tautitaakka on laaja kokonaisuus, johon liittyy useiden eri alojen asiantuntijoiden tietoutta. Tautitaakkaverkosto kokoaa yhteen eri tutkimuslaitosten, koulutuslaitosten ja muiden toimijoiden osaamisen tarjoten mahdollisuuden poikkitieteelliselle tutkimukselle, laajemmalle yhteistyölle, tiedottamiselle sekä tautitaakan hyödyntämiselle päätöksenteossa.<br />
<br />
=Tautitaakkaverkosto-seminaari lokakuussa 2017=<br />
*aika: 10.10.2017 klo 9-16<br />
*paikka: Terveyden ja hyvinvoinnin laitos, Helsinki<br />
<br />
=Ohjelma=<br />
<br />
=Kutsulista=<br />
<br />
=Lisätietoa=<br />
Lisätietoa tautitaakkaverkostosta: Jouni Tuomisto, Terveyden ja hyvinvoinnin laitos</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=34263Legionellan terveysriskinarviointi2017-03-22T14:30:36Z<p>Päivi Meriläinen: /* Lisätietoa */</p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
'''Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?'''<br />
<br />
===Legionella===<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnonvesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
===Legionellan lähteet===<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
<br />
Legionella on havaittu myös muualla kuin talousvesijärjestelmissä, ja legionellan aiheuttaman terveysriskin suuruuteen vaikuttaa aina se, mitä kautta legionellalle voidaan altistua. Pelkän juomaveden kautta riski on pienempi mitä hengittäessä. Tämän vuoksi on huomioitava voiko legionellalla saastunut vesi päätyä aerosoliksi lisäten terveysriskiä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin.<br />
<br />
{{comment|# |Tähän lisätään laskennallinen legionellan riskinarviointimalli sen valmistuttua|--[[Käyttäjä:Päivi Meriläinen|Päivi Meriläinen]] ([[Keskustelu käyttäjästä:Päivi Meriläinen|keskustelu]]) 22. maaliskuuta 2017 kello 14.28 (UTC)}}<br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Europppalaisessa ohjeistuksessa legionella enimmäispitoisuudeksi lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle on 1000 pmy/l.<br />
<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (pmy/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(pmy/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. \n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
===Annosvasteita riskinarviointiin===<br />
<br />
Amstron ja Haas 2008. http://jwh.iwaponline.com/content/ppiwajwh/6/2/149.full.pdf<br />
<br />
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2016/EW/c6ew00023a#!divAbstract<br />
<br />
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18209278<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
Ks. ylläolevan mallin antama tulos.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
Jos veden legionellapitoisuus ylittää lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle annetun ohjearvon on 1000 pmy/l, ovat terveysriskit mahdollisia.<br />
<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/lainsaadantoa-ja-ohjeistoja<br />
<br />
http://www.thl.fi/attachments/Infektiotaudit/Torjuntaohjeet/legionelloosin_seuranta_ja_torjunta_tehostuvat.pdf<br />
<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
https://www.escmid.org/fileadmin/src/media/PDFs/3Research_Projects/ESGLI/European_Guidelines_September_2011_v1_1.pdf<br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}<br />
<br />
{{Kaveri}}<br />
[[Category:KAVERI-malli]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=34262Legionellan terveysriskinarviointi2017-03-22T14:28:46Z<p>Päivi Meriläinen: /* Kvantitatiivinen tieto altistustasosta */</p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
'''Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?'''<br />
<br />
===Legionella===<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnonvesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
===Legionellan lähteet===<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
<br />
Legionella on havaittu myös muualla kuin talousvesijärjestelmissä, ja legionellan aiheuttaman terveysriskin suuruuteen vaikuttaa aina se, mitä kautta legionellalle voidaan altistua. Pelkän juomaveden kautta riski on pienempi mitä hengittäessä. Tämän vuoksi on huomioitava voiko legionellalla saastunut vesi päätyä aerosoliksi lisäten terveysriskiä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin.<br />
<br />
{{comment|# |Tähän lisätään laskennallinen legionellan riskinarviointimalli sen valmistuttua|--[[Käyttäjä:Päivi Meriläinen|Päivi Meriläinen]] ([[Keskustelu käyttäjästä:Päivi Meriläinen|keskustelu]]) 22. maaliskuuta 2017 kello 14.28 (UTC)}}<br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Europppalaisessa ohjeistuksessa legionella enimmäispitoisuudeksi lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle on 1000 pmy/l.<br />
<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (pmy/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(pmy/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. \n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
Ks. ylläolevan mallin antama tulos.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
Jos veden legionellapitoisuus ylittää lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle annetun ohjearvon on 1000 pmy/l, ovat terveysriskit mahdollisia.<br />
<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/lainsaadantoa-ja-ohjeistoja<br />
<br />
http://www.thl.fi/attachments/Infektiotaudit/Torjuntaohjeet/legionelloosin_seuranta_ja_torjunta_tehostuvat.pdf<br />
<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
https://www.escmid.org/fileadmin/src/media/PDFs/3Research_Projects/ESGLI/European_Guidelines_September_2011_v1_1.pdf<br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}<br />
<br />
{{Kaveri}}<br />
[[Category:KAVERI-malli]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=34261Legionellan terveysriskinarviointi2017-03-22T14:27:06Z<p>Päivi Meriläinen: /* Kysymys */</p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
'''Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?'''<br />
<br />
===Legionella===<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnonvesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
===Legionellan lähteet===<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
<br />
Legionella on havaittu myös muualla kuin talousvesijärjestelmissä, ja legionellan aiheuttaman terveysriskin suuruuteen vaikuttaa aina se, mitä kautta legionellalle voidaan altistua. Pelkän juomaveden kautta riski on pienempi mitä hengittäessä. Tämän vuoksi on huomioitava voiko legionellalla saastunut vesi päätyä aerosoliksi lisäten terveysriskiä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin. <br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Europppalaisessa ohjeistuksessa legionella enimmäispitoisuudeksi lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle on 1000 pmy/l.<br />
<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (pmy/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(pmy/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. \n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
Ks. ylläolevan mallin antama tulos.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
Jos veden legionellapitoisuus ylittää lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle annetun ohjearvon on 1000 pmy/l, ovat terveysriskit mahdollisia.<br />
<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/lainsaadantoa-ja-ohjeistoja<br />
<br />
http://www.thl.fi/attachments/Infektiotaudit/Torjuntaohjeet/legionelloosin_seuranta_ja_torjunta_tehostuvat.pdf<br />
<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
https://www.escmid.org/fileadmin/src/media/PDFs/3Research_Projects/ESGLI/European_Guidelines_September_2011_v1_1.pdf<br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}<br />
<br />
{{Kaveri}}<br />
[[Category:KAVERI-malli]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=34260Legionellan terveysriskinarviointi2017-03-21T21:06:05Z<p>Päivi Meriläinen: /* Kysymys */</p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
'''Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?'''<br />
<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnonvesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin. <br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Europppalaisessa ohjeistuksessa legionella enimmäispitoisuudeksi lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle on 1000 pmy/l.<br />
<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (pmy/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(pmy/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. \n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
Ks. ylläolevan mallin antama tulos.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
Jos veden legionellapitoisuus ylittää lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle annetun ohjearvon on 1000 pmy/l, ovat terveysriskit mahdollisia.<br />
<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/lainsaadantoa-ja-ohjeistoja<br />
<br />
http://www.thl.fi/attachments/Infektiotaudit/Torjuntaohjeet/legionelloosin_seuranta_ja_torjunta_tehostuvat.pdf<br />
<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
https://www.escmid.org/fileadmin/src/media/PDFs/3Research_Projects/ESGLI/European_Guidelines_September_2011_v1_1.pdf<br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}<br />
<br />
{{Kaveri}}<br />
[[Category:KAVERI-malli]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=34214Legionellan terveysriskinarviointi2017-02-23T10:01:03Z<p>Päivi Meriläinen: </p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
'''Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?'''<br />
<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnon vesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin. <br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Europppalaisessa ohjeistuksessa legionella enimmäispitoisuudeksi lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle on 1000 pmy/l.<br />
<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (pmy/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(pmy/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. \n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
Ks. ylläolevan mallin antama tulos.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
Jos veden legionellapitoisuus ylittää lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle annetun ohjearvon on 1000 pmy/l, ovat terveysriskit mahdollisia.<br />
<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/lainsaadantoa-ja-ohjeistoja<br />
<br />
http://www.thl.fi/attachments/Infektiotaudit/Torjuntaohjeet/legionelloosin_seuranta_ja_torjunta_tehostuvat.pdf<br />
<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
https://www.escmid.org/fileadmin/src/media/PDFs/3Research_Projects/ESGLI/European_Guidelines_September_2011_v1_1.pdf<br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}<br />
<br />
{{Kaveri}}<br />
[[Category:KAVERI-malli]]</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=34213Legionellan terveysriskinarviointi2017-02-23T09:52:35Z<p>Päivi Meriläinen: /* Lähteet */</p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
'''Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?'''<br />
<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnon vesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin. <br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Europppalaisessa ohjeistuksessa legionella enimmäispitoisuudeksi lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle on 1000 pmy/l.<br />
<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (pmy/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(pmy/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. Jatka kohtaan Turvamarginaali.\n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
<br />
==Kirjallisuus==<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
:''Arviointimallin keskeiset tulokset.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
:''Vastaus arvioinnin pääkysymykseen ja muihin kysymyksiin tulosten perusteella.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
:''Arvioinnin yksityiskohtainen kuvaus. Linkit muuttujasivuihin. Kaaviokuva syysuhdeverkosta.<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
:''Muita tärkeitä, aiheeseen liittyviä sivuja ja linkkejä.<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
https://www.escmid.org/fileadmin/src/media/PDFs/3Research_Projects/ESGLI/European_Guidelines_September_2011_v1_1.pdf<br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=34212Legionellan terveysriskinarviointi2017-02-23T09:52:18Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin */</p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
'''Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?'''<br />
<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnon vesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin. <br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Europppalaisessa ohjeistuksessa legionella enimmäispitoisuudeksi lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle on 1000 pmy/l.<br />
<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (pmy/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(pmy/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. Jatka kohtaan Turvamarginaali.\n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
<br />
==Kirjallisuus==<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
:''Arviointimallin keskeiset tulokset.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
:''Vastaus arvioinnin pääkysymykseen ja muihin kysymyksiin tulosten perusteella.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
:''Arvioinnin yksityiskohtainen kuvaus. Linkit muuttujasivuihin. Kaaviokuva syysuhdeverkosta.<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
:''Muita tärkeitä, aiheeseen liittyviä sivuja ja linkkejä.<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=34211Legionellan terveysriskinarviointi2017-02-23T09:51:39Z<p>Päivi Meriläinen: /* Kysymys */</p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
'''Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?'''<br />
<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnon vesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin. <br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Europppalaisessa ohjeistuksessa legionella enimmäispitoisuudeksi lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle on 1000 pmy/l.<br />
<br />
https://www.escmid.org/fileadmin/src/media/PDFs/3Research_Projects/ESGLI/European_Guidelines_September_2011_v1_1.pdf<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (pmy/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(pmy/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. Jatka kohtaan Turvamarginaali.\n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
<br />
==Kirjallisuus==<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
:''Arviointimallin keskeiset tulokset.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
:''Vastaus arvioinnin pääkysymykseen ja muihin kysymyksiin tulosten perusteella.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
:''Arvioinnin yksityiskohtainen kuvaus. Linkit muuttujasivuihin. Kaaviokuva syysuhdeverkosta.<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
:''Muita tärkeitä, aiheeseen liittyviä sivuja ja linkkejä.<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=34210Legionellan terveysriskinarviointi2017-02-23T09:46:40Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vaihtoehdot */</p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?<br />
<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnon vesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin. <br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Europppalaisessa ohjeistuksessa legionella enimmäispitoisuudeksi lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle on 1000 pmy/l.<br />
<br />
https://www.escmid.org/fileadmin/src/media/PDFs/3Research_Projects/ESGLI/European_Guidelines_September_2011_v1_1.pdf<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (pmy/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(pmy/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. Jatka kohtaan Turvamarginaali.\n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
<br />
==Kirjallisuus==<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
:''Arviointimallin keskeiset tulokset.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
:''Vastaus arvioinnin pääkysymykseen ja muihin kysymyksiin tulosten perusteella.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
:''Arvioinnin yksityiskohtainen kuvaus. Linkit muuttujasivuihin. Kaaviokuva syysuhdeverkosta.<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
:''Muita tärkeitä, aiheeseen liittyviä sivuja ja linkkejä.<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=34209Legionellan terveysriskinarviointi2017-02-23T09:46:28Z<p>Päivi Meriläinen: /* Kysymys */</p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?<br />
<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnon vesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
=== Vaihtoehdot ===<br />
<br />
:''Mitkä ovat tarkasteltavat päätösvaihtoehdot? Miten ne vaikuttavat tarkasteltaviin muuttujiin?<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin. <br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Europppalaisessa ohjeistuksessa legionella enimmäispitoisuudeksi lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle on 1000 pmy/l.<br />
<br />
https://www.escmid.org/fileadmin/src/media/PDFs/3Research_Projects/ESGLI/European_Guidelines_September_2011_v1_1.pdf<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (pmy/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(pmy/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. Jatka kohtaan Turvamarginaali.\n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
<br />
==Kirjallisuus==<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
:''Arviointimallin keskeiset tulokset.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
:''Vastaus arvioinnin pääkysymykseen ja muihin kysymyksiin tulosten perusteella.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
:''Arvioinnin yksityiskohtainen kuvaus. Linkit muuttujasivuihin. Kaaviokuva syysuhdeverkosta.<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
:''Muita tärkeitä, aiheeseen liittyviä sivuja ja linkkejä.<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=33337Legionellan terveysriskinarviointi2016-11-14T13:19:20Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin */</p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?<br />
<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnon vesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
=== Vaihtoehdot ===<br />
<br />
:''Mitkä ovat tarkasteltavat päätösvaihtoehdot? Miten ne vaikuttavat tarkasteltaviin muuttujiin?<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin. <br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Europppalaisessa ohjeistuksessa legionella enimmäispitoisuudeksi lämpimälle käyttövedelle, kylmälle talousvedelle ja jäähdytysvedelle on 1000 pmy/l.<br />
<br />
https://www.escmid.org/fileadmin/src/media/PDFs/3Research_Projects/ESGLI/European_Guidelines_September_2011_v1_1.pdf<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (pmy/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(pmy/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. Jatka kohtaan Turvamarginaali.\n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
<br />
==Kirjallisuus==<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
:''Arviointimallin keskeiset tulokset.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
:''Vastaus arvioinnin pääkysymykseen ja muihin kysymyksiin tulosten perusteella.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
:''Arvioinnin yksityiskohtainen kuvaus. Linkit muuttujasivuihin. Kaaviokuva syysuhdeverkosta.<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
:''Muita tärkeitä, aiheeseen liittyviä sivuja ja linkkejä.<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}</div>Päivi Meriläinenhttp://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Legionellan_terveysriskinarviointi&diff=33336Legionellan terveysriskinarviointi2016-11-14T12:53:43Z<p>Päivi Meriläinen: /* Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin */</p>
<hr />
<div>{{arviointi|Päivi Meriläinen=|status=ongoing}}<br />
<br />
== Kysymys ==<br />
<br />
Millaisia terveysvaikutuksia legionella-altistuksella voi olla?<br />
<br />
<br />
Legionellat ovat bakteereja, joita esiintyy pieniä määriä makeissa luonnon vesissä ja maaperässä. Legionellabakteerit voivat lisääntyä vesijärjestelmissä ja kulkeutua aerosolien mukana hengitysilmaan. Legionellojen aiheuttamat joukkosairastumiset ovat liittyneet hotellien, sairaaloiden, risteilylaivojen ja yleisötapahtumien vesi- ja ilmastointijärjestelmiin.<br />
<br />
<br />
Legionellalajeja tunnetaan lähes 50 ja seroryhmiä 70. Näistä yleisin on Legionella pneumophila, erityisesti sen seroryhmä 1.<br />
<br />
<br />
Alunperin legionellabakteerit tulevat luonnosta, mistä ne pääsevät talousveden mukana moniin vesijärjestelmiin pieninä pitoisuuksina. Ilman kanssa kosketuksessa oleviin järjestelmiin, kuten jäähdytysjärjestelmiin ja kostuttimiin, legionellat voivat päätyä myös tuloilman mukana ilmareittiä pitkin. Sen jälkeen olosuhteet vesijärjestelmissä ratkaisevat, millaiseksi legionellojen pitoisuus pääsee suurenemaan.<br />
<br />
<br />
Legionellojen poistaminen kokonaan vesijärjestelmistä on vaikeaa. Siinä voidaan onnistua vain jatkuvalla mikrobitorjunnalla, kuten esimerkiksi desinfioinnilla. Sairastumisten ehkäisemisen kannalta tärkeää olisi legionellapitoisuuksien pysyminen pienenä kaikissa vesijärjestelmissä.<br />
<br />
=== Oletettu käyttö ja käyttäjät ===<br />
<br />
Tutkijat, teollisuus, muut<br />
<br />
=== Osallistujat ===<br />
<br />
Tutkijat, muut<br />
<br />
=== Rajaus ===<br />
<br />
Altistuminen hengistystiealtistuksen kautta.<br />
<br />
=== Vaihtoehdot ===<br />
<br />
:''Mitkä ovat tarkasteltavat päätösvaihtoehdot? Miten ne vaikuttavat tarkasteltaviin muuttujiin?<br />
<br />
==Riskiarviointimalli==<br />
<br />
Terveysriskin suuruutta voidaan kuvata mm. seuraavilla kvantitatiivisilla mittareilla. <br />
<br />
===Kvantitatiivinen tieto altistustasosta===<br />
<br />
Altistustason määrittämistä varten tarvitaan pitoisuus vedessä, sekä arvio paljonko ko. vedelle altistutaan esimerkiksi suihkussa tai muualla tapahtuvan hengtyksen kautta. Legionella ei tartu helposti juomaveden kautta, joten tässä arvioinnissa ei oleteta että niellyn veden määrää eivaikuttaisi terveysriskiin. Altistumistason määrittäminen sisältyy alla oleviin laskentoihin. <br />
<br />
==Vertailu terveysperusteisiin raja/ohjearvoihin==<br />
<br />
Sosiaali- ja terveysministeriön asetus talousveden laatuvaatimuksista ja valvontatutkimuksista 461/2000 Kemialliset laatuvaatimukset (enimmäispitoisuus), legionella 1000 mikrobia/l.<br />
<br />
<rcode <br />
library(OpasnetBaseUtils)<br />
library(xtable)<br />
name="answer" embed=1<br />
variables="category:Vertailu raja-arvoihin|<br />
name:Rajaarvo|default:1000|description:Legionellan sallittu enimmäispitoisuus talousvedessä (mikrobia/l)|<br />
name:Pitoisuus|default:2000|description:Pitoisuus arvioitavassa vedessä(mikrobia/l)<br />
"><br />
<br />
cat("Tutkittavan veden legionellapitoisuuden suhde sallittuun enimmäispitoisuuteen talousvedessä: \n")<br />
<br />
Vertailu <- Pitoisuus/Rajaarvo<br />
Vertailu<br />
<br />
cat("Tuloksen tulkinta:\n")<br />
cat("Jos tulos < 1: Tutkittavan veden pitoisuus alittaa talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden.\n")<br />
<br />
cat("Jos tulos > 1: Tutkittavan veden pitoisuus ylittää talousvedelle asetetun enimmäispitoisuuden. Jatka kohtaan Turvamarginaali.\n")<br />
<br />
</rcode><br />
<br />
==Lisätietoa==<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/infektiotaudit/taudit-ja-mikrobit/bakteeritaudit/legionella<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/vesiepidemiat/legionelloosit<br />
<br />
https://www.thl.fi/fi/web/ymparistoterveys/vesi/legionellabakteerit-vesijarjestelmissa/ymparistotekijat-ja-torjuntamahdollisuudet<br />
<br />
<br />
==Kirjallisuus==<br />
<br />
== Vastaus ==<br />
<br />
=== Tulokset ===<br />
<br />
:''Arviointimallin keskeiset tulokset.<br />
<br />
=== Päätelmät ===<br />
<br />
:''Vastaus arvioinnin pääkysymykseen ja muihin kysymyksiin tulosten perusteella.<br />
<br />
== Perustelut ==<br />
<br />
:''Arvioinnin yksityiskohtainen kuvaus. Linkit muuttujasivuihin. Kaaviokuva syysuhdeverkosta.<br />
<br />
== Katso myös ==<br />
<br />
:''Muita tärkeitä, aiheeseen liittyviä sivuja ja linkkejä.<br />
<br />
== Lähteet ==<br />
<br />
<references/><br />
<br />
== Kommentoi arviointia ==<br />
<br />
Voit kommentoida mitä tahansa arvioinnin sivua tässä. Selkeyden vuoksi kirjoita alempaan kenttään sen sivun nimi, jonka asioita kommentoit. {{kommentointityökalu}}</div>Päivi Meriläinen